阿笠博士の車でドライブをしていた、コナン、歩美、光彦、元太。その帰り道に通りかかったビルの三階、事務所の電灯が不自然に点滅していた。モールス信号で『SOS』を読み取ったコナンたちは、その事務所に向かう。そこには拘束されたバイク便ライダーの男がいた。彼はここに爆弾が仕掛けられていると言い、コナンたちは慌てて逃げ出す。

阿笠博士の車でドライブをしていた、コナン、歩美、光彦、元太。その帰り道に通りかかったビルの三階、事務所の電灯が不自然に点滅していた。モールス信号で『SOS』を読み取ったコナンたちは、その事務所に向かう。そこには拘束されたバイク便ライダーの男がいた。彼はここに爆弾が仕掛けられていると言い、コナンたちは慌てて逃げ出す。

コナンは、蘭と小五郎が出かけるということで喫茶ポアロにやってくる。そこでは、店員の梓がハロウィンのためのジャック･オー･ランタンづくりをしていた。コナンは手伝いをしている中で、最近“カボチャのお化け”が発見され話題になっていることを知る。そこに、大慌てで入ってきた三人の男女は「カボチャが盗まれた」と言い……。

コナンは、蘭と小五郎が出かけるということで喫茶ポアロにやってくる。そこでは、店員の梓がハロウィンのためのジャック・オー・ランタンづくりをしていた。コナンは手伝いをしている中で、最近“カボチャのお化け”が発見され話題になっていることを知る。そこに、大慌てで入ってきた三人の男女は「カボチャが盗まれた」と言い……。

スキー場で薬品メーカー社長の石橋健吾が、医師の横山タケルを殺害したのを目撃してしまった歩美。それに気づかれたことでコナン、歩美、光彦、元太は、犯人の石橋から追いかけられることになる。逃げだしたもののコースを外れて雪道を歩くことになってしまい、さらにそこには石橋の仲間二人が待ち構えていた。ソリを使って追跡をかわしたものの、二人は石橋と合流し再びコナンたちを探し始める。小屋にたどり着き外部に連絡を取ろうと試みたコナンがスマホを触っていると阿笠博士に電話がつながったが……。

スキー場で薬品メーカー社長の石橋健吾が、医師の横山タケルを殺害したのを目撃してしまった歩美。それに気づかれたことでコナン、歩美、光彦、元太は、犯人の石橋から追いかけられることになる。逃げだしたもののコースを外れて雪道を歩くことになってしまい、さらにそこには石橋の仲間二人が待ち構えていた。ソリを使って追跡をかわしたものの、二人は石橋と合流し再びコナンたちを探し始める。小屋にたどり着き外部に連絡を取ろうと試みたコナンがスマホを触っていると阿笠博士に電話がつながったが……。

阿笠博士に連れられ、冬の雪山にスキーをしにやってきたコナン、歩美、光彦、元太。スキー場へ向かう道路でスタックしている車を発見し助けたことで、薬品メーカー社長の石橋健吾、医師の横山タケルと知り合う。彼らはスポーツハンティングをやりに行くところだったらしい。連絡先を交換し別れたコナンたちだったが、それを追いかける怪しい車があり……。

阿笠博士に連れられ、冬の雪山にスキーをしにやってきたコナン、歩美、光彦、元太。スキー場へ向かう道路でスタックしている車を発見し助けたことで、薬品メーカー社長の石橋健吾、医師の横山タケルと知り合う。彼らはスポーツハンティングをやりに行くところだったらしい。連絡先を交換し別れたコナンたちだったが、それを追いかける怪しい車があり……。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションで参加者の一人である源田安清が殺害され、もともと勉強会に参加していたという岸本雄平の自宅が燃え遺体が発見される。そんな中、犯人につながる何かに気が付いたらしい秀吉が拉致されてしまう。コナンは赤井と合流し、秀吉を助けに向かう。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションで参加者の一人である源田安清が殺害され、もともと勉強会に参加していたという岸本雄平の自宅が燃え遺体が発見される。そんな中、犯人につながる何かに気が付いたらしい秀吉が拉致されてしまう。コナンは赤井と合流し、秀吉を助けに向かう。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入した、もしくは三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだと考えられた。しかし、三人は「ついさっき買ってきた」と主張できるものがあった。警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。

秀吉が将棋の勉強会をしているというマンションを訪れたコナンと由美は、そこで参加者の一人である源田安清が殺害されているのを発見する。傍には脚が二本切られた将棋盤があった。部屋の鍵は開いており、他の参加者である勝又水菜、瓜生祥子、菱沼浩輔が買い物に出ていた隙に、何者かが侵入した、もしくは三人のうちの誰かがこっそり戻ってきて犯行に及んだと考えられた。しかし、三人は「ついさっき買ってきた」と主張できるものがあった。警察は、先日起こった八百長疑惑で失踪中だった錦戸公春棋士が遺体で発見された事件の現場に、脚が一本切られた将棋盤が残されていたこともあり、連続殺人の線も考え始める。

下校途中、少年探偵団がサッカーの話題で盛り上がるなか、コナンは別のニュースについて考えていた。八百長騒ぎで失踪中の錦戸棋士が殺害され、遺体で発見された事件。現場には、一本脚を切られた将棋盤があった。コナンが見ていたその事件の記事から、「八百長」の由来について話し合っていたコナンたちのもとに羽田秀吉が現れる。秀吉は「錦戸棋士と対局した経験がある」と彼の印象について語る。話をしていた秀吉のこざっぱりとした姿を見た少年探偵団は、このあと恋人である由美とのデートがあるのだと考えるが、秀吉は「大事な人と会う」とデートを否定して去っていく。そこに現れたのは、秀吉の様子を不審に思い尾行していた由美だった。

下校途中、少年探偵団がサッカーの話題で盛り上がるなか、コナンは別のニュースについて考えていた。八百長騒ぎで失踪中の錦戸棋士が殺害され、遺体で発見された事件。現場には、一本脚を切られた将棋盤があった。コナンが見ていたその事件の記事から、「八百長」の由来について話し合っていたコナンたちのもとに羽田秀吉が現れる。秀吉は「錦戸棋士と対局した経験がある」と彼の印象について語る。話をしていた秀吉のこざっぱりとした姿を見た少年探偵団は、このあと恋人である由美とのデートがあるのだと考えるが、秀吉は「大事な人と会う」とデートを否定して去っていく。そこに現れたのは、秀吉の様子を不審に思い尾行していた由美だった。「子供連れのほうが尾行に気づかれにくい」と、コナンは由美に連れていかれてしまう。尾行を続けていたコナンと由美は、ドーナツ屋でたくさん買い込み、女性二人に親しげに話しかける秀吉の姿を目撃し……。

コナンは、蘭と共に画家･春日隆二のアトリエに居た。蘭が買い物に出かけた日に春日に声をかけられ、モデルのアルバイトをしていたのだ。そこには、助手の六井理子と弟子の込山義男もいた。窓の外に不自然に光るものを見つけたコナンは、庭に出てそれを確かめようとする。そこへやってきた庭師にあることを教えられ……。

コナンは、蘭と共に画家／春日隆二のアトリエに居た。蘭が買い物に出かけた日に春日に声をかけられ、モデルのアルバイトをしていたのだ。そこには、助手の六井理子と弟子の込山義男もいた。窓の外に不自然に光るものを見つけたコナンは、庭に出てそれを確かめようとする。そこへやってきた庭師にあることを教えられ……。

コナンは、小五郎とともに記憶喪失の江坂律雄という男性が過ごした甲練町で、失われた一年間を見つけるため調査を行う。甲練町で一緒に過ごした人たちと再会し、苦手な犬に吠えられたことで記憶を取り戻しそうになる江坂。二日後、期待をもって江坂宅に向かったコナンと小五郎は、江坂が遺体となって発見されたことを知る。

コナンは、小五郎とともに記憶喪失の江坂律雄という男性が過ごした甲練町で、失われた一年間を見つけるため調査を行う。甲練町で一緒に過ごした人たちと再会し、苦手な犬に吠えられたことで記憶を取り戻しそうになる江坂。二日後、期待をもって江坂宅に向かったコナンと小五郎は、江坂が遺体となって発見されたことを知る。

ひと仕事終えた小五郎が住宅街を歩いていると、悲鳴が聞こえてくる。小五郎が現場に向かうと、そこにはある男性がヘタり込んでいた。突然誰かに突きとばされて車にハネられそうになったようだ。コナンと小五郎が事務所で詳しく話を聞くと、一年間の記憶がなく、その間に何か恨みを買うことをしたのかもしれないという……。

ひと仕事終えた小五郎が住宅街を歩いていると、悲鳴が聞こえてくる。小五郎が現場に向かうと、そこにはある男性がヘタり込んでいた。突然誰かに突きとばされて車にハネられそうになったようだ。コナンと小五郎が事務所で詳しく話を聞くと、一年間の記憶がなく、その間に何か恨みを買うことをしたのかもしれないという……。

『洋菓子のパラダイス』新工場建設予定地の前で話をしていた少年探偵団は、コンクリートの下敷きになっている人影を発見。恐怖で失神した三人の話を聞いたコナンは、血痕を発見。その血痕を追い『洋菓子のパラダイス』の店舗に辿り着いた四人は、一週間前に見かけた美女が、同じ席で同じケーキを食べているのを目にし……。

『洋菓子のパラダイス』新工場建設予定地の前で話をしていた少年探偵団は、コンクリートの下敷きになっている人影を発見。恐怖で失神した三人の話を聞いたコナンは、血痕を発見。その血痕を追い『洋菓子のパラダイス』の店舗に辿り着いた四人は、一週間前に見かけた美女が、同じ席で同じケーキを食べているのを目にし……。

街中にあるビルの三階に入っているレストランで、阿笠博士、元太、光彦、歩美は食事をしていた。席で外を見ていた四人は、向かいのマンションでカーテン越しに男女らしき人影が仲良くパーティーをしている様子を見る。それが一変、女性が男性に襲われている様子に変わる。慌てて四人は警察に電話するのだが……。

街中にあるビルの三階に入っているレストランで、阿笠博士、元太、光彦、歩美は食事をしていた。席で外を見ていた四人は、向かいのマンションでカーテン越しに男女らしき人影が仲良くパーティーをしている様子を見る。それが一変、女性が男性に襲われている様子に変わる。慌てて四人は警察に電話するのだが……。

コナンは、蘭、小五郎とともに撲殺事件の現場検証をしているところに居合わせる。同様の事件が先週も二件起こっており、警察は同一犯と考えているが、二件の被害者は覚えていることもなく、付近には監視カメラもない。現場をウロウロしていたコナンは、ある一件の家が目に入る。その二階から現場を覗いている人影があり……。

コナンは、蘭、小五郎とともに撲殺事件の現場検証しているところに居合わせる。同様の事件が先週も二件起こっており、警察は同一犯と考えているが、二件の被害者は覚えていることもなく、付近には監視カメラもない。現場をウロウロしていたコナンは、ある一件の家が目に入る。その二階から現場を覗いている人影があり……。

紅葉の依頼で「ある資産家の家政婦が四兄弟に残した暗号」を解いていたコナンと平次。たどり着いた倉庫で長男が遺体となって発見され、そこには他の三人の姿があった。彼らは長男に呼ばれ、最初に次男が到着した時には既に遺体となっていた。近くに落ちていた眼鏡の様子から、コナンと平次はこれが殺害事件だと考える……。

紅葉の依頼で「ある資産家の家政婦が四兄弟に残した暗号」を解いていたコナンと平次。たどり着いた倉庫で長男が遺体となって発見され、そこには他の三人の姿があった。彼らは長男に呼ばれ、最初に次男が到着した時には既に遺体となっていた。近くに落ちていた眼鏡の様子から、コナンと平次はこれが殺害事件だと考える……。

蘭に大岡紅葉から「工藤新一に解いてほしい暗号がある」というメールがくる。資産家の屋敷に勤めていた家政婦が、四人の息子に暗号を残し亡くなった。長男は暗号を共有した直後、音信不通に。事件に巻き込まれたかもしれず、暗号を解き、行方を探して欲しいという。紅葉は東京へ来て、詳しい話をしてくれるらしいのだが……。

蘭に大岡紅葉から「工藤新一に解いてほしい暗号がある」というメールがくる。資産家の屋敷に勤めてた家政婦が、四人の息子に暗号を残し亡くなった。長男は暗号を共有した直後、音信不通に。事件に巻き込まれたかもしれず、暗号を解き、行方を探して欲しいという。紅葉は東京へ来て、詳しい話をしてくれるらしいのだが……。

コナンたち少年探偵団は、小説家･大村光輔の小説教室にいた。知人であり、「玉木ブックカフェ」で働く吉川美知子に紹介されて参加したのだ。そこへ、教室が行われている家の持ち主であり、大村のスポンサーらしい蔵書家･野嶋亮司と家政婦･竹内渚がやってくる。野嶋は、元太の小説に目を通したあとに怒り出し……。

コナンたち少年探偵団は、小説家／大村光輔の小説教室にいた。知人であり、「玉木ブックカフェ」で働く吉川美知子に紹介されて参加したのだ。そこへ、教室が行われている家の持ち主であり、大村のスポンサーらしい蔵書家／野嶋亮司と家政婦／竹内渚がやってくる。野嶋は、元太の小説に目を通したあとに怒り出し……。

コナンは、蘭、園子と「古代オリエント文明博物館」へやってくる。展示物はレプリカで、手作り感満載の博物館。蘭と園子のお目当ては、いま女子高生の間で流行っているという“エジプト神キーホルダー”らしい。夢中になっている二人の姿を見ながら時間をつぶそうとしたコナンは……。

コナンは、蘭、園子と「古代オリエント文明博物館」へやってくる。展示物はレプリカで、手作り感満載の博物館。蘭と園子のお目当ては、いま女子高生の間で流行っているという“エジプト神キーホルダー”らしい。夢中になっている二人の姿を見ながら時間をつぶそうとしたコナンは……。

米花町の小公園で男性の殴殺遺体が発見される。そこに通りかかったコナンと小五郎が話を聞くと、被害者･光本はよくない評判だらけの小悪党で、殺害されたのは昨夜7時前後らしい。この時刻、公園の方から慌てて駆けてくる光本のワル仲間･保坂の姿が目撃されており……。

米花町の小公園で男性の殴殺遺体が発見される。そこに通りかかったコナンと小五郎が話を聞くと、被害者／光本はよくない評判だらけの小悪党で、殺害されたのは昨夜７時前後らしい。この時刻、公園の方から慌てて駆けてくる光本のワル仲間／保坂の姿が目撃されており……。

古美術鑑定家が槍で殴り倒され、刺殺された事件。警察は現場にあった堆黒盆を鑑定できる人物を探そうとするが、なかなか見つからない。家の中を捜索していた警察は、阿笠博士が鑑定を依頼していた小皿の箱を発見する。家政婦の情報によると刺殺された男は「今日来る客たちの驚く顔が見てみたい」と言っていたらしく……。

古美術鑑定家が槍で殴り倒され、刺殺された事件。警察は現場にあった堆黒盆を鑑定できる人物を探そうとするが、なかなか見つからない。家の中を捜索していた警察は、阿笠博士が鑑定を依頼していた小皿の箱を発見する。家政婦の情報によると刺殺された男は「今日来る客たちの驚く顔が見てみたい」と言っていたらしく……。

古美術鑑定家の西津法玄が槍で刺殺された。現場には、椎黒盆と呼ばれる漆芸品の鑑定を依頼しにやってきた、証券会社社長･遠島基行、元不動産会社社長･蝶野欽治、美術館館長･坂巻鈴江の三人がいた。阿笠博士は、西津がまだ息のあった時の様子を思い出し……。一方、世良は沖矢のある様子が気になっていた。

古美術鑑定家の西津法玄が槍で刺殺された。現場には、椎黒盆と呼ばれる漆芸品の鑑定を依頼しにやってきた、証券会社社長／遠島基行、元不動産会社社長／蝶野欽治、美術館館長／坂巻鈴江の三人がいた。阿笠博士は、西津がまだ息のあった時の様子を思い出し……。一方、世良は沖矢のある様子が気になっていた。

コナンは阿笠邸に呼び出され、博士が年代物の小皿で儲けようとしている事を知る。一方、灰原は家の前で張っている世良の存在が不安らしい。世良は蘭と園子から「大人びた子ども」ということで灰原の名前が出たことで様子を伺っていた。そこに現れた沖矢も含め、全員で小皿を鑑定してくれる人物のもとへ向かうが……。

コナンは阿笠邸に呼び出され、博士が年代物の小皿で儲けようとしている事を知る。一方、灰原は家の前で張っている世良の存在が不安らしい。世良は蘭と園子から「大人びた子ども」ということで灰原の名前が出たことで様子を伺っていた。そこに現れた沖矢も含め、全員で小皿を鑑定してくれる人物のもとへ向かうが……。

コナンと小五郎が乗っていたモノレールで銃弾による傷害事件が発生する。犯人を追跡した2人は、あるマンションに到着するが、そこで発見した犯人は東都市場へと逃走。東都市場では、口を塞がれ拘束された従業員が発見される。犯人は従業員の所持品を盗み、何かしようとしているようで……。

コナンと小五郎が乗っていたモノレールで銃弾による傷害事件が発生する。犯人を追跡した2人は、あるマンションに到着するが、そこで発見した犯人は東都市場へと逃走。東都市場では、口を塞がれ拘束された従業員が発見される。犯人は従業員の所持品を盗み、何かしようとしているようで……。

モノレールに乗って湾岸エリアへと向かっていたコナンと小五郎は、そのモノレールに銃弾が撃ち込まれ乗客の一人が負傷するのを目撃する。緊急停車したモノレールから飛び出し犯人の追跡をする2人は、狙撃地点と思われるマンションの一室へとやってくる……。

モノレールに乗って湾岸エリアへと向かっていたコナンと小五郎は、そのモノレールに銃弾が撃ち込まれ乗客の一人が負傷するのを目撃する。緊急停車したモノレールから飛び出し犯人の追跡をする2人は、狙撃地点と思われるマンションの一室へとやってくる……。

コンビニで大量に食料を買い込む千葉刑事を目撃した少年探偵団は後をつける。入っていったのは普通のマンション。友人にでも会いに来たのだろうと思ったが、コナンはマンションが新築で、千葉刑事はここで張り込みをしていると推理する。後を追いかけると、そこには高木刑事もいた。少年探偵団は「博士が迎えに来るまで待たせてほしい」と頼み、張り込みの理由が先週起こった宝石店強盗殺人であるということを聞く。

コンビニで大量に食料を買い込む千葉刑事を目撃した少年探偵団は後をつける。入っていったのは普通のマンション。友人にでも会いに来たのだろうと思ったが、コナンはマンションが新築で、千葉刑事はここで張り込みをしていると推理する。後を追いかけると、そこには高木刑事もいた。少年探偵団は「博士が迎えに来るまで待たせてほしい」と頼み、張り込みの理由が先週起こった宝石店強盗殺人であるということを聞く。

売れっ子作家･田分晋太郎が自宅で、射殺遺体となって発見される。現場の書斎にはライフル銃があったが、目撃情報などはない。遺体の第一発見者は弟子の赤池と出川。他にも尾藤、茅ヶ崎という計四人の弟子がいた。話を聞いているうちに、田分の作品は弟子たちが書いていたもので、彼らは田分を恨んでいたことがわかり……。

売れっ子作家／田分晋太郎が自宅で、射殺遺体となって発見される。現場の書斎にはライフル銃があったが、目撃情報などはない。遺体の第一発見者は弟子の赤池と出川。他にも尾藤、茅ヶ崎という計四人の弟子がいた。話を聞いているうちに、田分の作品は弟子たちが書いていたもので、彼らは田分を恨んでいたことがわかり……。

コナンと小五郎が、買い物に向かっていると、通りすがった家に人だかりができていた。派手に荒らされた室内に頭から血を流し倒れている男。この家の夫婦によると、偶然空き巣の男に遭遇。襲い掛かってきたために応戦したところ殺害してしまったということのようだ。事件は正当防衛で幕を閉じるかに思われたが……。

コナンと小五郎が、買い物に向かっていると、通りすがった家に人だかりができていた。派手に荒らされた室内に頭から血を流し倒れている男。この家の夫婦によると、偶然空き巣の男に遭遇。襲い掛かってきたために応戦したところ殺害してしまったということのようだ。事件は正当防衛で幕を閉じるかに思われたが……。

コナンたちは山菜採りで事件に遭遇する。到着した際に車のそばで撮った写真には遺体が写っておらず、疑いの目を向けられていた被害者の婚約者･善田舞佳には歩美と行動していたというアリバイがあった。警察は、被害者の別荘で新たな容疑者を発見する。一方、コナンは歩美の探していたクローバーを見つけ……。

コナンたちは山菜採りで事件に遭遇する。到着した際に車のそばで撮った写真には遺体が写っておらず、疑いの目を向けられていた被害者の婚約者／善田舞佳には歩美と行動していたというアリバイがあった。警察は、被害者の別荘で新たな容疑者を発見する。一方、コナンは歩美の探していたクローバーを見つけ……。

小林先生、若狭先生の引率でコナンたち少年探偵団は自然に触れ合う授業の下見のために群馬へ向かう。最寄駅では、元小学校教師の善田舞佳が待っていた。善田の用意したワゴン車に乗り込み、山菜採り場所に到着。付近の野原で楽しい時を過ごすが……。

小林先生、若狭先生の引率でコナンたち少年探偵団は自然に触れ合う授業の下見のために群馬へ向かう。最寄駅では、元小学校教師の善田舞佳が待っていた。善田の用意したワゴン車に乗り込み、山菜採り場所に到着。付近の野原で楽しい時を過ごすが……。

毛利探偵事務所に、今月から米花町の交番勤務になったという巡査がやってくる。米花町の飲食店で食い逃げ事件が発生したのだが、同じような事件がもともと勤務していた杯戸町でも起こっており相談に訪れたのだ。食い逃げしたのは金髪･サングラスの女で、アイドルグループ『DDPP』の加倉井加代子に似ていたといい……。

毛利探偵事務所に、今月から米花町の交番勤務になったという巡査がやってくる。米花町の飲食店で食い逃げ事件が発生したのだが、同じような事件がもともと勤務していた杯戸町でも起こっており相談に訪れたのだ。食い逃げしたのは金髪／サングラスの女で、アイドルグループ『DDPP』の加倉井加代子に似ていたといい……。

コナンは、光彦、元太とともに歩美がブレスレットを拾ったという公園にやってくる。その公園が面した道路には急発進した車のタイヤ痕と血痕のようなものがあった。自分たちで持ち主に返すことに決め、アクセサリーショップを回っていた少年探偵団はある人物にたどり着くが……。

コナンは、光彦、元太とともに歩美がブレスレットを拾ったという公園にやってくる。その公園が面した道路には急発進した車のタイヤ痕と血痕のようなものがあった。自分たちで持ち主に返すことに決め、アクセサリーショップを回っていた少年探偵団はある人物にたどり着くが……。