【シーズン1 最終話】一連の事件は全て終始を見た。事件に関わった人々はそれぞれ新たな生活を始めていた。潔白が証明されたテンマは国境なき医師団に参加する一方、双子の母の消息を突き止める。その後テンマは、一命を取り留め眠り続けるヨハンを病院に訪ね…!?

ヨハンに銃口を向けるボナパルタを撃ったのは瀕死のロベルトだった。ロベルトは“終わりの風景”を見せてくれと言い、息を引き取る。そして、テンマはついにヨハンと向き合った。銃を向けるテンマに、ヨハンは自らの額を指差す。ニナの制止の声と銃声が重なり…。

ロベルトを逮捕するため突入したルンゲだが、返り討ちに…!? 一方グリマーの最期を看取ったテンマは、ボナパルタを伴い全てを終わらせるべく、ルンゲのもとへ向かう。その途中ボナパルタは、リーベルト夫妻が殺されたあの夜の出来事を語り出す。

殺戮を煽る一味に指示を出している人物の居場所を突き止めたルンゲは、向かう途中テンマと再会する。テンマに謝罪するルンゲ。その頃ホテルに立てこもっていたグリマーやボナパルタ達は、激しい銃撃を浴びせられていた。単身外に飛び出したグリマーだが…!?

大雨のため陸の孤島と化したルーエンハイムでは、人々が殺し合いを始めていた。そんな中ルンゲとグリマーは、ヨハンの目的はボナパルタであることを本人に突き付ける。一方ミュンヘンでは、ヨハンと思われる人物からニナに宛て、ルーエンハイムで待つとのメールが届く。

町に響く銃声。怒りが芽生えた人々に銃を配っていたのはルンゲと同じホテルに宿泊する老夫婦だった。一方プラハにいるテンマは、ボナパルタの息子･リブスキーに会い、ボナパルタの居場所を尋ねる。果たしてルーエンハイムの大量殺人を止める事は出来るのか? ヨハンの計画する“完全な自殺”とは?

1枚の絵葉書をたよりにルーエンハイムという田舎町にたどり着いたルンゲ。あるホテルに宿を求めたルンゲは、その後地元の警察署を訪ね、重大事件が起きる可能性を示唆する。そしてもう一人そのホテルを訪ねて来た男がいた。その男とは…。

ついに対峙したヨハンとニナ。ニナはヨハンに銃口を向け、語りかける。「三匹のカエル」の部屋から連れ去られ、「赤いバラの屋敷」の真っ暗な部屋に監禁され、そしてパーティー会場で多くの死体の中に立ちつくしていた記憶。その記憶こそ実は…。

チャペックと共にヨハンの元へ向かうニナ。その車の中でチャペックはヨハンとニナの出生の秘密を語る。二人はある計画に基づいて産まれて来たこと、そして計画の首謀者はフランツ･ボナパルタだと。そして車はついに目的地に。ヨハンと再会を果たしたニナは?

ヨハンの居場所をつかむため、自らチャペックの元へ赴くニナ。一方、チャペックとの行動を共にしていた青年･クリストフの後を追うテンマはあるアパルトマンに辿り着く。その部屋でクリストフを待ち構えていたのは、エヴァだった。クリストフは511キンダーハイムでヨハンと知り合いだったとエヴァに語る。

フランクフルトの極右の大物、赤ん坊。彼は最近憂うつな日々を送っていた。把握できなくなったヨハンの行動、そして組織の統率者の後がまに座ろうとしている無能なクリストフがその原因だ。ある女性ダンサーに恋をした赤ん坊は、ホテルに彼女を引き入れるが…。

定年間近のヴァイスバッハ警部の最後の仕事は、連続殺人犯ディンガーの護送だった。ヴァイスバッハは移動中の列車の中で、ディンガーから殺人の動機を聴く。ディンガーは頭に包帯を巻いた男の子に後押しされ犯行に至ったと語る。ヴァイスバッハはかつて自分が関わったDr.テンマ事件を思い出す。

フランクフルトにてチャペックを監視するテンマだが、警察に発見され、逃走する途中、トラックにはねられてしまう。意識を失ったテンマを助けたのは旧トルコ人街に暮らす歯科医のミランという男だった。ミランは、チャペックを殺すため張り込んでいたことをテンマに告白する。

毎日“赤いバラの屋敷”を訪ね、幼い頃の記憶を取り戻そうとする二ナ。その後ミュンヘンに戻ったニナは、ギーレンの催眠療法により全てを思い出す。一方プラハでは、ヴァーデマンとスークが、かつて“朗読会”に参加していた5人に、事情聴取を試みていた。

エヴァに銃を向けるマルティンだが、引き鉄を引くことができない。すでに二人の許には組織の追っ手が迫っていた。駅で落ち合う約束をし、エヴァを逃すマルティン。しかし銃で撃たれたマルティンが向かったのは、テンマのところだった。

自らの意思でエヴァの護衛を決意するマルティン。しかし、組織から依頼されたエヴァの仕事は終わった。エヴァを殺すことのできないマルティンは、エヴァがパーティー会場で指差した金髪の若い男の後をつけるが、そこにいたのは…。

銃で撃たれ車の後部座席で瀕死状態のマルティン。マルティンはこの仕事を引き受けたことを後悔していた。二ヶ月前、赤ん坊に連れられ眼鏡の男を訪ねたマルティンは、エヴァの護衛を依頼される。それがマルティンの“いやな仕事”の始まりだった。

“赤いバラの屋敷”で気を失ったニナを助けたのは人形使いのリブスキーだった。落ち着いた二ナは、リーベルト夫妻が殺害された日の出来事を思い出す。ヨハンの言った、あの雨の日にやって来た“怪物”とは? 一方“赤いバラの屋敷”にたどり着いたテンマだが、屋敷は焼け落ちていた…。

ヴァーデマンからのメモを頼りに、チェコ国境の“赤いバラの屋敷”へと向かうテンマ。一方ニナはかすかな記憶を手操り寄せ、テンマより一足早く“赤いバラの屋敷”にたどり着く。屋敷の奥の壁に隠された部屋の扉を開けたニナは、恐ろしい記憶が呼び覚まされ、その場に倒れてしまう。

ロベルトからエヴァの身を守るため、護送車から脱走したテンマ。宿泊していたホテルの部屋に踏み込むも、そこにエヴァの姿は無かった。一方、ヴァーデマンを訪ねたルンゲは、ヴァーデマンの父親と旧チェコスロヴァキア秘密警察との関係を問う。

テンマとミルヒを乗せた護送車は拘置所に向かう途中、ミルヒの弟分グスタフを撥ねてしまう。ミルヒの脱走計画の行方は…!? 一方ロベルトは、弁護士パウルになりすましエヴァに近づこうとするが…。

テンマに接見した弁護士パウルの正体はロベルトだった。ロベルトはエヴァを殺すとテンマに告げる。脱走しようと言うミルヒの申し出を受けるテンマ。そしてテンマは一連の殺人事件に関し、全てを認める供述を始める。

12回の脱走歴を誇る脱獄王ミルヒ。留置所に収監されたテンマは、ある日ミルヒを診察し、一目でその仮病を見抜く…。一方、テンマの弁護を引き受けた弁護士ヴァーデマン。彼の複雑な過去とは…!?

1980年、行方知らずになったマルゴットを探すシューバルトは、“三匹のカエル”の看板の部屋を訪ねていた。そこでマルゴットの親友と思い出を語り合ったシューバルトは、その女性の陰に双子がいることに気付く。

“赤いバラの屋敷”にたどり着いたルンゲ。ルンゲは屋敷の中に何かを塗り込めた壁があることに気付く。壁を壊し、隠されていた部屋に入ったルンゲは、双子の母親の肖像画を発見する。この部屋でいったい何があったのか?

グリマーの無実を晴らそうと“金髪の女”の行方を追う養護院の子供たち。その中の一人、ミローシュが行方不明になった。ミローシュを探すテンマとグリマー。しかしその頃ミローシュは、“金髪の女”(アンナ) と会っていた。

テープは入院中のスークの母親に預けてあった。そこに金髪のロングヘアの女性が面会に来たことを知らされ、慌てるテンマたち。しかしテープはスークの母が持っていた。そのテープに収録されていたものとは…。

見知らぬ人たちに“アンナ”と呼びかけられ困惑するニナ。一方病院から消えたスークの行方を探すテンマとグリマーに、旧チェコスロヴァキア秘密警察のランケ大佐が接触してくる。ランケはテープと資料を渡せばスークを戻すと言うが…。

スークの部屋でプラハ警察の刑事が殺され、スークは容疑者として追われることに。その記事を読んだテンマは、全てはヨハンの仕業だと推察する。その頃スークは少年の頃遊んだ廃屋に隠れていた。しかしその場所には…。

チェコ警察は、一連の殺人事件の容疑者として、グリマーそしてスークにまで疑いの目を向けていた。自分が疑われているとは知らないスークは、真実を知るためにグリマーと再会。殺されたペドロフの貸金庫の中にあった録音テープを一緒に開く。そこには、薬物を投与され尋問されている少年の声が録音されていた。