1週間前、頓田を殺害後、「ラーメン小倉」に逃げ込んだ犯人。容疑者はその時、店にいた常連客の荘野、水科、仲西に絞られる。事件後、犯人とすれ違った由美の元カレ、羽田は犯人が走る度に奇妙な音がしたと証言。コナンは羽田の話を聞いて何かを閃く。そして、コナンと世良は店にあるトイレの給水タンクを調べ…。

1週間前、頓田を殺害後、「ラーメン小倉」に逃げ込んだ犯人。容疑者はその時、店にいた常連客の荘野、水科、仲西に絞られる。事件後、犯人とすれ違った由美の元カレ、羽田は犯人が走る度に奇妙な音がしたと証言。コナンは羽田の話を聞いて何かを閃く。そして、コナンと世良は店にあるトイレの給水タンクを調べ…。

コナン、蘭、園子は世良が行きつけのラーメン店に案内される。その店は移転前に毒殺事件があった「ラーメン小倉」だった。店内では常連客の荘野由奈、水科宗輔、仲西修が食事をしていた。コナンは調味料をたくさん使う3人の行動を不思議に思う。3人が帰った後、店員の彩代は先日、近くで強盗殺人事件があったと明かす。

コナン、蘭、園子は世良が行きつけのラーメン店に案内される。その店は移転前に毒殺事件があった「ラーメン小倉」だった。店内では常連客の荘野由奈、水科宗輔、仲西修が食事をしていた。コナンは調味料をたくさん使う3人の行動を不思議に思う。3人が帰った後、店員の彩代は先日、近くで強盗殺人事件があったと明かす。

小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。

小五郎、コナン、蘭は事故の現場に遭遇する。八木沼が立体駐車場の非常階段から転落して絶命したのだ。階段の上にいた美咲は八木沼が襲ってきたと証言。1週間前、美咲の自宅に侵入した八木沼は美咲の夫、滝沢彰を殺害し、金庫から1億円相当の宝石を強奪。小五郎は八木沼が口封じで美咲を襲ったと推理するが…。

小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。

小五郎、コナン、蘭は海と池が繋がり、潮の満ち引きで景色が変わる公園にやってくる。コナンは潮が引いて現れた沈下橋に倒れている男性を発見。遺体の首には絞められた痕があり、小五郎は事件と事故、両方の可能性を探る。公園管理人の丹波は朝の引き潮の時、遺体はなかったと証言して…。

豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。

豪雨の中、コナンら少年探偵団はトイレを借りるため、森にある洋館を訪ねる。コナンは館にいたアニキとノッポと話して2人が住人ではなく強盗だと気付く。探偵団はナイフを持った強盗2人から逃げながら縛られた住人の雨宮真樹を救出。コナンたちは真樹と一緒に家の中を逃げ回る。夫の雨宮翔はどこにいるかわからなかった。

レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。

レストランの倉庫でオーナーの飛鳥の遺体が発見され、コナンはソムリエ山田、ウエイター鴻江、ウエイトレス嶺子の中に犯人がいると睨む。目暮警部は第1発見者の比護とヨーコへの疑いを強める。コナンは飛鳥が寝ていた時にかけていた毛布の不審な点に気付き、嶺子たちの証言を思い出して事件の真相に近づく…。

ビッグ大阪の比護隆佑と沖野ヨーコの熱愛が報じられる。ヨーコファンの小五郎はコナン、比護ファンの灰原と共に熱愛報道が事実かを確かめる事に。比護とヨーコは比護の先輩、飛鳥が経営するレストランで会っていた。ソムリエの山田、ウエイターの鴻江、ウエイトレスの嶺子は外出して戻らない飛鳥を捜すが見つけられない。

ビッグ大阪の比護隆佑と沖野ヨーコの熱愛が報じられる。ヨーコファンの小五郎はコナン、比護ファンの灰原と共に熱愛報道が事実かを確かめる事に。比護とヨーコは比護の先輩、飛鳥が経営するレストランで会っていた。ソムリエの山田、ウエイターの鴻江、ウエイトレスの嶺子は外出して戻らない飛鳥を捜すが見つけられない。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

米花金融から3千万円を強奪した宍戸は2時間後に事故死。宍戸は事故前に3千万円をどこかに隠していた。小五郎は曇柄寺の住職、了全から建て替え工事を中止しろと脅迫電話をかけてきた犯人を捜してほしいと依頼される。小五郎は脅迫電話と消えた3千万円に接点があると睨み、様々な推理を展開するが…。

小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。

小五郎、コナン、蘭は温泉帰りに台風に遭遇し、セールスマンの穂刈、工場経営者の武上、バックパッカーのカール、議員秘書の紀子、近所に住む老人のふね、駅長の稲垣、駅員の雅子という7人と駅で一晩過ごす事に。小五郎は駅の温泉から出た後、上着のポケットに紙切れが入っている事に気付く。

蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。竹山は蘭を閉じ込めた冷蔵庫を山中に不法投棄する。冷蔵庫が密閉されていれば、酸素がなくなる危険な状況で…。

蘭が人気アイドル歌手リサに間違われて誘拐される。犯人の竹山と伊原のアジトにはリサとグルになって誘拐を仕組んだSNSのやりとりが残っていた。だが、コナンはリサになりすました別の共犯者がいると睨む。竹山は蘭を閉じ込めた冷蔵庫を山中に不法投棄する。冷蔵庫が密閉されていれば、酸素がなくなる危険な状況で…。

小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。

小五郎が人気アイドル歌手リサのボディガードを頼まれ、コナンと蘭はライブを鑑賞する。そしてライブ開始直後、仮面を被った2人組がリサを誘拐しようとする事件が発生。混乱の中、同じコスプレ姿の蘭がリサに間違われて誘拐される。小五郎とコナンは犯人を追うが途中で見失って…。

小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。

小五郎は鳥海コンツェルンの御曹司、鳥海から失踪した婚約者、元子の捜索を依頼される。小五郎とコナンが捜査をすると、3日前の夜に元子は大家に引っ越しする事、会社の上司に仕事を辞める事を電話で伝えていた。聞き込みは順調に進み、コナンたちは最後の接触者と思われる老人のしげみに会って話を聞く。

夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン･スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。

夜、OLの中島亜里紗とトリュンペルマン・スーザンが米妙寺へ続く石段を歩いていると、全身を青白く光らせた異形の生物が出現。その生物は宇宙人と名乗り、亜里紗は笑いながら宇宙人とスーザンが並ぶ動画を撮影する。その時、石段の上の方から「宇宙人だ」と驚く男性の声が聞こえてくる。

コナンたちはホテルでブログ人気ランキングを争う女優の北見沙弥、庄野杏奈と知り合う。そして、沙弥の秘密をブログに載せている杏奈が密室で殺害される事件が発生。コナンは現場の状況、行動から沙弥が犯人と睨む。コナンは504号室で沙弥から話を聞き、杏奈の部屋に入った方法と凶器の目星をつける。

コナンたちはホテルでブログ人気ランキングを争う女優の北見沙弥、庄野杏奈と知り合う。そして、沙弥の秘密をブログに載せている杏奈が密室で殺害される事件が発生。コナンは現場の状況、行動から沙弥が犯人と睨む。コナンは504号室で沙弥から話を聞き、杏奈の部屋に入った方法と凶器の目星をつける。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士と一緒にホテルベイカーウエストのケーキバイキングにやってくる。コナンたちがケーキを食べていると、プチファルコン (小さな玩具のヘリコプター) が飛んでくる。元太のケーキの上に落ちたプチファルコンは女優の北見沙弥のものだった。

コナン、元太、光彦、歩美、灰原は阿笠博士と一緒にホテルベイカーウエストのケーキバイキングにやってくる。コナンたちがケーキを食べていると、プチファルコン（小さな玩具のヘリコプター）が飛んでくる。元太のケーキの上に落ちたプチファルコンは女優の北見沙弥のものだった。

朝、コナンは小五郎、蘭と一緒に喫茶ポアロに行ってモーニングセットを食べる。安室透がサンドイッチを作り終えると、店員の榎本梓はそのサンドイッチを男性客に運ぶ。男性客はハムサンドを食べた後、すぐにカウンターにいる安室を見る。コナンはこの不審な行動をとる男性客の事が気になっていた。

朝、コナンは小五郎、蘭と一緒に喫茶ポアロに行ってモーニングセットを食べる。安室透がサンドイッチを作り終えると、店員の榎本梓はそのサンドイッチを男性客に運ぶ。男性客はハムサンドを食べた後、すぐにカウンターにいる安室を見る。コナンはこの不審な行動をとる男性客の事が気になっていた。

長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

長野県警の竹田警部、鹿野警部補、秋山巡査部長が次々と殺害される事件が起きる。黒田捜査一課長は現場の状況から3人を殺害した容疑で大和警部を指名手配する。予告通りなら、犯人はあと2人の命を狙おうとしていた。コナンは手がかりを探すため、半年前の銀行立てこもり事件の話を由衣刑事から聞く。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は長野県警の竹田警部が殺害される事件に遭遇。そして、自宅で首を吊った鹿野警部補も発見される。大和警部の携帯には鹿野から「我は毘沙門天 啄木鳥を滅ぼす 軍神なり」というメールが届いていた。大和は鹿野を床に降ろすが、すでに鹿野は絶命。鹿野の額にもXの印がつけられていた。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

長野観光に来た小五郎、コナン、蘭は川中島古戦場跡を見学。そこに事件の聞き込みをしていた大和警部、上原刑事、諸伏警部が現れ、その直後に三枝警部、鹿野警部補、秋山巡査部長もやってくる。これから強盗犯の潜伏先に行くという三枝、鹿野、秋山。待ち合わせた班長の竹田警部が来ないらしく、3人は現場に踏み込む事に。

コナン、蘭、小五郎、平次、和葉は妖怪、鎌イタチの写真が撮影された旅館を訪れる。旅館にはライターの中間、小柳も取材に来ていた。そして、暗闇の蔵の中で平次、小五郎、小柳が肌を切られ、皆の脳裏に鎌イタチの事がよぎる。この後、女将の高美の義父、盆蔵が離れで殺害される。盆蔵の胸には鎌が刺さっていた。

コナン、蘭、小五郎、平次、和葉は妖怪、鎌イタチの写真が撮影された旅館を訪れる。旅館にはライターの中間、小柳も取材に来ていた。そして、暗闇の蔵の中で平次、小五郎、小柳が肌を切られ、皆の脳裏に鎌イタチの事がよぎる。この後、女将の高美の義父、盆蔵が離れで殺害される。盆蔵の胸には鎌が刺さっていた。

コナンは蘭、小五郎、平次、和葉と長野の旅館を訪れる。平次は名物の葛湯を飲んだ後、写真を小五郎に見せる。それは鎌を背負った人物が露天風呂の湯の上を走っている写真だった。平次は人を切りつける妖怪の鎌イタチに似ていると指摘。その時、この写真を雑誌に掲載したライターの中間、ライバル誌ライターの小柳が現れる。

コナンは蘭、小五郎、平次、和葉と長野の旅館を訪れる。平次は名物の葛湯を飲んだ後、写真を小五郎に見せる。それは鎌を背負った人物が露天風呂の湯の上を走っている写真だった。平次は人を切りつける妖怪の鎌イタチに似ていると指摘。その時、この写真を雑誌に掲載したライターの中間、ライバル誌ライターの小柳が現れる。

人気腹話術師の天願の妻、和子がトロフィーで殴られて殺害される。天願は多重人格に陥り、和子を殺害しろと命じる人形の人格が出現していた。天願は意識がない時に殺害したかもしれないと自白する。だが、目暮警部は現場の状況から和子と浮気した天願の弟子の登川を容疑者と疑う。

人気腹話術師の天願の妻、和子がトロフィーで殴られて殺害される。天願は多重人格に陥り、和子を殺害しろと命じる人形の人格が出現していた。天願は意識がない時に殺害したかもしれないと自白する。だが、目暮警部は現場の状況から和子と浮気した天願の弟子の登川を容疑者と疑う。

小五郎、コナン、蘭は人気腹話術師の天願リイチのライブにやってくる。小五郎は天願から仕事を依頼されたのだ。ライブの演目は相棒の人形に魂を乗っ取られた腹話術師が妻を殺害するという内容だった。ライブ後、小五郎たちが楽屋に向かうと、天願の弟子、登川春臣と天願の妻、天願和子の会話が聞こえてくる。

小五郎、コナン、蘭は人気腹話術師の天願リイチのライブにやってくる。小五郎は天願から仕事を依頼されたのだ。ライブの演目は相棒の人形に魂を乗っ取られた腹話術師が妻を殺害するという内容だった。ライブ後、小五郎たちが楽屋に向かうと、天願の弟子、登川春臣と天願の妻、天願和子の会話が聞こえてくる。

金子に会いに行く途中で拉致されたコナンが目覚めると、そこは取り壊し作業真っ只中のビルの中だった。コナンは携帯がない事に気付き、DBバッジのスイッチを入れるが無反応。自力で脱出を図ろうとする。蘭たちはコナンと連絡が取れないため、GPSを使ってコナンの携帯の位置を確認。路地に落ちている携帯を発見する。

金子に会いに行く途中で拉致されたコナンが目覚めると、そこは取り壊し作業真っ只中のビルの中だった。コナンは携帯がない事に気付き、DBバッジのスイッチを入れるが無反応。自力で脱出を図ろうとする。蘭たちはコナンと連絡が取れないため、GPSを使ってコナンの携帯の位置を確認。路地に落ちている携帯を発見する。

コナンはブレーキが効かずに暴走した車の事故を防ぐ。何者かがブレーキホースに穴を開けていて、警察は殺人未遂事件として捜査を進める。運転していた細尾は所有する二表の面を市川海老蔵に渡しに行く途中だった。海老蔵は来月上演する「七つ面」でこの面を使うという。頭取の藪崎は預かった面をロッカーに保管するが…。

コナンはブレーキが効かずに暴走した車の事故を防ぐ。何者かがブレーキホースに穴を開けていて、警察は殺人未遂事件として捜査を進める。運転していた細尾は所有する二表の面を市川海老蔵に渡しに行く途中だった。海老蔵は来月上演する「七つ面」でこの面を使うという。頭取の松原は預かった面をロッカーに保管するが…。

4日前、2日前と2日に1回、異なる児童公園で放火事件が発生していた。コナンたちは、放火魔を捕まえようと去年と同じ現場を張り込んでいたフリーター、釜石と共に調査を行う。事件を洗い直すため現場となった公園へ向かうと、看板や広告の文字が赤く囲まれていた。コナンは一連の印が何を意味しているかに気付いて…。

4日前、2日前と2日に1回、異なる児童公園で放火事件が発生していた。コナンたちは、放火魔を捕まえようと去年と同じ現場を張り込んでいたフリーター、釜石と共に調査を行う。事件を洗い直すため現場となった公園へ向かうと、看板や広告の文字が赤く囲まれていた。コナンは一連の印が何を意味しているかに気付いて…。

鳥取の名家、熊堂家から家宝の香炉が盗まれた。小五郎は巌、万亀江、惣一、淳二という熊堂家の誰かが犯人と推理。コナンは直美のわざとらしいアリバイが引っかかり、直美の伯父、足立が働くなしっこ館を訪ねる。コナンは足立から修子が弱みを握られている状況を知り、修子が縛られていた訳に気付く。

鳥取の名家、熊堂家から家宝の香炉が盗まれた。小五郎は巌、万亀江、惣一、淳二という熊堂家の誰かが犯人と推理。コナンは直美のわざとらしいアリバイが引っかかり、直美の伯父、足立が働くなしっこ館を訪ねる。コナンは足立から修子が弱みを握られている状況を知り、修子が縛られていた訳に気付く。

小五郎はコナンと蘭を連れて鳥取にやってくる。砂の美術館へ行った後、倉吉へと移動し、鳥取県警の山根と共に地元の名家、熊堂家に行ってみる事に。家の居間では長男の妻、修子が両手両足を縛られていた。翌朝、コナンたちは当主の熊堂巌、長女の万亀江、長男の惣一、次男の淳二のアリバイを調べるが…。

小五郎はコナンと蘭を連れて鳥取にやってくる。砂の美術館へ行った後、倉吉へと移動し、鳥取県警の山根と共に地元の名家、熊堂家に行ってみる事に。家の居間では長男の妻、修子が両手両足を縛られていた。翌朝、コナンたちは当主の熊堂巌、長女の万亀江、長男の惣一、次男の淳二のアリバイを調べるが…。

闇金会社社長、佐伯建造と妻、弘子の5歳になる娘の礼奈が誘拐された。犯人は警察に知らせたら娘の命はないと警告し、身代金1億円を米花中央公園に持ってこいと要求。運搬役として指名したのは家政婦の鈴子だった。目暮は身代金を入れたバッグ、車の下、鈴子のブローチに発信機を付けたが、誘拐犯はそれを見越していて…。

闇金会社社長、佐伯建造と妻、弘子の5歳になる娘の礼奈が誘拐された。犯人は警察に知らせたら娘の命はないと警告し、身代金1億円を米花中央公園に持ってこいと要求。運搬役として指名したのは家政婦の鈴子だった。目暮は身代金を入れたバッグ、車の下、鈴子のブローチに発信機を付けたが、誘拐犯はそれを見越していて…。

放課後、コナンたちがサッカーの練習をするため、阿笠博士の知り合いの屋敷の跡地へ向かうと、警察が捜査をしていた。跡地にあるプールで男性の遺体が発見されたという。跡地に入るには門を通らなければならず、最後に開けられたのは3日前。だが、死亡推定時刻は昨夜の日付が変わる前。事件は屋根のない密室で起きていた。

放課後、コナンたちがサッカーの練習をするため、阿笠博士の知り合いの屋敷の跡地へ向かうと、警察が捜査をしていた。跡地にあるプールで男性の遺体が発見されたという。跡地に入るには門を通らなければならず、最後に開けられたのは3日前。だが、死亡推定時刻は昨夜の日付が変わる前。事件は屋根のない密室で起きていた。