神楽の前に次々と現れるサンタ候補たち。自らのアイデンティティを賭けて、それぞれに勝手な主張を繰り広げる。

クリスマスのプレゼントをもらうために準備をしていた神楽。自分のところには一度もサンタがきたことがないと嘆く神楽を元気付けようと、一同はクリスマスパーティーを催すのだが、忘年会を兼ねた鍋パーティーに小さなケーキが用意されている程度。ちっとも楽しくない神楽だが、そんな彼女の前に二人のサンタが現れた!?

負の情念に取り付かれた道満は、巨大な鬼になってしまった。一千年前に結野衆と巳厘野衆が決死の思いで封じた闇天丸をその身に宿したというのだ。もはや清明の声も届かなくなってしまった闇天丸の前に、オーラに包まれた木刀を持った銀時が立ちはだかる! 一千年の時を越えて蘇った大鬼に対し、銀時はどう戦うのか!?

清明は、江戸守護の任を解かれるリスクを負いながら、式神の呪を解き、それに使っていた力を自分に集結して道満に立ち向かう。清明の圧倒的な術を前に、防御姿勢の道満。勝負あったかに見えたその時、道満は父親から繰り返し聞かされていた結野家との因縁を思い出す。そしてその身には呪印が広がっていく…!

結野アナのピンチを救うべく、道満から提案された式神タッグ呪法デスマッチを受ける清明。会場に着くなり道満に捕らえられてしまった清明の前に銀時たちが現れ、清明に加勢すると告げる。一回戦、結野衆と巳厘野衆ともに失格、引き分けとなる。その戦いぶりを見て、銀時たちの力量を認めた清明は銀時とともに次の勝負に挑む…。

結野アナは古くから伝わる陰陽師一族の一人で、占いなどという甘っちょろいものではなく、陰陽師の力を利用して天気予報をしていたというのだ。陰陽師でありながらお天気お姉さんをやっている彼女が気に入らず、天気予報の邪魔をしている者がいるらしい。陰陽師の屋敷に到着した銀時たちは結野アナの兄と対面するが…。

天気予報に反して降り出した雨に悪態をつく銀時に、女性が傘を差し出してきた。悪いからと断る銀時に傘を置いて立ち去ろうとする女性は最近天気予報を外しまくっていて、視聴者からの苦情が殺到した結果、おめざめテレビを降板中の結野アナだった。彼女はデータ等を参考にせず、占いで天気を予測していたというのだが…。

深々と雪が降り続くかぶき町。『浪士たちがターミナル武装占拠を決行せんと画策し、旅籠池酢屋に集結、談合を行っている』という情報を受け、真選組が現場に向かっていた。土方に背中を預けたと語る近藤だが、その鼻からひょろりとそよぐものが…。呼吸に合わせ小刻みに揺れ、おまけに鼻が笛のように鳴っていて…。

万事屋の居間で食事をしている銀時たち。神楽が食事当番になってからずっと卵かけご飯が続いていた。銀時から文句を言われた神楽が新八の家で毒づいていると、お妙から一緒に料理教室へ行ってみないかと誘われる。やってきた料理教室では女子たちがエプロンをつけ集合しているのだが、中にはチラホラと妙なメンバーが…!

大量の野良猫が捕えられている木天蓼星大使館。猫たちの檻を眺める溝鼠組の前に、木天蓼星の国王が姿を現す。しかし、それほどの大人物が江戸を訪問しているという情報は一切出ていない。どうやら国王はお忍びできているらしいのだ。国王の陰謀によりピンチに陥る野良猫たち。そこに助けに駆けつけたのは…。

猫になってしまった銀時たちは、ホウイチに連れられてやってきたスナックお登勢の中で、出されたエサを貪る様に食べていた。野良猫狩りの連中に捕まると、この町には二度と戻ってこられないと忠告するお登勢。どうやら町の人々をけしかけて野良猫狩りをさせている人物がいるようなのだ。

かぶき町のとある神社。かぶき町のボス猫、ホウイチを捕まえるよう町内会から依頼されていた銀時たち。新八と神楽が網を持って飛び出すが、一瞬のうちに二人の手を逃れ、悠々とその場を立ち去ろうとしている。神楽と新八は銀時に助けを求めるが、なぜか銀時の姿がこつぜんと消えてしまっていた…!

「今年できる事は今年中にやっちゃった方が区切りがいいんだけど つい来年から仕切り直しゃいーやって思って後回しにしてしまうのが年末のお約束」大江戸新聞の記者を名乗る男が老人に攘夷戦争を取材していたが…。「ラジオ体操は少年少女の社交場」ラジオ体操が皆勤の神楽は同じく皆勤の少年と仲良くなるが…。

子供たちが夏休みの自由研究を発表しあっている、ある日の寺子屋。子供らしく、よく書けた日記の発表の後、最後に順番が回ってきたのは大五郎という子。夏休み初日、寝坊してラジオ体操に遅れてしまった彼は、そこでマダオに出会い、マダオの観察日記をつけることにしたという…。

「六角事件」を改めて調べ始めた銀時たち。事件の真相を聞いた銀時たちは、沖田たちを助けるべく天堂の元へと向かう。その頃、沖田は霧江を利用した手口によって、天堂蒼達に捕らえられてしまっていた。創界党を壊滅させた沖田に復讐するためによみがえったのだと饒舌に話す天堂は、霧江の父親についても語り始めて…。

ケーキ屋で商品を物色する沖田。店の外に出たところで、一人の少女に正面から刺されてしまう!! 沖田を父の仇と呼び、そのような凶行に及んだ理由は、「六角事件」という事件に関係しているらしい。事件と沖田、そして彼女の父親との関係は? そして何より、冒頭からいきなり刺されてしまった沖田の運命は!?

「故郷とおっぱいは遠くにありて思うもの」マヨネーズに入っているチケットを手に入れれば、マヨネーズ工場へ招待してくれると知った土方は…。「蜂に刺されたら小便かけろってアレは迷信です バイ菌が入るから気をつけようね!!」ハチの巣駆除を受けた万事屋一行。だが、それは人の身長を超えるほどの巣で…。

避難している新八たちだが、この内部でも争いが勃発した。そんな中、銀時たち男性陣がお妙、九兵衛、月詠、さっちゃんによって襲撃されてしまう! お妙側が有利と見るや、神楽はあっという間に万事屋からお妙たちの陣営に寝返ってしまう。争いは順位をめぐるものではなく、男性キャラVS女性キャラに変化していく!

人気投票の結果に不満を抱くキャラたちは、次々に上位キャラたちを襲い始める。下位キャラたちに囲まれた新八は、何とか逃げようと屋根の上を走っていくが、足元が崩れて落下してしまう。逃げ切れない! と思った矢先、何者かに手を取って引っ張り上げられ、キャサリンたち下位キャラの襲撃から新八は逃げ延びるが…。

銀魂放送182回を記念して、キャラクター人気投票大発表! 前回と全く変わらず8位だった新八は、喫茶店で一人落ち込んでいた。そこに9位の山崎も現れる。彼は語る。「地味キャラは踏み台No.1になればいい。8位、9位は自分たちにとって、1位と同様ではないだろうか」と。実際は、山崎も諦めきれずにいて…。

吉原の町は復興してきたというのに部屋でふさぎこんでいる月詠をリフレッシュさせてほしいと日輪が銀時に頼んできた。彼女は部屋で寝ているという芝居を打っていただけで、実は外へ抜け出してパトロールを行っていたのだという。働きながらでもいいからリフレッシュさせようということで、一同は作戦を考えるのだが…。

地雷亜に一撃を与えた銀時は、地雷亜の拘束から月詠を解き放つことに成功。一人で背負い込もうとする月詠を、自分を捨てて綺麗に死んでいくことより、小汚くても自分らしく生きていくことのほうが上等だと銀時はたしなめる。そして、師と名乗っておきながら、弟子を裏切った地雷亜に対して怒りをあらわにするのだった…。

月詠はかつての師匠、地雷亜の手にかかり囚われの身となってしまう。一方、かろうじて全蔵に助け出された銀時は、かつての地雷亜についての話を聞く。今、地雷亜の「忠誠」は自らが育て上げた月詠に向いている。そして、彼女が依って立つものすべてを無くそうと、すなわち吉原を炎に包み、燃やし尽くそうとしていた!

首に蜘蛛の刺青が入った男の手がかりを得ようと、銀時と月詠は紅蜘蛛党に潜入する。だが敵に気づかれ、あっという間に取り囲まれてしまう。何とか応戦する二人だったが、いつの間にか現れた「蜘蛛の刺青」の男が銀時の背後に迫る! 月詠を知っているかのような口ぶりのその男は、いったい誰なのか!?

日輪からの呼び出しで吉原にやってきた銀時たち。さまざまな犯罪が増え、とりわけ吉原で今一番問題視されているのが、非合法薬物の売買。その取引一切を仕切っている男を捕まえて欲しいというのが今回の依頼。名前も肩書きも顔もいくつも持っているというその男は、首にある蜘蛛の刺青が唯一の手がかりだというが…。

四年目もいよいよ折り返し地点!! 万事屋の三人がいつものようにしょーもないことをダラダラとダベるかと思いきや、重大な発表がなされる。

右頬をぷっくり腫らしたマヌケ面の銀時。歯医者の待合室で、虫歯の治療を待ちながら、プレッシャーに耐え切れずに「早く俺を殺してくれェェェ!!」と叫んだりするほどに緊張している様子。看護師のオバサンに注意されながら順番を待つ銀時だったが、さらに頬を腫らした男がやってきて、事態はさらにややこしいことに…!

「海に向かってバカヤローとか言う人ってまだいるのだろうか」借金返済のため、マグロ漁船に駆り出される万事屋一行。そこにはどこかで見たことのあるオッサンたちが…。「人は閉じ込められると自分の中の扉が開く」大企業の社長からの依頼で大金を手に入れた銀時たちは、焼肉を食べに行こうと浮かれていたが…。

「大事なのは見た目ではなく中身」桂の横にいるのがエリザベスとは似てもにつかぬ物体だった。新八と神楽もエリザベスが変わってしまったというか全くの別物になっていることに気づき…。「見た目より中身といっても限度がある」朝、なぜか押入れで目覚めた銀時。違和感を覚えながらトイレに行き寝室に戻ると…。

土方たちの下に、人斬り古兵衛と呼ばれる人物が厳重な警備とともに護送されてきた。彼は過激攘夷派である暁党の幹部で、凶悪な殺人鬼でもあるらしい。真選組に与えられた任務は、そんな彼から暁党が計画しているという大規模なテロの詳しい情報を聞き出すというもの。果たして無事に供述を引き出すことができるのか…!?