「桃華 普通にしやがれ! であります」一般の人々の「普通」がわからない桃華はケロロに協力してもらい、ペコポンの普通の家庭をシミュレーションしてもらうことに…。「ポールの休日 であります」ポールが西澤家の執事をやめた?! ケロロたちはポールを仲間に引き込むべく後をつけることにするが…。

「ケロロ 正義の味方! であります」成り行きなどでスーパーヒーロー「ケロリンマン」になったケロロは、すっかり正義の味方が忙しくなってしまい…。「ケロロ あっという間の侵略! であります」1秒を1週間の長さで利用できるようになる「天の道を往き総てを司る銃」を使い、ケロロは侵略を実行するが…。

「ちびケロ あの夏の花火 であります」秋奈が入院中で一緒に花火大会に行けないことを残念がっている冬樹。ケロロは子供時代にあった花火大会の日について昔話を聞かせる…。「ケロロ 水着美女コンテスト! であります」土井中海岸にやってきたケロロたちは、夜に水着美女コンテストがあることを知り…。

「ケロロ バージョンアップモデル であります」薄い存在感に気づいたケロロは、小隊全員を「リアルカラー」にすることに…。「ケロロ お化粧するは我にあり であります」新しくリップクリームを買った夏美の様子を見てケロロは「女性はメイクによってメンタリティが変化する」ことに注目した作戦を考えて…。

「夏美 押すな! であります」ダメと言われると逆のことをしたくなる心理から閃いたケロロは、夏美に『押すな』と書かれたボタンをけしかけて…。「ケロロ 侵略者度チェック であります」ケロボールの新しいアプリケーション「アナタの侵略者度チェック」。夏美と冬樹は、そのアプリを開始してしまい…。

「ケロロ 宇宙お留守番長降臨 であります」日向家の3人が出掛けることになった。小隊を追い払い、ケロロは留守番を満喫するが…。「夏美 戦場カメラマン大訓練! であります」ケロロからムービー機能もあるというケロボールを借りた夏美。操作を誤ってケロボールの戦場カメラマン訓練をすることになり…。

「ギロロ 脱出不可能?! であります」小型宇宙艇のテスト航行中、トラブルに見舞われて宇宙で孤立することとなったギロロ。帰還するために対処法を考えようとするのだが…。「ケロロ 救出不可能?! であります」宇宙に取り残されたギロロ。ギロロの乗る小型艇が漂っていた宇宙には実はある秘密があった!?

「ケロロ 古きに学べ であります」旧作のプラモデルから古いものの良さに気づいたケロロ。装備や家具などを旧式に変更して古きに学べ作戦を展開するが…。「夏美 優しさは罪 であります」ケロロの失敗にも怒らず、いつもと違って優しい夏美。そんな異常に恐怖するケロロは小隊のみんなに助けを求めたが…。

「夏美 憧れの侵略者! であります」夏美に侵略作戦を阻まれるケロロたち。そんな中、ティーンで爽やか、サブローっぽいアイドル侵略者がやってきて…!「プルル 六月の花嫁!? であります」婚活の調査のため、御見合いパーティにやってきたプルル。そんなプルルにアピールしまくっている男性の正体は…。

「モア 天才ハッカー? であります」モアがノートパソコンからケロロたちの基地ネットワークに侵入? そうとは知らないケロロたちはネット戦を始めて…。「クルル 小さな古時計 であります」ケロロの元にあて先不明で届けられた古ぼけた時計。その詳細を調べても手がかりは無く、途方に暮れるケロロだが…。

「ドロロ 仮面の男 であります」ドロロの口を一度も見たことがないことに気づいたケロロはなんとかドロロの口を見てみようとするが…。「モア 黒い来訪者 であります」空から巨大な水晶髑髏が落ちてきたと思ったら、それに乗っていたのはモアの幼なじみ。来訪理由は「モアとの約束を果たすため」だというが…。

「ケロロ ヴァイパーを探せ! であります」変装が得意なヴァイパーを追いかけるケロロが、行き着いた先は日向家だった。みんなの中に変装したヴァイパーが…?「ギロロ 天袋の中の戦士 であります」ギロロは「超空間ゲート」によって空間移動してしまった。その移動した先は、夏美の部屋の天袋の中だった…!

「桃華 私は軍曹? であります」『ガシャポン型装置』によって心と体がケロロと入れ替わってしまった桃華。元に戻ろうと焦る桃華だったが…。「ケロロ 宇宙からの侵略者作戦 であります」日向家の人々に「宇宙からの侵略者」として見られていないケロロたちは侵略者として認識してもらうために話し合うが…。

「ケロロ 楽しい園芸 であります」ケロロが勝手に庭に植えた種からグロテスクな実が実っていた。その種の実を食べたケロロに異変が…。「冬樹 いつかの影ふみ であります」思い出の公園を探しにケロロと冬樹は出掛けた。冬樹の小さい頃の話をしているうちに影踏みという遊びに興味を惹かれたケロロは…。

「ケロロ 裸の侵略者 であります」急に正義に目覚めていた556。その頃ケロロたちは「ワタシバカヨネオバカサンヨネ銃」を使って新たな作戦を考えていた…。「夏美&サブロー 昼休みの空 であります」吉祥学園の掲示板に張り出されていた「侵略部」部員募集を見て夏美は部室に行ってみることにするが…。

「ケロロ 侵略達成翌日 であります」侵略が進んでいないケロロの前に、ケロロの母がやってきた。わざわざ母がきた「大変なこと」とは…?「秋 侵略者になる であります」冬樹たちは母の日に秋の願いを叶えてあげることに。その願いごととは「1日侵略者」だった。ケロロに代わって1日隊長をする秋だが…。

「ドロロ 侵略こそ我が使命! であります」侵略当番を憂鬱に思っているドロロの前に、アサシントップだった頃のゼロロ (ドロロ) が現れて…。「小雪のヒ･ミ･ツ…。 であります」あやしげなビルに入る小雪を目撃した夏美。心配する夏美に恩を売るために小雪の秘密を突き止めることにしたケロロたちだが…。

「クルル 侵略ははじまっている であります」侵略当番が回ってきたクルルの作戦に不安なケロロたちは、なんとか作戦を阻止しようとするが…。「ケロロ ケロいい話! であります」まだケロボールを返してもらっていないケロロ。ケロボールを返す気になるよう『ケロいい話』を冬樹に聞かせるケロロたちだが…。

「タママ お菓子の王国 であります」お菓子大好きなタママが今回は侵略当番。タママが実行するとっておきの侵略プランはなんだかあま～い? 作戦だった…。「桃華 お世話になります であります」西澤グループ破産?! 衝撃のニュースに動揺を隠せない桃華。冬樹の好意で日向家にお世話になることになるが…。

「ギロロ ペコポン侵略開始! であります」ペコポン侵略を当番制にすることを提案するケロロ。武力侵略を考えていたギロロはその提案に乗るが…。「ギロロ&夏美 携帯メール作戦 であります」メールの返事ばかり気にしている夏美を見て、メールを使った実験を開始するケロロ。夏美を実験台にしようとして…。

「ケロロ 第三惑星の悪夢 であります」毎晩同じ夢を見るケロロ。その夢に侵略のヒントが隠されているのではと考えたケロロたちは原因究明をするのだが…。「夜の ケロロ軍曹 であります」深夜、日向家秘密基地に集まったケロロたちはアダルトで暗くて危険な雰囲気になるという「夜の侵略作戦」を決行する…。

【シーズン6 最終話】冬樹は学校で、20年後に開けるタイムカプセルを埋めることに。しかしタイムカプセルの中にはケロロの「超シークレットなアイテム」が紛れ込んでしまっていた!? ケロロたちはタイムカプセルを掘り返しに行くのだが…。

〈しゅごケロ どっどきパーティー! であります〉無駄な買い物をするケロロに守護精霊たちが、買い物についてのアドバイスをし始めるが…。〈ドロロ ドロ朗が来る! であります〉守護精霊の騒動に呼ばれなかったドロロ。謎の声に惑わされたドロロはケロロ小隊に対する恨みを晴らすべく復讐を始めて…。

新作プラモデルを手に入れようと出かけたケロロはノビビに出会う。ケロロたちはペコポン到着の際にはぐれてしまったというキコを探し出そうと、キコの故郷へと向かい…。

風に飛ばされたケロロの帽子を拾った近所に住む女の子、香苗。帽子をなかなか返してくれない香苗を、ケロロは必死に説得するのだが…。

ケロロたちの乗る宇宙船が敵の攻撃により故障してしまった。ワープ空間に取り残されたケロロたちは、過去のペコポンに繋がるワームホールを発見するのだが…。

〈ケロロ 我輩は監督ぢゃよ! であります〉ケロロ小隊を主人公に映画を撮るというチババ。彼の台本に納得いかないケロロは自分で監督すると言い出すが…。〈ケロロ&冬樹 大都会の小さな冒険 であります〉幻の傑作『宇宙ハンマー逆立ち娘』をどうしても見たいと、ケロロは冬樹と都心に向かうのだが…。

〈タママ 西澤家追放? であります〉桃華のバレンタイン用のチョコレートを食べてしまったタママは、普通の居候のポジションになってしまうが…。〈桃華 愛と悲しみのチョコレートケーキ であります〉バレンタイン当日。冬樹にケーキを渡そうとした桃華はプルルが冬樹にチョコを渡す現場を見てしまい…。

日向家に泥棒が入った?! ケロロたちは犯人がケロン人らしいと突き止めるのだが…。日向家に侵入したのは何者なのか?

〈ギロロ Gを倒せ! であります〉ギロロが指揮をとる対Gのスペシャルチーム「Gフォース」。Gの進入を許すまいと、日向家に防御陣を張るGフォースだが…。〈ギロロ Gの逆襲 であります〉2匹のGが出現。その出現にケロロ率いる「Gグラスパー」が動き出す。それは変身させられたギロロと夏美で…。