コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。元太は無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。声をかけると、泉はカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。

コナンらが公園に行くと、米花署員たちが池に潜むパックリガメを捕獲しようと悪戦苦闘していた。元太は無責任に捨てた飼い主を捜し出そうと提案。その矢先、見物人の中に不審な人物、木俣泉を見つける。声をかけると、泉はカメが邪魔になり、昨日の朝捨てたと告白。だが、自分が飼い主だと主張する二本松二郎が現れる。

コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。そして、ロッジ前にある雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

コナンらは崖下にある池で溺死した小倉朔子を発見。遺体の足にはスノーボードのブーツ、池にはスノーボードが浮いていた。群馬県警の山村刑事は事件と事故、両方の可能性を探りながら捜査を進める。そして、ロッジ前にある雪ダルマに気付く。板橋一八は崖の近くで雪ダルマを作っていたが、朔子の悲鳴は聞いていないという。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン達。コナンはスノーボードを楽しみ、歩美達は雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒の組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと告げる。

阿笠博士に連れられ、群馬のスキー場にやってきたコナン達。コナンはスノーボードを楽しみ、歩美達は雪ダルマ作りに夢中になる。そして、滑り終えたコナンに哀、阿笠は黒ずくめの組織、水無怜奈が関わる一連の事件について質問。コナンは怜奈の交通事故を目撃した透司との再会は偶然ではなく、本堂瑛祐の仕業だと告げる。

ゴミ置き場付近で銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の事故の目撃者だった。だが、コナンは事故の事を知られないように話をすり替える。

ゴミ置き場付近で銃殺事件が起こり、目暮警部と高木刑事が捜査をしていた。被害者は船本兼世。貴金属が盗まれ、物盗り目的の犯行と判断される。だが、息子の透司は交通事故の事を母親に話したため口封じに殺されたと訴える。透司は水無怜奈の事故の目撃者だった。だが、コナンは事故の事を知られないように話をすり替える。

遊びに来た本堂瑛祐はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。しかし、そのバイトには不審な点も…。

遊びに来た本堂瑛祐はインターネットで面白い事件を見つけたと報告する。その事件はホームズの小説「赤毛連盟」に似ているという。事件を見つけたのは、とあるHPの日記コーナー。日記には高い報酬のバイトについて書かれているという。「赤毛連盟」と似ているのは報酬が高い点。しかし、そのバイトには不審な点も…。

堤無津川からミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ。ショップのマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはマークが別のものに替わったと推理する。

堤無津川からミュージシャン、板垣ロクの遺体が発見される。ロクを川に落とした男の腕に描かれた釘の絵は、ロクがインディーズ時代のバンドのマークのタトゥーだったのだ。コナンらはタトゥーショップへ。ショップのマークを見た巧は、自分が見た絵ではないと証言。すると、コナンはマークが別のものに替わったと推理する。

コナンが読んでいた漫画誌の話から、ミュージシャン、板垣ロクの話題に。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕には釘の絵が描かれていたと証言。小五郎は巧の言っている事を疑ってかかる。その時、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

コナンが読んでいた漫画誌の話から、ミュージシャン、板垣ロクの話題に。すると、事務所に柱谷と息子の巧が現れる。巧はロクが橋から落とされるところを目撃し、ロクを落とした男の腕には釘の絵が描かれていたと証言。小五郎は巧の言っている事を疑ってかかる。その時、堤無津川からロクの遺体が発見されたと報じられ…。

少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。図書カードを確認し、最後に借りた内藤司に話を聞く事に。コナンと歩美は司の家へ向かう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

少年探偵団は読書感想文を書くため、本を図書室で選ぶ。歩美が選んだ本は最後のページが破られていた。図書カードを確認し、最後に借りた内藤司に話を聞く事に。コナンと歩美は司の家へ向かう。そこでコナンらは司の母親の遺影を発見する。遺影の横の写真立てには司と母親の写真。コナンはこの写真を見て全ての謎を解く…。

担任の小林澄子は昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいとお願いする。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断したコナンが皆に暗号の謎を語ろうとした時、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは暗号を解こうとするが…。

担任の小林澄子は昼休みに人と会うので教室を空けて欲しいとお願いする。コナンらは、小林が何かを企んでいると推測する。教室に戻ると、黒板に一枚の貼り紙。これは小林が生徒に仕掛けた推理ゲームだと判断したコナンが皆に暗号の謎を語ろうとした時、職員室に呼ばれてしまう。残された元太らは暗号を解こうとするが…。

【シーズン11 最終話】コナンら少年探偵団は同級生の千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事に。元太は岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。岩田が以前住んでいたマンションの管理人の話を聞いたコナンは、偶発的な事件ではないと推理し…。

コナンら少年探偵団は同級生の千春からアパートにゴミの出し方に物凄く厳しい岩田巌という人がいると教えられ、彼を見学する事に。元太は岩田が周りに恨まれないかと心配する。そして、3日後に殺人事件が起きてしまう。岩田が以前住んでいたマンションの管理人の話を聞いたコナンは、偶発的な事件ではないと推理し…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、山村刑事が捜査を行う。山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。コナンはドラマの制作会社の名簿を見て何かに気付き、森へと戻る。そしてある木を見つけ、根本の土を掘り起こすと、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

森の中でホヅミの遺体が発見され、山村刑事が捜査を行う。山村は血の跡が残るホヅミの手帳に目をつける。その頃、別の刑事は森の中で無人のテントを発見する。コナンはドラマの制作会社の名簿を見て何かに気付き、森へと戻る。そしてある木を見つけ、根本の土を掘り起こすと、そこから白骨化した頭蓋骨が現れ、コナンは…。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。この森はドラマのロケ地で、ADを名乗るホヅミが現れる。話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、食事をとる。再び森へ入ると、胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

コナンと蘭は園子に誘われ、森へ紅葉狩りに出掛ける。この森はドラマのロケ地で、ＡＤを名乗るホヅミが現れる。話が一段落すると、ホヅミは園子らに言伝を頼む。コナンらは言われた通り、旅館の伝言ノートに言伝を書き込み、食事をとる。再び森へ入ると、胸にナイフが突き刺さったまま絶命したホヅミを発見する…。

小五郎とコナンは目暮警部が乗るパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かすが、コナンは違和感を持つ。

小五郎とコナンは目暮警部が乗るパトカーに同乗し、殺人現場へ向かう。マンションの一室には小説家、斉川村子の遺体。第一発見者は迷宮出版の担当編集、遠野舜一とマンション管理人の村田啓三。手がかりを捜す中、コナンは流しの三角コーナーでガリを発見。遠野は昨夜、寿司を出前した事を明かすが、コナンは違和感を持つ。

コナンらは原本高平が家の中で殺害されているのを発見。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動。部屋では、ミニカーなどのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。ハウスキーパーの市村の話に萬田は動揺し、話題を変える。コナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く。

コナンらは原本高平が家の中で殺害されているのを発見。哀はもう1つの部屋に不可解な点があると目暮らに伝え、その部屋へと移動。部屋では、ミニカーなどのコレクションが逆さまにひっくり返っていた。ハウスキーパーの市村の話に萬田は動揺し、話題を変える。コナンは誰が犯人かに気付き、物がひっくり返った謎も解く。

小説家の萬田年久は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされていた。萬田はホテルを抜け出し、弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は原稿が入ったディスクを差し出す。萬田は編集者の島木に原稿を渡し、萬田の家に帰宅すると、ガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。

小説家の萬田年久は原稿執筆のため、猫のノベルと共に部屋にカンヅメにされていた。萬田はホテルを抜け出し、弟子の原本高平の家に急ぐ。原本は原稿が入ったディスクを差し出す。萬田は編集者の島木に原稿を渡し、萬田の家に帰宅すると、ガラスが割れる音が響く。コナンたちの野球の球が原本の家の中に入ってしまったのだ。

コナンら少年探偵団はSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、フリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。そして昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。その直後、鴨川に呼び出された建井はバッグを置いて待ち合わせ場所へ向かうが…。

コナンら少年探偵団はSF映画「スターブレイドVI」の試写会へ。開場前、フリーカメラマンの建井文吾という男性が声をかけてくる。そして昨夜、スターブレイド仲間の鴨川から試写会のチケットをよこせとしつこく電話された事を明かす。その直後、鴨川に呼び出された建井はバッグを置いて待ち合わせ場所へ向かうが…。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため金丸座へ。一座が上演するのは「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫を演じる。稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。玉之助は実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白する。

小五郎、コナン、蘭、園子は伊東玉之助一座の芝居を見るため金丸座へ。一座が上演するのは「こんぴら座の怪人」という時代劇。玉之助が怪人、女優の軽部ロミがヒロインの歌姫を演じる。稽古が再開されると、その直後にロミの頭上の大提灯が落下。玉之助は実在の怪人からヒロインを替えろと要求されている事を告白する。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは目暮警部らと事件当時のビデオ映像を確認する。ビデオには肝心な所が映っていなかった。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。犯人の目星をつけたコナンは再び映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

水中脱出のマジックに挑戦した冬城幻陽は、水槽で逆さまになったままグッタリしてしまう。小五郎、コナンは目暮警部らと事件当時のビデオ映像を確認する。ビデオには肝心な所が映っていなかった。コナンは1人、会場に戻って事件当時の状況を振り返る。犯人の目星をつけたコナンは再び映像を確認し、証拠も見つけ出す…。

小五郎らはマジシャンの冬城幻陽から連絡を受け米花ホールへ向かう。冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。団員は上原美佐と中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川実の5人。マジックショーが始まりコナンらは客席から見学する。そして冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

小五郎らはマジシャンの冬城幻陽から連絡を受け米花ホールへ向かう。冬城は団員の誰かが自分を殺そうとしていると告白。団員は上原美佐と中川千明、石田一馬、庄司真吾、長谷川実の5人。マジックショーが始まりコナンらは客席から見学する。そして冬城は「水中脱出」に挑戦。しかし、頭から水槽に入れられた冬城は…。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たち。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。

小五郎、コナン、蘭は東都迎賓館で挙げられた結婚式に出席した後、式場の廊下で花婿姿の高木刑事とバッタリ会う。高木の後ろには花嫁姿の婦警、由美もいる。状況が掴めない蘭たち。実は、ある花嫁、花婿から強盗犯に命を狙われていると警察に通報があり、高木と由美は本物の2人の代わりに立てられた替え玉だという。

小五郎は素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から上島長郎が出てくる。今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。大会の閉幕後、目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

小五郎は素人演芸大会に出場する事になり、コナン、目暮警部と会場へ向かう。途中、防犯グッズ店から上島長郎が出てくる。今度は定食屋「目黒」の前に大会のゲスト、落語家の満楽亭市松の姿。大会の閉幕後、目暮の携帯電話に市松が刺されたという連絡が入る。市松は「メグロノ」というダイイングメッセージを残していた…。

バンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が密室で亡くなっていた。山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、事情聴取を始める。コナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見るが、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

バンド「ドルクス」のメンバー、保波倫子が密室で亡くなっていた。山村刑事は自殺に見せかけた密室殺人として捜査し、事情聴取を始める。コナンは裏庭へ行き、ハシゴを登りきって屋敷を見るが、木の枝が邪魔になって2階の窓しか見る事ができない。さらにコナンは巣箱を調べ、倫子を殺害した犯人が誰かに気付き…。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り園子の別荘に向かうが、別荘の手前にある吊り橋は崩れ落ちていた。近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。コナンらは開かずの窓を見せてもらう。窓には無数の釘が打たれていた。コナンが裏庭の巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。窓から誰かが覗いていたという。

コナンは蘭、園子、本堂瑛祐と山道を登り園子の別荘に向かうが、別荘の手前にある吊り橋は崩れ落ちていた。近くの別荘で電話を借りて迎えを呼ぶ事に。コナンらは開かずの窓を見せてもらう。窓には無数の釘が打たれていた。コナンが裏庭の巣箱の中を覗いていると、瑛祐が驚きの声を上げる。窓から誰かが覗いていたという。

コナンと蘭がゴロという妃英理の猫を世話していた。蘭が小五郎にゴロの世話を頼んだ後、桐下という男性が事務所にやってくる。桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。その後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を解読していくが…。

コナンと蘭がゴロという妃英理の猫を世話していた。蘭が小五郎にゴロの世話を頼んだ後、桐下という男性が事務所にやってくる。桐下の依頼は娘が間違えて携帯電話に送ってきたメールの解読。だが、小五郎はなかなか暗号を解く事ができない。その後、小五郎はゴロのイタズラからヒントを得て、メールの文を解読していくが…。

牛込の死因は青酸カリによる毒死だった。参悟の弟で神奈川県警の横溝警部は自殺と断定する。だが、コナンは捜査結果に疑問を持つ。3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。コナンは砂浜の4人がいた場所へ向かい、歩美が熊手を使って緑茶のフタを発見する。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

牛込の死因は青酸カリによる毒死だった。参悟の弟で神奈川県警の横溝警部は自殺と断定する。だが、コナンは捜査結果に疑問を持つ。3人の中の1人が言った一言が引っ掛かっているのだ。コナンは砂浜の4人がいた場所へ向かい、歩美が熊手を使って緑茶のフタを発見する。それを見たコナンは誰が牛込を殺したのかに気付き…。

コナン、少年探偵団たちは潮干狩りに来ている。牛込嗣夫は浮かない顔で、右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らは牛込に声をかける。そんな折、サークル仲間の三瀬隆、八島光枝、久津梢子が牛込の元にやってくる。突然、八島は帰ろうと提案。元太らは4人の後を追いかけると牛込は車の座席で死んでいた…。

コナン、少年探偵団たちは潮干狩りに来ている。牛込嗣夫は浮かない顔で、右手の人差し指を口にくわえて考え事をしていた。元太らは牛込に声をかける。そんな折、サークル仲間の三瀬隆、八島光枝、久津梢子が牛込の元にやってくる。突然、八島は帰ろうと提案。元太らは4人の後を追いかけると牛込は車の座席で死んでいた…。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。高木刑事が身元を調べると、男のバッグの中からロープや軍手、遺書が見つかる。男は真中大二郎。この後、真中から事情を聞く事に。だが真中は記憶喪失になっていた。

建設現場から鉄骨が落下する事故が起きる。真下にいた男は咄嗟に鉄骨をかわすが、地面に頭を打って気絶。近くにいたコナンら少年探偵団は救急車を手配する。高木刑事が身元を調べると、男のバッグの中からロープや軍手、遺書が見つかる。男は真中大二郎。この後、真中から事情を聞く事に。だが真中は記憶喪失になっていた。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が絶命していた。2人は山本の部屋から中西三郎が出てくる姿を目撃。目暮警部は遺体の近くにあった遺書を確認。小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。この後、コナンらは由美の部屋へ。そこでコナンは微かな疑問を持つ…。

小五郎、コナンは鈴木由美と新田秀子に案内され、とあるマンションの一室へ。中では山本信男が絶命していた。2人は山本の部屋から中西三郎が出てくる姿を目撃。目暮警部は遺体の近くにあった遺書を確認。小五郎は自殺に見せかけた中西の犯行だと疑う。この後、コナンらは由美の部屋へ。そこでコナンは微かな疑問を持つ…。

コナン、少年探偵団は「仮面ヤイバー」のロケを見学。スタントマンの力石健吾とディレクターの深町真二が口論を始める。すると突然、力石が車に乗って急発進。そして、車は落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、コナンは事故ではなく殺人だと伝える。

コナン、少年探偵団は「仮面ヤイバー」のロケを見学。スタントマンの力石健吾とディレクターの深町真二が口論を始める。すると突然、力石が車に乗って急発進。そして、車は落下。潰れた車内には即死状態の力石がそのまま乗っていた。モニターで映像を確認したコナンは何かに気付き、コナンは事故ではなく殺人だと伝える。

笹本安太郎の前に大きなコンクリートブロックが落下。砕けたブロックに書かれた文字を見た笹本は神尾俊之と合流して小五郎の事務所へ。2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明。半月前に日影から神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。

笹本安太郎の前に大きなコンクリートブロックが落下。砕けたブロックに書かれた文字を見た笹本は神尾俊之と合流して小五郎の事務所へ。2人は殺されかけたと小五郎に相談し、犯人は大学時代のミステリー研究会の仲間、日影呈一だと説明。半月前に日影から神尾の元に昔の仲間を次々に殺す殺人予告の小説が届いたという。