蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

蘭は黒いニット帽の男が気になって仕方がなかった。バスジャック事件の以前にも会ったはずだが、思い出せない。このことを考えると新一が姿を消した時と同じ不吉な胸騒ぎがする。その帰り道、喫茶店に寄ったコナンたちは、封筒を抱えてうずくまっている男を発見する。その封筒には、『○×△』と血で書かれていた。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

護田のマンションで時計探しの真っ最中に、オーディオルームで映画を鑑賞していた出月映子という中年女性が花瓶で頭を殴られて殺害された。そんな時コナンは、事件の他にもうひとつ気になる情報を聞き、蘭の身を案じるが、目の前の事件の謎を解決するため、戸棚の中で証拠を確認し、オーディオルームに急ぐ。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

死んだ妻の形見の時計を探してほしいと毛利探偵事務所にやってきた護田。小五郎に追い返され、ため息をつく護田に、コナンは時計探しを買って出る。コナンたちは護田の家中を探し回るが、時計は中々見つからない。そして、亡くなった奥さんでないと操作が難しく、護田は使っていないという洗濯機の中を探し始める…。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

吹渡山荘というロッジでおこった殺人事件。チョコレートが事件の謎を解く重要なカギになるとはコナンにも予想できなかった。事件のトリックと犯人に思い当たるコナン。しかし証拠がない。その時、蘭と園子、実果と亜子が昼間チョコレート作りをしていたキッチンの中で、吹雪と共に動かぬ証拠がロッジの中に入ってくる。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなのは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

コナンたちは、山奥の吹渡山荘というロッジでまたしても殺人事件に遭遇してしまった。宿泊客の酒見が言う通り、雪崩でトンネルが埋まってしまったため、警察の到着はいつになるか分からない。二垣が所持していた遺品の中で手掛かりになりそうなは、カメラの中のフィルムだけ。そのフィルムの最後に写っていたものは…。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

バレンタインデーを目前にして、コナンたちは山奥の吹渡山荘というロッジに行くことになる。ロッジには、二垣というルポライターと恋人の亜子、亜子の友だちの実果、銃を背負った二人連れの中年男性がいた。夕方から吹雪になり、ニホンオオカミの取材の為ロッジを出た二垣を心配する亜子と実果は森の中を捜しに行くが…。

蘭の母･妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

蘭の母・妃英理が弁護する宇佐美真治のアリバイの鍵を握っているのは、なんと小五郎だった。しかし、公判当日、小五郎は九条により検察側の証人として呼び出されてしまう。宇佐美のアリバイを証明するために訪れた宇佐美のマンション内で見つけた居酒屋“美枡”のマッチを見て、コナンは事件解決の糸口を見つける。

蘭の母･妃英理に対抗する、検察のマドンナ･九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

蘭の母・妃英理に対抗する、検察のマドンナ・九条玲子。その彼女の担当する事件の被告人弁護を引き受けることとなった妃は、今回弁護する宇佐美真治という男のアリバイを証明するため調査を開始。妃は、宇佐美の別れた妻に会うために訪れた居酒屋で、小五郎と再会。アリバイの鍵を握っているのは、なんと毛利小五郎だった。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした2大殺人事件のスペシャル編。

平次と和葉の二人が訪れた浪花中央体育館で開催された、近畿剣道大会で殺人事件がおこる。平次の活躍により事件はその日のうちに解決となった。平次の自宅で念願のてっちり料理を堪能したコナンたちだが、翌日大阪城で、またしても巧妙な殺人計画に遭遇することになった。大阪を舞台にした2大殺人事件のスペシャル編。

【シーズン6 最終話】大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主･大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男･一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

大門家に宿泊した翌朝、コナンたちは離れで大門家の当主・大門源一郎の遺体を、更にオーディオルームで沖滑秀友の鎧を着た長男・一樹の遺体を発見した。一樹が死亡した部屋についていた不可解な傷から、コナンは一樹が自殺ではなく秀友伝説を利用して殺された殺人事件であると確信する。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子･大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主･大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

雪で旅館までの道が封鎖されて困っていたコナン、蘭、小五郎は、大門工業の社長の息子・大門良郎のはからいで大門家に宿泊させてもらえることとなった。しかし翌朝、大門家の当主・大門源一郎が自室の離れで遺体となって発見される。源一郎の部屋からは沖滑秀友の鎧と刀が忽然と消えていた…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン･花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻･礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

小五郎はコナンと蘭をつれてレストラン・花乱亭に食事をしにきた。閉店後、小五郎が店の前を通ると、隣の工事現場からでてきたコックの和田実が花乱亭の主人の妻・礼子の車に乗る所を偶然見かけた。そして翌朝、主人の花岡茂が頭部強打により死亡していた。一見、隣の工事の揺れで花瓶が落ち、頭を強打したかに見えたが…。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ･ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ･ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

アニマルショーの帰り、ショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われて困っていた外国人のジェイムズ・ブラックを助けた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。しかしジェイムズは駐車場で誘拐されてしまう。ジェイムズがストラップに残した手がかりを元にコナンたちは犯人を追い詰めていく…。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ･ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ･ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

アニマルショーにやってきた阿笠博士とコナンたち少年探偵団。その時、アニマルショーのスポンサー、ランディ・ホークと間違われてインタビューを受けていた外国人のジェイムズ・ブラックを助ける。ジェイムズは助けてくれたお礼にランチに招待したいと言い車を取りにいくが、駐車場で誘拐されてしまった。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒･浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

午前2時15分に発生した大地震。翌朝、帝丹神社の境内で落ちてきた鈴で頭を強打し倒れていたさい銭泥棒・浦沢が逮捕された。帝丹神社からの帰り道、コナンたち少年探偵団は、空き巣に入られ、その際に頭を強打し気絶したという被害者の竹中と出会う。コナンたちは浦沢の不可解な行動を紐解いていく…。

島根県･松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の1人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

島根県・松江の旅行先で安藤礼子たち連句の会のメンバーと知り合ったコナンたち。しかし、仲間の１人牛窪が翌日何者かによって殺害された。牛窪の供養の為にもと、連句の会のメンバーは句会を開き、コナンたちもそれに参加した。そしてその連句の会の中でコナンは犯人を追い詰めていく…。

島根県･松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授･安藤礼子たち5名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人･牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

島根県・松江に旅行にやってきたコナン、蘭、小五郎は、ホテルのロビーで大阪から連句旅行に来ていた短大国文科助教授・安藤礼子たち５名の連句の会の仲間と知り合う。翌日、八重垣神社に来ていた蘭とコナンのもとに連句仲間の1人・牛窪が亡くなったとの知らせが届く…。

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか?

母に進められ、佐藤刑事が顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となってしまう。だが肝心の高木刑事は目撃者たちのバラバラの証言から、犯人を絞れないでいた。果たして、高木刑事は日没までに佐藤刑事を迎えにいくことができるのか？

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

佐藤刑事に見合いを勧める佐藤刑事の母。仕方なく了承し顔も見ず適当に決めた見合い相手はなんと白鳥警部だった。同じときコンビニ強盗を追う高木刑事。よそよそしい佐藤刑事を見て白鳥警部はある賭けをもちかける。その賭けとは日没までに高木刑事が迎えに来なければ、佐藤刑事は白鳥警部の妻となることだった。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕 (つばくろ) 財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭･燕健三の孫･秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

学校帰りに公園で遊んでいたコナンたち少年探偵団は、不信な行動をとる燕（つばくろ）財閥会頭秘書の堺に出会う。話を聞くと、燕財閥会頭・燕健三の孫・秋夫が誘拐されたというのだ。健三は孫の安全を考え警察の捜査も断るが、コナンは絵を描くことが大好きな秋夫の絵の中から監禁場所のヒントを見つけ出す。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主･大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師･杉山の遺体を発見する。

オークス牧場にやってきた、コナン、蘭、小五郎は、従業員の竹内早苗に牧場を案内してもらっていた。その時、突然暴れ、逃げ出す牧場主・大楠友之の愛馬マダムリープ。引き止めるマダムリープの蹄に血がついているのに気づいたコナンは、馬小屋で頭から血を流した装蹄師・杉山の遺体を発見する。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

婚約パーティの最中に襲われた沖野ヨーコの友人で女優の草野薫。その場にいた全員の身体検査をしたが薫を襲った凶器は見つからなかった。最近ストーカーに付きまとわれていると言っていた薫の証言と部屋の中から見つかった盗聴器により、外部の人間による犯行と思われたが…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

小五郎のもとに沖野ヨーコから友人で女優の草野薫の婚約パーティの招待状が届いた。同じく招待された、元アースレディースの岳野ユキと星野輝美とともに、薫が風呂から出た時にアースレディースの衣装で出迎えてビックリさせようという計画だが、薫は一向に出てこない。心配になり見に行くと、そこには無残な薫の姿が…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、2人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは１時間の距離があり、兄弟2人に犯行は不可能に思えたが…。

ペンションオーナーの村上紫郎と弟の立柴金次とともに癒しの森にあるペンションにやってきた、コナン、蘭、小五郎。村上と立柴が夕食用の山菜採りから戻ると、2人の父であり村長である村上竜蔵が自宅で殺害されたとの知らせが届く。村長宅からペンションまでは1時間の距離があり、兄弟2人に犯行は不可能に思えたが…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

漁師の吉澤と下条・根津の3人と話し合いのためホテルのレストランで待ち合わせをしていた荒巻が海で遺体で発見された。園子がトンチンカンな推理をするが、コナンはそれをヒントに殺害方法と犯人を突き止める。荒巻の携帯に残された着信履歴から犯人を追い詰めるが…。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

伊豆の海に遊びに来た阿笠博士とコナンたちは漁師の吉澤と下条と知り合う。2人は海のルールを無視し手荒な漁をする荒巻と話し合いをするため、ホテルのレストランで待ち合わせをする。約束の時間になっても荒巻が現れないので、もう一人の漁師根津が電話をかけるが、電話越しに聞こえたのは波の音だけだった…。

ストーカー調査のために依頼人の建築家･金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

ストーカー調査のために依頼人の建築家・金沢柳一郎のもとに来たコナン、蘭、小五郎。3ヶ月前から毎週のように写真が送られてくるが、全く心当たりがないという。その日の夜、金沢の庭内で夕食の最中に一発の銃声が鳴り響く。12時間で一周するヒマワリ館と呼ばれる屋敷の部屋の中で金沢は銃で撃たれ死亡していた。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、4年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

首を吊って死亡していた毛利小五郎のニセモノ。そばにあったアタッシュケースの中に入っていた５年前のスポーツ新聞と長い毛髪を見て、コナンは殺人事件だと断定した。捜査するにつれ、スポーツ新聞が何かの隠し場所を示す暗号だと気付いたコナンは、4年前に死亡した赤いジャケットの男の持ち物から犯人を追い詰める。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には4年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

事件の調査のため依頼された葵屋旅館の主人に会う群馬県警の山村刑事、コナン、蘭、小五郎。その事件には4年前に死亡した赤いジャケットの男と、その男が主人にあずけたアタッシュケースが関係しているという。しかし、すでにアタッシュケースは毛利小五郎を名乗る別の男が持ち去っていた。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。

いつも元気な元太の様子がおかしい。給食は残すし、コナンたちを避けるように一人で学校から帰ってしまう。コナンたちが問い詰めると、元太はひったくりの犯人を目撃して命を狙われていると訴える。初めは本気にしなかったコナンたちも、元太の頭上めがけてデパートの看板が落下してきたのを見て真実だと悟り対策を考える。