廃バスを改装してMAHO堂の営業を再開させたおジャ魔女たち。でも、元祖MAHO堂は魔法グッズの効き目も抜群で大繁盛。玉木をはじめ、同級生の間でも大人気。マジョリカに、いつまでも家に居られては大変、MAHO堂を取り返さなきゃ! と、がんばるどれみですが…。

魔法玉の代金をチャラにしてもらおうと、デラにトランプ勝負を挑んだマジョリカ。賭けに負け、MAHO堂の権利書と営業許可証まで奪われてしまいました。MAHO堂はライバル･マジョルカに買い取られ、店を失ったマジョリカとララはどれみの家に転がり込んで…!?

禁断の魔法を使ってしまったはづきは、罰として10日間魔法が使えなくなってしまいました。そんなはづきが、怪しい2人組に誘拐されてしまいます。ドジな犯人の正体は売れない芸人･パパイヤ兄弟。どれみとあいこは、ほうきに乗って追跡。魔法で救出しようとしますが…!

モタとモタモタが温泉旅行に行くため、運良く無試験で7級に進級できたおジャ魔女たち。7級になれば植物と話をする魔法が使えます。早速3人は同じクラスの岡田ななこがウサギの飼育当番を頑なにいやがる理由を知るため、彼女の家の桜の木に事情を尋ねてみると…。

無口でぶっきらぼうな矢田まさるは、クラスメイトからも怖いヤツと思われがち。でも、幼なじみのはづきだけは彼が優しい少年だと信じていた。でも、ある日港の倉庫に忍び込み、警察に捕まるという事件が起きて、どれみたちは、マジカルステージで真相を突き止めようと…。

どれみは、お父さんが家に連れてきた釣り仲間の長谷川新吾君にまたもや一目ボレ。おかげでMAHO堂のお仕事もうわの空。愛しの長谷川君に会う為、釣りのキャンプに行くことに。でも、どれみは告白する自信が持てません。そこで、あいことはづきに手伝ってもらおうと…。

どれみの妹、ぽっぷがMAHO堂にやって来た! マジョリカを見つけたぽっぷは、そのぶにゅぶにゅした手ざわりが大のお気に入り。どれみたちがヌイグルミだとごまかしたため、お小遣いで買っていってしまいます。

同じクラスの奥山さんは、背がスラッっとした男勝りの女の子。でも本人はそれが少しコンプレックスになっているようです。ある日、ワンピースを着た奥山さんに遭ったSOSトリオがそれをからかって、彼女を泣かせてしまい、許してもらうために、彼女を笑わせることに…!?

8級試験の問題は、アシジュポーンの頭に旗を立てること。でもそれって何? おまけにアシハポーンとまちがえないように…なんて注意されたけど、それも何? 不思議がるどれみたちですが、とりあえず出発します。

ある小さな男の子が、大切なお気に入りシャツと交換で、魔法グッズを交換していきました。魔法問屋デラにそのシャツを見積もってもらうと、強い想いが込められていて高額評価! その男の子の願いとは、お兄さんに関することのようなのですが…。

同じクラスのまりなちゃんは園芸部の女の子で学校の花壇も大切にしていました。しかし木村君の心ない一言が原因で、花壇の手入れを止めてしまうのでした。そんな折、学校には大雨が降り出し、大切な花壇の花が嵐で飛ばされそうになってしまいます。

学級新聞記者の島倉かおりの撮った写真で、どれみたちがMAHO堂で働いていることが先生達にバレてしまいました。知り合いのお店を手伝っているだけで、アルバイトをしているのではないと納得してもらいましたが、教頭先生と関先生がお店に挨拶しに来ることに…!

なんとか9級試験に合格したどれみがもらった妖精ドドは、どれみに似ておっちょこちょい。何かとトラブルを起こすドドに、どれみは大激怒。ドドは怒って家を飛び出してしまうのでした。反省したどれみが、はづきやあいこたちとドドを探すのですが…。

9級試験に一人だけ落第してしまい、落ち込むどれみとマジョリカ。ところが、デラから試験の追試があることを聞き、再度魔女界へ向かうことに。しかしモタモタが風邪をひいてしまい追試が中止になりそう。なんとか追試をしてもらうマジョリカのアイディアとは?

9級の魔女試験を受けることになったどれみたち。練習用の魔法玉もたくさんもらい意気込むどれみですが、途中でぽっぷのおつかいの見張りを頼まれてしまいました。しっかりしているとはいえ、ぽっぷはまだ幼稚園児。さまざまなトラブルがぽっぷを待ち受けていました。

クラスメイトの信子はあいさつ代わりに嘘をつくような女の子ですが、決して人を傷つけるような嘘はつきませんでした。しかし、あいこの前で自分の父親が亡くなったとの嘘は、母親のいないあいこの逆鱗に触れてしまいました。

新装開店したMAHO堂は、最初なかなかお客が集まりませんでしたが、3人の努力でお客の呼び込みに成功しました。そんな中、クラスメートの小竹がお店へやってきて、グッズを買っていくのですが、何か訳ありのよう。気になって後をつけるどれみ。さて、小竹の悩みとは…?

魔法を見られてしまったどれみは、マジョリカの勧めもあり、はづきとあいこと3人で魔女見習いになることになりました。また、魔法の訓練には魔法玉が必要ですので、3人はお店を手伝うことになります。ただ、3人には、マジョリカの古いお店がお気に召さないようで…。

転校してきたナニワっこのあいこは、思ったことをそのまま口にするので、最初はとまどってしまうどれみ達でしたが、あいこの人柄の良さを知りすぐに仲良くなりました。ある日、あいこの父が授業参観にこれない事を聞き、どれみは魔法でなんとかしようとするのですが…。

魔女みならいとして働くことになったどれみは、魔法が使えることがうれしくておおはしゃぎ。早速親友のはづきちゃんの悩みを解決しようとするために、魔法でお互いの姿を交換し、帰る家も取替えてみることになりましたが…。

春風どれみは魔女にあこがれる小学校3年生の元気な女の子。でも好きな人に告白もできない自称「世界一不幸な美少女」。マジョリカを魔女と見破ったことがきっかけで、魔女みならいとして修行をすることになるどれみ。さっそく魔法を試そうとしますが…。