【シーズン2 最終話】「ハリボテ頂上作戦」世紀末学園に、他の学校のほうからハン、ヒョウ、カイオウが手下を引きつれて攻めてきた! そして北斗琉々グループの理事長も登場。彼らの狙いはリュウケン!? 初めは知らんぷりしていた三兄弟だが、学園のため戦うことにする。「ハリボテよ永遠に」世紀末学園の危機にシン、タネもみ先生やもみ組の生徒たち、デビルリバ子にリン、バットも戦い始める。そして三兄弟もまた、熾烈な戦いに身を投じる。リュウケンは、そして世紀末学園の行く末はいかに…!?

「ハリボテ頂上作戦」世紀末学園に、他の学校のほうからハン、ヒョウ、カイオウが手下を引きつれて攻めてきた！そして北斗琉々グループの理事長も登場。彼らの狙いはリュウケン！？初めは知らんぷりしていた3兄弟だが、学園のため戦うことにする。「ハリボテよ永遠に」世紀末学園の危機にシン、種もみ先生やもみ組の生徒たち、デビルリバ子にリン、バットも戦い始める。そして3兄弟もまた、熾烈な戦いに身を投じる。リュウケンは、そして世紀末学園の行く末はいかに……！？「イチゴ味12話」サウザーvsケンシロウの闘いも遂に大詰めを迎える。果たして勝利の女神はどちらに微笑むのか！？

「兄弟宇宙」リュウケンが、世紀末学園の塔のてっぺんに引っかかってしまった。そして、ユリアの保健室もまた、塔につるされることに。片方を助けようとすると片方がバランスを崩す危険な状態で、ケンシロウとラオウは、二人を助けることができるのか!?「クリスマスキャロルは突然に」リュウケンのおつかいで、スーパーに向かったトキ。ふと気がつくと、見慣れない街に来ていた。空腹でパンを盗んだトキは、パン屋のオヤジ等に追われ、一軒の家に逃げ込む。そこにいた少女はトキのことをサンタクロースと思いこむのだった。

「兄弟宇宙」リュウケンが、世紀末学園の塔のてっぺんに引っかかってしまった。そして、ユリアの保健室もまた、塔につるされることに。片方を助けようとすると片方がバランスを崩す危険な状態で、ケンシロウとラオウは、二人を助けることができるのか！？「クリスマスキャロルは突然に」リュウケンのおつかいで、スーパーに向かったトキ。ふと気がつくと、見慣れない街に来ていた。空腹でパンを盗んだトキは、パン屋のオヤジ等に追われ、一軒の家に逃げ込む。そこにいた少女はトキのことをサンタクロースと思いこむのだった。「イチゴ味11話」ユダの居城を突然訪問する南斗のメンバーたち。今後の南斗の方針を話合う5人の中、真剣な話そっちのけでイチゴシェイクと格闘するサウザーであった。

「これが声優なのか?」世紀末学園に、声優科が作られることになった。声優科に入りたいと来た生徒はたった一人、アイリだけ。三兄弟も一緒になって、さっそく声優科の授業を受ける。そしてアイリは、オーディションを受けることになるが…。「まみれ青春!」もみ組に、教育実習の先生がやってきた。先生の名は、マミヤ。マミヤ先生は、ノリノリで「みんな、マミってる～?」とポーズ。みんなの心をつかみ、どんどん授業を進めていく。

「これが声優なのか？」世紀末学園に、声優科が作られることになった。声優科に入りたいと来た生徒はたった一人、アイリだけ。3兄弟も一緒になって、さっそく声優科の授業を受ける。そしてアイリは、オーディションを受けることになるが…。「まみれ青春！」もみ組に、教育実習の先生がやってきた。先生の名は、マミヤ。マミヤ先生は、ノリノリで「みんな、マミってる～？」とポーズ。みんなの心をつかみ、どんどん授業を進めていく。「イチゴ味10話」赤裸々に語られる「鬼のフドウ」と恐れられた山のフドウの意外な過去と、全く関係のない聖帝サウザーが見せる日常の狂気とは。

「アイドルアイドらアイドれば」学園長は大好きなアイドルのアスカちゃんを、学園祭に呼ぶことにした。だがアスカちゃんには、ネットでペロペロ予告が出ているらしい。学園長は三兄弟に、アスカちゃんを守るミッションを与える。「アニメDD版モモタローだよ」学芸会で「桃太郎」をやることになった2年もみ組。三兄弟は誰が桃太郎の役をやるかで争うが、結局リュウケンも一緒に、四人で桃太郎をやることに。一同はさっそく桃太郎の姿になり、鬼が島を目指し歩き始める。

「アイドルアイドらアイドれば」学園長は大好きなアイドルのアスカちゃんを、学園祭に呼ぶことにした。だがアスカちゃんには、ネットでペロペロ予告が出ているらしい。学園長は3兄弟に、アスカちゃんを守るミッションを与える。「アニメDD版モモタローだよ」学芸会で「桃太郎」をやることになった2年もみ組。3兄弟は誰が桃太郎の役をやるかで争うが、結局リュウケンも一緒に、4人で桃太郎をやることに。一同はさっそく桃太郎の姿になり、鬼が島を目指し歩き始める。「イチゴ味9話」 ケンシロウへの想いをうまく伝えられないシンは、なんとかしてケンシロウに振り向いてもらおうと色々と策をめぐらす。ユリアとシンのケンシロウへの想いが交錯する。

「リュウケン殺人事ケン」最近、何者かの視線を感じるというリュウケン。教室が停電になった間に倒されてしまった。誰がリュウケンの命を狙ったのか。リンに、犯人を見つけた者には入学採用権を与えると言われ、三兄弟は推理を始める。「おれがあいつであいつはダレだ」階段でリュウケンとぶつかったユリア。気がつくと、リュウケンと人格が入れ替わっていた。それを知らない三兄弟が現われ、次のミッションを受ける。さらにシンまでやって来て、リュウケン姿のユリアはすっかり翻弄される。

「リュウケン殺人事ケン」最近、何者かの視線を感じるというリュウケン。教室が停電になった間に倒されてしまった。誰がリュウケンの命を狙ったのか。リンに、犯人を見つけた者には入学採用権を与えると言われ、3兄弟は推理を始める。「おれがあいつであいつはダレだ？」階段でリュウケンとぶつかったユリア。気がつくと、リュウケンと人格が入れ替わっていた。それを知らない3兄弟が現われ、次のミッションを受ける。さらにシンまでやって来て、リュウケン姿のユリアはすっかり翻弄される。「イチゴ味8話」「南斗DE5MEN」のメジャーデビュー曲初披露！サウザーたちがあの曲を熱唱！！

「トウのかぞえ歌」前回、リハクのクイズショーで登場したリハクの娘、トウ。ラオウと幸せをつかんだトウが、かぞえ歌を歌い出す。「チャーハンピーマン話もピーマン」世紀末学園をクビになったシンが帰ってきた! シンはずっと、密かに学園に戻る機会をうかがっていたのだ。リュウケンから学生証を取り戻したシンは、ユリアのいる保健室を目指す。三兄弟は協力して、シンと戦うことにする。

「トウのかぞえ歌」前回、リハクのクイズショーで登場したリハクの娘、トウ。ラオウと幸せをつかんだトウが、かぞえ歌を歌い出す。「チャーハンピーマン話もピーマン」世紀末学園をクビになったシンが帰ってきた！シンはずっと、密かに学園に戻る機会をうかがっていたのだ。リュウケンから学生証を取り戻したシンは、ユリアのいる保健室を目指す。3兄弟は協力して、シンと戦うことにする。「イチゴ味7話」世紀末アイドルユニット「南斗DE5MEN」のメジャーデビューを記念して、サウザー、シュウ、ユダ、シン、レイの5人に直撃インタビュー。

「神回」避難訓練のプリントを届けに、フドウの家にやってきたラオウ。だがいきなりフドウにつぶされ、フドウの腹から体が抜けなくなってしまった! 仕方なくラオウは、フドウとおかしな共同生活を始めることになる。「ひでぶなクイズでおシアワセ」リハクの司会で、クイズショーが始まった。学園アニメらしく、いろいろな科目から質問が出されるものの、クイズの内容はおかしなものばかり。しかも、最後には意外な結末が待っていた!?

「神回」避難訓練のプリントを届けに、フドウの家にやってきたラオウ。だがいきなりフドウにつぶされ、フドウの腹から体が抜けなくなってしまった！仕方なくラオウは、フドウとおかしな共同生活を始めることになる。「ひでぶなクイズでおシアワセ」リハクの司会で、クイズショーが始まった。学園アニメらしく、いろいろな科目から質問が出されるものの、クイズの内容はおかしなものばかり。しかも、最後には意外な結末が待っていた！？「イチゴ味6話」どれだけケンシロウに倒されようが、サウザーの心は決して折れる事はなかった。そこには自身の幼少期の辛い思い出が彼を奮い立たせているのであった。

「なにはなくともピラミッド」北海道北斗市に、修学旅行にやってきたケンシロウたち。ピラミッドがそびえ立つこの町を案内するのは、サウザーそっくりのガイドさん、ザウサー。リュウケンは、何かと金を使わせようとするザウサーから借金を重ねる。「こうかフコーカコーカな校歌」リュウケンからのミッションで、世紀末学園の校歌をつくることになった3兄弟。本気になったラオウは、机に向かって歌詞を作り始める。だが、校歌に使ってはいけないNGワードがある。悩んだラオウは…。

「なにはなくともピラミッド」北海道北斗市に、修学旅行にやってきたケンシロウたち。ピラミッドがそびえ立つこの町を案内するのは、サウザーそっくりのガイドさん、ザウサー。リュウケンは、何かと金を使わせようとするザウサーから借金を重ねる。「こうかフコウかコーカな校歌」リュウケンからのミッションで、世紀末学園の校歌をつくることになった3兄弟。本気になったラオウは、机に向かって歌詞を作り始める。だが、校歌に使ってはいけないNGワードがある。悩んだラオウは…。「イチゴ味5話」なんとかターバンの少年を捕え、心置きなくケンシロウとの対決に挑むサウザー。しかし戦いの最中、捕えたはずのターバンの少年を見失ったサウザーに再び魔の手が忍び寄るのであった。

「学校のカイダンのカイダン」3兄弟に、新たなミッションが与えられた! それは、トイレにいるお化けを退治するというもの。だが3兄弟は、お化けが大の苦手。保健室入室タダ券につられて引き受けたものの、すっかり逃げ腰になっていて…。「ヤムヤムヤミー トキさんとうまい話」教室でいきなり事務所を構え、商売を始めたトキ。怒るバットに、トキは自分がどうして闇商売を始めたかについて語り出す。トキの先生は、コウリュウ。トキが初めて経済に興味を持ったのは、中学生の頃のことだった。

「学校のカイダンのカイダン」3兄弟に、新たなミッションが与えられた！それは、トイレにいるお化けを退治するというもの。だが3兄弟は、お化けが大の苦手。保健室入室タダ券につられて引き受けたものの、すっかり逃げ腰になっていて…。「ヤムヤムヤミー トキさんとうまい話」教室でいきなり事務所を構え、商売を始めたトキ。怒るバットに、トキは自分がどうして闇商売を始めたかについて語り出す。トキの先生は、コウリュウ。トキが初めて経済に興味を持ったのは、中学生の頃のことだった。「イチゴ味4話」持前の強がりでケンシロウとの戦いに挑むサウザー。しかし戦いに関係のないターバンの少年の執拗なまでの攻撃に遂に心が折れるサウザーであった。

「そうだ 保健室に行こう」次なる3兄弟へのミッションは、保健室へ行き、バンソーコーをもらってくるというもの。ユリア先生に会えると大興奮の3兄弟。移転した保健室を探し、学園内を走り回る。そこで3兄弟は、巨大な女生徒、デビルリバ子と会う。「マジでチャリでデス道路」ユリア先生からハガキが届いた。今ユリア先生は、北海道の北斗市にいるという。「ぜひ遊びに来て」と書かれたハガキを見た3兄弟。トキが用意した自転車に乗り、一路北海道を目指す! その頃、リュウケンもまた、北斗市にいたのだが…。

「そうだ！保健室に行こう3兄弟編」次なる3兄弟へのミッションは、保健室へ行き、バンソーコーをもらってくるというもの。ユリア先生に会えると大興奮の3兄弟。移転した保健室を探し、学園内を走り回る。そこで3兄弟は、巨大な女生徒、デビルリバ子と会う。「マジでチャリでデス道路」ユリア先生からハガキが届いた。今ユリア先生は、北海道の北斗市にいるという。「ぜひ遊びに来て」と書かれたハガキを見た3兄弟。トキが用意した自転車に乗り、一路北海道を目指す！その頃、リュウケンもまた、北斗市にいたのだが…。「イチゴ味3話」百人の人質の大声援を受け南斗白鷺拳のシュウはサウザーとの戦いに挑む。聖帝十字陵の頂になる事すら反発をするシュウに遂にサウザーも「シュウ様」と呼んでしまうのであった。

「だんごはなくとも3兄弟」平和が戻った世紀末学園に次に現れたのは、トキとラオウ。2人は、世紀末学園に入学したくてやってきたと言う。リュウケンは、3兄弟のうち一人を入学させることに。そして1人を選ぶためのミッションが与えられた!「時計台のエレベーター」リュウケンは、3兄弟に新たなミッションを与える。それは、世紀末学園の時計台の針を5分進めるというもの。「できそう!」と3兄弟が時計台へ行くと。それは、空高くそびえ立ち、純金の旗がついた時計台で…。

「だんごはなくとも3兄弟」平和が戻った世紀末学園に次に現れたのは、トキとラオウ。2人は、世紀末学園に入学したくてやってきたと言う。リュウケンは、3兄弟のうち一人を入学させることに。そして1人を選ぶためのミッションが与えられた！「時計台のエレベーター」リュウケンは、3兄弟に新たなミッションを与える。それは、世紀末学園の時計台の針を5分進めるというもの。「できそう！」と3兄弟が時計台へ行くと。それは、空高くそびえ立ち、純金の旗がついた時計台で…。「イチゴ味2話」サウザーとケンシロウの戦いの火ぶたが切って落とされた！！だが聖帝の身体の秘密を知らないケンシロウはサウザーの衝撃の告白の前になす術も無く倒れるのであった。

「ちーさい世紀末見ーつけた」世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』!? 転校生と間違われたケンシロウは、リンに連れられて2年もみ組へ。そこへいきなり、ジードやトランプたちが襲ってきた!!「悪党とそのおともだち」黒生徒会長を目指し学園を牛耳ろうとしているシンと戦うことになったケンシロウ。トランプを倒しながら、シンのいる2年黒組を目指す。黒組に着いたケンシロウたちを待ち受けていたのは、巨大なブタだった!?

「ちーさい世紀末見―つけた」世紀末を求めてさすらうケンシロウがたどり着いたのは、なんと『世紀末学園』！？転校生と間違われたケンシロウは、リンに連れられて2年もみ組へ。そこへいきなり、ジードやトランプたちが襲ってきた！！「悪党とそのおともだち」黒生徒会長を目指し学園を牛耳ろうとしているシンと戦うことになったケンシロウ。トランプを倒しながら、シンのいる2年黒組を目指す。黒組に着いたケンシロウたちを待ち受けていたのは、巨大なブタだった！？「イチゴ味1話」聖帝サウザー様生誕30周年を記念して遂にアニメ化スタート！アニメ完全オリジナルの聖帝サウザー様からのありがたいお言葉を聞け！