「NH物は絶対彼女に見つかるな!」アパートの家賃を払うため、オカマバーを手伝うことになった銀時たちはアゴ美から恋の悩みを打ち明けられ…。「ほぼ100%の確率でビニール傘を置き忘れてくる自分が嫌い」梅雨のせいか、仕事がこない日が続いていた万事屋。気分転換に新八は銀時や神楽と散歩に出かけて…。

ついに役人に捕らえられてしまった桂。彼を乗せた船は、悪党が最後に流れ着く難攻不落の監獄、獄門島へと向かう。そのころ島の牢屋内で、脱走を企て十五年間穴を掘り続けた男、末吉の脱出口が完成したところだった。脱走の機会を伺っていた末吉だったが、向かいの牢屋に桂が投獄されたことで彼の計画は狂い始め…。

密偵の命を受け、攘夷浪士たちのアジトに潜入を試みる山崎。彼に与えられた任務は浪士たちの動向を探り、桂ごと幹部を一網打尽に捕らえることだった。山崎は持ち前の圧倒的な地味さを生かして見事に潜入を果たす。だが、攘夷浪士になるためには桂直々の面接や、さらには筆記の採用試験をクリアしなければならず…。

下愚蔵の息子の引きこもりには衝撃の事実が隠されていた。事の顛末を知った銀時は中村に刃を向けるが組員たちの襲撃を受け行方をくらませてしまう。下愚蔵も病に倒れ、ついに魔死呂威組の襲名披露が行われようとしていた。組の幹部たちが集まり、跡目として中村が正式に認められようとする中、銀時が会場に突然乱入し…。

魔死呂威組組長の下愚蔵から仕事の依頼を受けた万事屋の面々。依頼内容とは、五年間も倉に引きこもっている息子の鬱蔵を外に連れ出すことだった。説得を試みる銀時たちだったが、鬱蔵には全く効果がない。打つ手がなくなり、組員たちからのプレッシャーで絶体絶命の銀時たちの前に組の若頭、中村京次郎が現れて…。

FC大江戸のエースストライカー、甘羅尾の引退試合が行われようとしていた。だが、スタジアムで売り子のアルバイトを始めた万事屋が、チームのメンバーに間違えて危険なドリンクを飲ませてしまったため、責任を取って急遽メンバーを集めることになる。そして銀時はいつものメンツを連れて試合に出場することに…!

今回の騒動をすべて裏から糸を引いていた人物が明らかに! 自分は踊らされていただけという真実、そして土方や近藤の思いを知って、瀕死の重傷を負いながらもようやく自分を見つめ直す伊東。なおも襲い掛かる浪士たちと真選組隊士の激しい戦いが続く中、銀時と河上万斉の死闘も決着を迎えようとしていた…!

銀時たちの呼びかけでようやく妖刀の呪いを打ち破った土方。近藤暗殺に邪魔が入ろうと、なおも牙を剥く伊東。彼らの最終決戦が幕を開ける一方で、銀時は鬼兵隊の河上万斉と対峙していた。激しく刀を交えながら、今回の騒動は真選組を壊滅させるために仕組まれたものだったと話す万斉。裏で糸を引いているのはやはり…!?

真選組の乗っ取りを目論む伊東により、隊士たちは完全に分裂。近藤は味方が沖田一人という状況に追い込まれてしまう。計画の最後の仕上げとして近藤暗殺を実行に移そうとする伊東。敵に囲まれた列車内で沖田は近藤を守るためにある決断をする。そこに銀時たちが助太刀にやってくるが、土方はいまだに呪われたままだった!

テレビでオタク100人を集めた討論番組が放送された。各々の持論でスタジオ内が白熱する中、寺門通の親衛隊隊長を務める新八と激しい議論を戦わせる一人の男がいた。その男は、妖刀の呪いでオタクと化し、真選組を追われた土方だった。真選組内では伊東の権力が急激に拡大し、隊士たちに不穏な空気が流れ始めていた…。

ぼろぼろになった愛刀を預けに鍛冶屋を訪ねた土方は、店長の忠告を無視して妖刀と呼ばれる刀を持ち帰ってしまった。その後、真選組屯所へ向かう道中に浪士の集団にからまれ、早速新しい刀で試し斬りをしようとする土方。しかし刀を手にした途端、土方は妖刀の呪いでなぜか恐ろしいほどに軟弱化してしまい…。

漫画雑誌を読みふけっていた銀時は漫画「ギンタマン」を酷評。するとそばに「ギンタマン」の担当である小西の姿が。銀時の暴言に憤慨した小西は、担当編集者としての怒りと仕事の愚痴を爆発させる。それを聞いた銀時は「ギンタマン」を面白い漫画にするため、自ら担当編集者となって漫画家に会いに行くことに…。

最新ゲーム機を手に入れるべく集結した万事屋、桂、真選組の面々。各々の暴走で行列もメチャクチャになり、万事屋チームと真選組チームのゲーム対決で入手権を争うことに。第一戦目の種目は先にヒロインと恋に落ちた方が勝利というギャルゲー対決。あらゆるギャルゲーをやりつくした達人、近藤と桂のバトルが始まった…。

最新ゲーム機の発売が間近に迫っている。秋葉原にゲーム機を目当てに多くの猛者たちが大集結。万事屋一同も仕事の依頼でゲーム機を入手しなければならないのだった。強引に行列の前に進む銀時たちだが、列を進んでいくと昨日の朝から並んでいたという桂に遭遇。さらにその先には真選組の面々までもが並んでいて…。

「昔の武勇伝は三割増で話せ 盛り上ればいいんだよ盛り上れば」キャサリンは店の一員として居座り、お登勢と万事屋一同に檄をとばしていた。そんな時、スナックお登勢に怪しげな男、クリカンが現れて…。「花屋とかケーキ屋の娘に男は弱い」風邪で寝込んだ銀時に代わり、神楽が浮気調査の依頼を引き受けて…。

広い宇宙にある一つの惑星が、壊滅の危機に瀕していた。突如現れた黒い球体に地上は占拠され、国家も軍も壊滅。生き残った人々は地下に逃げ延び、黒い球体に脅えながら暮らしていた。そんな中、最後の希望を見出し地上に立つ二人、カイとイワノフ。迫り来る球体と必死に戦うも力及ばず、絶体絶命の時、その男は現れた…。

痴漢で誤認逮捕された長谷川の前に現れたのはハツの恋人を名乗る男、破牙だった。しかも彼はやり手の検事であり、今回の痴漢事件の裁判で被害者の弁護をするという。その立場を利用し、「おとなしくハツとの離婚届に判を押せば無罪、逆らえば有罪」と持ちかける破牙。すっかり人生に絶望し、打ちひしがれる長谷川だが…。

“マダオ” (まるでダメなオッサン) こと長谷川は、ようやく決めた再就職をきっかけに別居中の妻、ハツと関係を戻そうと考える。ただ彼には気がかりなことがあった。ハツとの電話中に知らない男の声が聞こえてきたのだ。銀時に浮気調査を依頼した長谷川だが、その帰り道に不運が重なり痴漢容疑で誤認逮捕されてしまい…。

バレンタインデーがやってきた。江戸の乙女たちがチョコレートを買いまくっている。万事屋には「バレンタインなんて興味ない」と言いつつも気合満々のファッションを決めた銀時と新八の姿が。そんな時、突如巨大なチョコレートが降ってくる。そのチョコは宇宙を守る正義のヒーロー、スペースウーマンが落としたもので…。

絶対に油断や過信をせず、あらゆる作戦を練りに練り、確実にターゲットをしとめる…。自らを臆病者と称する暗殺者、人呼んで殺し屋“亀”が、ある仕事の依頼を受けた。ターゲットは幕府の警察庁長官、松平片栗虎。丹念に手入れした愛銃の引き金に指をかけ、標的を待つ“亀”。しかしそこに現れた人物は、銀時だった…。

堕落生活が原因で、でっぷりと太ってしまった神楽。ダイエットのアドバイスを受けにお妙のもとを訪ねるが、彼女もまた高級アイスの食べすぎで激太りしていた。二人を嘲笑うさっちゃんもまた。「このままではいけない」と奮起した三人は、巷で有名な断食道場に入門。そこにはお登勢とキャサリン、九兵衛の姿までも…。

“マダオ” (=まるでダメな男) こと長谷川の今度の災難は、かぶき町路上で遭った交通事故だった。同じ場所で同じように看板もちバイトをしていたエリザベスと、車に撥ねられてしまったのだ。入院先で相変わらずのドン底人生をハードボイルドに独白する長谷川も白衣の天使、内野さんの存在には夢うつつの状態だったが…。

真っ黒な暗闇の世界で銀時、神楽、新八の三人は「目覚めよ」という声に構わず眠っている。声の主は銀時の木刀、洞爺湖の仙人だった。銀時に必殺技を伝授しようとあちらの世界からやってきたらしいが、向上心のかけらもない銀時たちはまるで習う気にならない。その気になるまで元の世界に戻さないと怒る洞爺湖だが…。

九兵衛の部屋で『天人の最新技術でロリータな女の子もナイスガイに変身!』などと書かれた整形外科のチラシを見つけた東城。本来女の子である若が男になろうとしているかもしれないと心配し、銀時らに相談を持ちかけた。若に女であることを自覚させるためには男に惚れさせればいいということで一同は合コンを開催して…。

発作を起こして入院したミツバを見舞いにやってきた銀時。ミツバはこんな体だけれど幸せになって弟を安心させてあげたいと語る。そんな中、ミツバの容態が急変し、集中治療室へと搬送される。駆けつけた沖田は、医者に「相応の覚悟」をしておくように伝えられ、呆然と立ちつくすのだった…。

沖田の姉、ミツバが真選組屯所にやってきた。近々結婚するのでその報告らしい。近藤は沖田に一日休暇を与えて、姉に江戸の街を案内するよう告げる。姉の前では普段のSっぷりはすっかり影を潜め、素直な弟になってしまう沖田。ミツバは弟が毎日きちんと生活して、仲間と仲良くやっているのか、気になるらしく…。

狐火の長五郎から犯行予告状が届いた。狙いは大江戸美術館に展示されている金の油揚げ像。お奉行の威信にかけて、犯行を阻止せんと意気込む同心たち。狐を追う小銭形は謹慎中にもかかわらず万事屋一行と現場に駆けつける。厳重警備体制の中、美術館に強行侵入を試みる銀時たち。しかしその時、狐が現場に現れ大混乱に…。

ハードボイルドを好む刑事･小銭形平次。彼の日常には、ハードボイルドな出来事が起こっていく。ある夜、彼は宿命の敵である大犯罪人、狐火の長五郎を追っていた。しかし追跡の最中、万事屋一同に絡まれて犯人を取り逃してしまう。狐を逃し続けた責任を問われ、謹慎を言い渡された小銭形に対して銀時たちは…。

スナックすまいるに風邪が大流行し、ほとんどのホステスが病欠してしまう。大事な接客を明日に控えているというのに、店で元気なのはお妙ただ一人という事態に。どうにかしてホステスの人数を集めなければ…。困り果てた店長は銀時たちに「可愛い子を紹介してほしい」と相談するが、神楽以外は乗り気でない様子で…。

「ラーメンのために並ぶんじゃない。自己満足のために並ぶんだ」謎の怪獣オロチンが現れた山奥の村が報奨金をかけ、オロチン退治の勇者を募集していることを知った銀時たちは村に訪れるが…。「カワイイを連発する自分自身をカワイイと思ってんだろ お前ら」ハム子が仕事の依頼で銀時たちを再び訪ねてきて…。