新一と沖矢の推理対決が始まり、2人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。

新一と沖矢の推理対決が始まり、2人とも紙飛行機はSOSを意味すると解読する。紙飛行機にはモールス信号の符号でSOSと書かれていたのだ。コナンは新一として、他の紙飛行機の画像が欲しいというメールを蘭に返信。蘭は自分の事は話すなと頼まれ、沖矢にメールの相手は金一というクラスメイトだとウソをつく。

杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。

杉浦開人の父親が大家をしている木馬荘が全焼し、放火の容疑者は住人の細井竜平、沖矢昴、真壁吟也に絞られる。そんな中、コナンは開人の日記を解読。アパートの植物にホースで水をまいていた人物は消防車を連想して赤い人、よくケガをしてバンソウコウを携帯している人物は救急車を連想して白い人とあだ名をつけていた。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー (灰原) の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。

コナンが少年探偵団、灰原と学校の下駄箱の所にいると、ジョディから携帯に連絡が入る。ジョディは水無怜奈から連絡があったとコナンに報告。組織のバーボンという切れ者がシェリー（灰原）の事を探っているという。この後、光彦は元太の下駄箱に仕事依頼の手紙を入れる少年に気付く。

カラオケBOXの5号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。1号室の玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。

カラオケBOXの5号室で絶命した茂庭が発見される。被害者が入店後、誰も退店していないため、目暮警部、高木刑事は客の部屋を回り、事情聴取しながら凶器を探す。1号室の玉井は釣り竿を流してしまい、クーラーBOXの魚はスーパーで購入。早く帰ると家族に怪しまれるため、カラオケで時間を潰していたという。

書店へ寄り道した少年探偵団は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。カラオケBOXの3号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。

書店へ寄り道した少年探偵団は、病み上がりの本堂瑛祐、参考書を見に来た蘭、園子と偶然会う。店を出たコナンらを謎の男が尾行。コナンは本堂を監視するFBI捜査官が男の正体と推理する。この後、本堂の復帰祝いをカラオケBOXで行う事に。カラオケBOXの3号室に入ると、謎の男も後を追うように同じ店へ入店する。

格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。するとコナンはガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

格闘家、永作司朗の遺体がゴミ置き場で発見され、元恋人の美容師、葉坂皆代に疑惑の目が向けられる。だが、妃英理が皆代のアリバイを証言。それでもコナンは皆代が犯人だと疑い、コナンは急ブレーキした時の事を思い出して何かに気付く。するとコナンはガードレールを調べ、永作の遺体を移動させたトリックを見破る…。

蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。英理は美容室にいるという。小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。

蘭はお母さんを迎えに行こうと小五郎に声をかける。蘭と小五郎は午後10時に妃英理と食事する約束をしているのだ。英理は美容室にいるという。小五郎らが美容室付近の坂道を登った時、ガツン、ドサッという音が鳴り響く。外に出たコナンはガードレール越しに崖下を覗き込み、ゴミ置き場に倒れている男性を発見する。

コナン、少年探偵団らと別れた後、ジョディは、不吉な予感を抱く。病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

コナン、少年探偵団らと別れた後、ジョディは、不吉な予感を抱く。病院に戻ったジョディは赤井がキールに会いに行った事をジェイムズから教えられる。この後、来葉峠で車が炎上し、遺体が発見されたニュースがテレビで流れる。事実を受け入れられないジョディは、遺体が赤井なのかを確認するため、警視庁へ向かうが…。

キールはジンに脅され、赤井に2人きりで会おうという連絡を入れる。赤井はキールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件でコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。

キールはジンに脅され、赤井に2人きりで会おうという連絡を入れる。赤井はキールと会う覚悟を決める。その頃、須内の殺害事件でコナンは犯人がメモを持ち去った理由に気付き、コナンは新一に聞いた呪文と言い訳しながら、犯人を見抜く方法を目暮に説明。容疑者の人数分イスを用意し、ある呪文を言えば犯人がわかるという。

ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者はモデルのトビー･ケインズ、英語教師のハル･バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの3人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、ウソをつき、誤魔化す。

ニュー米花ホテルで外国人タレントプロダクションの社長、須内が殺害される。容疑者はモデルのトビー・ケインズ、英語教師のハル・バックナー、そして階段を降りていたFBIのキャメルの3人に絞られる。この後、コナンから連絡を受けたジョディが到着。ジョディは任務の事が明かせないため、ウソをつき、誤魔化す。

コナンらはニュー米花ホテルのバイキングに向かう。コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。殺害されたのは外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治。社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。

コナンらはニュー米花ホテルのバイキングに向かう。コナンらがホテルに到着後、高木刑事がパトカーでやってくる。殺害されたのは外国人タレントプロダクションの社長、須内廉治。社長はタレントの卵と会う約束をしていたようだが、秘書は相手の顔も名前もわからないという。コナンは犯人がまだホテルの中にいると推理する。

FBIは赤井が思いついた作戦を実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。赤井は怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

FBIは赤井が思いついた作戦を実行。組織に怜奈を奪還させたのも作戦の内。赤井はコナンと相談して組織がFBIを出し抜いたと錯覚させる作戦を考えたのだ。赤井は怜奈とある契約を結んだ事を告白。昨夜、コナンと赤井は病院に隠れていた本堂を怜奈の病室に誘い出していた。本堂が呼びかけると、怜奈は目を覚まして…。

杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻まではあと4時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できる。黒の組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。

杯戸中央病院の患者たちに見舞い品を装った爆弾が送られてくる。爆発時刻まではあと4時間。爆薬本体に刺さった信管を取り外せば爆発は解除できる。黒ずくめの組織が病院を人で溢れさせたのは、パニックに紛れて複数の宅配業者に大量の荷物を届けさせるためだったのだ。ジェイムズらは捜査官を総動員して爆弾の回収を行う。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という3つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という3つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒ずくめの組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒の組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒ずくめの組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

小五郎への依頼は丁度1年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜7時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

小五郎への依頼は丁度1年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜7時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒ずくめの組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

【シーズン12 最終話】工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは1番だと勝ち誇る。すると、平次は2番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は3年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは1番だと勝ち誇る。すると、平次は2番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って2人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って2人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。3人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは3人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは3人の中に犯人がいると断言する…。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。3人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは3人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは3人の中に犯人がいると断言する…。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。2人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。2人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、1人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、1人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。