シーズン10もついにクライマックス！ 神戸尊が特命係を卒業する最終回は絶対に見逃せない！ バイオテクノロジー研究所の主席研究員・嘉神郁子（真野響子）が、文科省に呼び出され、娘の茜（浅見れいな）を使いクローン人間を作っていることを認めた。 何者かが告発文を文科省に送り付けたらしいが、クローン人間が誕生するというのは本当なのだろうか？

最終回 「罪と罰」／シーズン10もついにクライマックス！神戸尊が特命係を卒業する最終回は絶対に見逃せない！バイオテクノロジー研究所の主席研究員・嘉神郁子（真野響子）が、文科省に呼び出され、娘の茜（浅見れいな）を使いクローン人間を作っていることを認めた。何者かが告発文を文科省に送り付けたらしいが、クローン人間が誕生するというのは本当なのだろうか？

民間警備会社の土方（合田雅吏）が銃弾を受けて死亡した。 土方は、ある研究をしている学者・泊（今井朋彦）を警護している最中だった。 尊（及川光博）と警察学校で同期だった土方は、閣僚警護の経験もあったが「SPという仕事に恐怖を感じるようになり警察を辞めた」と言われていた。その土方が民間の警備会社に入り、再び警護の仕事についていたことに、尊は違和感を感じる。 米沢（六角精児）によると、銃撃は2発。防犯カメラの映像には土方が1発目の狙撃の後、逃げ出すように走り出す姿が残されており、2発目が命中した。一緒に居た泊も、土方が逃げ出したと証言しているという。

第18話 「守るべきもの」／民間警備会社の土方（合田雅吏）が銃弾を受けて死亡した。土方は、ある研究をしている学者・泊（今井朋彦）を警護している最中だった。尊（及川光博）と警察学校で同期だった土方は、閣僚警護の経験もあったが「SPという仕事に恐怖を感じるようになり警察を辞めた」と言われていた。

あの陣川警部補（原田龍二）が、特命係の右京（水谷豊）と尊（及川光博）のもとへとやってきたかと思えば、なんと「父親になります」と言い出した。相手はすでに妊娠中で、今回も美人の由香利（松本莉緒）。美人にめっぽう弱い陣川はそんな彼女からある相談を受けていた。 由香利は数ヶ月に亘ってテレビのドキュメンタリー番組の密着取材を受けており、その番組の担当ディレクター麻紀が自殺した。が、由香利には麻紀が自殺するとは思えないという。

第17話 「陣川、父親になる」／あの陣川警部補（原田龍二）が、特命係の右京（水谷豊）と尊（及川光博）のもとへとやってきたかと思えば、なんと「父親になります」と言い出した。相手はすでに妊娠中で、今回も美人の由香利（松本莉緒）。美人にめっぽう弱い陣川はそんな彼女からある相談を受けていた。

右京（水谷豊）と尊（及川光博）は大河内監察官（神保悟志）から、所轄の元警察官・国原（石垣佑磨）が起こした傷害致死事件を調べて欲しいと依頼される。立ち飲み屋で相席となったフリーライター・島内（日向丈）と口論になり店を出た後もみ合いの喧嘩に発展。島内は国原に突き飛ばされ階段から転落して死亡したという事件だった。 同じ警察署の警察官だった国原をかつての同僚が取り調べるとなれば、捜査に手心が加えられる可能性がある。大河内は特命係に内々に調査を依頼。

第16話 「宣誓」／右京（水谷豊）と尊（及川光博）は大河内監察官（神保悟志）から、所轄の元警察官・国原（石垣佑磨）が起こした傷害致死事件を調べて欲しいと依頼される。立ち飲み屋で相席となったフリーライター・島内（日向丈）と口論になり店を出た後もみ合いの喧嘩に発展。島内は国原に突き飛ばされ階段から転落して死亡したという事件だった。

千束署の刑事・相原（萩原聖人）が突然米沢（六角精児）を訪ねてきた。 相原は、かつて米沢と組んで、警察の天下り先でもある青少年防犯協会の横領事件を解決した熱血刑事。（映画「鑑識・米沢守の事件簿」2009年公開 より） 千束署管内で起こった連続通り魔事件で採取された繊維片を警視庁本部で詳しく分析してほしいというのだが、所轄の鑑識で調べたのなら結果は同じだといって断る米沢。 懇願する相原から米沢が逃げようとしていたところ、以前米沢から噂にきいていた敬愛する刑事・右京（水谷豊）と遭遇。 “頼まれたらなんでもやってくれるんですよね？”と右京に詰め寄る。

第15話 「アンテナ」／千束署の刑事・相原（萩原聖人）が突然米沢（六角精児）を訪ねてきた。相原は、かつて米沢と組んで、警察の天下り先でもある青少年防犯協会の横領事件を解決した熱血刑事。（映画「鑑識・米沢守の事件簿」2009年公開 より）

右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、内村刑事部長（片桐竜次）の命令で、人探しを手伝うことに。 内村の行きつけの居酒屋が店主・高村の急死で店を畳むことになり、娘の清美が常連たちの残していったボトルをひとつひとつ返していた。 しかし1本だけ連絡先がわからず困っているといい右京たちに個人的な雑用を命じたのだ。 さっそく捜査とも言えない捜査に乗り出す右京たち。 高村の携帯には、「奥村光良」に10回も発信した記録が残されていた。

第14話 「悪友」／右京（水谷豊）と尊（及川光博）は、内村刑事部長（片桐竜次）の命令で、人探しを手伝うことに。内村の行きつけの居酒屋が店主・高村の急死で店を畳むことになり、娘の清美が常連たちの残していったボトルをひとつひとつ返していた。しかし1本だけ連絡先がわからず困っているといい右京たちに個人的な雑用を命じたのだ。

鑑識に残された些細なことから“事件”を見つけ出してしまった右京（水谷豊）。さすがにむっとする米沢（六角精児）。 見つけ出した“事件”とは、産廃工場の社長・真壁（原田文明）の自殺に関してだ。尊（及川光博）とともに捜査を開始すると、真壁の部屋から産廃工場に反対していた彩乃（梶芽衣子）が染めたものと思われる風呂敷を発見する。彩乃は風呂敷を自らが染めたものと認めるが、なぜか真壁は生前彩乃の工房にある物置小屋の写真を撮影していた。なぜ物置小屋の写真なんかを撮る必要があるのか？

第13話 「藍よりも青し」／鑑識に残された些細なことから“事件”を見つけ出してしまった右京（水谷豊）。さすがにむっとする米沢（六角精児）。見つけ出した“事件”とは、産廃工場の社長・真壁（原田文明）の自殺に関してだ。尊（及川光博）とともに捜査を開始すると、真壁の部屋から産廃工場に反対していた彩乃（梶芽衣子）が染めたものと思われる風呂敷を発見する。

“ついてない女”こと月本幸子（鈴木杏樹）が刑期を終えて出所。 右京（水谷豊）に「助けてください」という連絡が入った。出所後、清掃業者に就職。仕事ぶりが評価され外食チェーン社長・間宮（田中壮太郎）の専任家政婦に。その後、寮代わりにと立派なマンションまであてがわれる。料理が店の新商品に採用されるなどし、商品開発担当として正社員に！さらには若くてイケメンの社長・間宮からプロポーズまで…。 幸子は右京に「私がこんなについているはずがない」と訴える。

第12話 「つきすぎている女」／“ついてない女”こと月本幸子（鈴木杏樹）が刑期を終えて出所。右京（水谷豊）に「助けてください」という連絡が入った。出所後、清掃業者に就職。仕事ぶりが評価され外食チェーン社長・間宮（田中壮太郎）の専任家政婦に。その後、寮代わりにと立派なマンションまであてがわれる。

探偵社を経営している樋本（鈴木省吾）の遺体が発見された。 樋本の元妻でかなりの美人の佳美（陽月華）に容疑がかかるが、彼女のアリバイ証言したのがあの私立探偵・矢木（高橋克実）だった。 矢木は自らをマーロウ矢木と名乗る探偵で、かつて美大生殺害事件（シーズン5第10話）で右京（水谷豊）らの捜査に割り込んできた男だ。ハードボイルドに憧れ、どこかお調子者。そんなマーロウ矢木と今回タッグを組むハメになってしまったのが尊（及川光博）だった。

第11話 「名探偵再登場」／探偵社を経営している樋本（鈴木省吾）の遺体が発見された。樋本の元妻でかなりの美人の佳美（陽月華）に容疑がかかるが、彼女のアリバイ証言をしたのがあの私立探偵・矢木（高橋克実）だった。矢木は自らをマーロウ矢木と名乗る探偵で、かつて美大生殺害事件（シーズン5第10話）で右京（水谷豊）らの捜査に割り込んできた男だ。

第10話 「ピエロ」／刑事部長に命じられ、神戸尊（及川光博）が開演直前のオペラハウスに証拠品の返却に一人で向かうと、ロビーで子供たちを引き連れたピエロ（斎藤工）にぶつかる。

第9話 「あすなろの唄」／大学の微生物学研究室で、教授の高松肇（酒向芳）が遺体で発見された。高松教授は、「バクテクロリス」という細菌から重油とほぼ同じ成分を作りだす画期的な研究を進めていた。当初は病死と思われたが、遺体の臭いに疑問を抱いた右京（水谷豊）がにらんだ通り、硫化水素の吸引による窒息死であることが判明。

第8話 「フォーカス」／通り魔事件の瞬間をスクープしたカメラマンが殺害された。週刊誌に通り魔犯の顔写真が掲載されたため通り魔がカメラマンに復讐したのか？捜査一課が通り魔の行方を必死に追う中、遺留品のカメラを見ていた右京（水谷豊）は写真がいくつか消去されていることに気づき…。殺されたカメラマンが本当に撮りたかったものは何だったのか…！？

第7話 「すみれ色の研究」／女性研究員が首を吊った状態で発見された。後日、「父は疑われているのでしょうか？」と右京のいない特命係に一本の電話が入る。出たのは尊。電話の相手は女子高生。父親（柴俊夫）というのは、女性研究者の共同研究者だという。電話を受けた尊が研究室へ向かうと、なぜかそこにはすでに右京の姿があった。

第6話 「ラスト・ソング」／伝説のジャズシンガー“ミス・アンルーリー”こと安城瑠里子（研ナオコ）の復活ライブ。そのステージの休憩の合間に、ライブをサポートしていたイベント会社社長・鎌谷充子（西山知佐）が遺体で見つかった。充子はライブハウスのビルの5階から転落した事故死のように見えたが…。

第5話 「消えた女」／数年前に起きた東京ビッグシティマラソン事件で知り合った守村やよい（本仮屋ユイカ）が、右京（水谷豊）に相談があると言って突然特命係にやってきた。やよいは現在、通信社でアシスタントをしているという。相談というのは、仕事で待ち合わせをしていたホテルのラウンジで、ひょんなことから一人の女性・山原京子（森口彩乃）と知り合い…。

第4話 「ライフライン」／「帯川運送」の社長・帯川（林和義）が何者かに殺害された。会社の経営に行き詰まっていた帯川にはあちこちに借金のある多重債務者だった。伊丹（川原和久）ら捜査一課は、借金の連帯保証人になっていた妻の郁美（立原麻衣）が、夫の保険金目当てで殺害したのでは、と疑惑を抱くが…。

第3話 「晩夏」／杉下右京（水谷豊）が、ふとしたきっかけで知り合った歌人、高塔織絵（三田佳子）から相談を受ける。「文箱の二重底から毒物が入った見知らぬ青い小瓶が見つかった」という。文箱は40年以上前、織絵が結婚を約束した桐野（岩瀬亮）が持っていたもの。桐野は服毒自殺していた。毒物は桐野が自殺に使用したものなのか…。

第2話 「逃げ水」／5年前に新開拓海（和木亜央）という青年を殺害、5年の懲役刑を終えて出所したばかりの川北誠也（川野直輝）が何者かに殺害された。現場の状況から怨恨による犯行とみられ、容疑者として拓海の父・新開孝太郎（綿引勝彦）が浮上する。「犯人の刑が軽すぎる」と損害賠償を求める民事訴訟を起こしていた孝太郎。

第1話 「贖罪」／15年前に女性を殺害したとして、刑を終えて出所したばかりの城戸充（池内万作）が投身自殺した。彼の遺書には、自分は無実であるという訴えと、尊（及川光博）を「絶対に許さない」という言葉が。大河内（神保悟志）から連絡を受けた尊は、自ら事件を検証し直す覚悟を決める。15年前の被害者・綱島瑛子（長澤奈央）は尊の知人だった。