小五郎はバーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼される。そして客の薄田が首を刺され窒息死する事件が発生。疑惑の目は会社の部下の実夏、初村、小暮に向けられる。コナンは3人が薄田の誕生日プレゼントとして持ってきた所持品に注目して…。

小五郎はバーテンダーの柚嬉から仕事中にポンという音がして、その直後に柚子の香りが漂うという奇妙な謎を解いて欲しいと依頼される。そして客の薄田が首を刺され窒息死する事件が発生。疑惑の目は会社の部下の実夏、初村、小暮に向けられる。コナンは3人が薄田の誕生日プレゼントとして持ってきた所持品に注目して…。

コナンたちは浅川信平と一緒にいる時に信平の祖母、香奈恵と知り合う。香奈恵は犬と散歩していた。数日後、コナンたちは香奈恵の自宅を訪ね、殺害された香奈恵を発見する。香奈恵に借金していた信平が容疑者として浮上。現場の不審な点に気付いたコナンは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、事件の真相へと近づく…。

コナンたちは浅川信平と一緒にいる時に信平の祖母、香奈恵と知り合う。香奈恵は犬と散歩していた。数日後、コナンたちは香奈恵の自宅を訪ね、殺害された香奈恵を発見する。香奈恵に借金していた信平が容疑者として浮上。現場の不審な点に気付いたコナンは香奈恵と犬の散歩コースで聞き込みを行い、事件の真相へと近づく…。

探偵好きの英介の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。怪盗Kに扮した英介は私を捕まえてみろと小五郎を挑発、鬼ごっこが始まる。そして、鬼ごっこ中に英介が息絶えた状態で発見され、目暮は事故死と判断。だが、コナンは事故に見せかけて殺害されたと疑って…。

探偵好きの英介の自宅に招待された小五郎、コナン、蘭。英介は小五郎の銅像を作る程、小五郎がお気に入りだった。怪盗Kに扮した英介は私を捕まえてみろと小五郎を挑発、鬼ごっこが始まる。そして、鬼ごっこ中に英介が息絶えた状態で発見され、目暮は事故死と判断。だが、コナンは事故に見せかけて殺害されたと疑って…。

探偵事務所に上南大学推理研究会OGの香織がやってくる。この日、同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずに会場がわからないという。コナンは香織の不可解な1つの行動が気になっていた。そしてコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付いて…。

探偵事務所に上南大学推理研究会OGの香織がやってくる。この日、同じ研究会のOB、OGの結婚を祝うパーティーが開かれるが、招待状に書かれた案内図の判じ絵が解けずに会場がわからないという。コナンは香織の不可解な1つの行動が気になっていた。そしてコナンは香織が何のために結婚パーティーに行くかに気付いて…。

コナンと少年探偵団、阿笠博士は花見客で賑わう神社にやってくる。神社にはジョディも花見に来ていた。コナンたちはひょんな事から坂巻重守、弁崎桐平、段野頼子と知り合う。弁崎は2、3日前に赤井を見かけたという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃したとコナンに助けを求める。

コナンと少年探偵団、阿笠博士は花見客で賑わう神社にやってくる。神社にはジョディも花見に来ていた。コナンたちはひょんな事から坂巻重守、弁崎桐平、段野頼子と知り合う。弁崎は2、3日前に赤井を見かけたという。この後、コナンの携帯に阿笠から電話がかかってくる。阿笠は殺人事件を目撃したとコナンに助けを求める。

コナン、蘭、園子は畠山財閥当主の畠山優と伊藤美帆の結婚式に出席する。美帆の弟、伊藤善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。疲れた美帆が先に宿泊するコテージに戻った後、別荘の駐車場で胸を撃たれて息絶えた優が発見される。その時、川の向こう側からも銃声が…。そこでは美帆も胸を撃たれて絶命していた。

コナン、蘭、園子は畠山財閥当主の畠山優と伊藤美帆の結婚式に出席する。美帆の弟、伊藤善文は幸せそうな美帆を見て感極まっていた。疲れた美帆が先に宿泊するコテージに戻った後、別荘の駐車場で胸を撃たれて息絶えた優が発見される。その時、川の向こう側からも銃声が…。そこでは美帆も胸を撃たれて絶命していた。

永信と桜子が出掛けた後、マンションに顔を隠した不審者が現れた事が判明。この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。目暮は自殺したと判断。コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。

永信と桜子が出掛けた後、マンションに顔を隠した不審者が現れた事が判明。この後、遺書の筆跡鑑定の結果が出る。遺書を書いたのは間違いなく知代子本人だった。目暮は自殺したと判断。コナンは自殺ではなく、知代子は殺害されたと反論。この事件を解決する上で重要なのは乱れた字で書かれた遺書だった…。

交通課の苗子の携帯に桜子から家政婦をしている家で人が死んでいると連絡が入る。コナンたちは伊丹永信の自宅へ。寝室で妻が首を吊って絶命、遺書が置かれていた。伊丹は妻と喧嘩した後、外出。帰宅後に遺体を発見したという。交通課の由美は自殺と考えるが、不審点に気付くコナン。そして現場の隣人は由美の元カレだった。

交通課の苗子の携帯に桜子から家政婦をしている家で人が死んでいると連絡が入る。コナンたちは伊丹永信の自宅へ。寝室で妻が首を吊って絶命、遺書が置かれていた。伊丹は妻と喧嘩した後、外出。帰宅後に遺体を発見したという。交通課の由美は自殺と考えるが、不審点に気付くコナン。そして現場の隣人は由美の元カレだった。

コナンは阿笠博士らとフィギュアフェスティバルにやってくる。そこに天才モデラー北島と恋人の麗香が現れる。隣ではモデラーの森下が展示をしていた。この後、会場控室で絶命した北島が発見される。控室にいたモデラー雑誌記者の広戸は取材に来たら絶命していたと証言。麗香、森下、広戸が容疑者に浮上するが…。

コナンは阿笠博士らとフィギュアフェスティバルにやってくる。そこに天才モデラー北島と恋人の麗香が現れる。隣ではモデラーの森下が展示をしていた。この後、会場控室で絶命した北島が発見される。控室にいたモデラー雑誌記者の広戸は取材に来たら絶命していたと証言。麗香、森下、広戸が容疑者に浮上するが…。

小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴の屋敷に招かれる。買い物から戻ったメイドの中西優香は家の前で事故を起こし、美鈴は優香に激怒する。この後、コナンは2階が火事になっている事に気付く。コナンたちは助けに向かうが美鈴は煙によって窒息死していた。皆は事故と考えるが、コナンは殺人事件と疑って…。

小五郎、コナン、蘭は往年の大女優、白川美鈴の屋敷に招かれる。買い物から戻ったメイドの中西優香は家の前で事故を起こし、美鈴は優香に激怒する。この後、コナンは2階が火事になっている事に気付く。コナンたちは助けに向かうが美鈴は煙によって窒息死していた。皆は事故と考えるが、コナンは殺人事件と疑って…。

コナンたちは倉庫前の防犯カメラの映像を確認する。前日の夜に倉庫にやってきたのはプロデューサーの樽岡、ADの降谷、フードコーディネーターの春日の3人。目暮警部は容疑者をこの3人に絞り込む。この後、コナンと世良は小五郎の何気ない会話をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付いて…。

コナンたちは倉庫前の防犯カメラの映像を確認する。前日の夜に倉庫にやってきたのはプロデューサーの樽岡、ADの降谷、フードコーディネーターの春日の3人。目暮警部は容疑者をこの3人に絞り込む。この後、コナンと世良は小五郎の何気ない会話をヒントに鍵を開けたトリックを見破り、誰が犯人なのかにも気付いて…。

コナンたちは「どちらのスイーツでSHOW」の収録の観覧に行く。お題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。フルーツは宝箱に詰められ、収録まで秘密にされていた。審査員の武木は誰かがチャンピオンの栗村にお題を事前に教えていると疑う。司会の剣崎が宝箱の鍵を開けると、武木の遺体が埋まっていた…。

コナンたちは「どちらのスイーツでSHOW」の収録の観覧に行く。お題のフルーツでスイーツを作って対決する内容。フルーツは宝箱に詰められ、収録まで秘密にされていた。審査員の武木は誰かがチャンピオンの栗村にお題を事前に教えていると疑う。司会の剣崎が宝箱の鍵を開けると、武木の遺体が埋まっていた…。

コナン、小五郎、蘭は公園で絶命した広瀬ナナを発見。地面に「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。ナナと会う約束をしていた婚約者の左門治は事件前にナナから元恋人の右田利彦と会うというメールが届いたと証言。ナナのメッセージは漢字の「右」か「左」を書く途中だった可能性が高く、右田と左門が容疑者に。

コナン、小五郎、蘭は公園で絶命した広瀬ナナを発見。地面に「ナ」というダイイングメッセージが残されていた。ナナと会う約束をしていた婚約者の左門治は事件前にナナから元恋人の右田利彦と会うというメールが届いたと証言。ナナのメッセージは漢字の「右」か「左」を書く途中だった可能性が高く、右田と左門が容疑者に。

キッドの犯行予告時間に消えた宝石、赤面の人魚。コナンはカーペットが捲れ上がる直前に携帯の画面が真っ暗になったと蘭から聞いて何かに気付く。ある人物に変装して現場に残っているキッドは1つ大きな勘違いをしていた。コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射するが…。

キッドの犯行予告時間に消えた宝石、赤面の人魚。コナンはカーペットが捲れ上がる直前に携帯の画面が真っ暗になったと蘭から聞いて何かに気付く。ある人物に変装して現場に残っているキッドは1つ大きな勘違いをしていた。コナンは事件の全貌を暴くため、小五郎に向けて麻酔銃を発射するが…。

宝石、赤面の人魚を奪うと怪盗キッドから犯行予告が届く。博物館の展示室には大きな水槽があり、赤面の人魚は水槽の中を泳ぐ亀の背中に貼り付けられていた。予告時間になると、突然、床のカーペットがテグス (糸) で捲り上がって水槽をすっかり覆い隠す。テグスが切れてカーペットが落下。水槽から亀と宝石は消えていた。

宝石、赤面の人魚を奪うと怪盗キッドから犯行予告が届く。博物館の展示室には大きな水槽があり、赤面の人魚は水槽の中を泳ぐ亀の背中に貼り付けられていた。予告時間になると、突然、床のカーペットがテグス（糸）で捲り上がって水槽をすっかり覆い隠す。テグスが切れてカーペットが落下。水槽から亀と宝石は消えていた。

【シーズン18 最終話】野良猫の大尉は喫茶店ポアロに餌をねだりに行くため、コナンは暗号を残したレシートを首輪に挟んでおけば、梓の目に留まると考える。大尉はコンテナの扉が開いた時に道路へと逃げていく。コナンは残った配達の荷物を調べ、阿笠博士の家に届けるケーキを見つける。コナンはこのケーキにもメッセージを仕込むが…。

野良猫の大尉は喫茶店ポアロに餌をねだりに行くため、コナンは暗号を残したレシートを首輪に挟んでおけば、梓の目に留まると考える。大尉はコンテナの扉が開いた時に道路へと逃げていく。コナンは残った配達の荷物を調べ、阿笠博士の家に届けるケーキを見つける。コナンはこのケーキにもメッセージを仕込むが…。

野良猫の大尉が冷蔵車のコンテナに乗り込んでしまう。コナンと光彦、元太、歩美、哀は助けようとコンテナに乗り込む。宅配業者AとBはコナンたちに気付かず車を出発させてしまう。コナンはコンテナ内に男性の遺体を発見していた。犯人はAとBの可能性が高く、コナンは外部に連絡して助けを求めようと考えるが…。

野良猫の大尉が冷蔵車のコンテナに乗り込んでしまう。コナンと光彦、元太、歩美、哀は助けようとコンテナに乗り込む。宅配業者AとBはコナンたちに気付かず車を出発させてしまう。コナンはコンテナ内に男性の遺体を発見していた。犯人はAとBの可能性が高く、コナンは外部に連絡して助けを求めようと考えるが…。

USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は1千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

USBメモリが入ったぬいぐるみごとジャスティンを連れ去った犯人は1千万円を要求。取引場所は追って連絡するという。この後、ジェシカの夫、高森直人の会社が判明。直人は熊紋食品と同じ業界の大手、ヒゴフーズの社員だった。コナンと少年探偵団、井上はジャスティンを探し、徐々に犯人を追い込んでいくが…。

2日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと1千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

2日前、熊紋食品から、くまモンのぬいぐるみと機密データが入ったUSBメモリが盗まれる事件が発生。犯人はUSBメモリを入れたぬいぐるみと１千万円を交換すると取引場所を指定してくる。取引は中止になり、その時、ひょんな事から犯人とハーフの少年、高森ジャスティンのぬいぐるみがすり替わってしまう。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

コーヒーショップで遥が持っていたプラチナチケットが盗まれ、その場に居合わせた園子と蘭が疑われる。翌日、濡れ衣を晴らした蘭と園子がコナンと共に店へ行くと、そこに遥が現れる。遥はこの店の従業員を犯人と疑っていた。コナンたちはバイトを休んだ雅子のアパートを訪ね、頭から血を流して息絶えた雅子を発見する…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。3人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

静岡にある別荘にやってきた小五郎、コナン、蘭は別荘の持ち主のミステリー作家、海堂千賀、夫の海堂悠一、弟子の志村幸子に迎えられる。翌朝、別棟に宿泊したコナンたちは皆がいる母屋へ行き、別々の部屋で絶命した幸子、悠一、千賀を発見する。3人の死因は服毒死。使われた毒は全て異なり、それを聞いたコナンは…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

古井戸付近で治三郎を殺害する次の仕掛けを確認していた誠之助は鬼女の面をつけた人物に殺害される。誠之助が井戸へ転落した拍子に仕掛けの滑車が回転し、囲炉裏の間の能人形が炭火に向かって倒れる。コナン、蘭、小五郎は炎に包まれる囲炉裏の間から逃げようとするが、出入り口は塞がれていて…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

能面美術館館長の命が狙われていると匿名の手紙を受け、小五郎、コナン、蘭は美術館を訪ねる。手紙の通り、モヨノ、清閑寺、誠之助は事故に見せかけて館長を殺害しようと試みるが、コナンたちが阻止する。そして赤座が毒殺される事件が発生。コナンはモヨノを犯人と疑い、共犯と知らず清閑寺にその事を話してしまい…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

平次は群馬県警に連絡し、新たに殺人事件が起きたと報告。電話中、コナンは自分の膝に何かが付着している事に気付く。それは森で遺体を調べた時についた泥で、なぜか泥には塩が混ざっていた。コナンと平次は電話のやりとりから理由に気付き、犯人のトリックを見破るが…。犯人は新たなターゲットに襲い掛かって…。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の1人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

コナンと平次は岸治、瑠莉、実那、条平、古賀を集め、トリックの謎解きをする。コナンたちは迫弥を犯人の１人と考え、何時間も姿を見せない守与が共犯者と推理。その時、門番から森で人が亡くなっているという連絡が入る。森で縛り付けられ、絞殺されていたのは守与だった。この後、コナンたちは犯人の目星をつけるが…。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

依然として迫弥の行方はわからない。その時、実那、岸治、瑠莉、条平の携帯電話に迫弥から「食堂に集まれ」という一斉メールが届く。コナンと平次は迫弥の部屋を調べ、床下にある隠し通路を見つけ、心霊写真のトリックも見破る。そして、コナンと平次は古賀から意外な事実を聞き、ある人物が容疑者として浮かび上がる。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

大滝警部は平蔵から頼まれ、家族が遺産相続で争う洋館へ向かう。コナンと平次は、小五郎、蘭、和葉と共に大滝を追う。洋館の一室に遺産相続で争う家族が集まり、蘭と和葉は自室で寝ている迫弥を呼びに行く。そして蘭たちは棺桶のフタを開けて絶叫。中には胸に杭が突き刺さり、血まみれの迫弥が横たわっていた。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

コナンと平次は容疑者の陸奥、余田、井筒の部屋を訪ね、誰が犯人かを見破る。そして小五郎の言葉をヒントにトリックの謎に気付くコナンと平次。この後、コナンと平次は高木に協力してもらい、布浦がエレベーター内で自らのこめかみを拳銃で撃ち抜く瞬間を再現。平次は皆の前でトリックを暴き、犯人を追いこんでいく…。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

コナン、平次らは自殺の可能性もある密室殺人事件を再調査する。そしてコナンたちは事件を解決。この事件には同じマンションに住む株ブローカーの布浦が絡んでいた。この後、コナンたちはエレベーター内で布浦が拳銃で自らのこめかみを撃ち抜く場面を目撃。高木刑事は自殺と判断するが、平次は他殺と断定する。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪股が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。

工事現場の鉄パイプの下から絶命した猪俣が発見される。パイプを固定するバンドには人為的に切られた跡があり、小五郎は殺人事件と考える。高木刑事は関係者の金田、村瀬、野島から話を聞く。この後、ナイフが現場から発見され、小五郎はナイフの持ち主の金田を犯人と疑う。だが、コナンはもう一度現場の状況を調べて…。