＜ケロロ 雪合戦サバイバル であります＞侵略作戦で都市に雪を積もらせたケロロ小隊。あまりの寒さにヘコたれたケロロは、雪上訓練を始めようとする。／＜クルル クックックのクッ であります＞ケロロ小隊不人気ナンバーワンのクルルは、ケロロ小隊に代わって様々な陰湿な嫌がらせを始めるが…。

＜ケロロ 父キタル父カエル であります＞ケロロにハガキが届いた。そこには、ケロロの父親が出張ついでにケロロの様子を見に来るとあったが、それを見たケロロは…。／＜ケロロ 温泉GO! GO! GO! であります＞地下にある秘密基地に天然温泉をひくため集められたケロロ小隊の面々は…。

来週の運動会にヘコむ運動音痴の冬樹とは対照的に、夏美は秋との2人3脚に出場するのを楽しみにしていた。しかし、仕事の都合で秋は運動会に出られなくなりそうになる。落ち込む夏美を見ていたケロロは、何とかして秋を連れてこようとするが…。

オカルト研究会の野外活動 (廃墟の病院探索) のため、父である西澤梅雄との約束をすっぽかした桃華は、父の精鋭部隊に狙われてしまう。ポールとタママにより、間一髪で精鋭部隊から逃れた桃華は、ケロロ小隊に護衛をしてもらう事になったが…。

＜ケロロ 正義と貧乏の宇宙探偵 であります＞スーパーで買い物をしていた夏美。そこで宇宙探偵556と名乗る不思議な宇宙人に出会い…。／＜556 特撮就職最前線! であります＞地球で暮らすことになった556は仕事を探すが、中々見つからず悪戦苦闘する。それを知ったケロロたちは…。

ケロボールに『カンタン修復機能』があるのを夢で思い出したケロロ。壊れてしまったガンプラを修復しようと、冬樹の部屋にあるケロボールをこっそり使用するが、ケロボールは実は以前から故障しており…。

マンネリ気味の地球侵略作戦にケロロ以外のメンバーが不満を募らせている矢先、ケロン軍本部から届いた1通の通達により、タママ二等兵が隊長になることになった!? 果たしてその指揮官ぶりはいかに…。

＜ケロロ 侵略も省エネでね であります＞夏の暑い最中、町全体が停電となった。暑さで苦しむ夏美の前に小雪が現れて…。／＜ケロロ 田舎にむけて突撃せよ! であります＞秋の実家に帰省する夏美たちにこっそり付いて来たケロロたち。夏美は、おとなしくしているようケロロたちに命令するが…。

＜冬樹 ミーツ･ア･ガ～ル であります＞地球表面の殆どが海に覆われていることを知ったケロロ。『まずは海を侵略しちゃおう作戦』を実行するが…。／＜冬樹 ノントルマの使者 であります＞海を調べる冬樹とともに潜水艦で海に乗り込んだケロロたちは、海中で暮らす生命体に出会う。

＜ケロロ VS 夏美 おまつり頂上決戦! であります＞新たな地球侵略作戦を縁日の屋台で展開するケロロたちを見つけた夏美だが、その非道な商売ぶりに怒り…。／＜ケロロ あなたのお耳に侵略ラジオ であります＞623のラジオの力を目の辺りにしたケロロは、ラジオを地球侵略計画に使おうとする。

ケロロたちは海に行きたがるが、子供と宇宙人だけでは行かせられないと秋に止められる。その時クルルが現れ、発明品を使って夏美を大人にする。一行は早速海に出かけるが…。

＜ケロロ VS 夏美 水中大決戦! であります＞スクール水着を発見したケロロ。その性能を調査するため、ケロロたちは夏美の学校のプールに潜入する。／＜冬樹 ようこそホラーワールドへ であります＞TVの怪談を見たケロロたち。地球人と宇宙人の怪談話を対決させるべく、怪談大会を始めて…。

＜モア 裏モア 降臨!? であります＞繁華街の路地裏で、女子高生がケンカをしていた。ドロロやサブローが見かけたその女子高生は…。／＜モア モアモア大パニック であります＞モアにそっくりな女子高生の麻美は、モアが選んだ地球人時のモデルだった。しかし、麻美は以前と変わっていて…。

＜桃華 裏桃華 降臨 であります＞タママは弱気な桃華の根性を鍛えようとする。しかし、特訓中に桃華は裏桃華と分裂してしまう。／＜裏桃華 裏切りの裏側 であります＞分裂してしまった裏桃華と桃華を元に戻すため、ドロロの提案で心と体を同調させるべく、地下秘密基地でシンクロを始めて…。

ケロロはドロロが気に入る地球侵略作戦を色々考えて、ドロロに伝えに行く。しかし、ドロロは逆に地球の平和を考えていたのだった…。

＜ドロロ 忘れられた戦士 であります＞地球に潜伏中の宇宙人たちが次々と襲われるという事件が発生。その犯人はケロロ小隊のドロロ兵長であった!!／＜ドロロ&小雪 友情は美しき哉 であります＞一旦は姿を現すも絶縁を宣言するドロロ兵長。しかしケロン人の天敵とも言うべきバイパーに捕まってしまい…。

＜すもも アイドルは宇宙をこえて であります＞朝、冬樹はベットで眠る宇宙人に驚く。その子は宇宙で人気のアイドルスターだった。／＜ギロロ 戦場のちいさな天使 であります＞基地に現れたギロロは、いつも身に付けているベルトを無くしたことに気付く。懸命にベルトを探すギロロだが…。

宇宙の星々を旅して回る人情感動番組で大人気の2人組タレントが、番組収録で日向家に突如現れる。ケロロ小隊の面々はスタッフにおもてなしを始め、収録が進むうちに強引に温泉で混浴を収録することに。秋も帰宅し、基地にある地下温泉で収録が始まるが…。

居間でお菓子を食べていたケロロの歯が、突然痛み出す。もちろん虫歯が痛んでいるのだが、その虫歯は実はケロン人の歯に寄生した宇宙人であった! それらを排除するため、ケロロの口の中に入り戦いを始めるが、その戦いの行方は…。

＜夏美 恋の行く手に来るクルル であります＞今までの失敗から、作戦計画の要であるクルル曹長を思い出したケロロたちは、クルルを探し始める。／＜日向秋 ダイナマイトな女 であります＞クルルの発明した『人生二度あればガン』で子供に戻ってしまった秋。青春を満喫しようとする秋は…。

＜ケロロ 侵略作戦絶好調! であります＞本来の目的『地球侵略作戦』を思い出したケロロ。作戦を実行に移すため、秘密基地作りを始める。／＜ケロロ 間違いだらけの基地作り であります＞地下秘密基地で、ケロロたちは侵入者撃退の作戦を考える。次々と倒されてゆく隊員たちだが…。

＜モア はじめての地球破壊 であります＞ある予言書の一遍『1999年の7の月。天から恐怖の大王が降ってくる』ある日、日向家の裏庭に女子高生が降ってきて…。／＜タママ VS モア 結果はタママの負けであります＞日向家でケロロとくつろぐアンゴル･モア。それを見ていたタママは…。

＜桃華 ラブラブ南海大作戦 であります＞桃華は南の海へ冬樹を誘うが、日向家の面々もついて来てしまう。冬樹の気を引くため、色々な作戦を実行する桃華だが…。／＜桃華 ひゅ～どろ南海大作戦 であります＞南の海で楽しむ日向家とケロロたち。夕暮れ時バーベキューを始めたケロロたちは…。

家事手伝いに精を出し、ママから『おこづかい』の支給を受けたケロロ。早速ケロロは大好きなガンプラを買いにおもちゃ屋へ向かうが、ガンプラは買えなかった。冬樹と再度おもちゃ屋に行ったケロロは、おもちゃ屋は今月で閉店するという話を聞いて…。

＜ギロロ 宇宙で最も危険な男 であります＞突然爆発した日向家のテレビからケロロの部下･ギロロ伍長が登場、地球侵略を開始するが…。／＜ケロロ 雨時々危険な男 であります＞ギロロは地球の生活に馴染んだケロロを元に戻すため、加湿器で部屋の湿度をケロン星と同じにするが…。

＜ケロロ 危険臨界点突破 であります＞ストレスが溜まり過ぎたケロロは、臨界点突破状態? 冬樹とタママはケロロを救うべく様々なアイデアを出すが…。／＜ケロロ 極秘任務開始 であります＞最近のケロロの行動に疑問を感じる夏美は、『地球安全保障会議』と称してケロロの1日を観察する。

＜桃華&タママ 出撃! であります＞人は誰でも秘密を抱えている。西澤桃華も秘密を抱える少女であった。冬樹が見たその秘密とは?／＜桃華&タママ 日向家上陸 であります＞日向家にて『宇宙人特別対策作戦会議』を開くことになった。桃華とタママは招待されるが、作戦会議はすんなり進まず…。

＜我が輩がケロロ軍曹 であります＞日向家に正式配属 (居候) することになったケロロに、秋から専用部屋が与えられる。喜ぶケロロだが…。／＜ケロロ 大地に立つ であります＞ケロン星から地球侵略に来たケロロ。潜入した日向家で冬樹、夏美に見つかり地球侵略は早くも失敗! ケロロの運命は!?