米花恐竜館にやってきたコナンたちは恐竜ショーを楽しむ。ショーが終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームでは、巨大な恐竜の化石像の下敷きになって館長の志田が絶命していた。化石像のワイヤーは何者かに切られていたと判明。容疑者はショーの司会者の内藤、事務員の結愛、学芸員の朽木に絞られる。

米花恐竜館にやってきたコナンたちは恐竜ショーを楽しむ。ショーが終わった直後、突然大きな音が鳴り響く。第二展示ルームでは、巨大な恐竜の化石像の下敷きになって館長の志田が絶命していた。化石像のワイヤーは何者かに切られていたと判明。容疑者はショーの司会者の内藤、事務員の結愛、学芸員の朽木に絞られる。

梅木と共に由利の遺体を発見した水沢は原因不明の火事によって命を落とし、巻き込まれた小五郎も病院に搬送される。コナンは火事の現場の状況から犯人が仕掛けたトリックを見破る。コナンはドラマ「私が殺しました」のラストの映像を見た後、ロケ現場を訪れ、40年前にボルジアの涙が消えた事件の真相にも辿り着く。

梅木と共に由利の遺体を発見した水沢は原因不明の火事によって命を落とし、巻き込まれた小五郎も病院に搬送される。コナンは火事の現場の状況から犯人が仕掛けたトリックを見破る。コナンはドラマ「私が殺しました」のラストの映像を見た後、ロケ現場を訪れ、40年前にボルジアの涙が消えた事件の真相にも辿り着く。

ダム湖で車に乗った由利の遺体が40年ぶりに発見される。40年前に消えた呪いの宝石、ボルジアの涙。当時は由利が持ち逃げしたと噂されたが、車内から宝石は発見されなかった。コナンと蘭は祖母の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前に制作されたドラマ「私が殺しました」の関係者たちから話を聞くが…。

ダム湖で車に乗った由利の遺体が40年ぶりに発見される。40年前に消えた呪いの宝石、ボルジアの涙。当時は由利が持ち逃げしたと噂されたが、車内から宝石は発見されなかった。コナンと蘭は祖母の無実を証明したいという孫の菫に協力し、40年前に制作されたドラマ「私が殺しました」の関係者たちから話を聞くが…。

コナンたちは爆弾騒動を起こした犯人を捜す。翌朝、大坪の遺体が発見され、光彦は神楽が犯人と気付かれ、口封じのために殺害したと推理。コナンたちは神楽に直撃するが決定的な証拠は掴めない。そして、コナンたちが調査を進めていくと、仲良し3人組の神楽、河内山、遥が三角関係かもしれないという疑惑が浮上して…。

コナンたちは爆弾騒動を起こした犯人を捜す。翌朝、大坪の遺体が発見され、光彦は神楽が犯人と気付かれ、口封じのために殺害したと推理。コナンたちは神楽に直撃するが決定的な証拠は掴めない。そして、コナンたちが調査を進めていくと、仲良し3人組の神楽、河内山、遥が三角関係かもしれないという疑惑が浮上して…。

銀行に爆弾を仕掛けたというウソの電話があり、銀行前を通りかかった元太や大坪と神楽は騒ぎに巻き込まれてケガをする。半月前にも不発弾の爆発に巻き込まれた神楽。友人の河内山は運の悪い神楽をネタにした写真をSNSにアップして、たくさんの“いいね”を稼いでいた。コナンたちは誰が電話をしたのか調査を開始するが…。

銀行に爆弾を仕掛けたというウソの電話があり、銀行前を通りかかった元太や大坪と神楽は騒ぎに巻き込まれてケガをする。半月前にも不発弾の爆発に巻き込まれた神楽。友人の河内山は運の悪い神楽をネタにした写真をSNSにアップして、たくさんの“いいね”を稼いでいた。コナンたちは誰が電話をしたのか調査を開始するが…

小五郎は豊子という女性ファンに招待され、コナンを連れて豊子が営むもんじゃ焼きの店を訪れる。もんじゃを食べている時、豊子はもんじゃを喉に詰まらせ、苦しみながらキャベツの芯を吐き出す。豊子は何者かが命を奪おうとして芯を入れたと怯える。豊子が犯人と疑っているのは幼馴染みの英子、京子、友子だった。

小五郎は豊子という女性ファンに招待され、コナンを連れて豊子が営むもんじゃ焼きの店を訪れる。もんじゃを食べている時、豊子はもんじゃを喉に詰まらせ、苦しみながらキャベツの芯を吐き出す。豊子は何者かが命を奪おうとして芯を入れたと怯える。豊子が犯人と疑っているのは幼馴染みの英子、京子、友子だった。

灰原、元太、歩美、光彦は東尾マリアを見つけ出すため、マリアの祖母の自宅を訪ね、宝物探しのヒントが書かれたメモの解読に挑む。その頃、工藤優作と工藤有希子は新一の騒動を収束させるために動き始める。この後、優作と有希子はコナンに会いに行き、黒ずくめの組織のボスの正体がわかったと伝えて…。

灰原、元太、歩美、光彦は東尾マリアを見つけ出すため、マリアの祖母の自宅を訪ね、宝物探しのヒントが書かれたメモの解読に挑む。その頃、工藤優作と工藤有希子は新一の騒動を収束させるために動き始める。この後、優作と有希子はコナンに会いに行き、黒ずくめの組織のボスの正体がわかったと伝えて…。

工藤邸の前にたくさんの報道陣が集まる。新一が紅の修羅天狗殺人事件を解決したと話題になっているのだ。コナンは騒動が鎮まるまで阿笠の自宅に身を潜める事に。放課後、灰原、元太、歩美、光彦は担任の小林に頼まれ、学校を休んだ東尾マリアの自宅を訪ねる。マリアは他界した祖母が遺した宝物を探している可能性が高く…。

工藤邸の前にたくさんの報道陣が集まる。新一が紅の修羅天狗殺人事件を解決したと話題になっているのだ。コナンは騒動が鎮まるまで阿笠の自宅に身を潜める事に。放課後、灰原、元太、歩美、光彦は担任の小林に頼まれ、学校を休んだ東尾マリアの自宅を訪ねる。マリアは他界した祖母が遺した宝物を探している可能性が高く…。

成瀬は恋人の果帆が突然姿を消してしまったと小五郎に捜索を依頼する。この後、橋の上で果帆のスニーカー、写真入りマイナンバーカードが発見され、小五郎は川に飛び降りて自殺したと推理する。コナンは果帆の自殺と3ヵ月前に公園の階段から転落死した女子大生の事故の接点を探るが…。

成瀬は恋人の果帆が突然姿を消してしまったと小五郎に捜索を依頼する。この後、橋の上で果帆のスニーカー、写真入りマイナンバーカードが発見され、小五郎は川に飛び降りて自殺したと推理する。コナンは果帆の自殺と3ヵ月前に公園の階段から転落死した女子大生の事故の接点を探るが…。

コナンたちは化石発掘を体験するため、群馬のロッジ化石館にやってくる。そこにジャーナリストの宮下海果が現れる。海果はこの村で珍しい化石、月のおさがりが発掘されたと知って取材に来たのだ。この後、海果に何か話そうとしていた化石館オーナーの大神がトイレで遺体となって発見されて…。

コナンたちは化石発掘を体験するため、群馬のロッジ化石館にやってくる。そこにジャーナリストの宮下海果が現れる。海果はこの村で珍しい化石、月のおさがりが発掘されたと知って取材に来たのだ。この後、海果に何か話そうとしていた化石館オーナーの大神がトイレで遺体となって発見されて…

カガミスタジオのドーム棟で後頭部を強打された羽生。それはまるで巨人タロスに打ちのめされたようだった。元太が通用口に置いた彫刻は動かされた形跡がなく、犯人はまだ中にいる可能性が高かった。コナンはドームの電源を操作するリモコンが事件を解くカギと睨む。この後、コナンはドームの天井の異変に気付いて…。

カガミスタジオのドーム棟で後頭部を強打された羽生。それはまるで巨人タロスに打ちのめされたようだった。元太が通用口に置いた彫刻は動かされた形跡がなく、犯人はまだ中にいる可能性が高かった。コナンはドームの電源を操作するリモコンが事件を解くカギと睨む。この後、コナンはドームの天井の異変に気付いて…。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士、蘭と共に大型フィギュアを制作するカガミスタジオにやってくる。社長の加賀見の娘で秘書のしのぶがスタジオ内を案内する。このスタジオは経営が苦しく、身売り先を探している状況だった。そして、コナンたちが帰ろうとした時に事件が起きて…。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士、蘭と共に大型フィギュアを制作するカガミスタジオにやってくる。社長の加賀見の娘で秘書のしのぶがスタジオ内を案内する。このスタジオは経営が苦しく、身売り先を探している状況だった。そして、コナンたちが帰ろうとした時に事件が起きて…。

光彦、元太、歩美は米花町ファーマーズマーケットにやってくる。コナンは急用ができて不参加だった。光彦たちは門倉、山脇、佳織の会話を偶然聞いてしまう。佳織たちは「派手にドカーンといきましょう」と話していて、光彦たちは目暮警部を狙って爆弾を仕掛けるつもりだと推理。目暮はこのイベントで講演する予定だった。

光彦、元太、歩美は米花町ファーマーズマーケットにやってくる。コナンは急用ができて不参加だった。光彦たちは門倉、山脇、佳織の会話を偶然聞いてしまう。佳織たちは「派手にドカーンといきましょう」と話していて、光彦たちは目暮警部を狙って爆弾を仕掛けるつもりだと推理。目暮はこのイベントで講演する予定だった。

古い洋館で絞殺された占い師、バーバラ貞子の遺体が発見される。そして、貞子の占いのせいで悲惨な目に遭った元土木作業員の金輪芯介、OLの遠藤深美、元ラーメン店主の漣諒一が容疑者として浮上。3人の共犯と思わせる証拠が次々と見つかるが、コナンはそれらの証拠が都合よく発見された事に違和感を抱いて…。

古い洋館で絞殺された占い師、バーバラ貞子の遺体が発見される。そして、貞子の占いのせいで悲惨な目に遭った元土木作業員の金輪芯介、OLの遠藤深美、元ラーメン店主の漣諒一が容疑者として浮上。3人の共犯と思わせる証拠が次々と見つかるが、コナンはそれらの証拠が都合よく発見された事に違和感を抱いて…。

人気競走馬ホワイトスピリッツが誘拐され、馬主の徳吉が用意した身代金1億円もいつの間にか犯人に奪われる。翌日、血が付着したたてがみが絡みつくホワイトスピリッツのホースラグが見つかり、目暮警部はこの馬がすでに殺害されている可能性もあると考える。コナンはすでに誰が犯人かに気付いていて…。

人気競走馬ホワイトスピリッツが誘拐され、馬主の徳吉が用意した身代金1億円もいつの間にか犯人に奪われる。翌日、血が付着したたてがみが絡みつくホワイトスピリッツのホースラグが見つかり、目暮警部はこの馬がすでに殺害されている可能性もあると考える。コナンはすでに誰が犯人かに気付いていて…。

小五郎は3人の依頼人から別々に同じ事を依頼される。それは競走馬のホワイトスピリッツを守ってくれという内容だった。この後、小五郎はこの馬の馬主で会社社長の徳吉に会って事情を説明。話を聞いた徳吉も同じ事を小五郎に依頼する。翌日、ホワイトスピリッツはレース出走のため、馬運車で競馬場に移送されるが…。

小五郎は3人の依頼人から別々に同じ事を依頼される。それは競走馬のホワイトスピリッツを守ってくれという内容だった。この後、小五郎はこの馬の馬主で会社社長の徳吉に会って事情を説明。話を聞いた徳吉も同じ事を小五郎に依頼する。翌日、ホワイトスピリッツはレース出走のため、馬運車で競馬場に移送されるが…。

小五郎たちは小倉にやってくる。小五郎の先輩で会社の社長を務める深町は転倒事故を起こして意識不明だった。小五郎は専務の桐山に頼まれ、会社に落書きした犯人を調査する。そんな中、蘭は落書き犯と疑われる深町の息子の虎彦と出会う。虎彦は自分が犯人ではないと断言。虎彦は深町を突き飛ばした犯人を独自に捜していた。

小五郎たちは小倉にやってくる。小五郎の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こして意識不明だった。小五郎は専務の桐山に頼まれ、会社に落書きした犯人を調査する。そんな中、蘭は落書き犯と疑われる深町の息子の虎彦と出会う。虎彦は自分が犯人ではないと断言。虎彦は深町を突き飛ばした犯人を独自に捜していた。

小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

小五郎はコナン、蘭と福岡の小倉にやってくる。小五郎の警視庁時代の先輩である会社社長、深町は転倒事故を起こし、意識不明で入院していた。専務の桐山は会社に落書きした犯人を捕まえてほしいと小五郎に依頼。落書き犯の捜査を進める小五郎だったが、桐山が深町を突き飛ばした可能性が浮上して…。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

多津子、立花、美千代から恨まれている可能性のある紗希がマンションから落ちて絶命する。コナンはこの墜落死は自殺ではなく、他殺だと確信。コナンは紗希が何か目撃した事で3人の誰かを強請り、口封じに殺害されたと推理する。コナンは3人の事を高木刑事に伝え、高木はアリバイがある多津子以外の2人から話を聞く。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

歩美はひょんな事から紗希と仲良くなる。コナンたちは紗希を忌々しそうに見ている多津子、立花、美千代の存在を知る。そして、紗希のアパートの窓からは3人が住むマンションが見える事が判明。多津子の部屋は死角だったが、コナンたちはいつも窓辺にいる紗希が立花、美千代の部屋の秘密を目撃した可能性があると考える。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

新一は蘭たちと修学旅行で京都を訪れ、映画「紅の修羅天狗」の関係者が次々に殺害される怪事件に巻き込まれる。世良は井隼が殺害された時の状況を聞き、景子、阿賀田、馬山の誰でも殺害する事は可能だったと考える。この後、新一たちは暗号が京都の地名を表しているという紅葉の言葉をヒントに暗号の解読方法に近づく。

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

灰原から解毒薬をもらったコナンは一時的に工藤新一の姿に戻り、蘭たちと一緒に京都へ修学旅行にやってくる。新一は清水寺で出会った母、有希子の友人である女優の鞍知景子から暗号を解読してほしいと依頼される。夜、新一たちが景子の部屋を訪ねると、そこには映画「紅の修羅天狗」の関係者たちが集まっていた。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…。

灰原は大好きな比護選手のぬいぐるみストラップを電車の中で紛失する。息子のストラップと勘違いして拾った男性は潮干狩りに向かった可能性が高く、コナン、歩美、元太、光彦、安室は立ち直れない灰原の代わりに海水浴場までこの親子を探しに行く。安室の協力もあり、親子を海の家に呼び出して会う事に成功するが…

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

ビッグ大阪VSスピリッツ東京の試合を観戦後、コナン、歩美、元太、光彦、灰原は阿笠博士の自宅に戻る。この時、灰原は購入したばかりの比護選手のぬいぐるみストラップが無くなっている事に気付く。コナンたちはショックから立ち直れない灰原の代わりにストラップを見つけ出しに行くが…。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

コナン、蘭、園子は山地にあるみかん園までみかん狩りにやってくる。収穫後、コナンたちはみかん園経営者の寺内哲二の妻、信子にみかんを使った料理をご馳走になる。夕方、コナンたちは山頂まで沈む夕日を観に行く。この時、コナンたちを迎えに来た哲二が農業用モノレールから落下して絶命する。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

光彦、元太、歩美、灰原は建設工事現場で強請りの常習犯、雲母の遺体を発見する。その頃、コナンは小五郎と温泉に来ていて、光彦から連絡を受けて事件の事を知る。高木刑事たちは雲母が強請っていた男性10人、女性1人の中に犯人がいると考える。だが、その11人にはアリバイがあり、捜査は行き詰まる。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ･曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

コナン、光彦、元太、歩美、灰原は公園でニセ1万円札とスマホを発見する。コナンが目暮警部に通報している間に灰原、光彦、元太、歩美はスマホとニセ札の回収に来たニセ札犯のベラ・曳舟を尾行する。だが、灰原たちはベラに気付かれて捕まってしまう。灰原は同じコンテナに監禁された辰巳から話を聞くが…。

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

小五郎、コナン、蘭が乗るレンタカーはガス欠になり、大学生の佐伯が運転するワゴン車でスーパーまで牽引してもらう。佐伯とゼミ仲間の春香、駒田は後部座席で酔っ払って寝ている教授の後藤を残して買い物に行く。この後、佐伯たちは車で絶命した後藤を発見。目暮警部は事故と判断するが、コナンは何かが引っかかって…。

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…。

蘭、園子、世良がカフェで京都旅行を計画していると、更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される事件が発生。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には殺害する動機があったが、花瓶を振り回し、ロッカーの南京錠を破壊する程の怪力はいなかった。世良は怪力じゃなくても犯行が可能なトリックを見破るが…

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…。

コナンと小五郎が妙にウキウキしている蘭の跡をつけると、蘭はカフェで園子、世良と合流。蘭たちは女子だけで京都旅行を計画していた。この後、カフェの更衣室でウエイターの更家が大きな花瓶で撲殺される。客の本巣、ウエイトレスの伊鈴、店長の珠央には更家を殺害する動機があったが、凶器を振り回せる怪力は誰もおらず…