コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。

コナン、蘭、小五郎は園子に誘われ軽井沢の別荘に遊びに来た。だが、増水した川に荷物ごと車を流されてしまい、山奥にある明石巌夫の家にたどり着く。そこで昼間に会ったテニスインストラクターの明石寛人と再会。ところが、その夜、寛人の義理の父親である巌夫が首を吊って死んでいるところをコナンと蘭が発見する。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンたちは事件に遭遇。目暮警部は、アウトドア同好会の福浦玲治、飯合拓人、天堂晴華を事情聴取し、キャンピングカーを運転していた玲治を怪しいとにらむ。一方、キャンピングカーのサンルーフに付着した血痕と血のついたビニールシートを発見したコナンは、トリックを解明するが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の4人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

阿笠博士の車でキャンプに出かけたコナンと少年探偵団の子供たちは、アウトドア同好会に所属する福浦玲治、白藤泰美、天堂晴華、飯合拓人の４人と知り合う。その夜、コナンたちは道の真ん中に倒れた泰美を発見する。しかも、もう息はない。間もなく目暮警部たちが到着し、現場検証をした捜査陣は事故と判断するのだが…。

コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。

コナン、蘭、小五郎は蘭の先輩である大学生の小島由貴に、友人である沢口圭子の誕生日と留学祝いを兼ねたパーティーに誘われる。パーティーが始まり、ワインを一口飲んだ圭子は突然苦しみだし、絶命してしまう…。警察は圭子の隣に座っていた野中に疑いを持つが、コナンは、真犯人の正体とトリックを見破るのだった。

都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る複数の人影。最後の1人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間…。

都内で発生している連続放火事件を調査していたコナンと平次。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供するが、納得できないコナンたちは玄田宅を捜査。そして、ついに事件の確信に迫る物証を発見する。その夜、玄田宅に忍び寄る３人の影。最後の1人が電気スタンドに何かを仕掛けようとしたその瞬間…。

都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹･権藤系子、そして亮子の夫･諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが…。

都内で発生している連続放火事件で、主婦の諸角亮子が焼死した火災を調査していたコナンと平次。諸角邸を訪れた風水アドバイザーの曾我操夫、亮子の妹・権藤系子、そして亮子の夫・諸角明らそれぞれに殺害動機があることが明らかになる。そんな中、骨董品店店長の玄田隆徳が犯人は自分だと自供。一件落着かと思われたが…。

都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

都内では現場に赤い馬が残されている連続放火事件が発生していた。探偵の楠川からの依頼でコナン、平次、小五郎は調査で諸角邸を訪れるが、主婦の亮子に気のせいだったと追い返されてしまう。コナンたちが諸角邸を後にした直後、諸角邸から出火し、逃げ遅れた亮子の焼死死体が発見される。さらに赤い馬の人形も見つかり…。

暗号文の解読を強要され、弁護士･伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。

暗号文の解読を強要され、弁護士・伊藤美沙里の家の屋根裏部屋に監禁されている平次と和葉。そのころ、待ち合わせていた平次たちが現れないことを心配していたコナンたちの携帯に平次から電話が入る。これからメールで送る暗号文を解いてくれと言うのだ。平次の送ってきたメールを解読したコナンは、あることに気づく。

平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士･伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。

平次と和葉は何者かに監禁され、数字とアルファベットで構成された暗号を解くことを強要されていた。一方、コナン、蘭、小五郎は時間になっても現れない平次たちを捜して探偵の楠川のアパートを訪れた。間もなく、コナンたちは弁護士・伊藤美沙里の家にたどり着くが、彼女から平次たちのことは全く知らないと聞かされる。

病院でクラスメートの片岡純と間違われ、誘拐されてしまったコナンは、廃ビルからの脱出を試みていた。一方、蜜蜂便のマークをつけた逃走車は警察が追跡する中、高速道路のトンネルの中で忽然と姿を消してしまう。そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される…。

病院でクラスメートの片岡純と間違われ、誘拐されてしまったコナンは、廃ビルからの脱出に成功する。一方、蜜蜂便のマークをつけた逃走車は警察が追跡する中、高速道路のトンネルの中で忽然と姿を消してしまう…。そんな中、駐車場に止めてあった軽四輪の中で男の絞殺死体が発見される。その被害者は誘拐犯の吉沢正だった。

コナンと少年探偵団は入院したクラスメートの片岡純の見舞いに米花総合病院を訪れた。そこで会社社長である純の父親･片岡茂と彼の運転手･北山吾郎、そして新進デザイナーの江崎幸子と出会う。純がゲームセンターに行きたいと言い出し、コナンが身代わりになることに。だが、純と間違われたコナンは誘拐されてしまう。

コナンと少年探偵団は入院したクラスメートの片岡純の見舞いに米花総合病院を訪れた。そこで会社社長である純の父親・片岡茂と彼の運転手・北山吾郎、そして新進デザイナーの江崎幸子と出会う。純がゲームセンターに行きたいと言い出し、コナンが身代わりになることに。だが、純と間違われたコナンは誘拐されてしまう。

米花町にある住宅街の公園で男の絞殺死体が発見された。被害者は時代劇小説家･月形龍太郎の弟子、久坂雄一。久坂と弟子の座を争っていたもう1人の弟子･猿橋勝が怪しいと思われたが、猿橋にはアリバイがあった。懸命に考え込むコナンは、本屋で月形の著書を目にする。本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。

米花町にある住宅街の公園で男の絞殺死体が発見された。被害者は時代劇小説家・月形龍太郎の弟子、久坂雄一。久坂と弟子の座を争っていたもう1人の弟子・猿橋勝が怪しいと思われたが、猿橋にはアリバイがあった。懸命に考え込むコナンは、本屋で月形の著書を目にする。本の帯には「逆転に次ぐ逆転」という文字が…。

「KURON」という健康器具会社の山荘で社長の梅宮がナイフで刺された。加害者の平松は車で逃走中に崖から落下して死亡した。警察はハンドルミスによる事故と断定するが、コナンはだれかが仕掛けた殺人事件だと気づく。テストルームに設置されていたビデオを見たコナンは、平松が梅宮を刺すシーンから真実を見いだす。

「KURON」という健康器具会社の山荘で社長の梅宮がナイフで刺された。加害者の平松は車で逃走中に崖から落下して死亡した。警察はハンドルミスによる事故と断定するが、コナンはだれかが仕掛けた殺人事件だと気づく。テストルームに設置されていたビデオを見たコナンは、平松が梅宮を刺すシーンから真実を見いだす。

伊豆からの帰り道、峠道で小五郎の車が止まってしまい、コナンたちは「KURON (クーロン)」という健康器具会社の山荘に助けを求める。山荘では中野、笠原、平松が開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中だった。平松の製品が採用されるが、平松は梅谷社長をナイフで刺し、車で逃走中に崖から落下して死亡した。

伊豆からの帰り道、峠道で小五郎の車が止まってしまい、コナンたちは「KURON（クーロン）」という健康器具会社の山荘に助けを求める。山荘では中野、笠原、平松が開発した新製品マッサージシートの社内コンペ中だった。平松の製品が採用されるが、平松は梅谷社長をナイフで刺し、車で逃走中に崖から落下して死亡した。

小五郎に連れられてプロレス観戦するため東都国技館を訪れたコナンたちは、またも殺人事件に遭遇する。犯行現場に仕掛けられたビデオを見たコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。いつものように小五郎を眠らせたコナンは、4人の容疑者を呼び戻し、全員にマスクを被らせある指示を出す。

小五郎に連れられてプロレス観戦するため東都国技館を訪れたコナンたちは、またも殺人事件に遭遇する。犯行現場に仕掛けられたビデオを見たコナンは、ウルフェイスのマスクの紐を見ているうちに、あることに気づく。いつものように小五郎を眠らせたコナンは、4人の容疑者を呼び戻し、全員にマスクを被らせある指示を出す。

小五郎に連れられて、プロレス観戦に訪れたコナンと蘭。その日のメインイベントは覆面レスラーのウルフェイスと若手エース、永瀬豹太のタイトルマッチ。しかし、その試合直前に控室で永瀬の刺殺死体が発見された。控室に仕掛けられたカメラには犯行の瞬間と犯人が映っていたが、犯人はウルフェイスの覆面を被っていた。

小五郎に連れられて、プロレス観戦に訪れたコナンと蘭。その日のメインイベントは覆面レスラーのウルフェイスと若手エース、永瀬豹太のタイトルマッチ。しかし、その試合直前に控室で永瀬の刺殺死体が発見された。控室に仕掛けられたカメラには犯行の瞬間と犯人が映っていたが、犯人はウルフェイスの覆面を被っていた。

小五郎はコナンと蘭を連れ、飲み仲間の日本画家・早河静山の別荘を訪れた。スランプから指が震えるようになり、自殺未遂を図った静山を励ましてほしいと弟子の黒木次郎に頼まれたのだ。しかし翌日、竹林の中で首を吊った静山の遺体が発見される。コナンは周囲の状況や踏み台の位置がずれていることから、自殺に疑問を抱く。

小五郎はコナンと蘭を連れ、飲み仲間の日本画家・早河静山の別荘を訪れた。スランプから指が震えるようになり、自殺未遂を図った静山を励ましてほしいと弟子の黒木次郎に頼まれたのだ。しかし翌日、竹林の中で首を吊った静山の遺体が発見される。コナンは周囲の状況や踏み台の位置がずれていることから、自殺に疑問を抱く。

コナン、蘭、小五郎は小天狗山にハイキングにやってきた。頂上に近付いたコナンたちは、作業着姿の男性が突風にあおられて崖から落下するのを目撃する。警察は事故として処理しようとするが、コナンは納得が出来ない。そして、遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ったコナンは、ついに事件のトリックに気づき…。

コナン、蘭、小五郎は小天狗山にハイキングにやってきた。頂上に近付いたコナンたちは、作業着姿の男性が突風にあおられて崖から落下するのを目撃する。警察は事故として処理しようとするが、コナンは納得が出来ない。そして、遺体の脇に蜘蛛の糸が付着していたことを知ったコナンは、ついに事件のトリックに気づき…。

コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

コナンたちは歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。コナンは歩美の「階段…」という言葉でついに事件の謎を解き明かすが、階段の踊り場で夕陽を見る歩美はなぜか落ち着きがない。

コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

コナンたち少年探偵団は歩美の誘いで、七段飾りの雛人形を並べられれば、その人形がもらえるという観野宅を訪れた。しかし、コナンたちが買い物へ出かけている間に、高額な掛け軸「雷神」が空き巣に盗まれてしまう。警察は犯人はベランダから侵入したと断定するが、コナンはファックスの送信時刻からあることに気づき…。

黒の組織のメンバー･ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

黒ずくめの組織のメンバー・ウォッカとの取引場所である賢橋駅に近づいたコナンは、車に乗せてくれたカップルが宝石強盗犯だということを暴いた。宝石強盗犯の処理を阿笠博士に任せ、コナンは一人で取引現場へと向かう。ウォッカが指定したコインロッカーに先回りし物陰で見守るコナン。そこへ拳銃を手にしたジンが現れた。

変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。

変声器で板倉の声を再現しウォッカと交渉した結果、賢橋駅のコインロッカー前で板倉のソフトの受け渡しをすることになったコナン。今のところ、ニュースは宝石強盗犯逃亡の情報だけしか扱っていない。東京に戻る途中、阿笠博士の車のタイヤがパンクし、コナンと阿笠博士は通りかかった車に乗せてもらうことになるが…。

板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒の組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたMOのコピーが入っている。一刻も早くMOの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでMOを開く。

板倉の死の真相を解明し、殺人事件を解決したコナンだったが、板倉が黒ずくめの組織と関わっていたと思われる以上、そちらの追求をしなければならない。ポケットには、板倉の日記が記されたMOのコピーが入っている。一刻も早くMOの中身を見たいと意気込むコナンは、阿笠博士の家に行き、パソコンでMOを開く。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のMOディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒の組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてMOのコピーを作成する。

コナンの指摘で事件は心臓発作に見せかけた殺人事件と断定された。板倉の持ち物のMOディスクに直接関係のありそうな書き込みはなかった。だがコナンには、黒ずくめの組織の手がかりがつかめるかもしれない貴重な資料だ。眠りの小五郎の推理ショーを始めたコナンは、パソコンの操作を説明するふりをしてMOのコピーを作成する。

毛利探偵事務所に3人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア･板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒の組織のメンバー･テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは3人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

毛利探偵事務所に3人の依頼人が訪れた。行方不明の有名なシステムエンジニア・板倉を捜してほしいという。コナンが追い続けている黒ずくめの組織のメンバー・テキーラと似た風貌の男を見かけたと聞き、この事件に関係しているのではないかと考える。コナンたちは3人の依頼人とともに板倉が潜伏していた部屋を訪れるが…。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎が訪れた洋館で起こった殺人事件。捜査のために殺害現場を訪れたコナンは、床に貼ってあるガムテープに付着していた綿を見て、凶器と犯人に気づく。早速小五郎に麻酔針を打ち込もうとするコナンだが、なぜか麻酔針が出ない。仕方なくコナンは小五郎に事件のヒントを与えることに。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

ミステリー番組の出演を依頼された小五郎は、コナンと蘭を連れてロケ現場の洋館にやってきた。そこで出会った出演者の雨城瑠璃は小五郎と英理の中学の同級生だった。撮影が始まると、主役の風見良輝はなぜか機嫌を悪くして現場から立ち去ってしまう。その後、瑠璃の悲鳴とともに二階の一室に血まみれの風見の遺体があった。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は3年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は3年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

【シーズン7 最終話】最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主･細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

最近、曙町で連続している空き巣事件の犯人を捕まえようと、コナン、歩美、元太、光彦は曙町にやってきた。人通りのない住宅街で手がかりを探していると、傍らのマンションから女性の悲鳴が聞こえてきた。コナンたちが駆けつけると、部屋の主・細野早苗がソファを指さしている。そこでコナンは、老女の他殺死体を発見する。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中身を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。