コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事･白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

コナンたちは針尾の殺害現場に遭遇し、小五郎は前日に知り合った4人を事情聴取することを提案する。下関警察署に集められた4人は、それぞれアリバイを主張。針尾に変装して犯行時刻を偽装することが犯人の狙いだ。それが事実ならば、誰にでも針尾の殺害は可能。謎を解く突破口を見つけたコナンは、聞き込みを始める。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。4人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、4人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

観光のため山口県下関市にやってきたコナンたちは、そこで、秋田谷徹、野島栄子、大坪圭介、井坂茜と知り合う。4人は自殺したもう一人の仲間、本堂和行の13回忌と、大坪と茜の婚約を祝うために集まったのだという。その夜、4人に案内された先で、本堂を自殺に追い込んだ張本人だという針尾という男が現れた。

蘭の母･英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

蘭の母・英理が当番弁護士を引き受けた事件の公判が始まり、九条は井上に大津を殺害する動機があることを明かし、英理を窮地に追い込む。コナンは小五郎と共に殺害現場に行き、大津殺害の瞬間にトリックが存在したことに気づく。事件現場の社長室を調べるのに立ち合った有馬の証言から、コナンは事件の真相に思い当たる。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ･九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

蘭の母で弁護士の英理は、検察のマドンナ・九条玲子検事の担当する事件の被告の当番弁護士を引き受けた。事件は不動産業の事務所で社長の他殺死体が発見され、事務所荒らしの常習犯の井上隆志が逮捕されたというもの。井上は空き巣の現場を社長に見つかり、争いになり社長の頭をガラスの灰皿で殴ったと自供したが…。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長･河井に招待され、河井の知り合いの金融業者･山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘･サヨリの悲鳴が聞こえる。

小五郎とコナン、蘭は、工務店社長・河井に招待され、河井の知り合いの金融業者・山崎と共に屋形船に乗りこんだ。米花湾の中程で、コナンたちは対岸の夜景と花火を楽しみながら料理をごちそうになり、河井と山崎は舳先で釣りをしていた。その時、河井たちにビールを届けに行った船長の娘・サオリの悲鳴が聞こえる。

汚職疑惑の渦中にある国会議員･成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた"殺人計画"は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

汚職疑惑の渦中にある国会議員・成増健三の主催するテニス大会に参加するため熊本にやって来たコナンたち。試合会場を抜け出して携帯電話を届けに行く最中、蘭が何者かに誘拐された。あせるコナン。蘭が伝えてきた“殺人計画”は進行しているに違いない。計画の全容をつかむためにも、蘭の居場所を早く突き止めねば…。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子、会いたい! 明日12時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

コナンと少年探偵団、蘭、園子、小五郎は飛行機で熊本にやって来た。観光している道中、園子が携帯電話を拾いメール画面を示す。そこには「その子…会いたい！明日11時に待っている」とある。園子は自分と同名のその子の恋の手助けをしようと、直接待ち合わせ場所に行き、メールの差出人に携帯電話を渡そうと考える。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長･金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか? コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。島の町長・金城の周辺で起きた事件の数々は、今回の事件と関わりがあるのか？コナンと平次は伊江と下地の殺害方法の違い、別荘の椅子に書かれた名前の不自然さ、そして蘭と和葉との会話から、伊江を殺した犯人のトリックに気づく。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。だが、スタッフの1人･伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で沖縄にやって来た平次とコナンたちは、スタッフとともにクルーザーで無人島に渡る。が、スタッフの1人・伊江が絞殺死体で発見され、乗ってきたクルーザーも消えていた。廃墟のような金城家の別荘で救助船を待つ間、コナンたちは金城家に起きたという不幸な事件の話を聞く。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、1年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ6人とともにクルーザーに乗り込む。

小五郎と平次の東西推理対決というテレビの企画で、コナンたちは沖縄にやって来た。二人が推理するのは、1年前、『鬼亀島』と呼ばれる無人島で奇妙な文字を背にして餓死した男の遺体が発見されたという事件だった。小五郎にどうしても負けたくない平次は、コナン、蘭と和葉、スタッフ6人とともにクルーザーに乗り込む。

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯･沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが、光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

内緒でどこかへ出かけてしまった光彦を探すため、群馬県のある森の中までやって来たコナンたちは、群馬県警の山村刑事と出会い、連続殺人犯・沼淵が森の中に逃亡したことを知る。コナンたちは光彦を捜す3つの手掛かりを元に捜索を開始。光彦の身を案じ、探偵バッジで呼びかけるが…光彦はすでに沼淵に捕まっていた。

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか?

夏休み恒例のラジオ体操に姿を見せない光彦を心配した阿笠博士とコナンたちは光彦の家を訪れる。光彦の部屋に残されていたラジオ体操の出席カードからコナンは、光彦が以前から計画してどこか遠くへ行ったと考える。真面目で協調性を重んじる光彦が、コナンたちに背を向けて単独行動を取る理由は何なのか？

新一の母･有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優･ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた4人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、"ナイトバロニス"としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

新一の母・有希子に連れられて観たミュージカルの上演中に、主演男優・ヒースが何者かに射殺された。犯人は舞台上にいた4人の女優の中にいると考えた新一だが、見知らぬ日本人の少年に秘密を打ち明けるはずがない。スタッフの口を開かせたのは、“ナイトバロニス”としてアメリカの人気者になっていた有希子だった。

新一の母･有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優･ヒースが演じる主人公が3人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた。舞台はギリシャ神話の「金の林檎」を題材とし、男優・ヒースが演じる主人公が3人の美女の中から一人を選ぶというものだ。クライマックス、天使に変身したヒースが舞台中央から空中を舞うはずが…。

横浜･中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母･有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

横浜・中華街で事件が解決した直後、蘭は高熱で倒れてしまう。朦朧とする意識の中で蘭は新一と二人でアメリカに住む新一の両親に会いに行ったときのことを思い出していた。新一の母・有希子に連れられ、ニューヨークに来た15歳の蘭と新一は、ブロードウェイで評判のミュージカル「ゴールデンアップル」の楽屋を訪れた…。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

川端の死因となった毒物が入っていたと思われる容器がトイレで発見された。小五郎は店に入ってからトイレに行っていないが、それでも横溝警部は小五郎を疑い続ける。コナンは食卓を囲んでいたメンバーと横溝警部に事件を再現しながら、食事中に何が起こったのか、その真相と真犯人について、謎を一つ一つ解き明かしていく。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

福引で当てた食事券を使うため、コナンたちは横浜・中華街へとやってきた。が、目的の店で食事券を使うことができず途方に暮れていると、川端という映画プロデューサーが蘭をスカウトしたいと声をかけてきた。と、突然、川端が喉元を押さえて苦しみだし死亡した。捜査に当たった横溝警部の弟は小五郎が怪しいと決めつける。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者4人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか? その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

木山家具社長の馬島宅に一泊したコナンたちは、翌朝馬島の絞殺死体を発見する。容疑者4人の証言から、事件のトリックを考え続けるコナン。犯人はどうやって足跡もつけずに遺体を庭の真ん中まで運んだのだろうか？その時、ごみ箱に捨てられていた脅迫状が発見される。それは馬島を洋館の屋上に呼び出すものだった。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら3人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

山道で車がガス欠し困っていたコナンと蘭、小五郎は、通りかかった木山家具社長の馬島に助けられ、晩餐会に招待された。馬島の勧めで別棟の洋館のサロンに案内されたコナンたちは、そこで社長秘書の橋本、木山インテリア社長の遠藤、フリーライターの木山智則と知り合う。どうやら3人とも馬島に恨みを抱いているらしい…。

歩美、元太、光彦の3人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた3人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

歩美、元太、光彦の3人は廃ビルの中で探偵ごっこをしている最中、本物の殺人事件現場を目撃する。歩美は探偵バッジでコナンに連絡を取るが、軽トラックの荷台に飛び乗った元太と光彦を追うはずみでバッジを落としてしまう。軽トラックの荷台で段ボール箱に隠れた3人は死体と一緒にどこかへ運ばれていく。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の3人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士が観戦したサッカーの試合の帰りの電車内で、悪名高いフーリガンの赤野が何者かに刺殺された。容疑者と睨んだノワール東京サポーターの吉良蓮絵と大葉悦敏、東京スピリッツサポーターの船戸三昭の3人はそれぞれアリバイを主張し、証明できたのは車輛に乗っていたということだけだった…。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力FWだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター･赤野の悲鳴を聞く。

コナンたち少年探偵団と阿笠博士は、東都競技場で行われた東京スピリッツ対ノワール東京のサッカーの試合を観戦した。負けたノワール東京の戦力が落ちた原因の一つに、主力ＦＷだった比護選手の移籍があげられる。そんな話をしながら乗った帰りの電車内で、コナンたちはノワール東京の熱狂的サポーター・赤野の悲鳴を聞く。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒の組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした3人の目の前で隣室の住人･高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンと服部平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディが黒ずくめの組織のメンバーかもしれないと疑い、ジョディの住むマンションを訪れる。だが、連れ立って食事に出ようとした3人の目の前で隣室の住人・高井が墜落死した。高井はどのようにして窓から落下するように仕向けられたのか。密室殺人事件の謎を解くカギとは…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒の組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは2人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師･ジョディを調べ始める…。

コナンは阿笠博士に小五郎の事件調書の情報が警視庁から盗まれていたことを明かした。黒ずくめの組織が関係していると察した阿笠博士は、親友の服部平次を呼び寄せていた。コナンは2人に、杯戸シティホテルの事件の中に犯人のピスコの仲間がいたはずだと話す。コナンと平次は、蘭の高校の英語教師・ジョディを調べ始める…。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

歩美が何かを必死で探し回る高木刑事を見かけたというので、コナン、元太、光彦も歩美と共に公園に駆けつける。高木刑事はこの公園でケンカの仲裁をした後、警察手帳が紛失していることに気づいたと打ち明ける。ケンカをしていたのは半崎という売れない歌手とそのマネージャーの杉山という男だというが…。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

新出医院で出会った老人の「亡霊が出る」という言葉に惹かれてアパートについて行ったコナンたちは、老人の言葉通りの怪現象を体験する。コナンは謎ばかりのアパートに興味津々。窓から覗く不気味な人影と、老人が見たという人魂の仕組みが理解できない。コナンは小五郎にばかり蛾がとまるのを見て、あることに思い当たる。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…。」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか?」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

風邪で寝込んだ蘭は、見舞いに来た園子に「誰かに覗かれているようで怖い」と訴える。「今時、お化けなんて…」と笑い飛ばす小五郎に背後から老人が声をかけた。音無芳一というその老人は、コナンに「亡霊を見に来るか？」と誘う。幽霊話に興味を持ったコナンと小五郎は、嫌がる蘭を連れて老人のアパートについていく。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

コナンたちは、歩美と大森静というお婆さんと一緒に公園で猫の世話を手伝っていた。翌日、約束の時間になっても現れない静を心配したコナンたちは静のアパートに行ってみる。が、静は応答しない。コナンたちは、何の情報も得られなくて困り果てていた。そこへ静が特に可愛がっていたブルースという名の野良猫が現れた…。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。

下校途中コナンたちは、喫茶店前のエスカレーターで殺人事件に遭遇する。刺殺された中条は抱えている封筒に血で書いた『○×△』というダイイングメッセージを残していた。暗号が何を表すのか、コナンたちにも、目暮警部にも分からなかった。その時コナンはジョディの言葉から、血文字の暗号を解くヒントを得る…。