探偵事務所に女流作家の光井、湯地、二瓶がやってくる。その直後、沢栗勲が拳銃を持って現れる。沢栗の妹、未紅は3人のSNS仲間だった。先月、未紅は温泉旅館で手首を切って自殺。沢栗は3人の誰かが殺害したと考えていた。阿笠の家にいたコナンは電話を通して事務所の状況を知り、事件を解決しようと考える。

探偵事務所に女流作家の光井、湯地、二瓶がやってくる。その直後、沢栗勲が拳銃を持って現れる。沢栗の妹、未紅は3人のSNS仲間だった。先月、未紅は温泉旅館で手首を切って自殺。沢栗は３人の誰かが殺害したと考えていた。阿笠の家にいたコナンは電話を通して事務所の状況を知り、事件を解決しようと考える。

振り込め詐欺の首謀者、上住がホテルから飛び降りて自殺。だが、コナンと探偵の世良は何者かに殺害されたと推理する。コナンは上住が使っていた車イスについた傷に注目。さらに現場の状況から犯人が上住を殺害したトリックを見破る。ほぼ同時に犯人に気付いた世良は皆の前で自身の推理を披露する。それを聞いたコナンは…。

振り込め詐欺の首謀者、上住がホテルから飛び降りて自殺。だが、コナンと探偵の世良は何者かに殺害されたと推理する。コナンは上住が使っていた車イスについた傷に注目。さらに現場の状況から犯人が上住を殺害したトリックを見破る。ほぼ同時に犯人に気付いた世良は皆の前で自身の推理を披露する。それを聞いたコナンは…。

杯戸ホテルにやってきたコナン、蘭、園子。お目当てのカフェを見つけた直後、駐車場から大きな音が聞こえてくる。コナンが駐車場へ駆け付けると、振り込め詐欺の首謀者、上住が頭から血を流して倒れていた。行きのバスでコナンたちと一緒だった世良が現れ、これは殺人だと指摘。世良はコナンと同じ探偵だった…。

杯戸ホテルにやってきたコナン、蘭、園子。お目当てのカフェを見つけた直後、駐車場から大きな音が聞こえてくる。コナンが駐車場へ駆け付けると、振り込め詐欺の首謀者、上住が頭から血を流して倒れていた。行きのバスでコナンたちと一緒だった世良が現れ、これは殺人だと指摘。世良はコナンと同じ探偵だった…。

地上げ屋の西津はラーメンを食べた直後に苦しみ出して絶命。容疑者は店長の小倉、アルバイトの彩代、隣りの理髪店店長の谷中。毒は西津の左手の親指と人差し指、西津が使っていた箸、及び座った席のテーブルの上から検出され、コナンは容疑者3人の所持品に注目する。3人は毒を入れるような容器を持っていなかったが…。

地上げ屋の西津はラーメンを食べた直後に苦しみ出して絶命。容疑者は店長の小倉、アルバイトの彩代、隣りの理髪店店長の谷中。毒は西津の左手の親指と人差し指、西津が使っていた箸、及び座った席のテーブルの上から検出され、コナンは容疑者３人の所持品に注目する。3人は毒を入れるような容器を持っていなかったが…。

死ぬほど美味いがうたい文句のラーメン店にやってきた小五郎とコナン。店長の小倉とバイトの彩代は来店した不動産会社社長の西津を追い返そうとする。この後、西津が立ち寄ったばかりという隣りの理髪店の店主、谷中も来店する。西津は散々悪態をついた後、ラーメンを食べて苦しみ出し、本当に絶命してしまう…。

死ぬほど美味いがうたい文句のラーメン店にやってきた小五郎とコナン。店長の小倉とバイトの彩代は来店した不動産会社社長の西津を追い返そうとする。この後、西津が立ち寄ったばかりという隣りの理髪店の店主、谷中も来店する。西津は散々悪態をついた後、ラーメンを食べて苦しみ出し、本当に絶命してしまう…。

カルタを中断して母親とトイレに行く正男。哀は正男がトイレに行ったのは暗号を解く時間を与えるためと判断。「る」「こ」「に」「て」という正男が取ったカルタ4枚の暗号解読に取りかかる。同時にコナンにもメールで暗号などの情報を送信する。この後、哀は暗号を解読し、正男が本当の事を言っていたと気付くが…。

カルタを中断して母親とトイレに行く正男。哀は正男がトイレに行ったのは暗号を解く時間を与えるためと判断。「る」「こ」「に」「て」という正男が取ったカルタ4枚の暗号解読に取りかかる。同時にコナンにもメールで暗号などの情報を送信する。この後、哀は暗号を解読し、正男が本当の事を言っていたと気付くが…。

正月早々、風邪を引いたコナンにカルタ取りの約束をしていた光彦、歩美、元太、哀がテレビ電話をかけてくる。その時、同い年位の浦船正男が訪ねてくる。正男は知らない奴らが家に来たと助けを求めるが、その直後に父親と母親が現れ連れて行かれてしまう。やりとりを見ていたコナンは2人が正男の親ではない事に気付いて…。

正月早々、風邪を引いたコナンにカルタ取りの約束をしていた光彦、歩美、元太、哀がテレビ電話をかけてくる。その時、同い年位の浦船正男が訪ねてくる。正男は知らない奴らが家に来たと助けを求めるが、その直後に父親と母親が現れ連れて行かれてしまう。やりとりを見ていたコナンは2人が正男の親ではない事に気付いて…。

【シーズン16 最終話】万由子は何者かに拉致されそうになるがコナンが何とか撃退する。コナンたちは残る5枚のスケッチを再度確認し、1枚の絵が吉備津神社の鳴釜神事を描いている事に気付く。神社に行った後、目撃談を頼りに倉敷へ。万由子の記憶も少しずつ蘇っていく。そんな折、万由子は何者かに再び連れ去られそうになって…。

万由子は何者かに拉致されそうになるがコナンが何とか撃退する。コナンたちは残る5枚のスケッチを再度確認し、1枚の絵が吉備津神社の鳴釜神事を描いている事に気付く。神社に行った後、目撃談を頼りに倉敷へ。万由子の記憶も少しずつ蘇っていく。そんな折、万由子は何者かに再び連れ去られそうになって…。

コナンは蘭、タウン誌記者の梨田と岡山を観光中、記憶喪失になった女性と知り合う。コナンたちは彼女が描いた8枚のスケッチを手掛かりに彼女の記憶を辿る事に。途中、彼女の友人という香苗が現れ、彼女は吉瀬万由子と判明。万由子は事件の目撃者で、香苗は容疑者になった兄、圭吾の無実を証言して欲しいと考えていた…。

コナンは蘭、タウン誌記者の梨田と岡山を観光中、記憶喪失になった女性と知り合う。コナンたちは彼女が描いた8枚のスケッチを手掛かりに彼女の記憶を辿る事に。途中、彼女の友人という香苗が現れ、彼女は吉瀬万由子と判明。万由子は事件の目撃者で、香苗は容疑者になった兄、圭吾の無実を証言して欲しいと考えていた…。

自分の部屋で変死した王三郎。庭にコナン、廊下に蘭がいた中での密室犯罪だった。小五郎は王三郎が残した暗号文の解読に取りかかる。コナンは暗号文の一部を解読。その直後、野笛の悲鳴が聞こえてくる。そしてコナンらは背中に矢が刺さって絶命した野笛を発見。さらに小五郎が犯人と疑う荻人が崖から転落して…。

自分の部屋で変死した王三郎。庭にコナン、廊下に蘭がいた中での密室犯罪だった。小五郎は王三郎が残した暗号文の解読に取りかかる。コナンは暗号文の一部を解読。その直後、野笛の悲鳴が聞こえてくる。そしてコナンらは背中に矢が刺さって絶命した野笛を発見。さらに小五郎が犯人と疑う荻人が崖から転落して…。

ひょんな事から中北楓と運転手の須坂衛子と知り合い、紅葉御殿と呼ばれる片寄王三郎の屋敷に案内されたコナン、小五郎、蘭。楓は交通事故で両親を失い、王三郎に最近引き取られたという。午後3時に人と会う約束をしていた王三郎が部屋で毒殺される事件が発生。コナンは状況を見て犯人が近くにいると推理するが…。

ひょんな事から中北楓と運転手の須坂衛子と知り合い、紅葉御殿と呼ばれる片寄王三郎の屋敷に案内されたコナン、小五郎、蘭。楓は交通事故で両親を失い、王三郎に最近引き取られたという。午後３時に人と会う約束をしていた王三郎が部屋で毒殺される事件が発生。コナンは状況を見て犯人が近くにいると推理するが…。

「世界一受けたい授業」のリハーサル中、清朝の壺が盗まれ、小五郎は山崎が犯行に及んだと推理。山崎はヨーコのハンカチを盗んだ事を白状するが、壺を盗んだ犯人ではなかった。この後、本間が大きなバッグを持ってスタジオを出て行こうとする。小五郎は本間が清朝の壺をバッグに入れて持ち去ろうとしていると判断するが…。

「世界一受けたい授業」のリハーサル中、清朝の壺が盗まれ、小五郎は山崎が犯行に及んだと推理。山崎はヨーコのハンカチを盗んだ事を白状するが、壺を盗んだ犯人ではなかった。この後、本間が大きなバッグを持ってスタジオを出て行こうとする。小五郎は本間が清朝の壺をバッグに入れて持ち去ろうとしていると判断するが…。

小五郎は人気番組「世界一受けたい授業」に出演する事になり、コナン、蘭と日売TVにやってくる。出演者がスタジオに集まり、リハーサルが行われる。2時間目の講師、山崎哲史はポン菓子機の実演を披露する。その直後、出演者である演歌の大御所、君島伸郎が所有する時価数億円と目される清朝の壺が盗まれてしまう…。

小五郎は人気番組「世界一受けたい授業」に出演する事になり、コナン、蘭と日売TVにやってくる。出演者がスタジオに集まり、リハーサルが行われる。2時間目の講師、山崎哲史はポン菓子機の実演を披露する。その直後、出演者である演歌の大御所、君島伸郎が所有する時価数億円と目される清朝の壺が盗まれてしまう…。

コナン、蘭、園子は合宿所でヨガ･ダイエットに励む。参加者の出川アツ子はクレームをつけ、オーナー兼インストラクターの里山月子、シェフの飯盛薫、友人の猪俣保子にも酷い態度を取る。夕食前にヨガが行われるが、アツ子は部屋に戻ってしまう。この後、遺書を残して絶命したアツ子が発見されて…。

コナン、蘭、園子は合宿所でヨガ・ダイエットに励む。参加者の出川アツ子はクレームをつけ、オーナー兼インストラクターの里山月子、シェフの飯盛薫、友人の猪俣保子にも酷い態度を取る。夕食前にヨガが行われるが、アツ子は部屋に戻ってしまう。この後、遺書を残して絶命したアツ子が発見されて…。

ゴールデン横丁の小料理屋「さつき」。一番奥に座る扇が店外のトイレに行くと言い、小五郎と篠原、中村は扇を通すために店の外に出る。中村はタバコ屋へ、篠原はお金を下ろしてくると人混みの中へ。小五郎はタバコを吸ってから店に戻る事に。3分後、小五郎たちが店に戻ると、女将の三島さつきは何者かに殺害されていて…。

ゴールデン横丁の小料理屋「さつき」。一番奥に座る扇が店外のトイレに行くと言い、小五郎と篠原、中村は扇を通すために店の外に出る。中村はタバコ屋へ、篠原はお金を下ろしてくると人混みの中へ。小五郎はタバコを吸ってから店に戻る事に。3分後、小五郎たちが店に戻ると、女将の三島さつきは何者かに殺害されていて…。

暗闇の中で保科瑠華子が刺殺され、軽辺は犯人がドレスを着ていたかもしれないと証言。コナンはベランダの手すりや窓枠に付着した血に注目。その時、午前0時になって大時計の鐘がなる。コナンは大時計を見て何かを閃き、時の番人と名乗る犯人のトリックを見破って…。

暗闇の中で保科瑠華子が刺殺され、軽辺は犯人がドレスを着ていたかもしれないと証言。コナンはベランダの手すりや窓枠に付着した血に注目。その時、午前0時になって大時計の鐘がなる。コナンは大時計を見て何かを閃き、時の番人と名乗る犯人のトリックを見破って…。

2年前から保科瑠華子の誕生日が近づくと送られてくる脅迫文。執事の青梅は時の番人と名乗る送り主を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎はコナン、蘭と共に館を訪れる。招待客が見守る中、瑠華子は誕生日ケーキのロウソクを吹き消す。その直後、瑠華子の悲鳴。急いで電気を点けると、瑠華子は絶命していた…。

２年前から保科瑠華子の誕生日が近づくと送られてくる脅迫文。執事の青梅は時の番人と名乗る送り主を突き止めて欲しいと小五郎に依頼する。小五郎はコナン、蘭と共に館を訪れる。招待客が見守る中、瑠華子は誕生日ケーキのロウソクを吹き消す。その直後、瑠華子の悲鳴。急いで電気を点けると、瑠華子は絶命していた…。

早朝、公園の花時計の前でバトンを練習する歩美。ストーカーが現れるらしく、コナンたちは様子を見に行く事に。その男は花時計の盤面の6の白石付近で酒瓶を持ったまま絶命していた。小五郎は男が酔っ払って足を踏み外し、展望台から落ちたと推理する。コナンは事故ではなく、誰かに殺害されたと推理して…。

早朝、公園の花時計の前でバトンを練習する歩美。ストーカーが現れるらしく、コナンたちは様子を見に行く事に。その男は花時計の盤面の６の白石付近で酒瓶を持ったまま絶命していた。小五郎は男が酔っ払って足を踏み外し、展望台から落ちたと推理する。コナンは事故ではなく、誰かに殺害されたと推理して…。

コナンは遺体を見た時の違和感が気になり、宮坂の部屋を再度確認。だが、最初に見た時の違和感は何故かなくなっていた。この後、美紀は鷹山が嵐の中を走っていく姿を目撃。皆は鷹山が犯人で、警察が来る前に逃げ出したと推理する。鷹山が逃げた方角には崖があり、転落した鷹山の遺体を発見する…。

コナンは遺体を見た時の違和感が気になり、宮坂の部屋を再度確認。だが、最初に見た時の違和感は何故かなくなっていた。この後、美紀は鷹山が嵐の中を走っていく姿を目撃。皆は鷹山が犯人で、警察が来る前に逃げ出したと推理する。鷹山が逃げた方角には崖があり、転落した鷹山の遺体を発見する…。

休暇を利用して南海の孤島にやってきたコナンたち。島ではイケメン俳優、宮坂のプロモーションビデオの撮影が行われていた。落ち目になった宮坂はテレビから姿を消していた。コナンたちは撮影スタッフに酷い仕打ちをする宮坂を目の当たりにする。そして撮影後、宮坂はペンションの一室で遺体となって発見されて…。

休暇を利用して南海の孤島にやってきたコナンたち。島ではイケメン俳優、宮坂のプロモーションビデオの撮影が行われていた。落ち目になった宮坂はテレビから姿を消していた。コナンたちは撮影スタッフに酷い仕打ちをする宮坂を目の当たりにする。そして撮影後、宮坂はペンションの一室で遺体となって発見されて…。

コナンはトイレの個室で龍馬のピストルを持ったキッドに声をかけられる。キッドは盗まれた品を返しに来ただけだから邪魔するなとコナンに言い放って姿を消す。この後、蘭は園子の右の袖の部分に文字が書かれている事に気付く。それを聞いたコナンはキッドが本当に雨を降らせる気だと見抜いて…。

コナンはトイレの個室で龍馬のピストルを持ったキッドに声をかけられる。キッドは盗まれた品を返しに来ただけだから邪魔するなとコナンに言い放って姿を消す。この後、蘭は園子の右の袖の部分に文字が書かれている事に気付く。それを聞いたコナンはキッドが本当に雨を降らせる気だと見抜いて…。

鈴木次郎吉の博物館で龍馬展が開催され、次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。キッドの目的は20年前に樽見が開催した龍馬展で盗まれた品を返しに来る事だった。コナンは予告状に書かれた「今一度、洗濯いたし申し候」という龍馬の言葉に注目。コナンはキッドが雨になるのを待って予告日時を決めたと推理するが…。

鈴木次郎吉の博物館で龍馬展が開催され、次郎吉のもとに怪盗キッドから予告状が届く。キッドの目的は20年前に樽見が開催した龍馬展で盗まれた品を返しに来る事だった。コナンは予告状に書かれた「今一度、洗濯いたし申し候」という龍馬の言葉に注目。コナンはキッドが雨になるのを待って予告日時を決めたと推理するが…。

コナンは安菜の頬に抵抗した傷がある事に気付き、安菜は誰かに毒のカプセルを口に突っ込まれ、飲み込むまで口を塞がれたと推理する。目暮は安菜が生きているように偽装できた睦、蜂谷、辻栄の3人を容疑者と考える。コナンはベッドの布とベッドの下の状況から犯人のトリックを見破って…。

コナンは安菜の頬に抵抗した傷がある事に気付き、安菜は誰かに毒のカプセルを口に突っ込まれ、飲み込むまで口を塞がれたと推理する。目暮は安菜が生きているように偽装できた睦、蜂谷、辻栄の3人を容疑者と考える。コナンはベッドの布とベッドの下の状況から犯人のトリックを見破って…。

大学の学祭で講演する小五郎。芸術学科の辻栄は蘭、園子、コナンをお化け屋敷に案内し、ゾンビの出来栄えを評価して欲しいと頼む。お化け屋敷に入ると、手術台に横たわるゾンビ役の安菜が体を激しく揺らした後に絶命。目暮警部は毒薬を飲んで自殺したと判断するが、コナンは自殺に見せかけた殺人事件と推理して…。

大学の学祭で講演する小五郎。芸術学科の辻栄は蘭、園子、コナンをお化け屋敷に案内し、ゾンビの出来栄えを評価して欲しいと頼む。お化け屋敷に入ると、手術台に横たわるゾンビ役の安菜が体を激しく揺らした後に絶命。目暮警部は毒薬を飲んで自殺したと判断するが、コナンは自殺に見せかけた殺人事件と推理して…。

視聴覚室で帝丹小の卒業生でもある千葉刑事と遭遇したコナンと少年探偵団。千葉は13年前、三池苗子にラブレターを渡したという。返事の手紙には自分の気持ちを視聴覚室の倉庫に保管したと書かれていたという。千葉によれば苗子が残したのはビデオレターで、コナンたちは当時見つからなかったビデオレターを探すが…。

視聴覚室で帝丹小の卒業生でもある千葉刑事と遭遇したコナンと少年探偵団。千葉は13年前、三池苗子にラブレターを渡したという。返事の手紙には自分の気持ちを視聴覚室の倉庫に保管したと書かれていたという。千葉によれば苗子が残したのはビデオレターで、コナンたちは当時見つからなかったビデオレターを探すが…。

金持ちの老人を誘拐した2人組に捕まり、部屋の壁際に縛られたコナンと哀。コナンは光彦たちが同じ部屋のロッカーに隠れていると推理。コナンは探偵団バッジで床を叩き、光彦たちにメッセージを送る。それは東京消防庁の通話コードだった。コナンは通話コードを使って光彦に指示を出し、この状況を打開しようと試みるが…。

金持ちの老人を誘拐した2人組に捕まり、部屋の壁際に縛られたコナンと哀。コナンは光彦たちが同じ部屋のロッカーに隠れていると推理。コナンは探偵団バッジで床を叩き、光彦たちにメッセージを送る。それは東京消防庁の通話コードだった。コナンは通話コードを使って光彦に指示を出し、この状況を打開しようと試みるが…。

来週取り壊される予定の廃ビルで缶蹴りをするコナンたち。元太は隠れている時、壁を叩く音を聞いたという。音は2回、5回、2回して止まったらしく、コナンは東京消防庁の通話コードを思い浮かべる。この後、コナンたちはトンカチで壁を叩く作業服を着た男2人を発見。コナンは2人が誰かを監禁している事を見破って…。

来週取り壊される予定の廃ビルで缶蹴りをするコナンたち。元太は隠れている時、壁を叩く音を聞いたという。音は2回、5回、2回して止まったらしく、コナンは東京消防庁の通話コードを思い浮かべる。この後、コナンたちはトンカチで壁を叩く作業服を着た男2人を発見。コナンは2人が誰かを監禁している事を見破って…。

コナンは観客席にいるハーデスを見つける方法に気付き、「粘って絶対勝って!」とミネルバにメッセージを送る。このセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。必死にラリーを続けて時間を稼ぐが相手にセットポイントを奪われてしまう。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかけるが…。

コナンは観客席にいるハーデスを見つける方法に気付き、「粘って絶対勝って！」とミネルバにメッセージを送る。このセットを落とすと同時に母親が殺害される後がない状況だった。必死にラリーを続けて時間を稼ぐが相手にセットポイントを奪われてしまう。審判は試合終了を告げ、ハーデスは爆弾のスイッチに手をかけるが…。

【期間限定 毎日１話配信】 コナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付き、「HELP」というメッセージに読み取る。さらに点字を読み取り、ハーデスが試合終了と同時にミネルバの母親を殺害しようとしている事を知る。この後、コナンは観客席にいる母親が抱えているぬいぐるみの中に爆弾が仕掛けられている事を見破るが…。

コナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付き、「HELP」というメッセージに読み取る。さらに点字を読み取り、ハーデスが試合終了と同時にミネルバの母親を殺害しようとしている事を知る。この後、コナンは観客席にいる母親が抱えているぬいぐるみの中に爆弾が仕掛けられている事を見破るが…。

コナンはミネルバがサーブを落とした位置で点字を示している事に気付き、「HELP」というメッセージに読み取る。さらに点字を読み取り、ハーデスが試合終了と同時にミネルバの母親を殺害しようとしている事を知る。この後、コナンは観客席にいる母親が抱えているぬいぐるみの中に爆弾が仕掛けられている事を見破るが…。

【期間限定 毎日１話配信】 コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。蘭は残り２つの暗号文も解読して文字が全て揃う。文字を並べ替えSATURN（土星）というキーワードを導き出し、新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。そして翌日の土曜日。コナンは暗号文から犯人のハーデスが狙っている場所と特定しようとするが…。

コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。蘭は残り2つの暗号文も解読して文字が全て揃う。文字を並べ替えSATURN (土星) というキーワードを導き出し、新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。そして翌日の土曜日。コナンは暗号文から犯人のハーデスが狙っている場所と特定しようとするが…。

コナンは変声機を使い、新一として蘭を電話越しにサポート。蘭は残り2つの暗号文も解読して文字が全て揃う。文字を並べ替えSATURN（土星）というキーワードを導き出し、新一は犯人が土曜日に事件を起こすと推理する。そして翌日の土曜日。コナンは暗号文から犯人のハーデスが狙っている場所と特定しようとするが…。