USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は1千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は1千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

2日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと1千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

2日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと１千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。3人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。3人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の1人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の１人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪股が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪俣が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。

路線バスに乗るコナン、阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀。元太はビルの屋上で掴み合う男性2人に気付く。元太は1人が相手を屋上から突き落とす瞬間も目撃。元太がその瞬間を見たのは2時、緒方が落下してきてすぐに薫が119番通報したのは2時10分頃で、不思議な事に緒方が地面まで落ちるのに10分もかかっていた…。

路線バスに乗るコナン、阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀。元太はビルの屋上で掴み合う男性2人に気付く。元太は1人が相手を屋上から突き落とす瞬間も目撃。元太がその瞬間を見たのは2時、緒方が落下してきてすぐに薫が119番通報したのは2時10分頃で、不思議な事に緒方が地面まで落ちるのに10分もかかっていた…。

刑事時代の小五郎に逮捕された元銀行強盗犯、氷室は「今からアンタのせいで人が死ぬ」と電話で小五郎に予告する。その頃、氷室の手下だった沼尾が廃ビルから落下して即死。氷室は沼尾の裏切りによって逮捕され、小五郎は氷室が沼尾を恨んで殺害したと推理する。この後、小五郎は氷室の罠によって窮地に追い込まれて…。

刑事時代の小五郎に逮捕された元銀行強盗犯、氷室は「今からアンタのせいで人が死ぬ」と電話で小五郎に予告する。その頃、氷室の手下だった沼尾が廃ビルから落下して即死。氷室は沼尾の裏切りによって逮捕され、小五郎は氷室が沼尾を恨んで殺害したと推理する。この後、小五郎は氷室の罠によって窮地に追い込まれて…。

横溝警部は事情聴取をして皆の行動を確認。桃園、梅島、高梨は昼食の前後に石栗の部屋に行っていた。高梨は石栗とケンカしたと告白。小五郎は3人には石栗を殺害する動機があると判断し、安室は皆に犯行の機会はあったと考える。コナンは新たに判明した現場の状況、蘭の証言から犯人のトリックを見破って…。

横溝警部は事情聴取をして皆の行動を確認。桃園、梅島、高梨は昼食の前後に石栗の部屋に行っていた。高梨は石栗とケンカしたと告白。小五郎は3人には石栗を殺害する動機があると判断し、安室は皆に犯行の機会はあったと考える。コナンは新たに判明した現場の状況、蘭の証言から犯人のトリックを見破って…。

園子の別荘にやってきたコナン、小五郎、蘭はひょんな事から知り合った大学生、桃園琴音の別荘へ。この後、石栗は自分の部屋に戻り、コナンも石栗の部屋で休む事に。しばらくすると石栗の部屋で大きな物音。その音で目覚めたコナンは絶命した石栗を発見する。ドアと窓は鍵がかかっていて、コナンは密室殺人と判断するが…。

園子の別荘にやってきたコナン、小五郎、蘭はひょんな事から知り合った大学生、桃園琴音の別荘へ。この後、石栗は自分の部屋に戻り、コナンも石栗の部屋で休む事に。しばらくすると石栗の部屋で大きな物音。その音で目覚めたコナンは絶命した石栗を発見する。ドアと窓は鍵がかかっていて、コナンは密室殺人と判断するが…。

コナンが犯人を追い詰めている頃、6号車E室では工藤有希子とシャロン (ベルモット) が対峙していた。シャロンは8号車B室に発煙筒を用意。間もなく煙が立ち昇り、コナンたちは火災と勘違いして前の車両へと避難する。そして誰もいない8号車にシェリーの姿に戻った哀が現れる。そんな哀の前にバーボンが現れて…。

コナンが犯人を追い詰めている頃、6号車E室では工藤有希子とシャロン（ベルモット）が対峙していた。シャロンは8号車B室に発煙筒を用意。間もなく煙が立ち昇り、コナンたちは火災と勘違いして前の車両へと避難する。そして誰もいない8号車にシェリーの姿に戻った哀が現れる。そんな哀の前にバーボンが現れて…。

小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理する。推理通り、8号車A室の能登、C室の安東、D室の小蓑、住友、E室の出波は火事の生存者だった。コナンはE室を訪ねた時に何かに気付いて事件の真相に近づく。この後、コナンは8号車の通路に皆を集め、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理する。推理通り、8号車A室の能登、C室の安東、D室の小蓑、住友、E室の出波は火事の生存者だった。コナンはE室を訪ねた時に何かに気付いて事件の真相に近づく。この後、コナンは8号車の通路に皆を集め、小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

8号車B室で絶命していた室橋。8号車は次郎吉の友人の資産家が家族でゆったり乗りたいとリクエストして作った車両。だが初運行の1ヶ月前、資産家のパーティーで火事が起き、一家はほとんど他界。生き残ったのは小蓑と住友と客人4人だけだった。小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理するが…。

8号車B室で絶命していた室橋。8号車は次郎吉の友人の資産家が家族でゆったり乗りたいとリクエストして作った車両。だが初運行の1ヶ月前、資産家のパーティーで火事が起き、一家はほとんど他界。生き残ったのは小蓑と住友と客人4人だけだった。小五郎は今回の事件は火事に絡んだ復讐劇と推理するが…。

コナンたちは行き先が謎のベルツリー急行に乗車。コナンは探偵役に選ばれたというカードに気付く。カードには7号車B室で起きる事件を捜査しろと書かれていた。7号車B室を覗き込むと、フードを被った男が銃を室橋に発砲する。この後、推理クイズはまだ発表前と判明。コナンは現実の事件と判断して7号車B室へ戻るが…。

コナンたちは行き先が謎のベルツリー急行に乗車。コナンは探偵役に選ばれたというカードに気付く。カードには7号車B室で起きる事件を捜査しろと書かれていた。7号車B室を覗き込むと、フードを被った男が銃を室橋に発砲する。この後、推理クイズはまだ発表前と判明。コナンは現実の事件と判断して7号車B室へ戻るが…。

山村警部は宇佐木、米住、岩隈から事情を聞くが、誰が犯人か突き止める事ができない。この後、コナンと世良は阿笠の言葉をヒントに遺体の女性が指で何を示していたかに気付き、誰が犯人かを見破る。その頃、山小屋のドアの所にフードを被り、斧を持った謎の女性が現れる。謎の女性は斧を持ちながら元太たちに迫ってきて…。

山村警部は宇佐木、米住、岩隈から事情を聞くが、誰が犯人か突き止める事ができない。この後、コナンと世良は阿笠の言葉をヒントに遺体の女性が指で何を示していたかに気付き、誰が犯人かを見破る。その頃、山小屋のドアの所にフードを被り、斧を持った謎の女性が現れる。謎の女性は斧を持ちながら元太たちに迫ってきて…。

コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。

コナン、元太、光彦、歩美、哀は阿笠博士の車で群馬のキャンプ場にやってくる。元太と光彦、歩美、哀は焚き木を拾いに行く。その時、元太たちは男が女性の遺体を埋めている現場を目撃。元太たちは犯人に気付かれ、慌てて近くの山小屋へと逃げ込む。警察は女性の遺体を発見し、コナンは元太たちが事件に巻き込まれたと知る。

コナンたちは郊外の河原でUFOが墜落したという事件に遭遇。そしてUFOの下敷きになって圧死した岩淵の遺体が発見される。UFOは物理学博士の小沼が開発中のもの。コナンたちは小沼の研究所を調べ、徐々に衝撃の事実が明らかに。このUFO騒動は大蔵という金貸しの隠し資産が絡んだ複雑な事件だった…。

コナンたちは郊外の河原でUFOが墜落したという事件に遭遇。そしてUFOの下敷きになって圧死した岩淵の遺体が発見される。UFOは物理学博士の小沼が開発中のもの。コナンたちは小沼の研究所を調べ、徐々に衝撃の事実が明らかに。このUFO騒動は大蔵という金貸しの隠し資産が絡んだ複雑な事件だった…。

小五郎は、矢内みさきから姉のなぎさの自殺を調べ直してほしいと依頼される。高校、大学がある矢内清美学園。そこの大学生だったなぎさの首を吊った現場を目撃したのは演劇部顧問の児玉春恵とみさき自身。それでも、みさきは自殺ではないと信じていた。コナンは現場を見れば何かわかると考えて事件当時の状況を再現して…。

小五郎は、矢内みさきから姉のなぎさの自殺を調べ直してほしいと依頼される。高校、大学がある矢内清美学園。そこの大学生だったなぎさの首を吊った現場を目撃したのは演劇部顧問の児玉春恵とみさき自身。それでも、みさきは自殺ではないと信じていた。コナンは現場を見れば何かわかると考えて事件当時の状況を再現して…。

地区センターの花壇が荒らされる事件が発生。歩美たちが職員の岡村、山崎と花壇を修復していると、フラワーショップ経営の奥田が配達に来る。センターを逆恨みする奥田は岡村と山崎に絡んで揉め事に。午後10時、コナンたちは夜回りに来て頭から血を流した山崎の遺体を発見する。コナンは現場の不可解な点に気付いて…。

地区センターの花壇が荒らされる事件が発生。歩美たちが職員の岡村、山崎と花壇を修復していると、フラワーショップ経営の奥田が配達に来る。センターを逆恨みする奥田は岡村と山崎に絡んで揉め事に。午後10時、コナンたちは夜回りに来て頭から血を流した山崎の遺体を発見する。コナンは現場の不可解な点に気付いて…。

コナン、小五郎、蘭は百合香の夫の健吾、友人の水町と共同経営する諏訪山ワイナリーへやってくる。施設にはレストラン経営の山口も契約を結ぶために訪れていた。健吾はワインの質を落とす事になると契約に反対しているという。この後、コナンたちは樽蔵で健吾の遺体を発見。警察は水町を犯人と疑うが…。

コナン、小五郎、蘭は百合香の夫の健吾、友人の水町と共同経営する諏訪山ワイナリーへやってくる。施設にはレストラン経営の山口も契約を結ぶために訪れていた。健吾はワインの質を落とす事になると契約に反対しているという。この後、コナンたちは樽蔵で健吾の遺体を発見。警察は水町を犯人と疑うが…。

京都にやってきたコナン、小五郎たち。この日から発売される梅はらの銘菓「京のとり」チョコ味200個が5店舗の土産物屋から全て消えてしまった。この日は先代社長の命日で、職人の1人は先代の祟りと考える。元々、小倉味だけだった「京のとり」。先代の社長は今の社長が発売した抹茶味を気に入ってなかったという。

京都にやってきたコナン、小五郎たち。この日から発売される梅はらの銘菓「京のとり」チョコ味200個が５店舗の土産物屋から全て消えてしまった。この日は先代社長の命日で、職人の1人は先代の祟りと考える。元々、小倉味だけだった「京のとり」。先代の社長は今の社長が発売した抹茶味を気に入ってなかったという。

コナンと蘭は西澤のアパートを訪ね、バスタブの中で溺死した西澤を発見。パソコンからは遺書が発見され、目暮警部は自殺の可能性が高いと判断する。だが、奪われた現金が見つかるまで事件は解決していないと捜査を続ける小五郎。コナンは漁師に協力してもらい、犯人の逃走経路を推理。事件の真相へと辿り着く…。

コナンと蘭は西澤のアパートを訪ね、バスタブの中で溺死した西澤を発見。パソコンからは遺書が発見され、目暮警部は自殺の可能性が高いと判断する。だが、奪われた現金が見つかるまで事件は解決していないと捜査を続ける小五郎。コナンは漁師に協力してもらい、犯人の逃走経路を推理。事件の真相へと辿り着く…。

アメ車を専門に扱う会社の社員が立て続けに襲われる事件が発生。小五郎は犯人の指示に従い、現金を入れたアタッシュケースを持って花見クルーズ舟に乗り込む。コナンは舟の行方を追う。犯人はケースを舟の屋根に載せろと小五郎に指示。この後、コナンが舟を見失った短時間の間に屋根の上にあったケースは消えてしまう…。

アメ車を専門に扱う会社の社員が立て続けに襲われる事件が発生。小五郎は犯人の指示に従い、現金を入れたアタッシュケースを持って花見クルーズ舟に乗り込む。コナンは舟の行方を追う。犯人はケースを舟の屋根に載せろと小五郎に指示。この後、コナンが舟を見失った短時間の間に屋根の上にあったケースは消えてしまう…。