小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人･間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンと哀、歩美たちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

歩美は「緑美容室」の美容師･美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長･緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

美容師・美香の自宅でカットしてもらうため歩美はコナンたちとマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。ボーガンと木の幹に空けられた穴、ホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンは小道具を集め、謎解きの準備を始める。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。コナンは第三の事件に身構えるが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

『奇術愛好家連盟』の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加。小五郎とコナンは車で二人を送ったその帰り道、ニュースで集まりのリーダーが殺されたことを知りロッジに引き返すが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、もう一人の犯人が携帯電話から仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという…。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

サッカー観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人の仕業だった。犯人の指示通り、現金を用意し、刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

コナンのクラスに灰原哀という名の少女が転校してきた。歩美たちは少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出す。その復路コナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

【シーズン3 最終話】銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長･玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長・玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家・近石が何者かに殺害されてしまう。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長・石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋・平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

会社社長･石本は何者かに「殺してやる」と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士･高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

会社社長・石本は何者かに「殺してやる」と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

大人気のお天気お姉さん･浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて「仕事を頼む時は連絡する」と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて「仕事を頼む時は連絡する」と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性･青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹･美菜を発見する。

沖野ヨーコのコンサートのチケットを落としてしまった小五郎は、コンサートに行けなくなったと嘆いている若い女性・青島全代を見つける。全代はチケットを譲る代わり自分と妹を車で会場まで送ってほしいという。自宅まで妹を迎えに行った小五郎たちは、ガムテープで目張りされバスルームで死んでいる妹・美菜を発見する。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

小五郎は以前の依頼人、山崎開発の女性社長の招待でコナンと蘭を連れて岩美渓谷沿いの社長の別荘を訪れた。山崎社長は岩美町の町長と提携してスパリゾートの建設を計画している。が、前祝いの酒宴の最中に二階の自室で山崎社長がスズメバチに襲われ、ベランダから崖下に転落、死亡してしまう。

コナンは小五郎･蘭･歩美･元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組「仮面ヤイバー」の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

コナンは小五郎・蘭・歩美・元太、光彦と一緒に食事に行く途中で人気テレビ番組「仮面ヤイバー」の登場人物の格好をした若者と出会う。若者に番組のファンクラブの仮装パーティーに招待された小五郎と子供たちだが、メンバーの一人が拳銃を持って乱入し、レンジャーポリス姿の本田を撃ち、自分も自殺するのを目撃してしまう。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

服部平次の招待で大阪見物を楽しむはずだったコナンと蘭、小五郎の3人は連続殺人事件に巻き込まれてしまう。コナンたちの乗ったパトカーの上に死体が落ちてきて、同じ手口の殺人事件がこれで3件目だということを知る。平次はコナンが犯人に刺される夢を見たと言うが、コナンは4件目の殺人事件にもかかわってしまう。

行方不明のミステリー作家･新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか? コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは「助けてくれ…」。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか? コナンはあせる。

行方不明のミステリー作家・新名任太朗夫妻はどこかに監禁されているのか？コナンは新名の原稿に登場する新名本人のセリフが暗号になっていることに気づく。最初のセリフから読み取れるのは「助けてくれ…」。だが、その後のセリフの解読ができない。犯人が新名夫妻を監禁している目的は何なのか？コナンはあせる。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

ある夜、毛利探偵事務所に人気推理小説家の新名任太朗の娘が訪ねてきた。彼女によると新名夫妻は2ヶ月前から行方不明となり、原稿だけが毎週同じ時間に編集部にファックスで送られてくるという。編集部へ向かったコナンは、作品の中の本人が登場するシーンを見て、それが作者からのメッセージだという事に気付く。

蘭が計画した父･小五郎と別居中の母･英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

蘭が計画した父・小五郎と別居中の母・英理と家族そろっての夏のバカンスは散々なことになってしまった。小五郎と英理は険悪なムードだし、海で溺れたダイビングサークルの女子大生は、ウミヘビに咬まれて意識不明の重体のままだ。計画的な殺人だと見抜いたコナンは、被害者の貴和子の仲間4人の中に犯人がいるとにらむ。

蘭は父･小五郎と別居中の母･英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

蘭は父・小五郎と別居中の母・英理を別々に伊豆のホテルに誘い、久々に家族そろっての夏のバカンスを計画した。計画通りに進んで大喜びの蘭だが、知らずに鉢合わせした小五郎と英理は大あわて。さっそく、夫婦ゲンカを始めてしまう。そんな時、小五郎が知り合ったダイビングサークルの女子大生が海で溺れ、仲間が救助する。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性･光子の親友･智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

道に迷って偶然訪れた海辺の町で、コナンと蘭は若い女性の水死体を発見する。足首に重りの石を結びつけ、外傷も見当たらないことから、検死を担当する医師の田中は自殺だとほのめかす。水死した女性・光子の親友・智子は、その田中が殺したのだと主張するが、光子の死亡推定時刻の田中のアリバイは小五郎の証言で成立する。

元太と光彦が「この学校は呪われている」と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

元太と光彦が「この学校は呪われている」と言い出した。夜になると不思議なことが起きるようになったというのだ。歩美も夜の教室で不審な人影を見たが、相談した教頭先生が学校に出てこなくなったとおびえている。コナンと少年探偵団は謎を解明しようと夜の学校に入り込み、真相を突き止めることにする。

有名な料理研究家･上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

有名な料理研究家・上森美智は、細い針のような凶器で何者かに背中を刺されて死亡した。授業に参加していた蘭以外の3人の生徒と助手の祐子の4人全てが、殺人の直前に家の明りが消えるように氷を使って配電盤に細工をすることは可能だった。しかも、それぞれに美智に恨みを抱いているようで、全員に動機がある。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家･上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

蘭は園子の代わりに1日だけフランス料理の教室に習いに行くことになった。有名な料理研究家・上森美智が自宅で開いている教室には、蘭の他に三人の生徒が集まっていた。コナンと小五郎も試食につられてついて行ったが、美智は気難しく、生徒たちや助手を怒鳴り散らしている。突然家の明かりが消え、美智が苦しみ始める。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。

歩美をひいて逃げた黒塗りの車を追いかけたコナンと元太、光彦は、休業中の工場の前で車を見失ってしまう。が、2、3分後にまた現れた車はコナンたちの目の前で交番に乗り付け、運転していた宍戸という男が自首をした。そのころ、車を見失った工場内で社長の刺殺体が発見され、宍戸が工場の元従業員だったことが判明する。