〈桃華 ゴースト 日向家の幻 であります〉幽霊を調べるため、冬樹は図書館へと向かった。そんな冬樹の様子を見て、自分も幽霊になれば彼と一緒にいられるのではと思った桃華は…。

〈ドクク ガスケロン人第1号 であります〉ドククが夏美の部屋に幽霊のごとく現れた。それをケロロの仕業と見た夏美は、彼の部屋に向かい…。〈ケロロ ペコポン一のガンプラ男 であります〉ガンプラでペコポン侵略を思いついたケロロ。ガンプラ会社の社長になるため、彼はイメージトレーニングを始めるが…。

〈ちびケロ さらば夏休み! であります〉夏休みの宿題で作った工作にいたずらをされていることに気がついた冬樹と夏美。二人は、真っ先にケロロを疑うが…。

〈ケロロ 飛び込め! ビニールプール であります〉本格的な夏が来て、ケロロはひからびかけていた。そんな時、ケロロは日向家の倉庫からビニールプールを発見して…。〈冬樹&夏美 新しい朝がきた であります〉秋奈ばあちゃんからスイカが二つ送られて来た。ケロロ小隊も揃って皆で食べようとするが…。

〈ケロロ ブッチャ毛アフロで音頭? であります〉秋奈ばあちゃんの家に行った冬樹、夏美、小雪。その頃、ケロロたちはダンス☆マンのコンサートの準備をしていて…。〈ドロロ 不思議の山 であります〉ドロロは、秋奈ばあちゃんの家の近くの山で修行をしていた。その途中、ドロロは不思議な少女に出会い…。

〈ケロロ ヤマトとカプー でありんす〉一人でミステリーポイントに出かけて行った冬樹。彼の大切なオーパーツコレクションを誤って壊してしまったケロロは、冬樹が怒って一人で行ってしまったと思い、慌てて彼を探しに行くのだが…。

〈アリサ&冬樹 UMA対ダンガル! であります〉今年の夏も土井中海岸にやって来たケロロたちは、そこでアリサたちに出会った。そして、アリサたちからダークレイスの大物がいると聞いた冬樹は、目を輝かせるのだが…。

〈タママ 理由なき反抗 であります〉突然、あからさまに態度が悪くなったタママ。冬樹と夏美は、反抗期になったらしいタママを更生させようとするが…。〈クルル と お留守番? であります〉ケロロは、クルルだけを置いて宇宙船で出かけてしまった。クルルと留守番をすることになった冬樹と夏美は…。

〈冬樹&ケロロ あばけ! 七不思議 であります〉学校の怪談話の中で、まだ調査中の話を冬樹から聞いたケロロ。その謎を解明しようと考えたケロロは、学校へ向かうが…。〈プルル&散世 秘密の友達 であります〉久々に日向家へと遊びに来たプルル看護長。そこで彼女は、天井裏に潜んでいた散世と出会い…。

〈ウレレ 電車の王様 であります〉売れっ子侵略者のウレレがケロロの前に現れた。ウレレは、ある侵略方法を試すためにやって来たと言うが…。〈ギロロ 美少女と液体ケロン人 であります〉突然、シュララ軍団の攻撃を受けたギロロ。ギルルの放った液体によって、体が液体化してしまったギロロは…。

〈ケロロ 期間限定大侵略 であります〉ケロロは、クルルに『開運! 何でも限定ガン』を作らせた。そして、ケロロは何でも価値があるように見せまくるが…。〈桃華 七夕限定の私 であります〉七夕パーティーに冬樹を誘った桃華。その中で、彼女は七夕の年に一度しか会えない故の結びつきの限定効果を知り…。

〈556 カップメンの作り方 であります〉ラビーがスーパーの福引きで当てたカップ麺を持って来た。だが、初めて見るカップ麺に556は…。〈ケロロ 攻略! クロスワード であります〉クロスワードで景品を当てた冬樹。それを見たケロロは、景品欲しさにケロロ小隊を集めてクロスワードに挑むが…。

〈ケロロ くだけ! ウエットルロボ であります〉ウェットルキングで夏美を攻撃するケロロ。だが、以前のウェットルキングとはどこか異なっていて…。〈ケロロ 突撃! ウエットルヒューマン であります〉夏美に敗れ去ったウェットルロボ。そこで、ウェットルロボは弱点を改良して、再度、夏美に襲いかかるが…。

〈クルル 臨時隊長 であります〉入院したケロロに代わり、臨時で隊長となったクルル。彼は、ペコポンに来た違う星の大使を接待するが…。〈小雪 普通猛特訓 であります〉小雪は、ケロロたちの『普通になろう教室』を試すことにした。だが実際は、ケロロたちが小雪をペコポン人スパイに鍛えようとしていて…。

〈ケロロ ニョロロ滅亡? であります〉ニョロロから逃げようと超空間ゲートに逃げ込んだケロロ小隊。だが、彼らは偶然出来たワームホールに入ってしまい…。〈ラビー お嫁に行きます! であります〉空き地にいたラビーを見かけた556。そこで、556はラビーが結婚を申し込まれているのを目撃してしまう!

〈夏美 さよならサブロー であります〉『623の俺ラジオ』が終了する話を聞いた夏美。その番組を大物プロデューサーに気に入られ、623が海外に行くらしいのだが…。〈冬樹&アリサ 雨の怪物 であります〉冬樹の周りだけ常に雨が降っているという現象が起こった。そんな冬樹の前に、アリサが現れるが…。

〈ちびケロ あのころジョリリ であります〉ケロン星のおもちゃ『チビケロハウス』を使って、手作り感のある秘密基地を作ったケロロ。その基地でケロロは、ギクシャクしてしまった小隊の結束を固めようとするのだが…。

〈プタタ&メケケ 必殺お仕事人 であります〉突然やって来たサイケな宇宙人の『プタタ』が、色々な物に絵を書いて実体化させていた。それを侵略計画に利用できそうだとケロロは考えて…。

〈桃華 最強の母の日 であります〉何者かが西澤邸へ向かって来ており、親衛隊にガードされた桃華たち。だが、侵入者はいとも簡単に親衛隊を突破し、刻々と近づいて来て…。

〈ケロロ 白熱! カードバトル であります〉トレーディングカードが流行っていることに目をつけたケロロ。自分たちでトレーディングカードを作り売り出そうとして…。〈ケロロ 狙われた小隊 であります〉地球に馴染んでしまったケロロたち。だが、実は地球に彼らが来た時から、何者かに監視されていた!?

〈ケロロ 過去の栄光 であります〉突然、ケロロの部屋に侵略カウンターが降って来た。24時間以内にケロロ小隊の活動内容を報告書を提出せよ、とのことなのだが…。〈ギロロ 禁断の記憶 であります〉インチキ活動報告がバレてしまったケロロ。プルルにどんな活動をしていたのかと聞かれたケロロは…。

〈プルル 看護長におまかせ! であります〉プルルにより、小隊の健康診断が行われた。それぞれ問題を抱える小隊の面々に、プルルは治療を施すが…。〈夏美 今日の占い であります〉毎朝、テレビの星占い番組をチェックしている夏美。それを見たケロロは、占いを利用して夏美をコントロールしようとするが…。

〈ケロロ 合体! ケロロロボ であります〉お揃いの専用ロボをクルルに作ってもらったケロロ小隊。彼らはペコポン侵略に乗り出そうとするが…。〈ケロロ 侵略! 桜最前線! であります〉夏美は秋と一緒にお花見に行けることになり、ウキウキしていた。それを聞いたケロロは、花見の場所取りに行くのだが…。

〈ケロロ小隊 絶好調! であります〉ケロロは小隊の隊歌を作り、音楽で地球侵略を目論む。そして、学校の放送室をジャックしたケロロは、隊歌を流そうとするが…。〈ケロロ小隊 大共鳴! であります〉共鳴コンクールの記事を見つけたケロロ。優勝すれば侵略予算アップという特典に目がくらんだケロロは…。

【シーズン3 最終話】〈ケロロ さらばケロロ軍曹 であります〉超巨大侵略獣からペコポンを守るため、ケロロ小隊は戦いを挑む。果たして、ペコポンとケロロたちの運命はいかに!?

〈ケロロ ケロケロ作戦 第100号 であります〉小隊全員を集め、次回の作戦が記念すべき100回目の作戦だと皆に告げたケロロは、ねぎらいの会を開く。そこでケロロたちは、作戦を練るのだが…。

〈ケロロ 出没! アド星ック天国 であります〉全宇宙で人気のテレビ番組『出没! アド星ック天国』の制作に携わったとしてみんなをリビングに集めたケロロ。そして、そのことを自慢するケロロであったが…。

〈散世 ホワイトデーをチェック! であります〉冬樹の動向をチェックしていた散世。冬樹がホワイトデーのお返しを一個多く買っていることに散世は気付き…。／〈冬樹　ご利用は計画的に であります〉こっそりケロボールを使って遊んでいた冬樹。だが、ケロボールを落とした拍子に変なスイッチを押してしまい…。

〈ギロロ 旅立ちのとき であります〉ケロン軍本部からの通達を受けたギロロ。別小隊の隊長となって別の惑星侵略に行かなくてはならなくなるギロロだが…。

〈アリサ エイリアン対モンスター であります〉宇宙人街で緊急発表があり、多くの宇宙人失踪はアリサの仕業の可能性が高いと宇宙警察のポヤンから連絡が入る。だが、それを聞いたケロロ小隊は…。