コナンはビル屋上から会社員の袋小路が落下する現場を目撃する。真下には会社員の小松が佇んでおり、直撃すれば危険な状態。コナンはボールを袋小路に向かって蹴り、袋小路はゴミの山に落ちて助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査をしていた。目暮は、誰かが袋小路を屋上まで運んで落とした殺人未遂事件と考えていた。

コナンはビル屋上から会社員の袋小路が落下する現場を目撃する。真下には会社員の小松が佇んでおり、直撃すれば危険な状態。コナンはボールを袋小路に向かって蹴り、袋小路はゴミの山に落ちて助かる。翌朝、目暮警部たちが捜査をしていた。目暮は、誰かが袋小路を屋上まで運んで落とした殺人未遂事件と考えていた。

小五郎は女子大生の中居芙奈子からフリーターの彦根一真を捜して欲しいと依頼される。だが、芙奈子は彦根と知り合いではなく、小五郎はストーカーの手伝いはできないと断る。コナンが気になって跡を尾けると、芙奈子は彦根のアパートを訪ねていた。この後、コナンは彦根が残した犯罪計画書というノートを確認して…。

小五郎は女子大生の中居芙奈子からフリーターの彦根一真を捜して欲しいと依頼される。だが、芙奈子は彦根と知り合いではなく、小五郎はストーカーの手伝いはできないと断る。コナンが気になって跡を尾けると、芙奈子は彦根のアパートを訪ねていた。この後、コナンは彦根が残した犯罪計画書というノートを確認して…。

ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAと雑居ビルBの間の路地に転落死。目暮警部は窓が開いているビルAの廊下から落ちたと考える。そこに小五郎とコナンが偶然通りかかる。目暮は何か作業中に足を滑らせた事故死と判断するが、コナンは窓から外を見て、向かいのビルBの同じ位置にも窓がある事に気付いて…。

ミステリー作家の上林長作が雑居ビルAと雑居ビルBの間の路地に転落死。目暮警部は窓が開いているビルAの廊下から落ちたと考える。そこに小五郎とコナンが偶然通りかかる。目暮は何か作業中に足を滑らせた事故死と判断するが、コナンは窓から外を見て、向かいのビルBの同じ位置にも窓がある事に気付いて…。

下校中、歩美が真壁邸を見ると、住人の真壁純が毛布に包んだ何かを運んでいた。真壁の顔や服には血が付着し、包まれていたのは生気のない妻の百合だった。歩美は真壁が百合を殺害したと疑い、元太たちと真壁邸へ。コナンは殺害されたとは限らないと指摘するが、若い女性と真壁の会話から事件の可能性もあると考え直して…。

下校中、歩美が真壁邸を見ると、住人の真壁純が毛布に包んだ何かを運んでいた。真壁の顔や服には血が付着し、包まれていたのは生気のない妻の百合だった。歩美は真壁が百合を殺害したと疑い、元太たちと真壁邸へ。コナンは殺害されたとは限らないと指摘するが、若い女性と真壁の会話から事件の可能性もあると考え直して…。

何度も命を狙われ、身の危険を感じている女優の羽根木りょうから、依頼を受けた小五郎。任務はりょうを守る事、犯人を突き止める事だった。りょうと後輩のレイナが出演する番組のロケの翌日、2人が湖畔を散策する撮影が行われる。小五郎と民間SPチーフの土橋は警護を続けるが、一連の事件は狂言の可能性が出てきて…。

何度も命を狙われ、身の危険を感じている女優の羽根木りょうから、依頼を受けた小五郎。任務はりょうを守る事、犯人を突き止める事だった。りょうと後輩のレイナが出演する番組のロケの翌日、2人が湖畔を散策する撮影が行われる。小五郎と民間SPチーフの土橋は警護を続けるが、一連の事件は狂言の可能性が出てきて…。

シナリオライターの駒井保江が自宅アパートで絶命していた。保江は3人の男が順番に来るが、帰った後、自分が出てこなかったら殺害されていると思うから警察に電話してと少年に頼んでいた。部屋に来た3人はそれぞれ自分が行った時には保江は絶命していたと証言。話を聞いたコナンはある事件を調べ、事件の真相に辿り着く。

シナリオライターの駒井保江が自宅アパートで絶命していた。保江は3人の男が順番に来るが、帰った後、自分が出てこなかったら殺害されていると思うから警察に電話してと少年に頼んでいた。部屋に来た3人はそれぞれ自分が行った時には保江は絶命していたと証言。話を聞いたコナンはある事件を調べ、事件の真相に辿り着く。

サッカーの帰り道、歩美は路地からアパートを眺める少年に気付く。声をかけると、少年はおばちゃんが殺害されたと泣き出す。部屋の中ではシナリオライターの駒井保江が首を括って絶命していた。コナンは足元に踏み台がない事から自殺に見せかけた殺害事件と推理。目暮は部屋に来た柴苅、阪場、幅中から話を聞いて…。

サッカーの帰り道、歩美は路地からアパートを眺める少年に気付く。声をかけると、少年はおばちゃんが殺害されたと泣き出す。部屋の中ではシナリオライターの駒井保江が首を括って絶命していた。コナンは足元に踏み台がない事から自殺に見せかけた殺害事件と推理。目暮は部屋に来た柴苅、阪場、幅中から話を聞いて…。

小五郎たちがファミレスで食事をしていると、ウエイターの染谷と同僚の梨元が激しい揉み合いになる。近くに座る小中千絵は何かに怯えたようにうつむいていた。3日後、高木刑事は染谷を警視庁まで連行するが、染谷が車内で暴れ、パトカーは大破。コナンたちは高木と染谷の事をニュースで知り、梨元に話を訊く事にする。

小五郎たちがファミレスで食事をしていると、ウエイターの染谷と同僚の梨元が激しい揉み合いになる。近くに座る小中千絵は何かに怯えたようにうつむいていた。3日後、高木刑事は染谷を警視庁まで連行するが、染谷が車内で暴れ、パトカーは大破。コナンたちは高木と染谷の事をニュースで知り、梨元に話を訊く事にする。

電話で2回殺害予告されたスーパー米花堂の店員、神崎。小五郎は神崎を恨んでいる人物はいないと判断するが、日曜、目出し帽の男が米花堂のマスコットキャラクター、ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃げていく。刺されたのは神崎の代役で着ぐるみを着ていた下村だった。コナンは殺害予告時の話を聞いて真相に近づく…。

電話で2回殺害予告されたスーパー米花堂の店員、神崎。小五郎は神崎を恨んでいる人物はいないと判断するが、日曜、目出し帽の男が米花堂のマスコットキャラクター、ベカポンの着ぐるみに包丁を刺して逃げていく。刺されたのは神崎の代役で着ぐるみを着ていた下村だった。コナンは殺害予告時の話を聞いて真相に近づく…。

小五郎は気象予報士の関根康美と対談する。コナンたちが帰ろうとした時、パンという音が響き、続けてシューッという音。さらに康美の叫び声と落下音が聞こえてくる。駆けつけると、康美が絶命していた。小五郎は事故だと推理するが、コナンはADの浩子のイタズラを利用して康美を殺害した犯人がいると見破って…。

小五郎は気象予報士の関根康美と対談する。コナンたちが帰ろうとした時、パンという音が響き、続けてシューッという音。さらに康美の叫び声と落下音が聞こえてくる。駆けつけると、康美が絶命していた。小五郎は事故だと推理するが、コナンはADの浩子のイタズラを利用して康美を殺害した犯人がいると見破って…。

ホテルのプールで大磯ファイナンス社長令嬢、永美の遺体が発見される。目暮はフィアンセの左巻、異母妹の浜香、ホテル支配人、豊島の行動を調べる事に。プールの受付スタッフは最初に戻ってきたのは豊島、次は左巻、最後は浜香だったと明かす。コナンと世良はプールの排水口と壁を見て誰が犯人かに気付く。

ホテルのプールで大磯ファイナンス社長令嬢、永美の遺体が発見される。目暮はフィアンセの左巻、異母妹の浜香、ホテル支配人、豊島の行動を調べる事に。プールの受付スタッフは最初に戻ってきたのは豊島、次は左巻、最後は浜香だったと明かす。コナンと世良はプールの排水口と壁を見て誰が犯人かに気付く。

コナンは蘭、園子とホテルのプールに遊びに行く。ホテルのオーナーの社長令嬢、永美はフィアンセの左巻が異母妹の浜香とデキていると疑っていた。この後、浜香は永美が首につけていたネックレスがない事に気付く。永美が1人で捜すと言って、皆にプールから上がるよう命じた後、ホテルのボーイが溺死した永美を発見して…。

コナンは蘭、園子とホテルのプールに遊びに行く。ホテルのオーナーの社長令嬢、永美はフィアンセの左巻が異母妹の浜香とデキていると疑っていた。この後、浜香は永美が首につけていたネックレスがない事に気付く。永美が1人で捜すと言って、皆にプールから上がるよう命じた後、ホテルのボーイが溺死した永美を発見して…。

名人戦中の羽田秀吉のもとに恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは第二局の暗号を解読し、幽霊坂にある墓地にやってくる。暗号が示しているのは福島正則の供養塔で、供養塔の裏の将棋盤には駒が接着剤で貼り付けられていた。コナンは哀たちの会話からこの暗号を解読。由美が杯戸町にいると確信して…。

名人戦中の羽田秀吉のもとに恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫文が届く。コナンは第二局の暗号を解読し、幽霊坂にある墓地にやってくる。暗号が示しているのは福島正則の供養塔で、供養塔の裏の将棋盤には駒が接着剤で貼り付けられていた。コナンは哀たちの会話からこの暗号を解読。由美が杯戸町にいると確信して…。

羽田秀吉と勝又力の名人戦が開催される。2日目の対局直前、秀吉は女性スタッフから、妙な男から渡してくれと頼まれたという封筒を受け取る。手紙は恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫状だった。秀吉は第一局の暗号文を解読してやってきた明治神宮でコナンたちと会う。コナンは第二局の暗号を解読して…。

羽田秀吉と勝又力の名人戦が開催される。2日目の対局直前、秀吉は女性スタッフから、妙な男から渡してくれと頼まれたという封筒を受け取る。手紙は恋人の宮本由美を誘拐したという脅迫状だった。秀吉は第一局の暗号文を解読してやってきた明治神宮でコナンたちと会う。コナンは第二局の暗号を解読して…。

コナンたちは園子の知り合いの近田詠美に会うため、彼女の高校にやってくる。詠美が同級生と開設した恋の相談窓口織り姫クラブが設置した箱に事件予告の手紙が入れられていたという。詠美は「本日日没とともに、TBに死を!」という手紙が残っていた事を打ち明け、コナンたちは手分けして該当する生徒を探すが…。

コナンたちは園子の知り合いの近田詠美に会うため、彼女の高校にやってくる。詠美が同級生と開設した恋の相談窓口 織り姫クラブが設置した箱に事件予告の手紙が入れられていたという。詠美は「本日日没とともに、TBに死を！」という手紙が残っていた事を打ち明け、コナンたちは手分けして該当する生徒を探すが…。

来葉峠でジョディはキャメルが運転する車に乗り、公安から逃げていた。その時、赤井秀一が現れ、公安の車に発砲。ジョディたちは公安を振り切る事に成功するが、赤井はすぐに戻れと指示。その頃、工藤邸にいる安室に部下から連絡が入りタイヤを撃たれたと報告。赤井は公安から携帯を受け取り、安室と話し始める…。

来葉峠でジョディはキャメルが運転する車に乗り、公安から逃げていた。その時、赤井秀一が現れ、公安の車に発砲。ジョディたちは公安を振り切る事に成功するが、赤井はすぐに戻れと指示。その頃、工藤邸にいる安室に部下から連絡が入りタイヤを撃たれたと報告。赤井は公安から携帯を受け取り、安室と話し始める…。

安室は赤井が生きていると確信し、工藤邸にいる沖矢を訪ねる。来葉峠で頭を拳銃で撃たれ、車ごと焼かれた男性。安室は来葉峠の遺体は楠田と睨んでいた。その頃、ジョディもキャメルが運転する車で安室と同じ事を考えていた。間違いなく沖矢が赤井だと考えていた安室は、マスクを取ってくれと沖矢に要求して…。

安室は赤井が生きていると確信し、工藤邸にいる沖矢を訪ねる。来葉峠で頭を拳銃で撃たれ、車ごと焼かれた男性。安室は来葉峠の遺体は楠田と睨んでいた。その頃、ジョディもキャメルが運転する車で安室と同じ事を考えていた。間違いなく沖矢が赤井だと考えていた安室は、マスクを取ってくれと沖矢に要求して…。

ジョディとコナンは夏子の容態が悪化したと聞き病院へ。その頃、安室はキャメルに楠田の事を訊ねていた。キャメルが知らないと答えた直後にジョディがやってくる。キャメルは楠田が自殺した事は話してないと答えるが、そのジョディは変装したベルモットだった。ベルモットと合流した安室は赤井が生きていると推理して…。

ジョディとコナンは夏子の容態が悪化したと聞き病院へ。その頃、安室はキャメルに楠田の事を訊ねていた。キャメルが知らないと答えた直後にジョディがやってくる。キャメルは楠田が自殺した事は話してないと答えるが、そのジョディは変装したベルモットだった。ベルモットと合流した安室は赤井が生きていると推理して…。

ジョディの知り合いの杯戸小学校教師、夏子が階段から突き落とされて意識不明の重体になる事件が発生。コナンたちは同僚の菅本、保護者の植野、神立からもう一度話を聞く。安室とコナンは夏子が採点した答案用紙の写真を確認し、誰が犯人かに気付いていた。この後、コナンと安室は写真を見せながら犯人の犯行を暴いて…。

ジョディの知り合いの杯戸小学校教師、夏子が階段から突き落とされて意識不明の重体になる事件が発生。コナンたちは同僚の菅本、保護者の植野、神立からもう一度話を聞く。安室とコナンは夏子が採点した答案用紙の写真を確認し、誰が犯人かに気付いていた。この後、コナンと安室は写真を見せながら犯人の犯行を暴いて…。

コナンはジョディと会い、楠田陸道の事を外部に漏らさないで欲しいと頼む。その時、ジョディは高木刑事から連絡を受け、知り合いで杯戸小学校教師の夏子が階段から突き落とされ、意識不明の重体になった事を知る。コナンは夏子が襲われたのは学校と推理。同僚の菅本、保護者の植野、神立から話を聞く事にするが…。

コナンはジョディと会い、楠田陸道の事を外部に漏らさないで欲しいと頼む。その時、ジョディは高木刑事から連絡を受け、知り合いで杯戸小学校教師の夏子が階段から突き落とされ、意識不明の重体になった事を知る。コナンは夏子が襲われたのは学校と推理。同僚の菅本、保護者の植野、神立から話を聞く事にするが…。

小五郎は失踪した画家の青木悟を探して欲しいと妻の碧から依頼される。コナンは最後に届いた、仄暗い海、浜辺に青白く輝く波が打ち寄せている幻想的な絵を見て、青木が富山湾にいると推理。水死体を発見する。民宿の主人の林の証言から犯人は青木の民宿の部屋を知っている人物と判断。3人が容疑者として浮上して…。

小五郎は失踪した画家の青木悟を探して欲しいと妻の碧から依頼される。コナンは最後に届いた、仄暗い海、浜辺に青白く輝く波が打ち寄せている幻想的な絵を見て、青木が富山湾にいると推理。水死体を発見する。民宿の主人の林の証言から犯人は青木の民宿の部屋を知っている人物と判断。3人が容疑者として浮上して…。

コナンたちは盗まれた自転車を見つけ出したシルバー探偵団の老人4人に出会う。翌日、黒田という若者が殺害される事件が発生。第一発見者はシルバー探偵団だった。光彦たちはお手柄が続いている事に違和感を抱き、シルバー探偵団を調べる。結成されたのはひと月前でメンバーを募集した頃に老女、加納が事故死したという。

コナンたちは盗まれた自転車を見つけ出したシルバー探偵団の老人4人に出会う。翌日、黒田という若者が殺害される事件が発生。第一発見者はシルバー探偵団だった。光彦たちはお手柄が続いている事に違和感を抱き、シルバー探偵団を調べる。結成されたのはひと月前でメンバーを募集した頃に老女、城戸が事故死したという。

コナンと正体がバレた小五郎はアイズ、ノウズ、マウス、リップと共に、強盗団ボスのヘッドが待つ倉庫へ。ヘッドは息子を殺害した犯人を小五郎に暴いてもらうと伝える。1年前、息子のピンプルはカジノに潜入。そこで殺害されたのだ。防犯カメラの映像を見て不可解な点に気付いたコナンは小五郎にヒントを与えて…。

コナンと正体がバレた小五郎はアイズ、ノウズ、マウス、リップと共に、強盗団ボスのヘッドが待つ倉庫へ。ヘッドは息子を殺害した犯人を小五郎に暴いてもらうと伝える。1年前、息子のピンプルはカジノに潜入。そこで殺害されたのだ。防犯カメラの映像を見て不可解な点に気付いたコナンは小五郎にヒントを与えて…。

小五郎は目暮警部に協力を要請され、強盗団を潜入捜査する事に。金庫破りの名人に変装した小五郎はボスのMr.ヘッドと対話。ヘッドは小五郎の正体に気付いていた。部下の中に息子を殺害した犯人がいるらしく、ヘッドはその犯人を特定しろと要求。タイムリミットまでに特定できなければ、殺し屋が蘭を殺害するという。

小五郎は目暮警部に協力を要請され、強盗団を潜入捜査する事に。金庫破りの名人に変装した小五郎はボスのMr.ヘッドと対話。ヘッドは小五郎の正体に気付いていた。部下の中に息子を殺害した犯人がいるらしく、ヘッドはその犯人を特定しろと要求。タイムリミットまでに特定できなければ、殺し屋が蘭を殺害するという。

鈴木美術館でムンク展が開催される。学芸員、沼尻は「叫び」は確認を終え、運送しているという。しばらく後、沼尻は「叫び」を載せた車が突然消えたと報告。館長は国際問題になりかねない大事件と心配する。その直後、「叫び」を載せた車が遅れて到着。「叫び」は無事だった。新一は電話越しに事件の謎を解明する…。

鈴木美術館でムンク展が開催される。学芸員、沼尻は「叫び」は確認を終え、運送しているという。しばらく後、沼尻は「叫び」を載せた車が突然消えたと報告。館長は国際問題になりかねない大事件と心配する。その直後、「叫び」を載せた車が遅れて到着。「叫び」は無事だった。新一は電話越しに事件の謎を解明する…。

新一と目暮警部は被害者、朱本が連絡していた尾城那穂、中桐鹿子、仁部浩大から話を聞く事に。3人はアリバイの証拠となる動画を見せ、目暮は人が撮った映像と判断。新一は犯人が明るい水中回廊で犯行に及んだ理由が気になる。この後、新一は何気ない蘭とのやりとりから理由に気付き、徐々に犯人を追い込んでいく…。

新一と目暮警部は被害者、朱本が連絡していた尾城那穂、中桐鹿子、仁部浩大から話を聞く事に。3人はアリバイの証拠となる動画を見せ、目暮は人が撮った映像と判断。新一は犯人が明るい水中回廊で犯行に及んだ理由が気になる。この後、新一は何気ない蘭とのやりとりから理由に気付き、徐々に犯人を追い込んでいく…。

コナン、蘭、歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士は米花水族館にやってくる。ここは蘭にとって思い出の水族館で、新一の姿を思い出す…。新一が何かの匂いに気付いて辺りを見渡すと、ガソリンスタンドでバイトする朱本が絶命していた。朱本の携帯から電話やメールをしていた新一はその時に無視した3人から話を聞くが…。

コナン、蘭、歩美、光彦、元太、哀、阿笠博士は米花水族館にやってくる。ここは蘭にとって思い出の水族館で、新一の姿を思い出す…。新一が何かの匂いに気付いて辺りを見渡すと、ガソリンスタンドでバイトする朱本が絶命していた。朱本の携帯から電話やメールをしていた新一はその時に無視した3人から話を聞くが…。

杯戸中央病院で見舞い客の須東伶菜が殺害される事件が発生。死因は青酸系の毒物による窒息死だった。目暮警部たちは一緒に紅茶を飲んでいた同級生4人の中に犯人がいると睨む。蘭の何気ない一言を聞いて犯人が仕掛けたトリックの謎を解くコナン。伶菜がハーブティーに浮かべたレモンこそがトリックの肝だった。

杯戸中央病院で見舞い客の須東伶菜が殺害される事件が発生。死因は青酸系の毒物による窒息死だった。目暮警部たちは一緒に紅茶を飲んでいた同級生4人の中に犯人がいると睨む。蘭の何気ない一言を聞いて犯人が仕掛けたトリックの謎を解くコナン。伶菜がハーブティーに浮かべたレモンこそがトリックの肝だった。

英理が入院し、コナンと蘭、小五郎がお見舞いに行く。病院には安室も来ていた。安室が訪ねた楠田陸道と同じ病院の個室には高坂樹理が入院していて、高校時代の同級生がお見舞いにやってくる。この後、廊下に樹理たちの悲鳴が聞こえ、病室では伶菜が絶命していた。コナンは犯人の目星をつけ、推理を巡らせる…。

英理が入院し、コナンと蘭、小五郎がお見舞いに行く。病院には安室も来ていた。安室が訪ねた楠田陸道と同じ病院の個室には高坂樹理が入院していて、高校時代の同級生がお見舞いにやってくる。この後、廊下に樹理たちの悲鳴が聞こえ、病室では伶菜が絶命していた。コナンは犯人の目星をつけ、推理を巡らせる…。

下校中のコナン、歩美、元太、光彦、哀の前に警官に追われる男が現れる。男は歩美を抱き上げて盾にし、何かを囁いた後、意識を失って昏倒。男の財布を調べると、政財界スキャンダルの記事が入っていた。千葉たちは男がこの事件絡みで生命を狙われている可能性もあると判断。コナンたち少年探偵団も事件を調べる事に…。

下校中のコナン、歩美、元太、光彦、哀の前に警官に追われる男が現れる。男は歩美を抱き上げて盾にし、何かを囁いた後、意識を失って昏倒。男の財布を調べると、政財界スキャンダルの記事が入っていた。千葉たちは男がこの事件絡みで生命を狙われている可能性もあると判断。コナンたち少年探偵団も事件を調べる事に…。