「真似ばかりしていると訴えられる」万事屋の建物の上で、見たことがあるような男二人が何やらたくらんでいる様子。さまざまな来訪者に身を潜めていたが…。「なくなって初めてわかるいとおしさ」目覚まし時計でおきた銀時は、酔い覚ましに一風呂浴びることに。シャワーを浴びる中、とある異変が銀時を襲う…!

獏大魔王と対峙する銀時たち。たまの姿をしている獏大魔王に対して白血球王が手出しできない一方、銀時はお構いナシに攻撃を加えていく。銀時の軽率な行動に腹を立てた白血球王は、彼と内輪もめを始めてしまう。そんな二人を前に、獏大魔王は白血球王の父へと姿を変える。すると新八と神楽も獏大魔王に攻撃を始めて…。

たまのメインシステムに到着した銀時一行。獏大魔王の前に勢ぞろいした黒タイツたちを前に、どう戦うか策を練るが、意見が合わずに突入できないでいた。埒が明かないと判断した神楽は黒タイツの群れに突入する。その間に城を目指すが、銀時と白血球王がケンカを始め、あっという間に黒タイツに囲まれてしまう…。

たまが電脳ウイルスに感染していると判り、「一寸法師計画」によりウイルス駆除に向かう銀時たち。たまの体内で倒れている白タイツの男から王への伝言を頼まれる。たどり着いた白血球国にはRPGな店がいっぱいで、銀時たちはとりあえず軍資金稼ぎにカジノに入り教会でセーブを…とRPGな世界を満喫することに…。

早朝から良く働くたま。お登勢が休むように話をしている間も、たまは手を休めない。みんなと一緒にいられるだけで幸せだと言うたまだったが、なぜかその姿は一昔前のゲームのようなカクカクしたポリゴンになってしまっていた。銀時とお登勢が話をしていると、たまの姿はポリゴンどころかドット絵まで退化していて…。

早朝、アパートのゴミ捨て場付近で張り込みをする土方。そこへ寝ぼけている銀時がごみを捨てに来た。しつこく絡む銀時を邪魔に思った土方は現行犯逮捕するが、もみ合ううちに自分にも手錠がかかってしまう。土方は別の場所で張り込んでいた沖田を呼び、自分にかかった手錠を外して銀時を署まで連行するよう命じるが…。

冬のとある日。世間ではインフルエンザが大流行し、お妙も寝込んでしまっていた。久しぶりに二人っきりになれたこともあり、かいがいしく看病する新八。そんな中、銀時、神楽が訪ねてくる。なんと彼らも風邪をひいてしまい、面倒を見て欲しいというのだ。新八のイライラが募る中、今度は別の病人が次々と現れて…。

「松茸のお吸い物ってアレ ホンモノよりうまいよ」万事屋のニセモノが人気を博していると噂を耳にした銀時たち。万事屋の名を騙りあやしい商売でボロ儲けしていることが発覚して…。「人は死んだら生き返らない」新八の前に青い全身タイツを着たオッサンが突然現れた。彼は自分のペースで話を進めていき…。

激闘の末、リングに倒れ込む新八と土方。ライフポイントはともにゼロ。だが、立ち上がって再び戦い始める二人。命を削るかのような殴り合いに、悲痛な叫び声をあげて制止しようとするお通。しかし、もう誰も彼らを止めることはできない。二人は公式ファンクラブの座のためだけに戦っているのではないのだった…。

公式ファンクラブをめぐる戦いも、ついに最後の決着をつける時が来た。リングに上がった新八と土方が対戦するのは、お通チップスのおまけカードによるカードバトル。そして新八側はカードの存在すら知らず、慌てて売店に走る。一方、準備万端の土方はいきなり超強力カード『開幕五分前の憂鬱』を繰り出して…。

寺門通公式ファンクラブ決定戦。本戦2戦目は、チームごとにバーチャルなシチュエーションを設定し、お通を口説き落とせれば勝利となる魅力対決。先攻の通選組は夜景の美しいバーを舞台にするも、ナレーションの沖田、アシスト役の近藤やモヒカン山崎の暴走によりせっかくのムードはブチ壊し。一人焦る土方であったが…。

参加者を全て丸め込んで親衛隊チームを妨害し、予選レースを1位でゴールした通選組のトッシー。ところが知謀を巡らせて蹴落としたはずの親衛隊チームがまさかの2位でゴール。当然、替玉疑惑にツッコむ土方だが、身内にタクシーでの不正疑惑があったりでお互い目をつぶることに。そこへコースを間違えた近藤と神楽が…。

お通ちゃん公式ファンクラブの座を目指す予選ロードレース。タカチンは重症だし、先頭を走っていたはずの神楽はルートを間違えるしと、新八チームは勝利から遠ざかっていく。一計を案じた銀時がタカチンを病院に担ぎ込み、瞬時に回復＆パワーアップさせて戦線に復帰させる。果たして知将、トッシーに勝利できるのか…!?

寺門通公式ファンクラブの座を巡る熾烈な戦いが幕を開けた。妖刀により出現した土方のヘタレオタク人格、トッシーは、強固な意志によってねじ伏せられたかに見えたが、実は消滅せずに彼の中に生き続けていたのだ。覇道を極めようとするトッシー、お通ちゃんへの愛が原動力の新八。勝利は果たしてどちらの手に…!?

今日も大盛況の寺門通ライブ。だが親衛隊長、新八は怒りに打ち震えていた。親衛隊員がたったの四人しか集まっていなかったのだ。しかも隊員が無断で脱退していたという事実を知り、激昂する新八。新興のファンクラブ「通選隊」への鞍替えだというのだが、そのリーダーは妖刀の呪いでカリスマオタクとなった土方だった…!

屋台『ぐちり屋』のルールは、一人で来店して好きなだけグチる、知り合いに会っても知らぬふりをする、話は他言しない。今宵の客は甘党で気だるそうな侍、次にマヨ侍、最後にゴリさん (仮名)。しかし店の親父が彼らのいつものグチを代弁してしまい、一同は慌てふためく。そこにもう一人、見知った女性がやってきて…。

負の人生スパイラルから抜け出そうと一大決心したマダオこと長谷川。彼が銀時とやって来たのは、場外馬券売場。徹夜で対策を練ってきた長谷川と、考えるのが面倒でテキトーに張る銀時。結果はどちらも惨敗で、帰りの電車賃さえ無くしてしまう。二人は着物を質に入れ、最後の300円を握りしめて起死回生の勝負に挑む…!

九兵衛の誕生パーティーの招待を受けたお妙と新八は、プレゼントの特注ケーキを手に柳生家の屋敷に向かう。しかし会場に入ってみると、芸能界、政界、あらゆる分野の著名人が。自分たちは場違いなのではと心配になってくる二人。見ると、向こうのテーブルで銀時や桂たちがパーティーそっちのけで大騒ぎしていて…。

昼間にダラダラしていたためか、どうにも眠れず困り果てる神楽。銀時と布団を交換してみたりなどを考察してみたりするが、本人はおろか、彼女に付き合わされる銀時までも目がバッチリ冴えてきてしまう。運動&満腹が安眠を導くという銀時に従って、神楽は夜中のジョギング町内50周、そして一升飯とトライするが…。

松平が連れてきた若侍は将軍様だった。彼は庶民の暮らしを知るために、ここでの散髪を所望。緊張のあまり新八と神楽は思わず嘔吐、すると将軍様の額に未消化のナルトが貼り付いてしまう。仕方なくカミソリを当てて外そうとするが、手元が狂って髷を切り落としてしまう! なんとかごまかそうとする銀時は…。

閑古鳥が鳴く「髪結床」の留守番をすることになった万事屋一行。向かいに新しくオープンしたカリスマ美容院の様子をのぞいてみると、人だかりの中に入店拒否されている近藤の姿が。彼はこちらの髪結床に向かってくるが、銀時たちは散髪できないし何より気まずい。他人のフリをした上で、近藤を帰らせようとするが…。

万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベっていると、ナゾの眼帯の男が現れて「ある事」を命令する。男は強力な「力」を持っており、万事屋はその命令に従わざるを得なかった…。

屯所爆破のタイムリミットが迫る中、土方と沖田は一向に脱出の糸口をつかめずにいた。互いを結ぶ鎖を解く鍵は一つ。その鍵を使えば、もう片方は仕掛けられた爆弾によって吹き飛ぶ。悪魔のルールに翻弄され、疑心暗鬼に陥る二人。裏切りに走らない彼らを賞賛しながらも最後の決断を迫るべく地愚蔵はある道具を提示して…。

何者かに襲われ、拉致されてしまった土方と沖田。目を覚ますと、お互いが鎖でつながれた状態で殺風景な廃墟の一室に捕らえられていた。そして、地愚蔵と名乗るその男は、真選組の屯所に爆弾を仕掛けたこと、そして鎖を解いて脱出するには、二人のうちどちらか一人が死ぬしかないことをモニター越しから告げて…。

吉原桃源郷の激闘の少し後。鳳仙や神威といったかつてない強敵と対峙し、自分の力不足を痛感した新八と神楽は修行に励んでいた。「もっと強くなりたい!」と、その心を銀時に打ち明ける二人。しかし銀時は「修行なんてめんどくさい」と却下。そんな面々に、お妙や長谷川が修行の極意を進言するが…。

常夜の街、吉原桃源郷についに太陽が昇った。激闘の末、最期に日輪への想いを吐き出しながら朽ち果てる鳳仙。そして、戦いの一部始終を傍観していた神威の前に神楽と新八が駆けつける。再会した兄に怒りをぶつける神楽だが、神威は銀時に“宣戦布告”して去っていく…。

鳳仙を倒せる唯一の方法、それは常夜に閉ざされた吉原桃源郷に太陽を取り戻すことだった。街を覆う鉄の天井をこじ開けるため、晴太は管理室へと向かう。一方、銀時と月詠率いる百華一団は鳳仙の攻撃に必死で耐えていた。全身全霊を賭して挑んでも全く揺るがぬ“夜王”の猛攻に、銀時たちは…。

間一髪のタイミングでようやく鳳仙のもとに駆けつけた銀時。常夜の街に引き裂かれた母子の絆をつなぐために決死で刃を振るうが、“夜王”の圧倒的な力の前に為すすべなく崩れ去ってしまう。「母ちゃんと一緒に地上に帰れ…」と銀時の残した頼みを聞き、日輪を連れて吉原からの脱出を図る晴太だったが…。

激闘の最中に夜兎の本能が目覚め、阿伏兎を退けた神楽。新八の必死の呼びかけで何とか自我を取り戻し、鳳仙のもとへと向かう。一方、神威は晴太を連れて日輪が監禁されている部屋にきていた。ようやく愛しい母の所にたどり着いた晴太は「母ちゃん、一緒に帰ろう!」と叫ぶ。しかし日輪の口からは思いもよらぬ言葉が…。

鳳仙のもとへ向かう途中、神威の部下である阿伏兎と遭遇した銀時たちは、凄まじい戦闘力を持つ夜兎族の力に圧倒される。新八と神楽に促され、一人で鳳仙のもとへ向かう銀時。そして激闘の最中、兄の神威への思いと自分が戦う理由をあらためて見据える神楽だったが、新八のピンチを前に、彼女の様子が一変して…。