赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という3つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒の組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

赤井は捜査のために組織に潜り込んだ過去があり灰原の姉の宮野明美と恋人同士だった事が判明。病院の近辺では、ほぼ同時刻にファミレスの集団食中毒、駅の異臭騒ぎ、映画館の火事という3つの事件が起きる。その頃、病院にジェイムズ宛の荷物が届く。中身はコロンバインという花。黒ずくめの組織はFBIに宣戦布告してきたのだ。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

楠田はナースステーションに侵入し、怜奈の事を探るために写真撮影を行う。その時、拳銃を持ったジョディと捜査官が姿を現す。ジョディらは、楠田を捕まえようとする。だが、楠田は小型プラスチック爆弾を取り出し、爆破すると脅しながら逃走。楠田は駐車場の車に乗って逃げ去るが、それに気付いた赤井が車で追跡する。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒の組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

杯戸中央病院の看護師、塩田まさ江の話から黒ずくめの組織の仲間が患者として病院に潜伏している事が判明。さらに、まさ江は本堂瑛祐を別の病院で手術した事を思い出してコナンに教える。本堂は白血病だったらしく、大阪に引っ越す前に手術したという。話を聞いたコナンは本堂の胸の丸い傷跡を思い出す。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

コナンは本堂瑛祐の姉と水無怜奈が別人だった事を灰原に報告するが、本堂と怜奈が兄姉ではないという確信を持てずにいた。帰宅後、コナンは冬休みに入ってから本堂と連絡が取れなくなった事を蘭に教えてもらう。冬休み前、本堂は杯戸中央病院で手掛かりを見つけたと話していたらしく、怜奈の入院先が本堂にバレたと考える。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

角蔵の首吊り死体が発見され、目暮警部、高木刑事が捜査にあたる。足元には「黄泉からの殺人者」という本が置かれていた。表紙の「黄泉」という文字にはかなりの血が付着し、その下には平仮名の「こ」のような文字が血を垂らして書かれていた。これをダイイングメッセージと判断し、殺害した犯人は家にいる誰かと推理する。

小五郎への依頼は丁度1年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜7時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

小五郎への依頼は丁度1年前に息子の鍛吾が亡くなった事件を調べ直す事。父親の奥平角蔵は家の誰かが犯人と考えていた。事件当日、角蔵と妻の詠子、家政婦の田端菊代、執事の瀬川旗郎は夜7時から12時まで居間でビデオを観賞。鍛吾はその最中に家のプールで溺死。話を聞いた小五郎は家の者の犯行は不可能と考える。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

コナンと蘭、園子、本堂は庵野に本堂の姉の写真を見せる。すると、庵野は怜奈の若い頃にしか見えないと断言。庵野が所有する古いビデオも確認する事に。そのビデオは怜奈が工場の爆発事故を報じる報道番組。そこには輸血のため、AB型の人を探す看護師にAB型だと申し出る怜奈の姿が映っていた。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒の組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

コナンは子供の頃の本堂瑛祐と父親が写っている写真を入手したと平次に電話で報告する。さらに西郡宗兵の友人から聞いた本堂の父親らの会話の内容も伝え、本堂の父親が黒ずくめの組織と何らかの関わりがあると睨む。平次は深入りしようとするコナンを心配する。電話後、お見舞いに行くという蘭と園子と共に西米花病院へ向かう。

【シーズン12 最終話】工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは1番だと勝ち誇る。すると、平次は2番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は3年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

工藤新一としてコナンは服部平次と携帯電話で会話をする。互いに今月解決した事件の数を報告しあい、解決数の多いコナンは1番だと勝ち誇る。すると、平次は2番だと発言し、新一よりも頭が切れる探偵がいた事を明かす。平次は３年前の山形県のスキー場での事件を回想する。こうして平次と新一の推理合戦は始まったのだ…。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

東京拘置所の接見室で、妃英理は竹内浩明と面会する。竹内は酒を飲んだ後、車で被害者を跳ね、逃走したのだ。担当検事の九条は竹内を10日も拘留。妃は釈放を請求するが、九条はそれを断る。小五郎、コナン、蘭は妃を手助けするため警察署にある事故車両を調べる。保釈後、竹内が死んだという信じられない連絡が入る。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

コナンらは阿笠博士と共に日売テレビにやってくる。沖野ヨーコに招待され、仮面ヤイバーの撮影を見学するのだ。だが、撮影の遅れで見学は中止になり、コナンらは代わりにテレビ局の中を見て回る事に。皆で話していると、今度は奇抜な扮装とメイクをしたサタン鬼塚が通り掛かり、元太は仮面ヤイバーの怪人だと騒ぎ出す。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

高木刑事は、白鳥警部に佐藤刑事がはめた指輪の事を質問される。高木は電話中の佐藤に視線を向け、左手薬指にはめられた指輪に初めて気付く。高木は左手薬指の指輪に動揺。佐藤の電話の相手は蘭。蘭は人が死んでいると連絡してきたのだ。佐藤は高木に声をかけて現場へ向かう。だが、高木は指輪の事が気になって仕方がない。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って2人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

コナンと哀は木の上から助けた子猫の飼い主を捜す。そこに喫茶「チャチャ」の石上保が現れ、飼い主だと名乗り出る。子猫を捜していたという石上は、お礼をすると言って2人を店内に案内。その時、向かいのビルから血相を変えた今岡文枝が石上を呼びに来る。コナンらが事務室に行くと、男性が頭から血を流して倒れていた。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。3人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは3人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは3人の中に犯人がいると断言する…。

孫の西郡宗兵の部屋に何者かが侵入し、本堂の父親と思われる男性の写真が消えてしまう。犯人の可能性が高いのは、元彼女の早織、モデラー仲間の多湖と古庄。3人は部屋の合鍵を持っているのだ。西郡は怪しい人物はいなかったと証言。コナンは3人の体型を西郡に確認。話を聞いたコナンは3人の中に犯人がいると断言する…。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

平次は小さい頃の本堂瑛祐を知る人物を見つけたとコナンに報告。その人物とはお好み焼き屋の店長。本堂は父親に連れられ、よくお店に来ていたという。父親と仲が良かった前の店長はすでに他界。だが、店長がかわいがっていた孫なら他の情報も知っているかもしれないという。阿笠とコナン、哀は孫のマンションを訪ねる。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。2人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

元太は警官が登場するドラマが米花公園で撮影されたと気付き、コナンらを現場へ案内する。帰り道、秋本靖代と偶然会う。靖代はお巡りさんにお菓子を届けに行くところだという。2人は深夜に路上であいさつを交わすだけの間柄。コナンらは靖代と交番を訪ねるが、そんな巡査はいないと主張。つまり、その巡査はニセ者なのだ。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、1人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

金融会社の社長令嬢、茜が何者かに殺害され山村刑事らが捜査を開始する。続いて、山村は部屋の中に泥の足跡が残っている理由をコナンらに訊ねる。コナンは茜を部屋に運んだ時についたと答える。しかし、コナンは何かが引っかかり、状況を回想。そして、コナンは茜を発見した時、1人靴を履いていた人物がいた事を思い出す。

コナン達は阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは一晩泊めてもらう事に。深夜、光彦は1階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃し、2階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。

コナン達は阿笠の車でキャンプ場に向かうが、途中の森の中でタイヤがパンクしてしまう。運良く近くに茅葺き屋根の農家を発見。コナンらは一晩泊めてもらう事に。深夜、光彦は1階のトイレに行った後、物音に気付いて台所へ向かう。そこで驚きの光景を目撃し、2階の部屋に戻ってコナンに台所で見た事を伝えようとする。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は井上弘子。遺体の前では同居中だった恋人の高岡明がうな垂れている。小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。

マンションの一室で強盗殺人が起き、血相を変えた小五郎とコナンがやってくる。被害者は井上弘子。遺体の前では同居中だった恋人の高岡明がうな垂れている。小五郎は弘子が営むバー「ヒマワリ」の常連。高岡の才能を信じて生活を支えていた弘子の苦労が報われた時に起きた事件。小五郎は犯人への怒りを露わにする。

コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンが水無怜奈の事を探る本堂瑛祐について平次に説明していると、傅久 (でんきゅう) という若い修行僧が声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。

コナンは小五郎が運転するレンタカーで、蘭、服部平次、遠山和葉と共に桜の名所に来ていた。コナンが水無怜奈の事を探る本堂瑛祐について平次に説明していると、傅久（でんきゅう）という若い修行僧が声をかけてくる。 傅久は謎を解いて欲しいと小五郎に依頼。小五郎らは近くにある寺に行って和尚からも話を聞く事に。

時間内に5人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。小五郎は8時に砂時計の前に集合と告げる。8時まで30分あるため、時間を潰す事に。コナンが階段を登り始めた時、2階から女性の悲鳴が聞こえてくる。

時間内に5人を捕まえると賞金が貰える30分番組の生放送がスタート。コナンと蘭はこの番組が流れる家電店のＴＶの前を過ぎて商店街にある30分計れる砂時計の前に。小五郎は8時に砂時計の前に集合と告げる。8時まで30分あるため、時間を潰す事に。コナンが階段を登り始めた時、2階から女性の悲鳴が聞こえてくる。

地下駐車場でルトガーが殴打される。元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、元太と何らかの共通点を持ちエルという言葉に関係する人物と推理する。コナンはそれを足掛かりに変声機を使って推理した事を語り始める…。

地下駐車場でルトガーが殴打される。元太は自分が蹴ったボールでケガしたと思い込んで呆然とする。ルトガーは元太を指さして「犯人」と呟き、気絶する前に「エル」と言い残したため、元太と何らかの共通点を持ちエルという言葉に関係する人物と推理する。コナンはそれを足掛かりに変声機を使って推理した事を語り始める…。

元太が蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の主、児島に怒られてしまう。この後、ボールで車にキズと泥がついたというルトガーが現れる。元太はふて腐れて駐車場に残ってボールを蹴って練習。元太は頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

元太が蹴ったサッカーボールは駐車中の車の屋根に落下。車の主、児島に怒られてしまう。この後、ボールで車にキズと泥がついたというルトガーが現れる。元太はふて腐れて駐車場に残ってボールを蹴って練習。元太は頭から血を流して倒れるルトガーを発見する。すると、ルトガーは「はんにん」と言って元太の方を指さし…。

夕方、米花公園裏で立松新三郎と小此木清隆が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く事故に遭ったと考えるが、目撃者は車が2人を狙って突っ込んだと証言する。

夕方、米花公園裏で立松新三郎と小此木清隆が車に跳ねられ、近くにいた小五郎とコナンが救急車を手配する。コナンは立松に見覚えがあった。半月前、立松が日本一運の悪い人として紹介される番組が放送されたのだ。小五郎は立松らが運悪く事故に遭ったと考えるが、目撃者は車が2人を狙って突っ込んだと証言する。

妃英理が法律事務所で仕事をしていると、花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。事務所の電話が鳴り、英理は急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか気にしていると、猫のゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った1枚の写真が出てくる。

妃英理が法律事務所で仕事をしていると、花束を持った蘭とコナンの姿。蘭は記念日を祝福しようとするが、英理は何の記念日か忘れている。事務所の電話が鳴り、英理は急いで出掛けてしまう。蘭が誰に呼び出されたか気にしていると、猫のゴロが本棚横の花瓶をひっくり返し、中から英理と男性が写った1枚の写真が出てくる。

コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠に協力してもらいながら第1、第2の暗号を解読し、第3の暗号を手に入れる。新一は郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

コナンは図書館にあった財布にまつわる思い出話を続ける。10年前、謎の男の挑戦を受けた新一は蘭、阿笠に協力してもらいながら第1、第2の暗号を解読し、第3の暗号を手に入れる。新一は郵便局に向かってほしいと車を運転する阿笠に頼む。赤い物に次の暗号が隠されていたため、新一は赤いポストに何かあると推理する。

コナンは歩美らと図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗りバランスを崩し落下。散乱した本を元の場所に戻そうとして古い革の財布を発見する。コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された文章を見る前に言い当てる。コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。

コナンは歩美らと図書室で読書をする。元太は椅子の上に重ねた本の上に乗りバランスを崩し落下。散乱した本を元の場所に戻そうとして古い革の財布を発見する。コナンはこの財布に見覚えがあり、紙に記された文章を見る前に言い当てる。コナンは10年前に起きた財布にまつわる不思議な思い出を光彦、歩美らに話し始める…。

コナン達はレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

コナン達はレンタカーで温泉へ向かう。そこに目暮警部から携帯に連絡が入る。目暮は車に爆弾が仕掛けられている事を明かす。車は時速20キロ以下になると同時に爆破する装置がセットされているという。窓もドアも仕掛けが施され、開ける事ができない。コナンは車を時速20キロ以上で走らせながら停める方法を考えるが…。

画家、及川武頼の新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言。コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の１人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。

画家、及川武頼の新作「青嵐」が盗まれ、同時に及川の義父、神原晴仁がナイフで刺殺される。捜査にあたる目暮警部は怪盗キッドの犯行の可能性が高いと判断。及川は「青嵐」を描く事は永遠にないと発言。コナンは怪盗キッドが目暮、佐藤刑事、高木刑事、千葉刑事の中の1人に変装していると気付き、報道陣に聞き込みを行う。

画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。

画家、及川武頼の別荘に怪盗キッドから犯行の予告状が届く。狙われているのは及川の新作「青嵐」で、予告された犯行時刻は明日20時。及川の義父、神原晴仁は「青嵐」の事を心配するが、及川は警察に通報し、小五郎にも仕事を依頼して万全の備えをしていた。翌日、及川の別荘にたくさんの報道陣が集まる。