コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。

コナンと平次は、若い頃の範田、星河、姫宮が一緒に写る写真を見て、何かに気付く。この後、蘭と和葉は停電の前と後で花瓶の影が違っていた事を思い出す。そして目暮は千葉刑事に聞き込み捜査の指示を出す。その直後、コナンと平次は窓ガラスに映った自分たちの顔を見てハッとした表情になり、しばらく窓ガラスを見つめる。

星河、蘭、和葉は2階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。

星河、蘭、和葉は２階の廊下で姫宮の遺体を発見。星河は正影の部屋から警察に電話を入れ、コナンはその部屋の窓が開いている事に気付く。そして遺体の横の資料倉庫が何者かに荒らされていた。資料庫には正影のネタ帳、正影ノートがあるという。犯人はネタ帳を盗んだ後、姿を見られたため姫宮を殺害した、と平次は推理する。

コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。

コナンは蘭、平次、和葉と一緒に「星河童吾超奇術ショー」を観に行く。閉演後、楽屋にマジシャンの範田力、姫宮展子が現れる。星河、範田、姫宮は10年前に姿を消した謎のマジシャン、Mr.正影の弟子で、姫宮は誰が正統な後継者かをはっきりさせようと言い出す。そして、範田に誘われてコナンらも正影の家へ行くことに。

午前5時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。

午前５時、ジョギング中の広松広は頭から血を流して倒れている男性を発見し、119番通報する。しかし救急車が遅い為、広松は消防署へ迎えに行く。しばらく後、現場で桜田警部補が姿を消した第一発見者を捜していると、救急車に乗って広松が現れる。桜田は被害者が即死の状態にもかかわらず救急車を呼んだ広松を疑うが…。

少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。

少年探偵団と灰原は、ユリコの曾祖父、伊勢川剛三が残した財宝を見つけるため、「天使の館」へ。秘書兼遺言執行人の時計から聞いた剛三の言葉をヒントに一行は謎解きを進める。そしてコナンは北の天使の塔で黒水晶を発見。次の手掛かりは南の天使の塔にあると推理する。一行は南の天使の塔の扉を開ける方法を思案するが…。

少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。

少年探偵団に隣のクラスの松中ユリコが協力を依頼する。聞くと、曾祖父で荒ぶる牛と畏れられた相場師、伊勢川剛三が亡くなる前に秘書の時計に遺言を残したという。それは謎を解いた者に宝を与えるというもの。謎解きの猶予は24時間。相続権の高い者から挑戦でき、ユリコに17番目の挑戦者として順番が回ってきたらしい。

佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

佐藤刑事らは後村が飛び降り自殺したと考え、署に戻ろうとする。高木は自分が刑事という事や子供も事件に関わっている事を事前に知っていた猫田を宝石強盗犯と疑い始める。猫田は動揺するが、自分が犯人なら飛び降りた後、どこに消えたのかと反論。コナンはロープを使い、犯人が投身後に消えたトリックを暴く…。

下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。

下校中、宝石店に入る高木刑事を見かけたコナンらは、そこで強盗犯に遭遇。男は宝石を入れたバッグを持って逃亡。しかし高木らにビル屋上へ追い詰められた男はフェンスを越え、トラックの屋根に落下する。コナンは男が飛び降りたこと、ヘルメットを被っていたのに頭から大量の血が流れたことなど、不可解な点に疑問を抱く。

最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、1万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」(ヨロシク) という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。

最近、蘭はコナンの正体は新一だと疑っている。動かぬ証拠を得るため、蘭はコナンが落とした携帯電話のロックを解除しようと、1万通りある暗証番号を順番に入力するも途中で諦める。その後、外で車のクラクションが鳴り、蘭は車を確認。「46-49」（ヨロシク）という車のナンバーを見て蘭は半年前の事を思い出す…。

小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。1万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、3人に犯行時刻となる午後7時半のアリバイを再度確認する。

小五郎の依頼人、狩谷伴子が殺害され、コナン、目暮警部らは狩谷家の人に話を聞き、犯人は伴子の携帯のロックを解除した人物と推理する。1万通りの暗証番号を試せるのは部屋にこもる大策、滋英、嗣貴と考える。それぞれに動機があると判断した目暮たちは、3人に犯行時刻となる午後7時半のアリバイを再度確認する。

「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

「家族連れで」という条件付きの仕事依頼を受けた小五郎は、コナンと蘭とともに依頼人の家へ向かう。依頼人の狩谷伴子は携帯電話を探してほしいと依頼。その後、伴子に携帯が見つかったといわれ調査は終了するが…。帰り道、阿笠博士の家に立ち寄ったコナンは、伴子の遺体が発見されたというニュースを目にする。

コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、3人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前9時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。

コナンと小五郎は、散歩中に警官の木下と和菓子屋「夕月」の相川悦子、検死官の辻村が揉み合う場面に遭遇し、3人から事情を聞く事に。話によると、2時間前の午前9時、悦子はマンションの105号室から出てくる怪しい男を目撃。通報を受けた木下らが部屋に入ると女性の遺体を発見したという。女性は自殺と思われたが…。

文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、堆沙利奈、千住えり。三種の神器の残り1つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。

文字の刻まれた勾玉、石鏡を手に入れたコナンたちと須藤雲造、推沙利奈、千住りえ。三種の神器の残り１つ、草薙の剣を見つければ宝の場所がわかると推理し、地下から脱出を図る。そんな折、哀は絞殺され沼に沈められた玉井照尚の手帳が乾いて読めるようになった事に気付く。手帳を読むと玉井は相棒に殺された事が判明する。

阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。

阿笠博士が警察を呼んで戻るまで、からくり屋敷で宝探しをすることになったコナンたち。コナンは灯籠の暗号を解読しようとするが、元太は我慢できずに屋敷内へ入り、罠に引っ掛かってしまう。そんな元太を救う人物がいた。トレジャーハンターの須藤雲造だ。コナンたちは警戒しつつも仕掛けに詳しい須藤と行動を共にする。

コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒の組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。

コナンは少年探偵団と哀、阿笠博士とキャンプにやってきた。テント脇でコナンと阿笠が黒ずくめの組織のボスのメールアドレスを分析していると、薪を拾っていた歩美たちが現れ、森の辺りで文字が刻んである四角い石の箱を見つけたという。早速、皆で石の箱を見つけた場所へ行ってみると、そこには朽ち果てた屋敷が建っていた。

金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。

金属加工会社の経営者の堂本正三郎が誘拐された。彼は腎臓に疾患があり、6時間ごとに薬を投与しなければ命にかかわるという。しかも犯人は事故死したことを知る。正三郎が最後に薬を投与したのは朝の9時。すぐ容態が急変するわけではないが、8時間以上間をあけると絶望的だという。タイムリミットまであと1時間30分。

コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者･南田の犯行ではあり得ないのだ。

コナンは町工場で捜査中の高木刑事と遭遇。どうやら殺人事件のようで、被害者はこの工場の社長、北村勝五郎。被疑者と目される人物はすでに逮捕されていた。しかし、ひとつ問題があった。北村の胸に刺さっていたナイフの角度は斜め下。北村より20cmも背が高い被疑者・南田の犯行ではあり得ないのだ。

高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。

高層マンションの23階で会社員の仲本広俊が刺殺された。コナンたちが目撃した不審な男は、被害者の同僚・加藤彰だと判明。しかし、加藤は千葉刑事のマンションに居候しており、犯行時刻に千葉と一緒にテレビを観ていたという。しかし、寝室、台所、そして玄関の掛け時計を見たコナンは、やはり犯人は加藤だと確信する。

目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。

目暮警部は松本管理官から、鳥取県警からの要請で全国を中心に荒し回っている窃盗団の合同捜査に誰かを派遣してくれと頼まれる。そこで松本管理官が高木を推薦。高木刑事もこれを聞き、ぼう然となる。佐藤刑事と別れたくないからだ。まもなく高層マンションの23階で男性の刺殺死体が発見されたとの通報を受ける。

蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その2日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして2日たってから、遺体を発見させたのか。この2つの謎に推理をめぐらす。

蔵元・高隈酒造を訪れたコナンたち。翌日、専務の辰村慎介の家を訪れると、居間で血痕のついた置物を発見。その2日後、辰村の遺体が他殺死体で見つかる。コナンはなぜ犯人が辰村を殺した後、わざわざ家の中から運び出したのか。また、どうして2日たってから、遺体を発見させたのか。この2つの謎に推理をめぐらす。

小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎“高隈”を造っている蔵元･高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ像が転がっていた…。

小五郎に連れられて鹿児島にきたコナンと蘭は、幻の焼酎“高隈”を造っている蔵元・高隈酒造を訪れた。迎えてくれたのは当主の白石覚志と妻の扶美子だ。翌日、扶美子の案内で鹿児島観光をしたコナンたちは専務の辰村慎介の家を訪れる。だが、家の中は血で染まり、同じく真っ赤な血がついたブロンズ象が転がっていた…。

設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも2年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。

設楽家で起こった一連の死亡事件。一見事故に見えるが、コナンは巧みに仕組まれた殺人事件だと推理。しかも2年前死亡した詠美と、昨年死亡した降人から続く連続殺人事件だと…。コナンはいつものように小五郎に麻酔針を発射し、関係者を集めさせた。そこでコナンはストラディバリウスを小五郎に弾かせようとする。

音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟 (三男) で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗 （次男）、2年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。

音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼で訪れた屋敷の別館で火災が起こり、調一郎の弟（三男）で指揮者の弦三朗が焼死した。コナンは、30年前に殺された弾二朗（次男）、2年続けて亡くなった弦三朗の妻・詠美、調一朗の息子・降人のイニシャルを続けて読むとアルファベットの順になっていることに気づく。

小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に2年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。

小五郎はコナンと蘭を連れて音楽一家の当主・調一朗の孫娘である設楽蓮希の依頼を聞く為に設楽家の屋敷を訪れた。この日は調一朗の誕生日。だが、この誕生日に2年連続で人が死んでいるというのだ。どうやら弟の弾二朗が30年前に兄の調一朗に贈ったバイオリンが関係しているようだ。そして今年は蓮希が弾くことになった。

ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。

ある夜、酔っぱらった小五郎が事務所へ帰る途中、小五郎の頭上へ数本の鉄パイプが落ちてきた。偶然にも直撃をまぬがれた小五郎だったが、事務所へ戻ると携帯電話に「次は失敗しない、今度こそお前を殺す…」というメールが送られてくる。小五郎には全く心当たりがない。その時、蘭が小五郎の携帯と上着が違うことに気づく。

【シーズン9 最終話】甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「3回、6回、9回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。

甲子園に高校野球決勝戦を見に来た平次とコナンたち。試合が始まると足下で携帯電話が鳴った。電話に出ると、楽しいゲームをしないかと男の声がささやく。男は「3回、6回、9回が終了した時点で、この球場のどこかに置いた電話を鳴らす」という。そのとき電話を取らなければ、誰かを道連れにして自分が死ぬというのだ。

平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長･辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング･メッセージの謎を解く。

平次と和葉は、小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負をすることになった。コナンと平次はお互いに、殺された辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁の部屋で違和感を感じると明かすが、なぜそう思うのか、まだはっきりとしない。いっぽう、和葉が平次のヒントを基にして、ついにダイイング・メッセージの謎を解く。

コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。2人はコナンたちを"甲子園"と"宝塚"、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長･辻谷賢仁。現場にはダイイング･メッセージと思われる積み木が残されていた。

コナンが探偵事務所へ行くと、そこに平次と和葉が待っていた。2人はコナンたちを“甲子園”と“宝塚”、どちらへ誘うかでもめてしまう。そこで小五郎が依頼されていた殺人事件の推理勝負で決着をつけることに。被害者は辻谷玩具製作所の社長・辻谷賢仁。現場にはダイイング・メッセージと思われる積み木が残されていた。

コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。2つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。

コナンたちが静養にきた琴屋旅館でモデルの柴崎明日香と油絵画家の安西絵麻が相次いで殺された。しかも現場は村に伝わる振袖般若の伝説とそっくりであった。２つの殺人とも密室で行われたが、警察はその謎を解くことはできない。そんな中、ソリ大会の模様が映っているテレビを何気なく見たコナンは、ある推理に思い至る。

雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の3人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。

雪が降り積もる琴屋旅館へ静養にきたコナン、蘭、小五郎。すると恋愛小説家の明智恵理が取材の打ち合わせをしていた。取材対象者はシンガーソングライターの深津はるみ、ファッションモデルの柴崎明日香、新進油絵画家の安西絵麻の3人だ。しかしその夜、コナンたちは胸を一突きされた明日香と絵麻の他殺死体を発見し…。