小五郎、コナン、蘭は喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みは、長部満という5歳からのメール。コナンは満が釣りに出掛けたと推理。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。すると、満から新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

小五郎、コナン、蘭は喫茶店「ポアロ」で、店のウェイトレス、榎本梓から相談を受ける。梓の悩みは、長部満という5歳からのメール。コナンは満が釣りに出掛けたと推理。父親がその場を離れてしまい、満は長時間、車の中で待っているのだ。すると、満から新しいメールが届く。コナンはそのメールを見て何かに気付き…。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作と有希子、新一と蘭、そして上戸彩の姿が写った写真に気付く。この後、若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。彩は幸田文江というおばあちゃんを追って米花町へ。その時、新一の事を思い出して訪ねたのだ。

コナン、蘭と工藤邸の書庫を掃除する園子は、優作と有希子、新一と蘭、そして上戸彩の姿が写った写真に気付く。この後、若い女性が工藤邸にやってくる。サングラスをかけ、帽子を被ったその女性は、なんと上戸彩だった。彩は幸田文江というおばあちゃんを追って米花町へ。その時、新一の事を思い出して訪ねたのだ。

コナンらは取材を受けるために訪れた杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。目暮警部らは留守電に録音された4件の用件を確認する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える。

コナンらは取材を受けるために訪れた杉森政人の自室で杉森の遺体を発見。目暮警部らは留守電に録音された4件の用件を確認する。そして、高木はメッセージを入れた3人に連絡を入れる。高木らは3人にアリバイがあると考えるが、一応のため、3人を呼んで話を聞く事に。だが、コナンはアリバイがあるのは2人だけと考える。

小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれるが、間違って杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。元太が勝手にドアを開けると、部屋の中では杉森が殺されていた。犯人を推理する目暮警部らに対し、コナンは怪しいのは4人と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた。

小林先生はフリーライターの杉森政人から少年探偵団を取材したいと申し込まれるが、間違って杉森のアパートへコナンらを連れて行ってしまう。元太が勝手にドアを開けると、部屋の中では杉森が殺されていた。犯人を推理する目暮警部らに対し、コナンは怪しいのは4人と伝える。電話機の留守電には4つの用件が残されていた。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこでムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。コナンらが帰宅すると中谷頼子が隣の家の犬が怖いと小五郎に相談していた。数日後、堤と美里が帰宅すると、庭からムサシが狂ったように吠える声と頼子の叫び声が聞こえてくる。

コナンと蘭はドッグランができたと聞いて米花公園へ。そこでムサシの飼い主、堤英輔、美里夫妻とクールを飼う八木沢浩、まなみ夫妻と仲良くなる。コナンらが帰宅すると中谷頼子が隣の家の犬が怖いと小五郎に相談していた。数日後、堤と美里が帰宅すると、庭からムサシが狂ったように吠える声と頼子の叫び声が聞こえてくる。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。帰り道、秘書の三上透が一方から急ぎ足でやってくる。修が心配でマンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると、仰向けの修が笏を上下逆に持って死んでいた…。

小五郎とコナンはサインを貰うため、小説家、梅津修のマンションを訪ねると、修の息子、隆が金をせびりに来て揉めていた。帰り道、秘書の三上透が一方から急ぎ足でやってくる。隆が心配でマンションに戻るという。そして、小五郎らが管理人のスペアキーで部屋に入ると、仰向けの隆が笏を上下逆に持って死んでいた…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席した六田卓児、引屋門成、佐塚良兼の誰かが犯人と推理する。警察は誘拐事件として捜査を開始。その後、浩太が帰ってきた。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。

浩太が誘拐され、犯人は100万円を要求。コナンは合コンを欠席した六田卓児、引屋門成、佐塚良兼の誰かが犯人と推理する。警察は誘拐事件として捜査を開始。その後、浩太が帰ってきた。将史は浩太が無事に帰ってきたため、誘拐事件をイタズラで片付けようとする。高木は帰宅した浩太の靴下が濡れている事に気付く…。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。彩が心配するには理由があった。コナンらは急いで彩と将史の自宅へ向かうが…。

小五郎、コナン、蘭はレストランへ行き、千葉刑事、高木刑事と偶然会う。千葉と高木は合コンに参加するらしく、主催者の江本将史と合流する。この後、合コンに参加している江本の姉、彩が家で待つ5歳の従弟、浩太が心配なので帰ると言い出す。彩が心配するには理由があった。コナンらは急いで彩と将史の自宅へ向かうが…。

三角の恋人、安美は密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。山村刑事は安美の死を自殺と考える。車内にあったバッグの中身は、車に付属するシガーライターと本日発売の小説。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。

三角の恋人、安美は密閉された車内で一酸化炭素中毒死していた。山村刑事は安美の死を自殺と考える。車内にあったバッグの中身は、車に付属するシガーライターと本日発売の小説。安美は三角にタバコを吸わせないようにシガーライターをよく隠したというのだ。タバコと聞いて何かを閃いたコナンは三角の車の灰皿を確認する。

三角篤が、いなくなった恋人の安美を捜して欲しいと小五郎に依頼。コナンらは2人が出会った場所へ向かう。一行は雪に被われた三角の車を発見し、運転席には安美の姿。だが、窓ガラスはガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。三角はドアを開けて安美を助け出すが、すでに彼女は息をしていなかった…。

三角篤が、いなくなった恋人の安美を捜して欲しいと小五郎に依頼。コナンらは2人が出会った場所へ向かう。一行は雪に被われた三角の車を発見し、運転席には安美の姿。だが、窓ガラスはガムテープで目張りされ、助手席の下には七輪が置かれていた。三角はドアを開けて安美を助け出すが、すでに彼女は息をしていなかった…。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、宮本由美に古い倉庫へ案内してもらう。だが、祥子はどこにもいない。コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

光彦の知り合いの4年生、雨宮祥子が登校途中に行方不明になった。コナンは祥子の居場所がわかったと明かし、宮本由美に古い倉庫へ案内してもらう。だが、祥子はどこにもいない。コナンらは道路の電柱付近に散らばる車のウィンカーの破片を発見する。そして、電柱から倉庫に続く地面に点々と血の跡がついていた…。

光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。祥子は元々休む予定だったと同時に、一昨日から平山という新しい担任になったと小林先生から教えられる。鍵の隠し場所を知っている光彦はコナンらと共に祥子の家に入るが誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。

光彦が小さい頃に遊んでいた雨宮祥子という4年の女の子が蒸発したという。祥子は元々休む予定だったと同時に、一昨日から平山という新しい担任になったと小林先生から教えられる。鍵の隠し場所を知っている光彦はコナンらと共に祥子の家に入るが誰もいない。その時、玄関のチャイムが鳴る。やってきたのは平山先生だった。

放課後、蘭と園子は下校中のコナンに出会う。この後、コナンたちは遠野ゆり子の相談に乗る事に。留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったという。ゆり子は高校時代にラブレターを貰った事も告白。卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手を見て驚く。その男は体育館の入口で目撃した男だった。

放課後、蘭と園子は下校中のコナンに出会う。この後、コナンたちは遠野ゆり子の相談に乗る事に。留守中に誰かが家の中に侵入した形跡があったという。ゆり子は高校時代にラブレターを貰った事も告白。卒業アルバムを見せてもらった蘭と園子は、ラブレターを送った相手を見て驚く。その男は体育館の入口で目撃した男だった。

小五郎らはアナウンサーの水無怜奈を紹介される。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。怜奈の自宅マンションへ向かう。コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、玄関に盗聴器を仕掛ける。コナンが盗聴器の回収に向かう途中、集音器から黒の組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。

小五郎らはアナウンサーの水無怜奈を紹介される。怜奈はピンポンダッシュに困っていると小五郎に相談。怜奈の自宅マンションへ向かう。コナンはチャイムが鳴った時の音を拾うため、玄関に盗聴器を仕掛ける。コナンが盗聴器の回収に向かう途中、集音器から黒ずくめの組織のボスが使う「七つの子」のメロディーが聞こえてくる。

【シーズン10 最終話】小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

小五郎はコナンを連れて貸衣装の店へ行くと、モデルの中村洋子たちが仮装して出てきた。この時、洋子にパーティを主催する編集者、梅田香からメールが届く。しかし、梅田の部屋で事件が起きていた。その後、梅田の宝石を持った白川が確保される。だが、白川は殺害を否認。そして、コナンはキッチンの不可解な点に気付き…。

コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。

コナンらはパトカーが集まっていると聞き、現場へ向かう。犯行時刻に現場を通りかかったタクシー運転手は、犯人らしき男の前で尻餅をついた少年に気を取られ、男の顔を覚えていなかった。その少年は白い野球帽を被っていたという。歩美らは、隣のクラスの三井圭一のことを教えるが、圭一は犯人を見ていないと全面否定する。

阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が2人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。

阿笠博士の初恋の女性を探すため葉書に書かれた暗号に挑む。皆が2人の再会を諦めかけた時、阿笠は40年前のある事を思い出す。コナンは彼女が動物を飼っていたかと訊ねる。阿笠は小さい頃に犬を飼っていたが、噛まれてからは何も飼っていないと説明。それを聞いたコナンは暗号を解読し、思い出の場所を確信する。

コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。

コナンら少年探偵団は、阿笠博士の自宅で子供が書いた葉書を見つける。それは阿笠が40年前に女の子からもらった手紙だった。葉書には10年後の11月24日、思い出の場所で会おうという内容が書かれていた。会えなかった時は10年毎に、その場所で待っているという。そして、偶然にも今日は40年後の約束の日だった。

警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の4人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の2人に絞られた。小五郎は栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

警察は鰐淵を殺害した容疑者として、石飛一也、藤江竹彦、江角栄子、福間良介の4人をリストアップ。犯人は石飛と藤江の2人に絞られた。コナンは栄子に石飛か藤江に会ったか訊ねると、数日前に藤江が旅館に来た事を思い出す。だが、藤江には松江城にいたアリバイがあった。そして、コナンは芳名簿を見てある事に気付き…。

小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。

小五郎、コナン、蘭は出雲大社を参拝中に旅館の娘、江角栄子と知り合う。栄子は自分に縁談話があると告白し、相手は鰐淵耕司という男性で、好きではないが、断れない事情があるという。翌日、小五郎らがパトカーの後を追うと、八雲滝の脇には、背中に短刀の突き刺さった男性の遺体が転がっていた。被害者は、鰐淵だった。

コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ (屋根裏部屋) の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

コナンらは歩美が見つけたかわいい新築の家を見に行った。2日後、家が売れた事を聞かされ、再び家に足を運ぶと、おばあさんが家にあがるように促す。夜、コナンが小五郎、蘭と共に事務所の3階で夕食をとる様子を望遠カメラで撮影する人物がいた。それはグルニエ（屋根裏部屋）の家に住むおばあさんとおじいさんだった…。

13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。

13年前の9月26日に関口が働く会社の社長が失踪した事が明らかに。それを機に関口は社長の後釜に入ったという。そして、その3日後の29日に淳大の船が沈んだ事実に驚く一同。捜査が一段落すると、蘭はペアルックのパジャマを購入した事をコナンに告げる。蘭の言葉にコナンはハッとした表情になり犯人の目星をつける。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。

13年前、国友淳大の船が沈む海難事故で、屋敷で働く全員が家族を亡くしていた事が明らかになる。犯人に怯える淳大は4日が終わるまで誰にも会わないと部屋に籠ってしまう。その直後に淳大の苦しむ声が聞こえる。部屋の中には左手を伸ばしたまま息絶えている淳大の姿。足元には薬の瓶と薬を踏み潰した後が残っていた。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた5つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。

小五郎は国友家の執事、赤塚賢造から悪霊の呪いを解いて欲しいと依頼され、コナン、蘭と屋敷へ。謎のカードが届いた後、何度か奇妙な事があり、全て4日に起きているという。夜、コナンらはこれまで起きた５つの事件について話し合い、4日は全て仏滅だった事に気付く。しかも明日の10月4日は仏滅だった。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は3人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。

コナン、少年探偵団、灰原はC組の紺野由香の家へインコを見に行く事に。だが、誰もいないはずの自宅から由香の母親の友人、坂口慎也が出てくる。由香は、インコが小さくなっている上、何も言葉を発さないという。坂口が薬品の研究をしていると聞き、歩美、元太、光彦は３人で真相を解明しようと研究所を訪れるが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家3人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。

小五郎は自らの体験を「名探偵マグレ」の脚本家3人に話す事になり、コナンと共に日売テレビへ。そこで脚本家の八神譲二が毒殺されてしまう。コーヒーを入れた新人脚本家の香田杜夫が八神を憎んでいたことから、警察は香田に疑いの眼を向ける。コナンは香田が八神に毒入りコーヒーを選ばせたトリックを解こうとするが…。

コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

コナンは歩美の言葉からヒントを得て、阿笠の暗号を解読。その後、ついに元太らは自分たちの力で暗号の答えに辿り着き、早速、お宝のある神社の鳥居へ向かう。阿笠は暗号を考えた時の状況を回想。阿笠の話を聞いていたコナンは、見山の宿泊した部屋に残された暗号の本当の意味に気付き、蘭の携帯に連絡を入れるが…。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。

コナン、少年探偵団、哀は阿笠博士と森へ昆虫採集に出掛ける。阿笠はお宝を用意していると言って「マルムシニテント」という暗号が書かれた紙を取り出す。コナンが暗号を解こうと考え込んでいると、コナンの携帯に蘭から連絡が入り、同じホテルに宿泊する見山という男性が殺害され、自分たちも襲われたと助けを求めてくる。

コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。

コナンは、れんげの誘拐が狂言と気付くが監禁場所に姿はない。れんげは本当に誘拐されてしまったのだ。舞台のクライマックスまでに主役のれんげを見つけ出そうとするコナンらと玉之助。玉之助は、狂言を手伝った人物が本物の誘拐犯になったと推理し、コナンも同意する。そしてコナンは窓から外を眺め、ある事に気付く…。

伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。

伊東玉之助が座長を務める旅芝居の一座の公演に出演することになったコナンと少年探偵団。稽古中にかぐや姫役を演じる片岡れんげの父親、片岡半四郎が現れ、れんげを連れ帰ってしまう。公演初日を迎え、れんげを迎えに片岡邸へ。そこには目暮警部や小五郎らが待機していた。昨夜かられんげの消息がつかめないという。