小五郎の教え子だった恵の夫･崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹･寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えた。コナンは恵が高度な運転技術を持つことを知り、事件にはまだ裏があると睨む。

小五郎の教え子だった恵の夫・崎原は、高橋という男と互いの妻を殺す交換殺人を計画し、実行した。が、高橋が仕掛けた爆弾で死亡したのは恵の妹・寛美だった。崎原と高橋は犯行を認め、事件は解決したかに見えたが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行った。再会できた喜びも束の間、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹･寛美が死亡する。車は恵のもので、ガレージから出すのを手伝った寛美が犠牲になった。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて、学生時代に家庭教師をしていた教え子の崎原恵に会いに行ったが、小五郎たちの目の前で車が爆発、恵の妹・寛美が死亡する。小五郎は恵のためにも、必ず真犯人を捕まえると決意するが…。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。が、蘭は違う遊園地に行きたかった上に、小五郎の目的が近くの競艇場だったと知って大憤慨。罰として小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、アトラクションの「仮面ヤイバー･ショー」の俳優が先に飛び降りた。見物の子供たちは大喜びだが…。

小五郎は蘭とコナンを遊園地に連れてきた。小五郎の目的を知って大憤慨した蘭は、小五郎にバンジージャンプを命じる。クレーンの上で小五郎が躊躇していると、「仮面ヤイバー・ショー」の俳優が先に飛び降りた。

遊園地の絶叫マシーンに一番乗りしようと、コナンと少年探偵団の子供たちは早朝の市電に乗り込んだ。他に乗客は鉄道研究会の大学生3人だけ。途中下車して線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生の一人が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

市電に乗り込んだコナンと少年探偵団の子供たち。線路脇で市電の写真を撮り始めた大学生が乗っていた脚立が倒れ、市電は急停止する。その学生は無事だったが、車内では、もう一人の学生が血まみれで倒れていた。

銀行の支店長の増尾が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は、銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられている。コナンは増尾が犯人だと確信し、本棚とエアロバイクに残されたわずかな痕跡から増尾の完璧なアリバイを崩し、十数キロ離れた自宅にいる妻を殺害するためのトリックに挑む。

二億円強奪の被害にあった銀行の支店長が警視庁に事情聴取に来ている時に、彼の妻が自宅で殺害された事件は銀行の襲撃犯の犯行という線で捜査が続けられているが、コナンには支店長の増尾が犯人だとの確信があった。

コナンたちは事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は先輩の佐藤刑事に片思いをしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてくる。支店長が自宅に電話すると妻の悲鳴が聞こえ、支店長宅に駆けつけると、エアロバイクの横に支店長夫人の遺体が横たわっていた。

コナンたちは以前に解決した事件の証言をするため警視庁に行った。応対してくれた高木刑事は美人で先輩の佐藤刑事に片思いしているらしい。そんな時、強盗の被害にあった銀行の支店長が二人の刑事を訪ねてきて…。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男･浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父･優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、列車に潜入していた母･有希子と協力して調査を始める。問題の原稿は銀行強盗事件に巻き込まれた編集者が浅間たち強盗団に奪われたものだった。

車内で出雲を射殺し、逃亡した犯人と思われる男・浅間の死体もトンネル内で発見された。コナンの父・優作の未発表小説の筋書き通りに進む事件に疑問を抱いたコナンは、母・有希子と協力して調査を始める。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎の三人は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、乗客の一人に射殺される。コナンは宝石強盗とこの殺人事件が幼い時に読んだ父･優作の未発表小説と同じ筋書きだということに気づく。

北海道に招待されたコナン、蘭、小五郎は“北斗星3号”のA寝台で優雅な列車の旅を楽しむはずだった。食堂車で出会った宝石店オーナーは強盗を撃退した事件で話題の人物だったが、深夜、乗客の一人に射殺される。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。やはり天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が天体写真を撮影中にテレビ中継塔から転落死。コナンたちは望遠鏡のレンズごしに転落の瞬間を目撃するが…。

園子に付き合って、蘭とコナンは星美山保養所に星を見るためにやってきた。天体観測に来ていた宇宙科学専攻の大学院生3人と知り合うが、大きな賞を受賞したばかりの野中が撮影中にテレビ中継塔から転落死する。

森園家の執事･重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた森園家の当主･幹雄、息子の菊人、娘の百合江、そして菊人の婚約者･楓、重松を父のように慕う使用人の桜庭の五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げる…。

森園家の執事・重松は密室で殺害された。容疑者は犯行時刻に屋敷にいた五人に絞られた。コナンと平次は、凶器を発見したことを伏せたまま、関係者全員の前でトリックを再現して犯人を告げるが…。

コナンのライバル、服部平次が結婚式に出席するため上京した。ガールフレンドの和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。結婚式で花嫁になる楓と、森園家の執事･重松に出会い、コナンたちと平次、和葉は森園家に招待される。豪華な食事を振る舞われた5人は、帰り際、殺人事件に遭遇する。

結婚式に出席するため上京した服部平次は、和葉と一緒に東京見物がしたいと、小五郎、コナン、蘭を呼び出す。5人は花嫁になる楓と森園家の執事・重松に出会い、森園家に招待されるが、帰り際、殺人事件に遭遇する。

風邪で学校を休んだ歩美が、一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。逃走中の強盗殺人犯だと思い込んだ歩美は押し入れに隠れ、コナンたちに少年探偵団バッジでメッセージを送る。声の出ない歩美はおもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてSOSを伝えようとするのだが…。

風邪で学校を休んだ歩美が一人で留守番をしていると、何者かがマンションに侵入してきた。声の出ない歩美は、おもちゃのピアノの音と目覚まし時計の音声を組み合わせてコナンたちにSOSを伝えようとするのだが…。

コナンたちが見に行った映画館で、上映中に首を吊った男のシルエットが映し出され、自殺、他殺両面での捜査が始まった。遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館を閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

遺体で発見された不動産屋の張田は、この映画館をこの日で閉館に追い込んだ張本人だ。多額の借金を苦に自殺したと考える目暮警部たちだが、コナンは光彦の証言から、何者かがトリックを使って殺害したとにらむ。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦の5人は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は不動産屋の張田の嫌がらせで閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが、映画の上映中に首を吊った張田のシルエットがスクリーンに映し出される。

小学校の創立記念日にコナンと、哀、歩美、元太、光彦は、リバイバルの映画「大怪獣ゴメラ」を見に行く。この映画館は閉館に追い込まれ、今日が最後の上映だという。コナンも昔に戻って映画を楽しもうとするが…。

キャンプの途中で見つけた古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう。残された哀、歩美、光彦、元太の子供たち四人は自分たちだけで二人を捜し出そうとするが…。

古城に一泊することになったコナンたちは、いわくあり気な住人たちから、宝の在り処を示すらしい城の謎を聞かされ、興味を持つ。が、早々にコナンが行方不明になり、阿笠博士までもが姿を消してしまう…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンたちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人･間宮満の招きで城に一泊することになる。間宮家の長女で満の妻が焼死したという不気味な塔、チェス盤をかたどった庭など、いわくあり気な事件や事柄が続いている城らしい。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

阿笠博士とキャンプに来たコナンと哀、歩美たちは、森の中にそびえ立つ西洋風の城に迷い込み、城の主人・間宮満の招きで城に一泊することになる。コナンは怪しげな雰囲気漂う城の内部を捜索するが…。

歩美は「緑美容室」の美容師･美香から自宅でカットしてあげるという申し出を受け、コナンたちと一緒に美香のマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美香の首の前方にだけ索条痕があり、美容室の店長･緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

美容師・美香の自宅でカットしてもらうため歩美はコナンたちとマンションに行く。が、美香は何者かに殺されていた。美容室の店長・緑の態度に不振を抱いたコナンは、緑が気にしていた不燃ゴミ置き場を捜索するが…。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。林の中に落ちていたボーガンと、木の幹に空けられた穴、矢が撃ち込まれた風呂場の外に落ちていたホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンはひもやホチキスなどの小道具を集め、謎解きの準備を始める。

『奇術愛好家連盟』の集まりで二人が殺され、蘭と園子までがボーガンの矢で狙われた。ボーガンと木の幹に空けられた穴、ホチキスの針。犯人の正体とトリックを見破ったコナンは小道具を集め、謎解きの準備を始める。

園子と蘭が参加した『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。ボードリーダーの西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。疑心暗鬼に陥るメンバーから西山と影法師との口論のいきさつを聞いたコナンは第三の事件に身構えるが…。

『奇術愛好家連盟』の集まりは連続殺人事件の様相を呈してきた。西山が自宅で殺されたのに続き、雪の山中で孤立したロッジでは浜野の死体が雪の降り積もる裏庭に放置されていた。コナンは第三の事件に身構えるが…。

園子がインターネットでアクセスしている「奇術愛好家連盟」の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加することになり、小五郎とコナンは車で二人を送っていく。その帰り道、カーラジオのニュースで蘭が参加している集まりのリーダーが自宅で殺されたことを知り、あわててロッジに引き返すが…。

『奇術愛好家連盟』の集まりが雪の山中にあるロッジで開催された。蘭も園子と一緒に参加。小五郎とコナンは車で二人を送ったその帰り道、ニュースで集まりのリーダーが殺されたことを知りロッジに引き返すが…。

五千万円の身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、床に転がっていた携帯電話からもう一人の犯人が仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという。目暮警部は捕らえた男を解放し、大観衆の中に潜むもう一人の犯人の姿を捜すが…。

身代金入りのバッグを持ち去ろうとした犯人は刑事たちに取り押さえられたが、もう一人の犯人が携帯電話から仲間の解放と、さらに10億円の現金を要求してきた。試合終了までに金を用意しなければ観客を殺すという…。

元日の国立競技場にサッカーの天皇杯決勝を観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人が、脅迫が本物だと見せつけるためのものだった。犯人の指示通り、現金が入ったバッグが用意され、駆けつけた刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

サッカー観戦に行ったコナンたちの目の前でサッカーボールに銃弾が撃ち込まれた。この銃弾は身代金を要求する脅迫電話の犯人の仕業だった。犯人の指示通り、現金を用意し、刑事たちが競技場内で張り込みをするが…。

コナンのクラスに灰原哀という名の奇妙な少女が転校してきた。クールな態度で歩美たちをあしらう哀だが、コナンだけには興味を示す。少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出し、事件を解決する。その復路、哀を家まで送る途中でコナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

コナンのクラスに灰原哀という名の少女が転校してきた。歩美たちは少年探偵団に依頼された事件の調査に哀を誘い、コナンと一緒に同級生の俊也の兄を救い出す。その復路コナンは思いもかけない言葉を哀の口から聞く。

【シーズン3 最終話】銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

銀行の裏口で現金輸送車の襲撃事件に出くわしたコナンは、ターボエンジン付きスケボーで犯人を追跡するが見失う。単なる強盗事件として捜査が開始されたが、犯人の一味と思われるガードマンと元レーサーが殺され、遺留品の口紅から銀行窓口のお姉さんに容疑がかかる。この事件にはもっと裏があると見抜いたコナンだが…。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長･玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

旅回り一座の座付き作家が殺されたのに続き、女性座員の一人が殺され、二代目座長・玉之助も何者かに襲われて負傷してしまった。警察は一座の経理係も兼ねていた被害者の糸江が不正経理が発覚するのを恐れて玉之助を襲ったと考えているらしい。コナンは、玉之助と糸江のほかにもう一人の人物が現場にいたと推理する。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長･玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家･近石が何者かに殺害されてしまう。

蘭のクラスに旅回り一座の二代目座長・玉之助という美少年が転校してきた。一座の通し稽古に招待された蘭は園子とコナン、歩美や元太、光彦を誘って見に行くが、玉之助と座員たちの間が何かギクシャクしている。公演を5日後に控え大急ぎで新作の台本を執筆中だった玉之助一座の座付き作家・近石が何者かに殺害されてしまう。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長･石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋･平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

パーティー会場で小五郎が調査を依頼された会社社長・石本に向かって発射された銃弾は、高田代議士の胸を貫いて死亡させた。犯人と思われる挙動不審の恐喝屋・平岡の転落死体が翌日発見され、事件は解決したと思われた。石本は平岡に脱税をネタに脅迫されていたと告白するが、コナンは事件の真相は別のところにあるとにらむ。

会社社長･石本は何者かに「殺してやる」と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士･高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

会社社長・石本は何者かに「殺してやる」と脅迫されていた。犯人を捜してほしいと依頼された小五郎の目の前で石本が銃で撃たれ、石本の後側にいた来賓の代議士・高田の胸に弾丸が当たり、高田代議士は死亡した。コナンはパーティー会場で挙動不審だった男が照明用の足場に立っているのを目撃するが…。

大人気のお天気お姉さん･浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて「仕事を頼む時は連絡する」と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

大人気のお天気お姉さん・浅野亜紀のメッセージを聞いた元太たちは、亜紀に会いにテレビ局を訪れる。亜紀はコナンのポケベルの番号を控えて「仕事を頼む時は連絡する」と約束。が、亜紀は電話に呼び出されたきり行方不明になり、代役を立てて番組が始まってしまう。そして、コナンのポケベルに謎の数字が次々と表示される。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。

ガムテープで目張りされ、密室状態になった浴室で発見された青島美菜の死を、目暮警部と小五郎は自殺と断定した。が、コナンは自殺に見せかけた殺人事件だと確信していた。犯人を追い詰めるためには、犯行後に密閉された浴室から脱出する方法を突き止め、犯行の決定的な証拠を発見しなくてはならない。