〈小雪 時代劇ワンダーランド! であります〉時代劇ワンダーランドにやって来た夏美たち。小雪と夏美は『まぼろしチュー兵衛さま』目当てで来たのだが…。／〈ケロロ チュー兵衛さまに飛びつこう! であります〉『まぼろしチュー兵衛さま』に飛びつくことが出来なかったケロロ。心残りなケロロは…。

〈ポール 執事の一分 であります〉西澤家の執事を引退する決意を固めたポールは、世界中から後継者を募集することにしたが…。／〈ギロロ くれたのは誰? であります〉バレンタインデーにギロロは、テントの前に学校の机をおき夏美からのチョコを待っていた。すると、その机にチョコが入っていて…。

〈冥 おぼえていますか? であります〉夜に天体観測をしていた冬樹は、ケロロ小隊が敵性宇宙人らしき物体を退治しに行くのを見かける。だが、次の日冬樹がケロロにそのことを尋ねるとケロロは覚えておらず…。

〈ウレレ 売れっ子侵略者 であります〉中々すすまないペコポン侵略にケロン軍本部は、プロの売れっ子侵略者･ウレレをケロロ小隊へ派遣してきて…。／〈ケロロ そしてやっぱり誰もいなくなった であります〉ケロロ小隊全員に556から手紙が届く。そこには556の家にケロロを招待するとあったが…。

〈ケロロ 鉄仮面伝説 謎のデカ耳 であります〉ひょんなことから、ウサギを拾って来てしまったケロロ。ところが日向家は秋が大の動物嫌いのためペットを飼うことができない。冬樹の提案で、学校のウサギ小屋で飼うことにしたのだが…。

〈ケロロ 奇跡!? ケロロの父 であります〉突然、ケロロ父から電話が入り今からそっちに出かけるとの連絡を受けたケロロ。慌てて父を迎える準備をするが…。／〈日向家 沈没!? であります〉ケロロは、ガンプラのジオラマ作りのために地面を掘り出す。その拍子に、地下から泥水が吹き出してきて…。

〈ケロロ お正月を返して! であります〉お正月を寝過ごしたケロロ。1月5日に起きて焦った彼は、お正月恒例のイベントをしようと動き始める。／〈ギロロ 仕事初めはペコポン侵略! であります〉ケロロは人が変わったかのように、小隊全員を集めて侵略会議を始める。だが、ギロロはケロロを信用出来ず…。

〈ケロロ 奥東京氷河期 アリサが出た! であります〉西澤グループ主催のクリスマスパーティーに向かったケロロたち。ところが、奥東京市全域が猛吹雪に見舞われてしまう。

〈ケロロ小隊 年末調整大作戦 であります〉年も終わりに近づき、侵略予算を大量に余らせてしまったケロロ小隊の面々。彼らは一斉に予算を使い切ろうとするが…。／〈ケロロ ある男の戦い であります〉ガンプラやマンガ、DVDなどのコレクションに囲まれるケロロ。そろそろ片付けようと手をつけるが…。

〈556 奥東京市は男の戦場 であります〉宇宙探偵の556。地球に来てから未だ事件の一つも依頼されたことの無い556の元にネコを探して欲しいと言う依頼が届く。その頃日向家では異変が起きていた!

〈ケロロ ケロロショー であります〉侵略をサボっていたケロロたち。このままではいけないと、自分たちの強烈なキャラクターを使って侵略しようと企む。／〈冬樹&散世 KGS再び であります〉ケロロ小隊のスクープをかぎまわる、吉祥学園新聞部の月神散世。だが取材したメモをケロロに拾われてしまう!

〈ケロロ ただいま! と言うまでが遠足だ! であります〉ケロロたちは日向家を誘って遠足を企画する。だが、買い出しに行ったケロロは、限定のガンプラを見つけて…。／〈ケロロ 愛と悲しみのスキヤキ であります〉遠足が失敗に終わったケロロ小隊。彼らは、スキヤキで挽回しようと材料の買い出しに行くが…。

〈秋 温泉で大合戦! であります〉勤労感謝の日に、日向家とケロロ小隊の面々は日帰りで露天風呂に出かける。だが、温泉には猿が入っていて…。／〈ケロロ それいけ! ケロロパン であります〉手作りのパンを作った夏美。だが、ケロロはケロン星のパンの方がもっとおいしいと、ケロン星のパンを作って…。

〈カララ&チロロ 七五三に753さん! であります〉突然、空からカララとチロロがやって来.た。どうやら753さんを和ませられず追いかけられ、逃げて来たらしく…。／〈ケロロ たかが1粒されど1粒 であります〉お米を大切にしないケロロに、ドロロはクルルと協力してお米の大切さを教えようとする。

〈ケロロ 風邪をひいたらアフレコだ!? であります〉ある朝、ケロロは普通に目をさますが、ふと自分の声が出ないことに気付き慌てふためく。／〈冬樹&クルル 秋葉原を行く であります〉冬樹のパソコンが故障してしまった。それを見ていたケロロは、クルルたちと秋葉原へパソコンのパーツを探しに行く。

〈アリサ 闇の狩人 ハロウィン大騒動! であります〉冬樹は夢で不思議な少女の夢を見るのだが、夢と同じく最近ペコポン社会に紛れ込んでいる宇宙人たちが襲われる噂が広がっており…。

〈ドロロ キッカケが大事! であります〉地球にやって来たルネ星人は、ケロロ小隊の面々をターゲットにする。だが、ケロロ小隊の面々は…。／〈夏美 私の青い鳥 であります〉夏美は家に飛んで来た喋る青い鳥を可愛がるが、秋は動物嫌い。夏美は何とか家で飼うため、ケロロに鳥を匿ってもらおうとする。

〈ギロロ 秘密の休日 であります〉ギロロから突然の休暇届けを受けたケロロ軍曹は真面目なギロロの休暇の理由が気になり休暇中のギロロを尾行するが…。／〈梅雄 運動会を支配せよ であります〉運動会が近づきゆううつな冬樹だが、運動会の日曜日には裏でケロロたちが天候を操り雨を降らせようとしていた。

〈ケロロ小隊 全員再起動! であります〉侵略期限をうやむやにしたケロロ小隊はコピーロボットに仕事を任せてデレデレと毎日を過ごしていたが…。／〈ガルル小隊 かく戦えり であります〉ケロロ小隊のコピーロボットの仕業で各惑星に被害が出て、その近くに居合わせたガルル小隊の面々が現場に行くが…。

〈キルル 破滅の使者 であります〉落雷のせいで壊れたタイムリミットカウンター。その拍子にカウンターの中から現れたのは伝説の破壊神･キルルであった…。

〈ケロロ 最後は本気で神頼み? であります〉侵略期限がついに9日にせまり焦るケロロは、最後の手段とばかりにおゲロ様の祠の前に行き、神頼みをするのだが…。

〈ケロロ こっそり月旅行 であります〉侵略期日も残り18日となりあせるケロロ軍曹は、冬樹と夏美を連れて月に行き、タイムリミットカウンターを捨てようとするが…。／〈ギロロ 台風侵略作戦決行! であります〉ケロロ軍曹はクルルの作ったマシンで台風の脅威を体験して侵略計画に使おうとするが…。

〈ケロロ&夏美。 勇者はどっちだ?! であります〉ケロロ軍曹は侵略期日が迫り、現実逃避したくてクルルが発明したゲームの世界に入れるマシンを使ってRPGワールドに突入するのだが…。

〈ケロロ 仁義なき回転寿司! であります〉人気の回転寿しのお店にランチを食べに来たケロロ小隊の面々。ところが平日のランチはお寿司の数が少なくて…。／〈ケロロ 恐怖のザ･モスキート であります〉ガラクタを整理中のケロロは、物質転送ポッドを見つける。ケロロは取りあえず試してみるのだが…。

〈ケロロ 夏の宝物 であります〉ネットサーフィンで偶然、ドイナーカ星を見たケロロ軍曹は幼い頃の夏休みを思い出す。ケロロの夏の宝物、幼い頃の海賊バイパーの宝を探した夏の思い出を回想するのだが…。

〈日向家 里帰り であります〉日向家のみんなとケロロ小隊の面々は秋の実家、秋奈の家にやって来た。そこでケロロは次々と恐ろしいものに出会い…。／〈タママとカメ であります〉秋の実家に来ていたタママは近くの山でトレーニング中にノロマなカメと出会う。もくもくと歩き続けるカメが気になるタママは…。

〈クルル 呪いのDVD であります〉クルルのDVDソフトを勝手に持ち出したケロロ。そのDVDをケロロは再生してしまい…。／〈夏美 何がなんでも禁止よ! であります〉夏の暑さでイライラする夏美は、色々な禁止令を発動していた。ガンプラ禁止令を逃れようと考えたケロロは、夏美に取り入るのだが…。

〈ドロロ くの一カララ シュシュッと参上! であります〉サイボーグとなったバイパーが再び、ドロロの家を訪れるが、ドロロは出かけていなかった。その時突然、カララと友達のチロロがドロロに修行の成果を見せようとやって来るのだが…。

〈ケロロ 土井中海岸リターンズ であります〉土井中海岸に訪れた冬樹たち。夏美は賞品欲しさに男性水着コンテストに冬樹を無理矢理出場させて…。／〈桃華 ひと夏の経験 であります〉偶然、人生ガ二度アレバ銃の光線を受けてしまった桃華。大人になった桃華は恥ずかしがって冬樹と会うのを避けるのだが…。

〈ギロロ 壮絶! 夏合宿 であります〉夏美たちとキャンプ場でバッタリ出会った小隊の面々。ギロロは小雪が夏美と一緒にいることが気になり…。／〈ケロロ 土曜の丑の日をつかまえろ! であります〉夏バテして弱っている夏美にうなぎを食べさせまいと考えたケロロたちは、町中のうなぎを買い占めようとして…。