〈ケロロ アタック! ヒントで年の差ウルトラハンマー であります〉宇宙最大のクイズ番組に参加したケロロたちは、結束してクイズ大会に挑む!〈ドロロ 大改造! であります〉ノリの悪いドロロのせいで作戦会議が進まないケロロ小隊。そんな状況を解決するため、ドロロをノリノリの性格に改造することに!?

ヴァイパー竹千代を倒し、3つ目の古代兵器を手に入れた武者ケロ一行。残る兵器はあと2つ! 次の目的地は、戦国ラン星唯一の宇宙貿易港デジーマ港。4つ目の古代兵器が黒船丸にあると知った武者ケロ一行は、黒船丸に乗り込むのだが…。

〈ケロロ ガム噛む? であります〉クルルが多種多様のガムを作った。そこでケロロは、ガムによるペコポン侵略作戦を開始して…。〈タママ タママタンゴ であります〉キノコ狩りの中、先にこっそりキノコを食べてしまったタママ。しかしそのキノコが宇宙毒キノコの『ママタンゴ』だとわかって…。

サシダ湖で目撃された首長竜のサッシーは実は捏造であったと発表され落ち込んでいた冬樹だったが、再びサッシーを目撃したという情報が。冬樹は意気揚々とサシダ村へと向かい、サッシーを目撃した少女と出会う。はたしてサッシーは実在するのか?

〈ケロロ テロップ大作戦 であります〉現実でテロップを流したことが起こる装置『デイ･テロッパー』を使い、ケロロは地球侵略を実現させようとして…。〈ケロロ ハウツー本で侵略 であります〉超売れっ子侵略者のウレレが書いた侵略ハウツー本を発見したケロロは、本に書かれていることを実践するが…。

プロの漫画家を目指すハヤトは、なかなかOKの出ない原稿にため息続きの日々。そんな時、急病の担当の代わりに臨時担当になった秋と出会う。秋は原稿が出来上がるまで日向家で一緒に暮らすことを提案して…。

〈ケロロ ボードロボー であります〉フライングボードが盗まれたケロロは自らのボードの捜索へ。クタクタになったケロロは自分のものとそっくりのボードを見つけるが…。〈ケロロ ひ～ろ～ず であります〉ある日突然、5秒先の未来が見えるようになったケロロ。意気揚々と小隊のメンバーに発表するが…。

戦国ラン星に眠る5つの伝説の古代兵器。3つ目の古代兵器を求めてモモ城へ向かった武者ケロ一行は、そこで桃姫と出会う。しかしそこにはやはり武者ヴァイパーの魔手が…。武者ケロたちは桃姫を救い、古代兵器を手に入れることができるのか!?

〈桃華 愛の節約作戦 であります〉桃華は気づいた。愛に大切なのはお金ではないのだ、と…。『桃華と冬樹のラブラブ作戦』の次の予算は、なんと300円に決定!〈ゼロロ キカカがやってきた であります〉ちびゼロを助けてくれた、ロボットのキカカ。すごい友達ができたと大喜びのちびゼロだったが…。

〈ケロロ コトバの必殺拳! であります〉ある日突然、まわりの音が消えてしまった。ケロロたちはこの状況を利用した侵略作戦を考案して…。〈サブロー&クルル 静かな戦い であります〉原因不明の無音現象。サブローの実体化ペンが異常な出力を発しているのを知ったクルルは、独自に調査を始めて…。

〈メルル 郵便で～す! であります〉郵便配達員メルルが届ける手紙。もしかしてペコポン侵略を達成できずにいるケロロ小隊への軍本部からの最後通牒…!?〈冬樹 パーキングエリアで一服 であります〉夏美と喧嘩をしてしまった冬樹。気持ちを晴らすため、ケロロのバイクに一緒に乗せてもらうことに…。

今日も朝から口喧嘩をする夏美とケロロ。夏美に納得のいかないケロロは、自分の偉大さを解らせるために、夏美と自分を戦闘能力が完全に無効化される部屋へと移動させることに。しかし脱出方法がわからず、二人っきりで部屋に閉じ込められてしまった!

学校帰りに弱っている珍しいカメを拾った冬樹。グリーンと名づけ、こっそりカメを飼っていた冬樹だったが、ペットショップでグリーンを狙っている二人組みと遭遇する。なんとグリーンは宇宙希少動物のエメラルドグリーンガメだったのだ!

〈タママ 美しきダイブ! であります〉人気の競技ケロン式ダイブを楽しむため、ケロロ小隊秘密基地のプールに専用の高飛び込み台が作られるが…。〈ケロロ 究極のペコポン人スーツ であります〉なぜかケロロが地球人スーツを着たまま、「島ケロ作」として会社に出勤し、営業の仕事を始めるが…。

抽選で当たった宇宙人街豪華リゾートへ遊びに行ったケロロ小隊と冬樹たち。ひょんなことからセレブ地区へと入ったケロロは、そこで大騒動を引き起こしてしまう。一方、休暇中のポヤンに代打を頼まれた夏美は、ナメンニャ捜査官と騒動の解明に乗り出し…。

〈桃華 女だらけの無人島 であります〉西澤家のクルーザーで行く海の旅。だが、突然の高波が襲いかかり、クルーザーは転覆してしまい…。〈ケロロ 恐怖の赤い靴作戦 であります〉履いた者は音楽が聞こえるかぎり踊り続けなければならなくなるという恐ろしい靴。新兵器の実験台にされた夏美の運命は…。

〈ケロロ 雨の日はせんべい釣り! であります〉天気はあいにくの雨。遊びに行けないケロロたちは秋奈おばあちゃんの提案した「せんべい釣り」をすることに…。〈ケロロ 思い出と花火 であります〉雨も降り止み快晴。みんなで花火大会を見たいという秋奈おばあちゃんの願いを叶えるためにケロロたちは…。

〈桃華 決戦は日曜日 であります〉冬樹と二人きりの週末。すっかりデート気分でルンルンの桃華だったが、周囲には常にポールと桃華親衛隊の気配が…。〈ギロロ 決戦は日曜日 であります〉桃華たちが親衛隊との奮闘中、思わぬとばっちりを受けたギロロ。通りかかった夏美と二人きりで家路につくことに…。

〈ケロロ 地球温暖化ってなぁに? であります〉地球温暖化現象を利用して地球を侵略しようと思いつくケロロたちだったが…。〈サババ 砂漠の魔王 であります〉古代ケロン人のお宝を求めてピラミッドに向かったケロロたちは、そこで古代ケロン人に封印されていたサババ軍団を復活させてしまい…。

二つ目の伝説の古代武器を手に入れるために『水着お笑い合戦』に出場することになった武者ケロ一行。そんな中、ギロロは『水着お笑い合戦』に出場しようとする夏美と瓜二つのお夏という少女に出会う。

〈ちびケロ 耳をすませば であります〉変な声が聞こえると噂がある廃墟に出かけたちびケロロたち。声の原因が壊れたロボットだと知ったちびケロロたちは…。〈ケロロ カリエスウォー2 であります〉ケロロの歯に進入した虫歯菌を倒すべく、ケロロ小隊はカリエスウォーを開始する!

〈ちびケロ 禁じられた遊び であります〉ちびプルルに恋心を抱くちびケロロは、コピーロボットにちびプルルをコピーさせ、告白の練習をしようとして…。〈ケロロ 恐怖の侵略者 であります〉宇宙人消防団の講習を受けることになったケロロ。講習会の会場で古くて使えないテキストを買わされたケロロは…。

〈ケロロ 圧縮で侵略? であります〉“使いかけ”のアイテムをシンプルにできる『圧縮くん』。それを使って、やりかけの『侵略』を圧縮しようとするケロロだったが…。〈冬樹 日向家財宝伝説 であります〉古い羊皮紙を見つけた冬樹とケロロ。それが、財宝のありかを示していると思った二人は…。

〈ケロロ 8人のウェットルキング であります〉2度も失敗に終わったウェットルキング作戦。再び夏美の前に現れたのは、なんと8人のウェットルキングで…。〈ケロロ ガマ3号ウェット大作戦 であります〉ウェットルキングを飲み込むことで生まれた新種のニョロロ。ケロロ小隊は絶体絶命のピンチに…。

〈クルル やめます であります〉クルルの「ケロロ小隊やめます」宣言。ケロロたちはクルルを引き止めるべく、クルルを西澤家に預けることにして…。〈プルル 恋する看護兵 であります〉女子を調査するために、女子だけのお泊まり会を開いたケロロたち。その中、プルルの好きな男性の好みの話になり…。

テーマパーク『オカルト･ハイランド』の完成を明日に控えた桃華。ところが何故か“明日”は来ることがなく、何度も“今日”を繰り返されるのだった。

〈ケロロ それだけは見ないで! であります〉強化合宿に出かけたケロロたち。それぞれ見られてはまずい夏美の写真を置いてきてしまったケロロとギロロは…。〈556 vs 宇宙警視 であります〉宇宙凶悪犯を逃がしてしまった宇宙警視Kは、犯人を追跡するために556の姿を模して変身するが…。

ケロン軍伝説の古代兵器を回収するため、再び戦国ラン星へいくことになったケロロたち。その時、星の支配者ヴァイパーも伝説の古代兵器を手に入れるべく動き出していた。

〈夏美 困惑の放課後 であります〉下校中、謎の霧によって不思議な空間へ飛ばされてしまった夏美。ケロロたちは帰らない夏美を探しにいくが…。〈秋 子供の日 であります〉GWを秋奈おばあちゃんの家で過ごすことになったケロロたち。のんびりすごせると思いきや思いがけないことが起こってしまい…。

忍であることを隠しながら生活をしている小雪は、昔の忍の仲間である時雨に出会った。時雨は小雪に忍の斡旋業の手伝いをお願いするのだが…。