謎の洋館の主･綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

謎の洋館の主・綿貫が妹を殺して庭に埋めたと言い張っていた幸田が、宝石店に強盗に入った。逃走中の幸田はマンホールを利用して綿貫邸に入り込み、庭のあちこちを棒で突き刺している。コナンは張り込み中の歩美たちと合流し、幸田に自首を促す。幸田は駆けつけた目暮警部に、盗んだ宝石は分散して庭に埋めたと告白する。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主･綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

洋館の庭に野球のボールを入れてしまったコナンたちは、ボールを取らせてもらおうと頼みに行くが、洋館の主・綿貫義一に追い返されてしまう。しかたなく毛利探偵事務所に戻ると、テレビの「仮面ヤイバー」に出てくるモグラ星人そっくりの幸田という男が小五郎を訪れ、綿貫に殺された妹が庭に埋められていると言いだした。

有名な賞を受賞した報道写真家･柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が「命を狙われている」と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

有名な賞を受賞した報道写真家・柳瀬隆一と授賞式で知り合ったコナンたちは、柳瀬に付きまとうルポライター中井の姿を見かける。その夜、中井が「命を狙われている」と小五郎に電話をかけてきた。コナンが中井のマンションに行くと、火ダルマの中井が転落してくる。向かいの高速道路では、柳瀬がこの光景を写真に収めていた。

時計職人･出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

時計職人・出淵紋時郎が住んでいたという洋館は、やはり妙な家だった。1時10分に鳩時計から3匹の鬼が飛び出して鳴き始める。屋根裏部屋で人の気配がしたり、書斎にファイルしてあった犯罪記事も気にかかる。コナンも小五郎も謎の意味がつかみきれないでいると、蘭が家の中にライオンだけが飾られてないことに気づく。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人･出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

小五郎はミステリー作家の中村操という人物から、死んだ祖父から譲り受けた洋館で不思議な出来事が続いているという手紙を受け取り洋館を訪れた。有名な時計職人・出淵紋時郎の家だったという洋館の内部は、動物の絵や飾りのついた食器と家具、様々な時計が所狭しと並べられていた。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻･永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

時代劇俳優の土方幸三郎の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで絞殺され、現場の状況から沖田が犯人と思われた。だが、真犯人は巧妙なトリックを使って沖田の犯行に見せかけていた。コナンは詰めかけた取材記者たちの前で小五郎に麻酔銃を撃ち込み、事件の全貌を解き明かす。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻･永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

探偵の心得を教えてほしいという時代劇俳優の土方幸三郎の自宅マンションに招かれた小五郎とコナン、蘭は、離婚騒動の渦中にある土方の妻・永倉勇美が隣の沖田一の部屋のベランダで変死するのを目撃する。沖田は勇美の不倫の相手と噂される俳優だ。一人で部屋にいたと言い張る沖田は、身の潔白を主張するが…。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか? コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

蘭のおかげで麻美は一命をとりとめた。ケーキのローソクの火が何かに引火したのが火事の原因らしい。消し忘れの事故か、それとも麻美自身が火をつけたのか？コナンは火事の前後で別荘の家具の配置が変わっていることに気づき、焼け跡を調べ始める。そして、燃え残ったファックス用紙から仕組まれた火事のトリックを見破る。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

蘭たちの中学の先輩だった内田麻美が新一の留守宅を訪ねてきた。新一を誕生パーティーに招待したいのだという。新一の代わりに園子、小五郎、コナンがそのパーティーに参加することに。麻美の誕生パーティーは、盛り上がったが、寝込んでしまった麻美を残して全員でカラオケに行っている間に別荘が火事になってしまう。

人間国宝の陶芸家･菊右衛門の息子の嫁･益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

人間国宝の陶芸家・菊右衛門の息子の嫁・益子の死は、新作の壺「風水丸」を壊したことを苦にしての自殺かと思われた。が、素足で首を吊っていた益子の足が汚れていないことに気づいたコナンは、一人で殺人事件の証拠探しを始める。益子をワナにかけ、自殺に見せかけて殺した犯人をコナンは追い詰めていく。

小五郎は人間国宝の陶芸家･菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

小五郎は人間国宝の陶芸家・菊右衛門に招待され、コナン、蘭と共に東京郊外の家を訪れた。小五郎のファンだという菊右衛門老人は高価な作品を惜しげもなく小五郎に与え、歓待する。小五郎に見せようとした新作の壺「風水丸」が割れてしまい、落胆する菊右衛門。翌朝、とんでもない事件が小五郎とコナンを待ち構えていた。

市川産業の会長･市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女･一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

市川産業の会長・市川孝太郎に呼ばれた小五郎は、二人の娘の行動を監視してほしいと依頼される。親族会で小五郎は、性格の悪そうな長女と次女の様子をうかがう。コナンは長女・一重が地下室でワインに毒を注入するのを目撃するが、何者かに襲われ意識を失う。が、その間に孝太郎は一重が勧めたワインを飲んで急死してしまう。

変死した世界的なマジシャン･九十九元康の妻が、蘭の母･妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

変死した世界的なマジシャン・九十九元康の妻が、蘭の母・妃英理の紹介で小五郎を訪れた。夫の死の真相を調査してほしいというのだ。巧妙なトリックと痛ましい犯行の動機を見事推理したコナン。だが、蘭はそんなコナンの様子を見て、コナンの正体が新一だという確信を強める。蘭に詰め寄られたコナンは…。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

酔って帰宅中の小五郎は、中学校の裏手で知り合いの佐知子と出会う。あわてた様子で車に乗り込もうとしていたが、なぜか小五郎をドライブに誘う。大喜びの小五郎だが、ドライブから戻ると佐知子のルームメイトが自宅のマンションで殺されていた。小五郎の証言で佐知子のアリバイは成立。事件は強盗殺人事件かと思われた。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優･木下明子と専属のスタント･ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

スキーに来たコナンたちは、古びた民宿に泊まることになる。他の宿泊客はドラマで雪女を演じた女優・木下明子と専属のスタント・ウーマン浅沼洋子だけだ。蘭が露天風呂で雪女の幽霊を見た夜、明子が遺書を残して姿を消した。翌朝、雪女の衣装を着た明子の凍死体が発見され、睡眠薬を飲んだ上での自殺と思われるが…。

殺し屋･狐の標的ではないはずの大学生･平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

殺し屋・狐の標的ではないはずの大学生・平井が殺され、山小屋で恭子の死体が発見された。恭子も背中にナイフを突き立てられていて、狐の第2の殺人かと思われた。小五郎は自分の正体を明かし、犯人捜しを始める。コナンが恭子の正体に勘づいた時、恭子の連れの河辺と依頼人の潮、山小屋の管理人の老婆の姿が消えていた。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋･狐 (フォックス) に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

小五郎のもとに奇妙な依頼が舞い込んだ。半年前、見事な手際で殺人を実行し、姿を消した名うての殺し屋・狐（フォックス）に間違って自分の殺しを依頼してしまったというのだ。殺人を阻止し、狐を捕らえるために、依頼者の不動産会社社長が実行を指定した山の縦走にコナンたちも同行することになる。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが…。

骨折で入院した小五郎の病室に銀行強盗の容疑者が入院していた。被害にあった銀行の行員の父親も同室で、強盗の仲間たちは行員の娘を人質に、仲間の口封じをするよう脅迫していた。容疑者を監視する警官の中にも仲間が紛れ込んでいて、行員は通報することもできずにいる。動揺する行員の姿に事件を見抜いたコナンだが……。

生け花アーティスト･岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド･ホテルに｢死の花が咲く｣とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

生け花アーティスト・岡野利香に殺人を予告する脅迫状が届いた。脅迫状には、利香の世界芸術大賞受賞パーティー会場となる紅花ベイサイド・ホテルに「死の花が咲く」とある。パーティー当日、会場を訪れた小五郎、蘭、コナンの3人はホテルの支配人の死体を発見する。小五郎と目暮警部は遺体の状況から絞殺と断定するが…。

ホラー作家･虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

ホラー作家・虎倉大介を惨殺した犯人を特定するためには、殺害現場である書斎が完全な密室状態にあったという謎を解かなくてはならない。この夜、山荘にいた虎倉の妻たちの前で、小五郎は謎解きをしてみせると豪語する。案の定、小五郎の推理は的外れだったが、全員に殺害の動機と機会があったことが判明する。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家･虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

吸血鬼の小説で有名なホラー作家・虎倉大介の依頼でドラキュラ荘と呼ばれる彼の山荘を訪れた小五郎と蘭、コナンは、豪雨のために山荘に一泊することになった。その夜、一人で書斎にこもっていた虎倉は、ドラキュラの衣装を身に着け、十字架上で白木の杭を胸に打ち込まれていた凄惨な死体となって発見される。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

北海道でツルを観察していたコナンと蘭、小五郎は、ツルの世話をする老人と出会う。老人の家に招待されたコナンたちは、老人が引退した実業家で、全財産をツルのために村に寄付するという遺言書を作成中だということを知る。老人の弟と子供たちは猛反対。手続きが終了する直前に老人はボウガンの矢で射抜かれ、死亡する。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

ワイドバンドレシーバーで誘拐犯の脅迫電話を聞いてしまったコナンと少年探偵団の子供たちは、レシーバーから聞こえてくる情報だけを頼りにどこの誰とも判らない被害者と犯人の居場所を突き止めようとする。犯人は川田という男に娘を殺されたくなかったら言うことをきけと、無茶な要求を次々に突きつける。

【シーズン2 最終話】猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師･米原の同僚･杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

猛吹雪に閉じ込められた山荘で、蘭たちの恩師・米原の同僚・杉山が死体となって発見され、自室に閉じこもっていた下田も殺された。下田の首には縄で絞められた跡がくっきりと残っているが、どこからも縄は出てこない。犯人は下田の部屋のそばにいた3人の中にいる。コナンは手掛かりを求めて山荘の周辺を再調査するが…。

スキー場で小学校時代の恩師･米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

スキー場で小学校時代の恩師・米原と出会ったコナン、蘭、園子は、米原が現在の教師仲間と借りた貸別荘に招侍される。吹雪で別荘に足止めされたコナンたちは、押しかけてきた新聞記者から3年前に米原の学校で何か事件があったことを聞く。険悪な雰囲気になる教師たち。その夜、米原と園子が何者かに襲われる。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師･白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

ある夜、ケガで入院中の小五郎が病室の窓ごしに殺人を目撃した。あわてて警察を呼び、現場と思われる病室に急行するが、そこには死体はおろか、事件の痕跡は何もなかった。精神科の医師・白井はストレスによる幻覚だと決めつけるが、コナンは小五郎が見たのは窓ガラスを利用したトリックだったことに気づく。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO-MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

誘拐されたTWO－MIXを救出するため、歩美になりすまして犯人に新曲のデモテープを届ける役目を買って出たコナン。だが、コナンに手柄を独り占めされたくない元太たちは目暮警部にコナンの行方をたどる追跡メガネを渡さなかった。自分たちだけで事件を解決しようと、TWO－MIXが監禁されている倉庫までたどりつくのだが…。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ･TWO-MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが…。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャートをにぎわせているTWO-MIXが劇中に登場。

武道館でのコンサートの開幕直前に、人気デュオ・TWO－MIXの二人が誘拐された。事件を目撃したコナンと少年探偵団の子供たちは、犯人から連絡役に指名され、大はりきりで事件解決を目指すが……。コナンの声を担当する高山みなみが参加し、ヒットチャ―トをにぎわせているTWO－MIXが劇中に登場。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

コナンが捕り損ねた野球の打球が絵を描いている男のキャンバスに当たった。男はコナンが見覚えのある画家で、記憶喪失のようだ。突然苦しみだした男を、病院に運ぶが、男は病院を抜け出し、翌日、絞殺死体となって発見される。遺体の鞄の中に銀杏の葉が入っているのを見たコナンは、少年探偵団の仲間たちと調査を開始する。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。

閉店間際の銀行で、コナンは蘭、園子と銀行強盗に遭遇する。拳銃を持った犯人は、背後から殴りかかろうとした行員を射殺。銀行内がパニックに陥った隙をつき、別の行員が飛びかかって犯人を射殺してしまう。犯人を倒した行員の勇気ある行動で解決したと思われる事件だが、コナンは何か不自然なものを感じて調査を始める。