【最終話】グリーザに敗れ、姿を消してしまったエックスと大地…。アスナは残されたエックスのカラータイマーに大地の命の痕跡を感じ、危険も顧みずに大地とエックス捜索のために電脳空間に飛び込んだ! アスナの呼び声は大地やエックスに届くのか? スパークドールズを吸収して最終進化を遂げるグリーザを倒す“希望の光”は果たして見つかるのか!?

ウルトラフレア発生の引き金ともなったエックスの宿敵、恐怖の生命体･グリーザがついに地球に姿を現した! 強い生体エネルギーを持つ怪獣の存在を知ったグリーザが、スパークドールズを吸収するために日本のXio基地を目指していることを察知した大地とエックスは、アスナの目の前でユナイト! 敢然とグリーザに挑んでいったのだが…。

深夜の街に人間を襲う凶暴な怪物･スペースビーストがあらわれた。群れをなして暴れるスペースビーストに対するため、橘副隊長自ら特捜チームを率いて出動する。だが同じ時に遠く離れたカナダに怪獣ベムラーが出現し、副隊長の娘たちが危機にさらされる。絶体絶命の状況にあらわれたのは、未知の銀色の巨人･ウルトラマンネクサスだった…!

ゴモラのスパークドールズの実体化テストが始まった。誰もが成功かと思った時、ダークサンダーエナジーによりゴモラがEXゴモラとなってしまう! 大地はエックスにユナイト、やむなくザナディウム光線を放とうとする。その時、何者かが「それがお前の考える共存か?」と問いかけてきた。大地たちの前に現れたのは人工生命と名乗るM1号だった!

幼馴染の菜々子の声援を受け、ラグビーの試合で張り切るワタル。だが、菜々子とハヤトの親密な様子に、胸が騒ぐ。そのとき、突如現れた宇宙化猫ムーと、ダークサンダーエナジーを浴びて出現したレッドキングにより街は大混乱に! エックスが立ち向かったとき、ムーがエックスに甘えるようにじゃれついていった! ムーの目的は? そしてワタルの恋の行方は…?

引っ越してきた田舎町で、サクラが友達になったのは、突如現れた友好珍獣ピグモンだった。毎日のように遊んで、仲を深めるサクラとピグモン。ある日、サクラがショッピングモールに出かけたおり、ピグモンがサクラを追って街中に出てきてしまう。驚いてピグモンを捕まえてしまった町民たちと大地は対立するが、そこに海獣キングゲスラが現れる!

地球を守るために戦うXio隊員の日頃の活動に密着した特別番組が放送されることになった。街で暗躍する宇宙人たちの不審な動きを追う大地たち! それにピッタリとくっついて取材を続けていくテレビクルーたち! 地球人を標本化していく謎の陰謀を突き止めた大地たちはこれを食い止めるべく、宇宙人たちの潜伏先にテレビクルーと共に突入していく!

古代怪獣ゴメスの活動が確認され、Xioが警戒態勢を敷くなか、神木隊長の一人娘、裕美が結婚するという知らせが届く。複雑な事情から裕美と疎遠になっていて何も知らなかった神木隊長は内心の葛藤に揺れ、それゆえに結婚式に出る決意が固められない。事情を知った大地たちは、なんとか神木隊長を結婚式に出席させようとするのだが…。

遂に姿を揃えたエクシードX、ビクトリーナイト、そしてギンガの三大ウルトラマン。その打倒に燃えるモルド･スペクターたちは、Xio基地に保管されたスパークドールズを全て解放し、強大なグア軍団を作り上げようという作戦に出る。基地の防衛に立ちあがるショウ、ヒカル、大地。力を結集して合体し、究極体にまで進化していくモルドたちの邪悪の超パワー! 遂に迎える決戦の時。負けるな、正義の三大ウルトラマン!

次元を越えて現れた男はウルトラマンビクトリー=ショウだった! ショウとUPG隊員の杉田アリサと出会った大地達は、彼等から地球で暗躍を始めた謎の女=ギナ･スペクターと兄のモルド･スペクターについて教えられ、協力して戦うことに! ウルトラマンゼロからエックスのことを聞いていたショウは、大地=エックスがウルトラマンエクシードXの力を使いこなせていないと指摘。ショウから指導を受け、大地は猛特訓を開始する!

怪獣デマーガが宇宙から降り注いだ未知のエネルギーを浴びてツルギデマーガへとパワーアップ! エックスはエネルギーの悪影響により危機に陥り、大地とのユナイトを強制解除して姿を消した…。大地はエックスを探すために生身では危険な電脳空間に飛び込む! 一方、地球に現れた謎の女はマグマ、シャプレー両星人を従え、密かな陰謀を巡らせる。果たして大地は無事エックスを探し出し、勝利の希望を掴むことが出来るのか!?

父が残したゴモラのスパークドールズをサイバー怪獣として実体化させるテストを続ける大地。その入れ込みぶりを心配するXio隊員たちやウルトラマンエックス。しかし、どうしても実体化は果たせない。なぜゴモラは応えてくれないのか? 深い苦悩に揺れる大地。そんな折、キングジョーが地球に来襲して暴れ始めた。大地はウルトラマンエックスとユナイトするが、強大無比なキングジョーの前に苦戦し、次第に追い詰められていく…!

「ホオリンガに注射しちゃダメ!」坂根村に現れた植物の特長を持つ怪獣ホオリンガに対し、栄養失調気味らしいと知った大地たちが治療弾を撃とうとしているのを見て、村に住む少女、花はそう叫んだ。彼女の声も届かず、治療弾が命中。ホオリンガはどんどん体組織を活性化させ、地上に飛び出した根が村を破壊し、さらに花粉をまき散らして村の人々を苦しめていく。村の混乱を見つめる花。彼女が隠すホオリンガの秘密とは?

かつてラグビーに夢の全てを懸けていたワタルの弟、イサム。そんな彼が偶然借りたシェアハウスの住人たちは、ナックル星人を始めとする宇宙人だった! 彼らは地球で静かに暮らそうとしており、イサムも彼らを次第に受け入れていく。そんな中、怪獣兵器サメクジラを巡り、ナックルたちを敵視する悪の宇宙人軍団との抗争の嵐が巻き起こった! イサムはこれに巻き込まれ、なんとラグビーで勝負をつけることになるのだが…!?

強敵怪獣ゼットンの襲来! あらゆるアーマーの攻撃も通じず、ウルトラマンエックスは完膚なきまでの敗退に追い込まれた。次なるゼットンの襲来に備え、大地は新アーマーの開発に打ち込む。そこへ、当麻博士という協力者が現れた。博士と共に、ついに大地はゼットンアーマーを完成させるが、なぜかゼットンアーマーがゼットンとの戦いで制御できず、エックスは絶体絶命の危機を迎える。その危機を颯爽と救った勇者。彼こそは…!

ルディアンに秘められた惑星ゴールドのエネルギーを狙って現れた魔獣ガーゴルゴンによって、エックスが石像にされてしまった。惑星ゴールドから地球に逃げ延びていた王子･テルはエックス=大地が自分を庇ってガーゴルゴンに倒されたことを深く後悔する。そんな折、ガーゴルゴンが人類の降伏と、テルの引き渡しを要求してきた。迫る地球の危機を前に、Xio隊員たちはガーゴルゴンを倒して、エックスを復活させられるのだろうか?

突如街に現れ、宇宙人かと騒ぎを起こした青年、テル。彼はルディアンと呼ばれる怪獣と一体化し、街へと進行を開始する。しかし、テルが怪我をした女の子を治した事実を知った大地はウルトラマンエックスにユナイト、彼に悪意がないことを信じてルディアンの動きを止めた。Xioに保護されたテルやルディアンを調べるうち、恐るべき事実が浮かび上がる。ルディアンが秘める秘密を狙い、恐怖の魔獣が地球にやって来るというのだ!

Xio隊員でも怪獣をスパークドールズ化できる技術の実験が進んでいた。そこを怪獣ブラックキングが襲撃する! 大地はエックスにユナイトして戦うが、その戦いの隙を突いて、ナックル星人バンデロがアスナたちからスパークドールズを奪い去った。その前に立ちはだかったのは、なんとウルトラマンゼロ! 形勢不利と見たナックル星人は、ルイを捕らえて次元の彼方へ逃げていった。ルイを救うため、エックスとゼロが力を合わせる!

ザラブ星人が地球壊滅のため、ベムスターを送り込んできた! その猛攻に大地が巻き込まれたと思い込んだアスナは、我を失ってしまう。彼女の攻撃が災いし、ウルトラマンエックスがベムスターの体内に吸収されてしまった! ザラブ星人を追ったワタルとハヤトも、互いのライバル心が邪魔して、星人を取り逃がす。神木隊長から改めてチームワークの大事さを説かれたアスナ達は、エックスを助け出すため、いま一度の団結を誓う!

局地的地震の調査に赴くことになった大地とアスナ。その途上、大地は怪しい女を目撃。さらに彼女に導かれるかのように、地底から怪獣テレスドンが現れた。照明弾でテレスドンを退却させることに成功した後、大地とアスナは女の正体を探ることを命じられる。女によく似た女性が実在したが、既に死んでいるという。謎に包まれた女を追ったアスナが掴む真実とは!? 夜の大都会に、テレスドンとウルトラマンエックスの激闘が展開される!

大熊山から巨大怪鳥バードンが姿を現した。どうやらバードンは産卵を控えているらしい。産卵用に作られた巣に民間人が閉じ込められていることが判明し、大地たちXio隊員は早速救出作戦を展開する。巣からの引き離し攻撃にバードンは怒って大暴れ。大地は仲間を救うためにウルトラマンエックスにユナイトした。猛毒を持つバードンのクチバシ攻撃にエックスは大苦戦。その時、ファントン星人グルマン博士が発動させた、とっておきの秘策とは!?

地球に眠っていたスパークドールズを実体化させた太陽の異常爆発、ウルトラ･フレアが観測されてから15年後。怪獣対策のため創設された防衛部隊、Xio (ジオ) 所属の大空大地隊員がサイバー怪獣の実験を行っていたとき、怪獣が出現して暴れ出した。その時、大地のマルチデバイスから不思議な声が聞こえてきた。それに導かれ、大地は光の巨人とユナイトして怪獣に挑んだ! 誕生、ウルトラマンエックス!