〈モア さよならペコポン であります〉父から地球を破壊せよと手紙がきたモア。恐怖の大王としてモアは地球を破壊できるのか…。〈サブロー 謎多き少年 であります〉サブローの後をついて行った冬樹。だが、サブローは実体化ペンで異次元に入ってしまう。冬樹も意を決して異次元空間に足を踏み入れるが…。

〈ケロロ チャンスは一度! であります〉『一度きりのチャンスを逃さない堅牢強固な意志の力』を特訓するケロロ。特訓は順調に進むが…。〈ダンガル 大地に立つ であります〉ケロロたちは雪像コンテストで悪戦苦闘しながらも雪のダンガル像を作り上げた。しかし翌日、その像は消えてしまっていて…。

〈ケロロ 新年早々ラッキー であります〉年賀状を見せあう日向家の3人とケロロ。そしてお年玉抽選。ケロロたちに一等は当たるのか…!?〈ケロロ 今年はケロン年! であります〉宇宙干支が入れ替えられる、千年に一度の大レース。ケロロたちは代表で走るギロロを1位にするために様々な手段を使うが…。

〈ケロロ 二人が一人ケロロ～ム! であります〉合体すればパワーアップすることに気がついたケロロ。合体装置で合体したケロロ小隊は夏美に勝負を挑むが…。〈ケロロ 謎の最終兵器 であります〉武器をリサイクルショップで大処分したケロロ。売ったお金で、ペコポン侵略に使えそうな兵器を新しく買うが…。

〈吉岡平 親衛隊哀歌 (エレジー) であります〉日向家のクリスマス会に誘われ、喜びに浸る桃華。そんな中、吉岡平が桃華親衛隊をやめたいと言い出して…。〈夏美 クリスマス会大作戦 であります〉サブローをクリスマス会に誘うため、計画を立てる夏美。果たして夏美は計画を成功させることができるのか…。

みんなが忙しい師走。今回はそんな忙しさを吹き飛ばすスペシャルバージョン。盛り沢山なショートストーリーをお楽しみに!

〈ケロロ タンスの秘密 であります〉宇宙旅行中に夏美の部屋で迷子になっていたウンダバ星人の子供スタン。どうやら夏美のタンスに用があるようだが…。〈ケロロ 夢の中に君がいて であります〉同じ夢に閉じ込められたケロロ小隊と夏美。 なんとか脱出しようとケロロたちは夢の出口を探していくのだが…。

〈アリサ&ネブラ 初めての温泉 であります〉温泉旅行にやってきた日向一家とケロロ小隊。水入らずの一家団欒を楽しもうとする一行だったが…。〈ケロロ小隊 奮闘! 酉の市 であります〉夏美と冬樹は、ケロロに誘われ宇宙酉の市を見にきた。そこでは熊手を買いにくる宇宙人たちでごったがえしていて…。

〈ポヨン ポールにミラクル大作戦 であります〉宇宙警察官のポヨンはポールに恋をしてしまった。ポヨンに協力することにしたケロロ小隊だが…。〈ケロゼロ 雪は無慈悲な夜の女王 であります〉発見した雪で覆われた惑星から水を補給するため、安全かどうか確かめにいくようにケロロ小隊は命令されたが…。

〈ギロロ 戦場の赤い悪魔 であります〉ケロロ小隊一の勇猛果敢なソルジャー、ギロロ伍長。今、ギロロの伝説誕生秘話が明かされる…!〈ケロロ そのウソ、ホント? であります〉ちょっとしたウソを本当のことにしてしまう『誰かいい人できたのねシステム』をペコポン侵略に利用しようとするケロロだったが…。

〈ケロロ カッパ伝説 であります〉カッパが住んでいるという伝承が残されているカッパ温泉。そこへ立ち寄ったケロロは、村人たちにカッパと勘違いされてしまうが…。〈ケロロ おかえりなさい であります〉ケロン星本部からの特別作戦指令を受けたケロロたちは西澤家に潜入し、侵略メカの制作を開始するが…。

〈夏美 しゃっくり止めて～ であります〉突然しゃっくりが始まった夏美。623の公開ラジオまでにはしゃっくりを止めようといろいろな方法を試していくが…。〈ケロゼロ 試練惑星の待ち人 であります〉無人惑星クサーツ星で模擬訓練中のケロロ小隊。そこへ長年恋人を待つルビーの歌声が聞こえてきて…。

〈ケロロ うっかりビチョビチョ大作戦! であります〉うっかり現象を起こす侵略計画を思いついたケロロ。だが、予想以上に被害が広がり大変なことに…。〈ケロロ 侵略! 恐怖のソフトグロン であります〉寄生型宇宙人のソフトグロンが侵略を広げていく中、難を逃れたタママとクルルが侵略の阻止に動き出す!

〈秋 地球防衛最前線! であります〉お尋ねもののズララとグルルに捕まってしまったケロロ。ペコポン侵略を横取りしようとしたズララとグルルだったが…。〈夏美 緊迫! 授業参観 であります〉仕事が忙しく、秋が授業参観にこれないことに寂しさを感じる夏美。当日、ペコポン人スーツを着たクルルが現れて…。

ペコポン侵略を早めるため、指揮をとりにきたゲリリ少佐。除隊命令が下されてしまったドロロは小隊を立ち去ることになり、ケロロたちと気まずい雰囲気になっていく…。

〈ケロロ 5人の呆れるケロン人 であります〉器物破損の現行犯で逮捕されたギロロの裁判員となったケロロ小隊。なぜかケロロだけがギロロを有罪にしようとして…。〈冬樹 人間の惑星 であります〉突然日向家にきた恐竜のディーノ。地球に住む場所がないことを知ったディーノは日向家に居候することになり…。

〈桃華 突然炎のごとく であります〉フランスから日本に移り住んだ桃華は、みんなから距離を置かれてしまっていた。そんな桃華を救ったのは小学生時代の冬樹で…。〈ケロゼロ イチジク戦線異状なし! であります〉軍の規則で甘いものが自由に食べられないタママは、プチホームシックになってしまい…。

〈ケロロ セミ小隊 であります〉残暑に響くセミの鳴き声。暑苦しさがセミの鳴き声にあると思ったケロロは、これを侵略に利用しようと考えるが…。〈ケロロ ケーローの日 であります〉ケロン人を敬う『ケーローの日』。何でもかんでも特別扱いされるケロロは気を良くして『ケーローの日』を満喫するのだが…。

〈ケロロ&夏美 仁義無きスタンプカード であります〉一杯になると素敵な商品がもらえるスタンプカード。今、夏美とケロロのスタンプカードを使う闘いの幕が切って落とされる!〈ケロロ 悲しみのケロボット であります〉新型ロボが欲しくなったケロロは、倉庫にある「ゴッドケロン」を捨ててしまおうとするが…。

秋に急な仕事が入り、楽しみにしていたピクニックが中止になってしまう。そこへ現れたアリサは寂しい気持ちを我慢する冬樹を元気づけようと、秋を仕事から連れ戻そうとするのだが…。

〈幽霊ちゃん ビフォーアフター であります〉人を驚かすのが苦手な幽霊のお観世。夏が終わる前に幽霊らしいことをしたいとケロロたちの改造を受けるが…。〈ギロロ 赤い妖精 であります〉宇宙お好み焼きから助けてもらい、ギロロに恋に落ちたやよい。そんなやよいにギロロはなんとか諦めてもらおうとして…。

〈ケロゼロ 宇宙で出前! であります〉機内食に飽きたケロロはこっそりと出前を頼むことに。しかしやってきた宇宙艇にグランドスター号の総攻撃が始まってしまい…。〈ケロゼロ 食べたい方程式 であります〉宇宙海賊との戦闘で貯水タンクが破損してしまった。トイレが出来ないケロロ小隊は最大のピンチに陥る…!

〈ケロロ 提督殿強襲! であります〉ケロロ父とケロロ母に立派な姿を見せようと、秋奈と入れ替わったクルルを利用して夏美を言いなりにするケロロだったが…。〈ギロロ チャックはそのままで! であります〉夏美と入れ替って出て行ってしまったケロロ母。夏美の姿のケロロ母のお願いをギロロは断れずに…。

〈ケロロ ケロン式ゴルフ であります〉若手プロゴルファーの影響でゴルフをやってみたくなった夏美は、ケロロの提案でケロン式ゴルフをやることに。優勝は誰の手に…!?〈ケロロ 走れケロロ であります〉ケロロたちに送られてきたエアロバイク。高性能のエアロバイクをこぞって動かすケロロたちだったが…。

夏、真っ盛り! 涼しい土地を求めて氷山の一角を避暑地にしたケロロ小隊。しかしその実態は氷山に偽装した『機動要塞けろん』だった。『機動要塞けろん』で侵略をはかろうとするケロロ小隊。野望は果たして叶うのか!?

〈ケロロ 仕込みはOK であります〉墜落したUFOに乗っていた記憶喪失の少年、山田君 (仮名)。ある日ケロロにお笑いの才能を見出され、お笑いの特訓をすることに…。〈小雪 対決! 真夏の海岸 であります〉夏美を連れて、『水着美女漫才コンテスト』に参加する小雪。そこに強敵ダソヌ☆マソが現れて…。

〈ウェットルキング対556! であります〉初代ウェットルキング、植津徹。自分を介抱してくれた人にどうしてもお礼が言いたいと、夏美と冬樹に相談する徹だったが…。〈三大怪人 ペコポン最小の決戦 であります〉炎天下の中、自動販売機を目指すケロロ。やっと見つけた販売機にお金を入れようとすると…。

〈タママ 先輩はつらいよ であります〉ケロロ小隊に新メンバーとしてジョリリが加わることになった。タママは面倒見役を押し付けられるが…。〈夏美 僕たち男の子! であります〉楽しそうにサブローが男友達といるのを見た夏美。そんな時、暴発した“僕タチ男ノ子銃”で夏美は男の子になってしまい…。

ペコポン侵略最大の難関、夏美は子どもには弱い…。ということで、原点回帰! 人生ガ二度アレバ銃で子どもにもどってペコポン侵略をしようと考えたケロロたち。でも銃の光線に巻き込まれて冬樹も小さくなっちゃった!

〈桃華 ホレたハレたの大騒動 であります〉クルルから“究極のホレ薬”を手に入れた桃華。だが、人、動物、機械、関係なくラブラブになる大騒動になってしまい…。〈ギロロ 夏美からの脱出! であります〉宇宙カビに侵食されてしまった夏美を助けるため、ギロロは夏美の体内へと向かうのだが…。