買い物帰りに姿を消した哀。哀は、仲良くなったミツルの自宅を訪ね、強盗に監禁されていた。猿ぐつわを噛まされた哀。口をガムテープで塞がれたミツル。付けっ放しのテレビで流れるニュースはミツルの元夫、檜垣直志が何者かに殺害されたという事件を報じていた。コナンは哀からの話を聞いてアリバイトリックを見破って…。

買い物帰りに姿を消した哀。哀は、仲良くなったミツルの自宅を訪ね、強盗に監禁されていた。猿ぐつわを噛まされた哀。口をガムテープで塞がれたミツル。付けっ放しのテレビで流れるニュースはミツルの元夫、檜垣直志が何者かに殺害されたという事件を報じていた。コナンは哀からの話を聞いてアリバイトリックを見破って…。

コナンは阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀とペンションを訪れ、経営する三姉妹に迎えられる。食事を終えた三女の樹里は薬がない事に気付き、恋人の雅彦が町の病院まで取りに行くが、病院から雅彦が来ていないという連絡がくる。コナンたちは行方不明になった雅彦を探しに行く事に。そして崖下で絶命した雅彦を発見する。

コナンは阿笠博士、元太、歩美、光彦、哀とペンションを訪れ、経営する三姉妹に迎えられる。食事を終えた三女の樹里は薬がない事に気付き、恋人の雅彦が町の病院まで取りに行くが、病院から雅彦が来ていないという連絡がくる。コナンたちは行方不明になった雅彦を探しに行く事に。そして崖下で絶命した雅彦を発見する。

コナンは犯人とトリックを見破るが、それを裏付ける証拠がなかった。その時、哀と歩美が声をかける。哀は盗聴しようとした事を聞いたと伝え、歩美は携帯を紛失した事を告白。コナンは携帯に犯人の証拠が残っている事に期待する。容疑者に聞こえる声で、落とした携帯は録音中だったから拾った人の声が録れていると語って…。

コナンは犯人とトリックを見破るが、それを裏付ける証拠がなかった。その時、哀と歩美が声をかける。哀は盗聴しようとした事を聞いたと伝え、歩美は携帯を紛失した事を告白。コナンは携帯に犯人の証拠が残っている事に期待する。容疑者に聞こえる声で、落とした携帯は録音中だったから拾った人の声が録れていると語って…。

コナンは元太、歩美、光彦、哀、阿笠博士と堤無津川凧揚げ大会に参加する。チーム少年探偵団とチームカフェ廉野が凧を揚げる順番になったが、凧を持って後退りしていた廉野は足を滑らせ、後ろ向きのまま堤無津川に。泳げない廉野は溺れ、救出されるが意識不明の重体。コナンは、これは事故ではなく事件だと睨む。

コナンは元太、歩美、光彦、哀、阿笠博士と堤無津川凧揚げ大会に参加する。チーム少年探偵団とチームカフェ廉野が凧を揚げる順番になったが、凧を持って後退りしていた廉野は足を滑らせ、後ろ向きのまま堤無津川に。泳げない廉野は溺れ、救出されるが意識不明の重体。コナンは、これは事故ではなく事件だと睨む。

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と電話で連絡を取り、協力して暗号を解読。白いバラが待ち合わせの目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男の3人がいた。チャラ男は楽しそうに遠山和葉と話をしており、平次は不機嫌になる。そして取引時間から1分が経過して…。

麻薬の密売人の手帳を拾ったコナンたちは、大阪の平次と電話で連絡を取り、協力して暗号を解読。白いバラが待ち合わせの目印だったが、そこには強面の男、髪飾りの女、金髪に鼻ピアスのチャラ男の3人がいた。チャラ男は楽しそうに遠山和葉と話をしており、平次は不機嫌になる。そして取引時間から1分が経過して…。

公園に向かうコナンと元太、歩美、光彦、哀。その時、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字。コナンは麻薬取引の日時、場所と推理。だが、完全に暗号が解けた訳ではなかった。光彦が暗号解読を協力して欲しいと平次に電話をかけ、協力して取引場所、目印を考えるが…。

公園に向かうコナンと元太、歩美、光彦、哀。その時、刑事たちに追われる怪しい男と衝突する。男が落とした手帳には「E2」と「麻」の文字。コナンは麻薬取引の日時、場所と推理。だが、完全に暗号が解けた訳ではなかった。光彦が暗号解読を協力して欲しいと平次に電話をかけ、協力して取引場所、目印を考えるが…。

金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。

金沢21世紀美術館に到着後、コナンは秋山のカバンから落ちた4枚の暗号カードを確認。そして、コナンは秋山が新たに別の暗号を書き直した理由を推理する。コナンは秋山がカードに込めた本当のメッセージを読み取る。この後、コナンは秋山を襲った犯人を追い詰めるため、“逆ドッキリ”を仕掛けるが…。

町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。

町おこしイベントに協力するため、金沢にやってきた小五郎、コナン、蘭。コナンたちは観光連盟の谷本、宮澤、イベント会社の田所、倉西、秋山と共にツアー本番さながらに暗号を解きながらチェックポイントの観光地を巡るが…。そしてツアーが終盤に差し掛かった時、秋山が何者かに襲われる事件が起きてしまう…。

水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。

水無月千秋がホテルで絞殺される。水無月のトランクからは消印が20年前のハガキが見つかる。差出人は火浦で、宛先は水無月ではなく、大田純という名前だった。それは火浦が連載する小説「電話と海と私」のヒロインの名前だった。この後、コナンと世良は高木の何気ない一言から火浦のアリバイトリックを見破って…。

コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。

コナン、蘭、園子はホテル暮しをしている世良の部屋を見せてもらう事に。世良の部屋がある30階の廊下では編集者A、B、Cがホテルに缶詰めの小説家、火浦京伍の原稿を待っていた。この後、火浦の部屋の真下に部屋をとっていた助手の水無月千秋が殺害される事件が発生。火浦のアリバイは完璧だったが、コナンと世良は…。

コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

コナンは都合が良すぎるアリバイに違和感を抱き、ドドンパへの疑いを強める。そんな折、警視庁に犯人を名乗る女性らしき人物から電話がかかってくる。コナンはコンビニ店長、絵描きの泉から話を聞き、巧妙なアリバイトリックを見破る。コナンは関係者を集め小五郎に麻酔銃を発射。眠りの小五郎の推理ショーが幕を開ける…。

お笑い芸人のドドンパ六助は所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したと交番に自首してくる。だが、捜査を進めていくと、供述内容の矛盾が次々と発覚。そして本当の殺害時刻のアリバイも成立し、ドドンパの犯行は不可能とわかる。ドドンパは犯人になろうとした理由を打ち明けるが、コナンはある事が気になって…。

お笑い芸人のドドンパ六助は所属する天藤芸能社の社長、天藤英樹を殺害したと交番に自首してくる。だが、捜査を進めていくと、供述内容の矛盾が次々と発覚。そして本当の殺害時刻のアリバイも成立し、ドドンパの犯行は不可能とわかる。ドドンパは犯人になろうとした理由を打ち明けるが、コナンはある事が気になって…。

コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。

コナンたちは奇妙な事件の写真を確認し、上原は12年前に聡子が行方不明になった日の写真に注目。大和警部は赤女事件の現場にいた元警察官から新事実を聞き出す。大和から新事実を聞いたコナンと世良は自分たちの推理が正しいと確信し、薄谷を殺害した犯人とトリックを暴くが…。その時、窓の外から赤女が再び現れて…。

薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原刑事は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、風呂に入るまでの犯行と推理する。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴えるが…。捜査が進む中、コナンと世良はトマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。この後、この世にいるはずのない赤女が貸し別荘に現れて…。

薄谷の遺体が見つかり、長野県警の上原刑事は蘭たちが風呂場の湯気に気付いた後、風呂に入るまでの犯行と推理する。任田は薄谷を殺害したのは赤女しかいないと訴えるが…。捜査が進む中、コナンと世良はトマトと塩を使った実験をして犯人の見当をつける。この後、この世にいるはずのない赤女が貸し別荘に現れて…。

世良はコナン、蘭、園子を連れて依頼人がいる貸し別荘へ。別荘には高校時代のアウトドア部の仲間が集まっていた。15年前、近くの別荘で妻が夫を刺殺する事件が発生。返り血を浴び、赤女と呼ばれる妻は今も逃走中だった。依頼は赤女にまつわるイタズラの犯人捜し。だがコナンと世良が森を調べている間に事件が起きて…。

世良はコナン、蘭、園子を連れて依頼人がいる貸し別荘へ。別荘には高校時代のアウトドア部の仲間が集まっていた。15年前、近くの別荘で妻が夫を刺殺する事件が発生。返り血を浴び、赤女と呼ばれる妻は今も逃走中だった。依頼は赤女にまつわるイタズラの犯人捜し。だがコナンと世良が森を調べている間に事件が起きて…。

蘭は空手部の先輩、弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。弥生は靖子、鈴木、克子とハウスをシェアしていた。この後、小五郎とコナンが蘭を迎えに来た時に2階の自分の部屋で首から血を流して絶命した克子が発見される。目暮警部は第一発見者で、克子を恨んでいる鈴木を犯人と疑うが、コナンは…。

蘭は空手部の先輩、弥生が住んでいるシェアハウスに遊びに行く。弥生は靖子、鈴木、克子とハウスをシェアしていた。この後、小五郎とコナンが蘭を迎えに来た時に2階の自分の部屋で首から血を流して絶命した克子が発見される。目暮警部は第一発見者で、克子を恨んでいる鈴木を犯人と疑うが、コナンは…。

コナンたちは大尉に会いに行き、寝室で頭から血を流して倒れている会社社長の益子を発見。部屋は密室状態だった。佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から事故と判断。この後、スナックママの露口、元社員の麻生、小説家の漆屋が部屋を訪ねていた事が判明。コナンは3人の話を聞いて犯人を見抜くと、密室トリックも見破って…。

コナンたちは大尉に会いに行き、寝室で頭から血を流して倒れている会社社長の益子を発見。部屋は密室状態だった。佐藤刑事、高木刑事は現場の状況から事故と判断。この後、スナックママの露口、元社員の麻生、小説家の漆屋が部屋を訪ねていた事が判明。コナンは3人の話を聞いて犯人を見抜くと、密室トリックも見破って…。

喫茶ポアロが雑誌の取材を受け、店員の梓と三毛猫の大尉が雑誌に掲載される。すると雑誌を見て自分が大尉の飼い主という人物が現れる。コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。そして、本物の飼い主は無事見つかるが…。後日、その飼い主が事件に巻き込まれてしまう…。

喫茶ポアロが雑誌の取材を受け、店員の梓と三毛猫の大尉が雑誌に掲載される。すると雑誌を見て自分が大尉の飼い主という人物が現れる。コナンは3人も飼い主が現れたのは大尉が特別な三毛猫だからと気付いていた。そして、本物の飼い主は無事見つかるが…。後日、その飼い主が事件に巻き込まれてしまう…。

海に来たコナン、元太、光彦、歩美、哀は滝口幸太郎、奈央夫妻と知り合い停泊するクルーザーで食事をご馳走になる。幸太郎は自宅のプールで特訓して泳げるようになったという。幸太郎は海辺にいるコナンたちに手を振った後、海面へと飛び込むが溺れて他界。コナンは本当に幸太郎が泳げるようになったのか疑問を抱いて…。

海に来たコナン、元太、光彦、歩美、哀は滝口幸太郎、奈央夫妻と知り合い、停泊するクルーザーで食事をご馳走になる。幸太郎は自宅のプールで特訓して泳げるようになったという。幸太郎は海辺にいるコナンたちに手を振った後、海面へと飛び込むが溺れて他界。コナンは本当に幸太郎が泳げるようになったのか疑問を抱いて…。

高木はコンビニに聞き込みに行き、半年前の交通事故の時、現場から安富が走り去っていた事が明らかに。事故を起こした運転手は一命を取り留め、轢かれて他界したのが敏成の姉の美伽だった。コナンは敏成が犯人と改めて確信。コナンは則也の足のつねったような跡を突破口に敏成のアリバイトリックを見破って…。

高木はコンビニに聞き込みに行き、半年前の交通事故の時、現場から安富が走り去っていた事が明らかに。事故を起こした運転手は一命を取り留め、轢かれて他界したのが敏成の姉の美伽だった。コナンは敏成が犯人と改めて確信。コナンは則也の足のつねったような跡を突破口に敏成のアリバイトリックを見破って…。

コナンたちは隣のクラスの則也と知り合い、則也が泊まっている大学院生、敏成のアパートへ遊びに行く事に。アパート到着後、駐車場から戻ってきた敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富が胸と腹を刺されて事切れていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑うが…。

コナンたちは隣のクラスの則也と知り合い、則也が泊まっている大学院生、敏成のアパートへ遊びに行く事に。アパート到着後、駐車場から戻ってきた敏成の叫び声が廊下から聞こえてくる。駆け付けると、隣の4号室ではフリーターの安富が胸と腹を刺されて事切れていた。コナンは3、4号室の状況から敏成を犯人と疑うが…。

博物館にキッドから大量の炙り出しの手紙が届き、コナンは目的を推理する。京極は展示室から皆を退去させ、入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは手紙を調べて何かに気付く。予告時間に館内の電気が消える。廊下には麻酔ガスが充満。機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは防毒マスクに手を伸ばすが…。

博物館にキッドから大量の炙り出しの手紙が届き、コナンは目的を推理する。京極は展示室から皆を退去させ、入った者は敵と見なして制圧すると忠告。廊下に出たコナンは手紙を調べて何かに気付く。予告時間に館内の電気が消える。廊下には麻酔ガスが充満。機動隊員たちは次々に倒れ、コナンは防毒マスクに手を伸ばすが…。

次郎吉のもとにキッドから宝石グリーン･エンペラーを奪うという予告状が届く。次郎吉は、400戦無敗の空手の達人京極に警備を任せる事に。予告日、博物館の展示室では京極が首からグリーン･エンペラーをかけて1人で警護。キッドからは京極宛てに手紙が届き、コナンはこの手紙の意図するものを考えるが…。

次郎吉のもとにキッドから宝石グリーン・エンペラーを奪うという予告状が届く。次郎吉は400戦無敗の空手の達人、京極に警備を任せる事に。予告日、博物館の展示室では京極が首からグリーン・エンペラーをかけて1人で警護。キッドからは京極宛てに手紙が届き、コナンはこの手紙の意図するものを考えるが…。

道子は自分の妹と丹波が結婚の約束をしていた事を打ち明ける。だが、丹波の親が結婚を反対し、道子の妹は海に身を投げて入水自殺。すなみは道子の妹と同級生で親友だったという。コナンはゴミ箱からある物が発見されると、トイレの中を調べる。そして焦げた天井を見たコナンは丹波殺害の巧妙なトリックと犯人を見破って…。

道子は自分の妹と丹波が結婚の約束をしていた事を打ち明ける。だが、丹波の親が結婚を反対し、道子の妹は海に身を投げて入水自殺。すなみは道子の妹と同級生で親友だったという。コナンはゴミ箱からある物が発見されると、トイレの中を調べる。そして焦げた天井を見たコナンは丹波殺害の巧妙なトリックと犯人を見破って…。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良が軽井沢のボウリング場で京極真と合流した直後、数学教師の道子が現れる。道子は連れの体育教師、丹波が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。この後、駐車場の簡易トイレで丹波の遺体が発見される。山村警部は丹波に絡まれ、アリバイもない京極を犯人と決め付けて手錠をかけるが…。

コナン、小五郎、蘭、園子、世良が軽井沢のボウリング場で京極真と合流した直後、数学教師の道子が現れる。道子は連れの体育教師、丹波が酔って絡んだ事を京極に謝罪する。この後、駐車場の簡易トイレで丹波の遺体が発見される。山村警部は丹波に絡まれ、アリバイもない京極を犯人と決め付けて手錠をかけるが…。

美月が女性を襲ってバッグを奪う連続強盗犯フード男に襲われる事件が発生。近くにいたコナン、小五郎、蘭はフード男を捕まえ、美月を助けるが…。この後、現場周辺で美月のルームメイト、陽子の遺体が発見される。コナンは他の被害者たちが財布ごと奪われたのに陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱いて…。

美月が女性を襲ってバッグを奪う連続強盗犯フード男に襲われる事件が発生。近くにいたコナン、小五郎、蘭はフード男を捕まえ、美月を助けるが…。この後、現場周辺で美月のルームメイト、陽子の遺体が発見される。コナンは他の被害者たちが財布ごと奪われたのに陽子だけ財布から現金のみ奪われた事に違和感を抱いて…。

コナンと歩美、元太、光彦、哀はサッカー試合を観戦する。コナンはビッグ大阪FWの真田が右足ばかりシュートを打つ事を不思議に思う。真田は小4年の幸に向かって両手を立てる。幸の隣りにいる深沢は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。

コナンと歩美、元太、光彦、哀はサッカー試合を観戦する。コナンはビッグ大阪FWの真田が左足ばかりシュートを打つ事を不思議に思う。真田は小4年の幸に向かって右手を立てる。幸の隣りにいる深沢は2人の様子を見て表情が強張る。コナンはこの3人に何かあったと察し、それが真田のプレーに影響していると考えるが…。

コナンは写真を足掛かりに事件の真相に近づく。世良は自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と訴えるが、蘭が見つけた遺体が和香じゃなかったら話は別と付け加える。世良は留海が和香の遺体に成りすましていたと仮定し、留海がどうやって和香を殺害したのか、そのトリックを暴いていくが…。その推理を聞いたコナンは…。

コナンは写真を足掛かりに事件の真相に近づく。世良は自分と一緒にいた留海に犯行は不可能と訴えるが、蘭が見つけた遺体が和香じゃなかったら話は別と付け加える。世良は留海が和香の遺体に成りすましていたと仮定し、留海がどうやって和香を殺害したのか、そのトリックを暴いていくが…。その推理を聞いたコナンは…。

大学生の留海から彼氏の摂津の浮気調査を依頼された世良。留海は摂津が元カノの和香と切れていないと疑っていた。蘭は世良に潜入捜査を頼まれ、留海たちとランチを食べる事に。だが、和香は集合場所に現れず、和香の部屋へ様子を見に行く。そして蘭はバスルームで倒れた和香を発見。和香は何者かに殺害されていた…。

大学生の留海から彼氏の摂津の浮気調査を依頼された世良。留海は摂津が元カノの和香と切れていないと疑っていた。蘭は世良に潜入捜査を頼まれ、留海たちとランチを食べる事に。だが、和香は集合場所に現れず、和香の部屋へ様子を見に行く。そして蘭はバスルームで倒れた和香を発見。和香は何者かに殺害されていた…。

実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げて何かに気付く。そして小五郎の靴底にはガムのような事件の証拠品が付いていた。コナンはこの証拠品を足がかかりに犯人が薄田を殺害したトリックを見破って…。

実夏、初村、小暮は凶器や毒物を所持しておらず、目暮たちは凶器や毒物を見つけるため、店内をもう一度調べ直す事に。コナンはふと天井を見上げて何かに気付く。そして小五郎の靴底にはガムのような事件の証拠品が付いていた。コナンはこの証拠品を足がかかりに犯人が薄田を殺害したトリックを見破って…。