小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ･曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ・曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…。

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…。

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…

コナンたちとデパートに来た元太が2人組に連れ去られる事件が起きる。2人組はワンボックスカーに乗って逃走。コナン、光彦、歩美は交通課の由美と苗子を見つけ、ミニパトで追跡してほしいと頼む。コナンは元太が持っているDBバッジを通して車内の2人組の会話を聞く。光彦はその会話から2人組が宝石泥棒だと推理する。

コナンたちとデパートに来た元太が2人組に連れ去られる事件が起きる。2人組はワンボックスカーに乗って逃走。コナン、光彦、歩美は交通課の由美と苗子を見つけ、ミニパトで追跡してほしいと頼む。コナンは元太が持っているDBバッジを通して車内の2人組の会話を聞く。光彦はその会話から2人組が宝石泥棒だと推理する。

平次が出場する全国高等学校春季剣道大会の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される。佐藤刑事は容疑者3人の持ち物を調べるが、凶器のカッターナイフは見つからなかった。平次は容疑者の所持品、現場にいた盲目の老人、克成の新たな証言、犯人が着ていた剣道着などから3人の中の誰が犯人かを見破って…。

平次が出場する全国高等学校春季剣道大会の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される。佐藤刑事は容疑者3人の持ち物を調べるが、凶器のカッターナイフは見つからなかった。平次は容疑者の所持品、現場にいた盲目の老人、克成の新たな証言、犯人が着ていた剣道着などから3人の中の誰が犯人かを見破って…。

全国高等学校春季剣道大会が東都体育館で開催され、平次は準決勝まで勝ち進む。準決勝、決勝前の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される事件が発生。トイレにいた稔司、恒之、朱音が容疑者として浮上する。大会は中止になりそうだったが、平次は優勝して和葉に伝えたい事があると大慌てになって…。

全国高等学校春季剣道大会が東都体育館で開催され、平次は準決勝まで勝ち進む。準決勝、決勝前の昼食休憩中に審判員の抜谷が喉元を斬られて殺害される事件が発生。トイレにいた稔司、恒之、朱音が容疑者として浮上する。大会は中止になりそうだったが、平次は優勝して和葉に伝えたい事があると大慌てになって…。

児童公園で星を観測していた園子は双眼鏡を町に向け、何者かが花壇の陰から遺体の腕を持ち上げる様子を目撃する。園子はコナン、蘭と現場を見に行く。花壇は佐々木スタジオ前にあり、園子たちはスタジオ所長の博人、アシスタントの利香に事情を説明。園子たちは屋上に同じ花壇がある隣りの吉村ビルも調べる事に。

児童公園で星を観測していた園子は双眼鏡を町に向け、何者かが花壇の陰から遺体の腕を持ち上げる様子を目撃する。園子はコナン、蘭と現場を見に行く。花壇は佐々木スタジオ前にあり、園子たちはスタジオ所長の博人、アシスタントの利香に事情を説明。園子たちは屋上に同じ花壇がある隣りの吉村ビルも調べる事に。

覆面姿の2人組が宝石店から3億円相当の宝石を奪う事件が発生。強盗犯の鷹取はコナンを人質にとって逃走する。鷹取を裏切った共犯の内海は廃工場で絶命していた。鷹取はコナンが邪魔になると、走っている車からコナンを蹴り落とす。コナンは病院を抜け出し、黒幕に報復しようとしている鷹取の行方を追う。

覆面姿の2人組が宝石店から3億円相当の宝石を奪う事件が発生。強盗犯の鷹取はコナンを人質にとって逃走する。鷹取を裏切った共犯の内海は廃工場で絶命していた。鷹取はコナンが邪魔になると、走っている車からコナンを蹴り落とす。コナンは病院を抜け出し、黒幕に報復しようとしている鷹取の行方を追う。

目暮警部たちは倉庫にいた強盗犯の鷹取の身柄を確保する。昨夜、覆面姿の2人組が米花町の宝石店から3億円相当の宝石を奪ったのだ。眠りの小五郎が推理を始めると、鷹取は拳銃を発砲。眠りの小五郎の推理が初めて強制的に中断されてしまう。鷹取はコナンを人質にとって車で逃走する。

目暮警部たちは倉庫にいた強盗犯の鷹取の身柄を確保する。昨夜、覆面姿の2人組が米花町の宝石店から3億円相当の宝石を奪ったのだ。眠りの小五郎が推理を始めると、鷹取は拳銃を発砲。眠りの小五郎の推理が初めて強制的に中断されてしまう。鷹取はコナンを人質にとって車で逃走する。

洋画家の北園が自宅で殺害される事件が起きる。この日、弟子2人が屋敷に訪ねてくる事になっていて、第1発見者は弟子の東尾だった。もう1人の弟子の西山は奥穂湖で絵を描いていて、遅れて屋敷に現れる。目暮警部たちは東尾、西山と北園の妻の絹子、家政婦のシズの犯行時刻のアリバイを調べる事に。

洋画家の北園が自宅で殺害される事件が起きる。この日、弟子2人が屋敷に訪ねてくる事になっていて、第1発見者は弟子の東尾だった。もう1人の弟子の西山は奥穂湖で絵を描いていて、遅れて屋敷に現れる。目暮警部たちは東尾、西山と北園の妻の絹子、家政婦のシズの犯行時刻のアリバイを調べる事に。

目暮警部は国文学者、霊岸が四葉台の自宅で刺殺された事件解決のために力を貸してほしいと小五郎に頼む。起訴目前に逮捕された霊岸の甥の舞浜は霊岸が殺害された頃、笹五町で強盗に入っていたと供述。笹五町から四葉台までは車で1時間近くかかり、舞浜に霊岸を殺害する事は不可能だった。

目暮警部は国文学者、霊岸が四葉台の自宅で刺殺された事件解決のために力を貸してほしいと小五郎に頼む。起訴目前に逮捕された霊岸の甥の舞浜は霊岸が殺害された頃、笹五町で強盗に入っていたと供述。笹五町から四葉台までは車で1時間近くかかり、舞浜に霊岸を殺害する事は不可能だった。

燃えるテントから白網大バスケ部の漆原の遺体が発見される。コナンはテント内を見て、溶けたロウソクの中に竹ヒゴが1本混ざっている事に注目。コナンは何かの仕掛けと推理し、仲間の美鳥、芦沢、段野の中に犯人がいると睨む。弓長警部は漆原のテントに行った3人から話を聞き、最後にテントに行った段野の犯行を疑う。

燃えるテントから白網大バスケ部の漆原の遺体が発見される。コナンはテント内を見て、溶けたロウソクの中に竹ヒゴが1本混ざっている事に注目。コナンは何かの仕掛けと推理し、仲間の美鳥、芦沢、段野の中に犯人がいると睨む。弓長警部は漆原のテントに行った3人から話を聞き、最後にテントに行った段野の犯行を疑う。

コナンたちはクラス副担任の若狭とキャンプ場に来て、白網大学バスケ部の芦沢、漆原、段野、美鳥と知り合う。この後、漆原は段野、芦沢と揉めて険悪な雰囲気になる。不貞腐れた漆原は酒を飲んで寝ると言って自分のテントに入っていく。そして、元太が漆原のテントが燃えている事に気付いて…。

コナンたちはクラス副担任の若狭とキャンプ場に来て、白網大学バスケ部の芦沢、漆原、段野、美鳥と知り合う。この後、漆原は段野、芦沢と揉めて険悪な雰囲気になる。不貞腐れた漆原は酒を飲んで寝ると言って自分のテントに入っていく。そして、元太が漆原のテントが燃えている事に気付いて…。

小五郎、コナン、蘭は川を渡るように座敷が設けられた川床料理店に来て、帝都大学の樹璃、麻里亜、夕子と知り合う。写真部の仲間という3人は出版社主催のフォトコンテストに参加するため、色々な写真を撮影していた。この後、川に沈んだ夕子の遺体が発見される。目暮警部は撮影の時に誤って転落した事故死と推理するが…。

小五郎、コナン、蘭は川を渡るように座敷が設けられた川床料理店に来て、帝都大学の樹璃、麻里亜、夕子と知り合う。写真部の仲間という3人は出版社主催のフォトコンテストに参加するため、色々な写真を撮影していた。この後、川に沈んだ夕子の遺体が発見される。目暮警部は撮影の時に誤って転落した事故死と推理するが…。

小五郎は東京スピリッツVSガンバ大阪の始球式を務める事になり、コナンたちを連れて東都スタジアムにやってくる。だが、小五郎は体調を崩して始球式で観客に笑われる事に。始球式後、医師に下痢と診断された小五郎。コナンは小五郎が飲んだ公式スポーツ飲料が下痢の原因と考える。

小五郎は東京スピリッツVSガンバ大阪の始球式を務める事になり、コナンたちを連れて東都スタジアムにやってくる。だが、小五郎は体調を崩して始球式で観客に笑われる事に。始球式後、医師に下痢と診断された小五郎。コナンは小五郎が飲んだ公式スポーツ飲料が下痢の原因と考える。

キュー次郎の遺体が見つかった後、鳩笛荘の密室状態の客室で絶命したオー太郎も発見される。オー太郎は7年前に強盗殺人事件を起こしたビューンのお面を被った2人組の犯人の1人と判明。支配人、友里朝子の娘の未央奈は7年前の事件の目撃者だった事も明らかに。コナンはオー太郎の客室を調べて事件の真相に近づいて…。

キュー次郎の遺体が見つかった後、鳩笛荘の密室状態の客室で絶命したオー太郎も発見される。オー太郎は7年前に強盗殺人事件を起こしたビューンのお面を被った2人組の犯人の1人と判明。支配人、友里朝子の娘の未央奈は7年前の事件の目撃者だった事も明らかに。コナンはオー太郎の客室を調べて事件の真相に近づいて…。

小五郎、コナン、蘭はペンション鳩笛荘にやってくる。鳩笛荘にはタレントのオー太郎、ウェブデザイナーの井出、文具メーカーOLの藤吉、タウン誌ライターの城ヶ根も宿泊する。そんな折、オー太郎の元相方、キュー次郎の遺体が発見される。キュー次郎は7年前に放送していた特撮番組ビューンのカードを所持していた。

小五郎、コナン、蘭はペンション鳩笛荘にやってくる。鳩笛荘にはタレントのオー太郎、ウェブデザイナーの井出、文具メーカーOLの藤吉、タウン誌ライターの城ヶ根も宿泊する。そんな折、オー太郎の元相方、キュー次郎の遺体が発見される。キュー次郎は7年前に放送していた特撮番組ビューンのカードを所持していた。

コナンたちは絶命した不動産会社社長の河合信蔵と元従業員の柴田健介を発見する。現場は信蔵の自宅だった。会社のお金を着服してクビになった柴田。信蔵はお金を返せばクビはなかった事にすると柴田に約束。だが、信蔵は再び雇うつもりはなかったという。目暮警部は2人が言い争って相討ちになったと判断するが…。

コナンたちは絶命した不動産会社社長の河合信蔵と元従業員の柴田健介を発見する。現場は信蔵の自宅だった。会社のお金を着服してクビになった柴田。信蔵はお金を返せばクビはなかった事にすると柴田に約束。だが、信蔵は再び雇うつもりはなかったという。目暮警部は2人が言い争って相討ちになったと判断するが…。

コナンたちはレストランで日売スポーツ記者の橋爪と同僚の加賀爪が言い争う現場に遭遇。2人は仲が悪いのに何から何までソックリだった。夜、川原で加賀爪の遺体が発見される。死因はタンブラーのコーヒーに混入された青酸化合物による中毒死。タンブラーから指紋が検出された橋爪は重要参考人として取り調べを受ける。

コナンたちはレストランで日売スポーツ記者の橋爪と同僚の加賀爪が言い争う現場に遭遇。2人は仲が悪いのに何から何までソックリだった。夜、川原で加賀爪の遺体が発見される。死因はタンブラーのコーヒーに混入された青酸化合物による中毒死。タンブラーから指紋が検出された橋爪は重要参考人として取り調べを受ける。

恨みを持つ男3人に拉致された妃英理。小五郎、蘭、コナンは英理がいる場所を探すため、事務所から1キロ先の東都タワーが見える増上寺にやってくる。コナンはスマホと鐘の音を利用し、英理がいる場所を分禄町と須単町に絞り込む。英理は自分のメッセージが男たちに筒抜けと知り、暗号のようなメッセージを蘭に送る。

恨みを持つ男3人に拉致された妃英理。小五郎、蘭、コナンは英理がいる場所を探すため、事務所から1キロ先の東都タワーが見える増上寺にやってくる。コナンはスマホと鐘の音を利用し、英理がいる場所を分禄町と須単町に絞り込む。英理は自分のメッセージが男たちに筒抜けと知り、暗号のようなメッセージを蘭に送る。