『アナタの子供です』そんな書き置きとともに、万事屋の前に赤ん坊 (勘七郎) が捨て置かれていた。銀時そっくりの容貌に、銀時以外の誰もが銀時の隠し子だと信じて疑わない。本当に自分の子供にされてしまいそうな銀時は、勘七郎を連れて万事屋を飛び出す。誰にも話を聞いて貰えない銀時は、途方に暮れるが…。

銀魂二年目。思い返したくもない過去といつ訪れるかわからない打ち切りに頭を抱える万事屋。銀時は二年目を機にテコイレしようと思い立つ。タイトル変更からストーリー刷新まで、あり得なさそうなネタを羅列する新八、神楽。だが今一つピンとこない。そんな中、噂を聞きつけた人々が訪れ、自分の案を披露し始める…。

働かずして大金を手にしようと、カジノへと繰り出す銀時と長谷川。丁半博打で威勢良く張る二人だが、負けが混み、身ぐるみはがされ気付けばふんどし一丁になってしまう。そんな二人の前に現れた男が、彼らの着物を取り返してくれる。男の名はツキヨミの勘兵衛。宇宙に名をとどろかせた名ギャンブラーだった…。

「似てる二人は喧嘩する」真選組に仲間を捕らえられ、報復のため土方を狙う八虎留三兄弟。オフの日を狙い、定食屋で飯を食う土方の隣に座る三男だが…。「何であれやるからには負けちゃダメ」子供たちと一緒に缶蹴りで遊ぶ神楽。しかし、ムキになって遊ぶ神楽に子供たちはついて行けず、遊ぶのを止めてしまい…。

例年以上にひどい花粉に悩まされる銀時たち。一説にはどこかの星の植物が原因だと言うが、詳しいことは判らずじまい。あのお登勢が店を休むほどの花粉と言うから、ただごとではない。そんな折、屁怒絽と名乗る凶悪な顔をした天人が万事屋の隣で花屋を始める。その花屋こそが、この花粉をまき散らす元凶だったのだ…。

定春の暴走による賠償金を払うため、貯金どころか神社まで手放した阿音。スナック『すまいる』で働く彼女は、男を手玉に取る看板娘だ。だが、おなじく『すまいる』の看板娘であるお妙とはソリが合わず、何かにつけて衝突する。阿音ご指名のお得意様、菊屋の旦那をお妙がボコボコにしたことで、店長はある決断を下して…。

飲み過ぎた銀時が万事屋に帰宅すると、定春が巨大化していた。イチゴ牛乳を飲ませつつ、巨大化した原因を考える銀時たちだが何も思い浮かばない。銀時が居酒屋でもらってきた犬語翻訳機も当てにならず、途方に暮れる三人を尻目に更に巨大化する定春。そして野次馬から投げられる石が、神楽を傷つけるのを見た定春は…。

捕まったエリザベスの救出を、食べ物で釣って万事屋に依頼しようとする桂。その依頼を受けてしまった万事屋一行と桂は、忍びの助けを得ようと『くの一カフェ』で働くさっちゃんを訪ねる。仕事を盾に助けを拒む彼女だったが、銀時の罠にはまり店をクビになり、協力させられることになってしまい…。

星海坊主は旅立ち、神楽は江戸に残った。スナックお登勢でしんみりする仲間たちの姿を見て、イタズラ心をおこし、窓から様子を見守ろうとする神楽。しかし、そんな神楽がいない寂しさはいつの間にか別の話題へと移ってしまう。そして話はいつしか、万事屋の欠員を埋める新たなヒロイン選定へと移っていくが…。

騒ぎの原因であるハタ皇子とじいを、助けて傷つき倒れた神楽を発見した星海坊主は、ハタ皇子たちに掴みかかった。だが、神楽はそれを止め、人を護ることに力を使ったことを誇るのだった。そこへ襲いかかるえいりあん。触手に捕らわれた神楽が飲み込まれようとしたその時、口を突き破って出てきたのは銀時と定春だった…。

神楽を解雇したことを銀時から聞いた新八は、神楽が万事屋を、そして銀時をどれだけ大事に思っていたか考えろと食って掛かる。そして自分も辞めると言い放ち、万事屋を去るのだった。一方、ハタ皇子のじいが積み荷の整理を指示していた。気味の悪い積み荷に怯える整備員たちの目の前で、じいが一つの瓶を割ってしまい…。

江戸の街が映画『えいりあんVSやくざ』の話題で盛り上がっている頃、宇宙から飛来したえいりあんが江戸の街に潜り込んだ。えいりあんばすたーとして名高い星海坊主の助言で、近藤は真選組に非常線を張らせる。一方、「拙者拙者詐欺」に引っかかった神楽は、銀時を騙る電話の相手に命じられるまま、銀行へ走るが…。

桂は真選組の検問を強行突破しようとして、沖田のバズーカ砲により負傷してしまった。屋根伝いに追手から逃れようとする中、ラーメン屋『北斗心軒』の女主人、幾松に下着泥棒と間違われ撃退される。翌朝、お詫びに出されたラーメンを啜っていると幾松の義弟が店に踏み込んでくる。その幾松の様子に、桂は一計を案じて…。

「雪ではしゃぐのは子供だけ」かぶき町雪祭り。賞金につられて参加した銀時たちは、誰が見ても“ピーー”にしか見えない雪像を作り上げて…。「冬に食べるアイスもなかなかオツなもんだ」花火屋『角屋』の若旦那に呼ばれ、屋敷に出向いた銀時たち。そこで彼らは花火職人を引退した父親の世話を頼まれるのだが…。

「サンタなんていねーんだよって言い張る奴こそホントはいるって信じたいんだよ」雪が降りしきる夜。銀時は道ばたで言い争う赤い服を着たじいさんとトナカイに出会うが…。「煩悩が鐘で消えるかぁぁ己で制御しろ己で」更けてゆく大晦日の夜。ジャンプ合併号の最後の一冊に銀時が手を伸ばすと服部の手も同時に…。

お妙とおりょうは、新人の花子が身投げしようとしているのを目撃した。止めに入ったお妙は、花子をひとまず家へと連れ帰る。大阪からダンサーになるために出てきたという花子は、怪しげな団体『夢幻教』に誘われ、貯えていたお金を使い込んでしまったと言うのだ。花子の手引きで夢幻教に潜入する万事屋一行だったが…。

近藤、土方、沖田に「ヤツがついに動く」と告げる松平。一同に緊張が走る中、松平は再び告げた。「決戦だ」と。「ヤツ」が誰だか判らぬまま、近藤たちは松平への助力を誓う。そして彼らは遊園地にいた。彼らが見守る中、松平の娘、栗子に駆け寄る軽薄そうな七兵衛。そう、松平は娘に言い寄る男の抹殺を企てていたのだ…。

ネコミミアイドルTAMAの登場により、お通の人気が危ないと熱く語る寺門通親衛隊の面々。親衛隊の中にもTAMAに浮気した者がいると知り、鉄拳制裁を加える新八。だが、その一撃は偶然にも酔った松平に絡まれていた娘を助けることになった。お礼を述べるその娘は、ネコミミ。その可愛さに虜になる新八だったが…。

記憶喪失から戻ってきた銀時は、人生のリスタート記念に溜まった家賃もリセットしようとお登勢に掛け合うが、大破した万事屋を一週間以内に修復しないと追い出す、と宣告されてしまう。そんな彼らのもとに坂本からの小包が届けられた。中にはデリバリー大工と名乗るちっちゃいオッサンが二人詰められていたが…。

銀時が万事屋の解散を宣言し、江戸の町へ消えてから二週間が経った。宇宙船によって大破した万事屋で、酢昆布をむさぼる神楽。迎えに来た新八に対し神楽は、銀時が記憶を取り戻し帰ってくるまで諦めないと告げる。一方その頃、真選組の密偵としてマムシの工場に入り込んだ山崎は、そこで意外な顔を発見して…。

地面に仰向けで倒れている銀時、青空は赤く染まっていく…。銀時はその場で意識を失うと病院へと担ぎ込まれた。ジャンプを買おうとバイクを走らせていた銀時は、携帯電話片手に運転をする車に突っ込まれたのだ。病院に駆けつけた新八たちは意識を取り戻した銀時と対面するが、彼は全ての記憶を失っていた…。

新人アイドルの寺門通とアイドルグループ『反侍 (はんさむ)』リーダーのGOEMONの熱愛発覚。このニュースは新八たち親衛隊を失意のどん底へ叩き込んだ。その様子を冷ややかな目で見ていた銀時もお天気お姉さんの結野アナが結婚していたことが判り茫然。そして二人をせせら笑う神楽。そんな万事屋にお通が訪れて…。

「慌てるな! クーリングオフというものがある」星をも切り裂く妖刀『星砕』。その伝説の刀を求め、天人の岩慶丸は夜な夜な刀狩りを繰り返していたが…。「テレビとか新聞とかちゃんと見ないとダメだって」神楽の悲鳴ににわかに騒がしくなる万事屋。その元凶であるゴキブリ退治に向かう銀時と新八だったが…。

歯を磨きながら観ていた占いコーナーで不吉なことを断言され、近藤は乾いた笑いを漏らす。そこに怒鳴りながら現れ、いきなり銃を撃ち放つ松平。真選組が煉獄関に手を出したことがバレ、二人は城に呼びつけられたのだ。土方と沖田の暴走に困惑する近藤だが…。

女子プロレスの会場に来た銀時たちの前に沖田が姿を見せた。暇なら付き合ってくれ、という沖田の言葉に導かれ、スラム街の奥で銀時たちが見たものは『煉獄関』と呼ばれる地下闘技場だった。そこで、鬼の面を付けて闘う煉獄関最強の闘士である鬼道丸を指さし、彼を探れば何か出てくるだろうと告げるが…。

長谷川が働くコンビニ『大江戸マート』を一日預かることになった万事屋一行。だが、神楽と銀時の中途半端なやる気が災いして、客に迷惑かけ放題。ただ一人真面目に働く新八は、その様子に呆れ顔。そんな時、万引きをしようとしているヤンキーに新八が気付く。捕らえてみると、それは新八の幼なじみタカチンだった…。

久々に食卓へのぼったすき焼きから注意を逸らし、一切れでも多く肉にありつこうと、お互いが牽制しあう万事屋一行。激しい腹の探り合いが繰り広げられる中、銀時と新八が神楽を陥れ鍋へと襲い掛かる。が、勢い余って鍋の中身は四散。騙されたと気付いた神楽は銀時と言い争いを始める。そんな中、新たな鍋の参加者が…。

マドマーゼル西郷。かぶき町四天王の一人で、鬼神と呼ばれる女装スナックのママだ。その西郷を化け物呼ばわりしたために女装させられ、西郷の営む『かまっ娘倶楽部』で働かされることになる銀時。店へ連れて行かれるとそこには銀時同様、女装させられた桂の姿が。口では逃げ出すチャンスを伺っていると言う桂だが…。

神楽が町内会の福引で宇宙の旅を引き当てた。さっそく宇宙港に向かう万事屋一行。ところが、ペットの連れ込みは禁止と言われてしまい、定春を連れて入ることが出来ない。どうしても連れて行きたい神楽は、係員と押し問答になってしまう。そんな中、定春は出発ロビーで寝ていたサングラスの男に噛みついてしまうが…。

いつも通り万事屋へと出勤した新八は、銀時を叩き起こそうとして信じられないものを見た。銀時の部屋のふすまを開けると、そこには布団の上で絡み合う銀時とくノ一の格好をした女の姿が…! 酒を飲んで昨夜の記憶がない銀時に、さっちゃんと名乗る女は納豆をこねながら、二人が夫婦の契りを交わしたと告げるが…。