〈ケロロ 自販機で侵略せよ であります〉ケロロはそこら中にある自販機に目をつけ、色々なジュースを自販機で売り始めるのだが…。／〈タママ 覚醒! 新必殺技 であります〉タママはポールに戦いを挑むが、必殺技をあっさりかわされ、負けてしまう。そこで、タママは新しい必殺技を開発するが…。

〈ドロロ 逆襲するは我にあり であります〉バイパーの兄は弟の復讐をするため、様々なワナでケロロ小隊を捕らえていく。残されたドロロは…。／〈巨大カエル対南海の大怪獣 であります〉バイパーとの戦いで巨大化したケロロは、元に戻るまで西澤家の別荘のある島にいることになり…。

〈夏美&小雪 テニスのプリンセス であります〉小雪から決闘を言い渡された夏美。テニスで決着をつけることになり、夏美はケロロの特訓を受けるが…。／〈ケロロ 侵略日和のさつき晴れ であります〉日向家にツバメが巣を作った。みんなに大事にされるツバメに嫉妬したケロロは…。

〈ギロロ よみがえったソルジャー であります〉地球侵略を始めたギロロは、すぐに育つ植物を使って日本中をジャングルにしようとして…。／〈冬樹 およげこいのぼり! であります〉おばあちゃんから冬樹にこいのぼりと鎧飾りが届く。ケロロは早速飾ろうとするが、冬樹は年齢を理由に嫌がり…。

〈冬樹 名探偵は僕? であります〉冬樹は探し物が得意だと聞いたケロロは、探偵になり一儲けしようと、宇宙探偵の556を助手にするため部屋を訪ねる。ところが556は密室で倒れていた!／〈ドロロ 復活の戦士 であります〉秋の実家の田植えを手伝いに来たケロロたちは、鬼の噂を聞き…。

〈ケロロ お宝侵略大作戦 であります〉TVで巨石建築物を見たケロロは、古代の宇宙人が地球侵略の為に作ったと思い、調査に出かける。／〈アンゴル･モア 花見でモアモア～ であります〉地球人がお花見でストレスを発散し、驚異的な経済成長を遂げる原動力にしていると分析したケロロは…。

〈ケロロ 再び大地に立つ であります〉ケロロ小隊の面々が去り、日向家はしばしの休息が訪れていたが、再びアイツが帰ってきた!／〈タママ 黒いタママ であります〉日向家を制圧するかに見えたケロロだが、結局いつも通りこき使われるはめになる。だが、タママ二等兵が第二の作戦を進行していた。

【シーズン1 最終話】突然、上官からペコポン撤退命令を下されるケロロ小隊。猶予はたったの24時間。未だ地球侵略を成し遂げていないケロロ軍曹は、＜ペコポン侵略マニュアル＞を片手に、隊長の心得を一から学びなおすが…。

＜夏美 高熱の地球戦士 であります＞ギロロは自分の荷物を整理中に、1枚のディスクに映った過去の自分を見て、侵略作戦を思い出すのだが…。／＜ギロロ 俺がやらねば誰がやる であります＞具合の悪くなった夏美を助けようと、ギロロはあやしい宇宙商人から薬を買おうとするが…。

＜クルル 宇宙でうまくやる方法 であります＞クルルは、普段の行いとは違う事をして夏美と冬樹に褒められていた。それを見ていたケロロも早速マネをするが…。／＜桃華 W-デイ頂上作戦 であります＞冬樹からバレンタインのお返しを貰った桃華は、冬樹から告白をされるように色々シュミレーションして…。

＜ケロロ小隊 春のうららの大作戦 であります＞春の陽気でダラけた冬樹を見たケロロは、そのダラけたエネルギーを利用しようと企む。／＜冬樹 ダメダメハザード救出作戦 であります＞ダメエネルギーが漏れたおかげで町はダラけきっていた。冬樹とドロロは漏れたダメエネルギーを止めようとするが…。

＜夏美 ひなまつりを守れ! であります＞夏美と小雪にひな祭りを教えてもらったケロロは地味な祭りを盛り上げようとするが…。／＜ケロロ アフロでみゃおん であります! ＞ダンス☆マンの歌を気に入った夏美は、コンサートに行きたがる。それを聞いたケロロとクルルはチケットを売りつけて…。

日向家でなぜか怪現象が頻繁におきるようになる。夏美はケロロたちの仕業かと思うが、同じような恐怖をケロロ達も感じていて…。

＜ケロロ 愛のいきなりだんご であります＞バレンタインチョコの代わりに＜ケロロ印のいきなり団子＞を売り一儲けする作戦に出た小隊だが…。／＜夏美&桃華 V作戦発動! であります＞バレンタインに気合いが入る桃華と夏美は、冬樹とサブロー先輩にそれぞれチョコを渡そうとするが…。

＜ケロロ VS 冬樹 スポーツで激闘 であります＞クルルの調査でケロン人と地球人の運動能力の比較データを取ることになる。夏美が名乗りを上げるが…。／＜クルル VS 秋 侵略ロボで爆闘 であります＞ケロロと冬樹が対決する一方で、クルルは秋に開発した侵略ロボの試運転を依頼していて…。

＜ギロロ 泣けない赤鬼 であります＞ペコポンの童話に感動したケロロは、夏美にとりいる作戦＜青鬼さん作戦!＞を開始するがそんなにうまくいくはずもなく…。／＜ギロロ 飛び出せ節分! であります＞節分を夏美から教わったケロロは夏美を鬼に変身させ、日頃の恨みを晴らそうと企むが…。

＜ケロロ 赤き血のケロロ小隊 であります＞テレビでサッカーを見ていたケロロは、熱狂のあまり小隊を集めて世界を目指そうと練習を始めるが…。／＜タママ 友情の嫉妬シュート! であります＞タママはある日、公園で一人でサッカーの練習をしていた少年に会い、サッカーを教えるのだが…。

＜ケロロ すごろく攻略戦 であります＞夏美と口論になったケロロは、決着をクルルが作った双六でつけることにするが…。／＜ドロロ もーれつに熱血せよ であります＞ドロロは556の存在感の強さを見て感心する。早速556のその存在感の秘密をドロロは教えてもらうのだが…。

＜モア ていうか 謹賀新年? であります＞ケロロ特製のお雑煮を薦められるが誰も食べようとしない小隊の面々。それを見たモアは無理矢理食べ始めるが…。／＜ケロロ おせちもいいけど宿題もね であります＞本部からの宿題を何もしていないケロロ。慌てて取り組むケロロだったが…。

＜ケロロ クリスマス大作戦 であります＞ケロロはクリスマスに浮かれる地球人の隙をついて侵略する作戦を立てた。しかし小隊の面々は次々と作戦から抜けていき…。／＜ケロロ 仕事納めの大掃除 であります＞年末の大掃除に張り切るケロロ。しかし、日向家の面々は間違った掃除を始めて…。

＜ギロロ 愛の機動歩兵 であります＞宇宙TVからギロロをビックリカメラで騙そうと依頼を受けたケロロたちは、いろいろなドッキリを仕掛けるが…。／＜ギロロ めぐりあい…も であります＞クルルの発明した変身チョーカーが外れない夏美は、それを付けたまま学校に登校するが…。

＜ドロロ きたれ忍者教室へ であります＞ケロロ小隊はドロロを使って忍者教室を開くが、全く人は集まらない。仕方がないのでまずはケロロたちが訓練を受けるが…。／＜ケロロ の恐竜 であります＞地下からの騒音が気になる夏美と冬樹は、様子を見にケロロ小隊の基地を覗きに行くが…。

＜ケロロ 死闘! 軍曹 VS 冬将軍 であります＞ボーナスを貰ったケロロ軍曹はガンプラを買うため冬樹とプラモ屋に行こうとするが…。／＜冬樹 そ～なんですよ西澤さん であります＞桃華はケロロ小隊の雪中訓練を手伝う名目で冬樹たちを西澤家専用スキー場に誘う。彼女の目的とは…。

夏美の誕生日が近づいている事を知ったケロロ軍曹は小隊の面々と夏美の誕生日パーティーをする事に。夏美をビックリさせるため内緒で準備を始めるケロロ小隊の面々であったが冬樹は何故か乗り気ではなかった。その訳とは…。

＜桃華 VS 小雪 温泉争奪バトル であります＞商店街の福引で温泉チケットを当てた冬樹。それは桃華が仕組んだことで…。／＜ケロロ&冬樹 まったり行こっ であります＞冬樹はふと気に留まった遊歩道を通る最中に偶然ケロロに出会う。二人は遊歩道を通って散歩をすることになり…。

ケロロの好きなマンガがアニメ化されたのをきっかけに、アニメを利用した地球侵略を考えたケロロ小隊の面々。早速自分たちが主人公のアニメを制作しようとするがうまくいかず、アニメの制作会社の作業を見に出かけるのだが…。

＜ケロロ 動物隊員大集合 であります＞動物を兵士に変える光線銃で動物をケロロ小隊にスカウトしようとするケロロだが…。／＜ギロロ ネコは言いたい であります＞手作りのお守りを夏美に渡そうとするギロロだが、うまくいかない。以前ギロロに助けられたネコはそれを見て…。

宇宙インターネットの個人オークションで小型ソーサを手に入れたケロロ。大喜びしたケロロは、夏美が止めるもの聞かず、早速外に出て乗り回しに行く。しかし、途中でソーサが壊れ、ケロロは迷子になってしまう。果たしてケロロは無事日向家に帰れるのか…。

＜タママ ケロン星から来た少年 であります＞西澤家の庭園に未確認飛行物体が落下した。中にいたのは、タママの後輩･タルルで…。／＜桃華 めざせナイスバディ であります＞西澤家のコンピューターは、桃華がオトナになれば冬樹と親密になると分析した。それを知った桃華は…。

＜夏美&小雪 舞台にかける青春 であります＞夏美は学校で突然、小雪とお芝居をする事になる。苦手な芝居に戸惑う夏美は…。／＜ケロロ スクープはNG! であります＞すっかり地球の生活に馴染んでいたケロロ。しかし、冬樹の通う学校の新聞部に正体をスクープされそうになって…。