今回スペシャルドラマで描くのは、連続ドラマで描かれなかった、夏休み最後の空白の1週間。実は、その1週間の間にあんなことも！こんなことも！？秘かに起きていたのです！！そしてあの三寮長の卒業式！！果たして彼らは本当に卒業できるのか！？ほかにも、バレンタインデー・チョコ争奪戦、男だらけの水泳大会、サッカー大会と今回もイベント盛りだくさん！！さらに、原作で大人気！個性的なキャラクター・ジュリアや中津（生田斗真）の母も登場！もちろん、瑞稀（堀北真希）と佐野（小栗旬）の気になるその後の恋の行方も・・・そして桜咲学園の面々にも新たな恋の予感！！連続ドラマの勢いを超えるテンションとスピード感のある展開で、みんなで楽しめるスーパーなスペシャルをお届けします！！！

芦屋瑞稀（堀北真希）は、落とした財布を見つけられないでいた。佐野泉（小栗旬）、中津秀一（生田斗真）も見覚えがないと言うが、財布にパスポートが入っていると聞いた佐野は嫌な予感がする。中津は佐野を呼び出すと、財布を拾ったのは花屋敷ひばり（岩佐真悠子）で、難波南（水嶋ヒロ）、天王寺恵（石垣佑磨）、オスカー・M・姫島（姜暢雄）の三寮長にパスポートを見せようとしていたと報告する。三寮長がそれを見ることは阻止したが、学園に女がいることは知ってしまったと言う。佐野と中津は、この件は自分たちで解決しようと合意。早速、佐野はひばりを呼び出すと、財布を返してほしいと頼むが、ひばりは聞き入れない。 そんな折、今度は『桜咲学園祭』が開催されることが発表される。学園祭は、クラス対抗ということで、瑞稀は萱島大樹（山本裕典）、関目京悟（岡田将生）らクラスメイトと出し物の相談をし、中央千里（木村了）が提案した「メイド喫茶」をやることに。 その後、瑞稀は体育の授業に出るため、いつものように別棟の管理事務室で着替え始める。ところが、わずかに開いていたドアの隙間から、三寮長に着替えているところを見られてしまう。顔こそ見えなかったが、明らかに女がいるのを見た三人は愕然とする。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、父親・佐野岳彦（杉本哲太）のことで口論となった佐野泉（小栗旬）と関係修復ができないまま、中津秀一（生田斗真）から突然の告白を受け、思い悩む。 そんな折、桜咲学園が全国高校陸上競技大会の予選会場に選ばれ、その開会式を盛り上げるため、生徒たちはパフォーマンスをすることに。難波南（水嶋ヒロ）、関目京悟（岡田将生）、中央千里（木村了）ら生徒たちは面倒くさがるが、教頭・猿渡（宇梶剛士）から参加した寮にはハワイ旅行が贈られると聞き、全寮俄然やる気に。その様子を見ていた萱島大樹（山本裕典）は、波乱の幕開けを感じる。一方、桃郷学院のグラウンドで弟・佐野森（大東俊介）を指導する岳彦を見ていた佐野は、岳彦と対峙したいとも思うがその一歩が踏み出せず、グラウンドを後にする。 校医・梅田北斗（上川隆也）に言われ、桃郷学院まで佐野に会いに来た瑞稀だったが、佐野とは行き違ってしまう。その代わり、担架に乗せられ運ばれる岳彦の姿を目撃する。

芦屋瑞稀（堀北真希）が女だと知った中津秀一（生田斗真）は、あまりの衝撃に思考回路もショートしてしまい、取り乱しまくる。 そんな折、学園では『桜咲＆ブロッサム「エドワード・J・ハリソン杯」舞踏会』が開催されることになる。これは、桜咲学園とブロッサム学園から選ばれた男女8組のペアで踊る舞踏会で、社交性を磨く目的で開かれるのだという。生徒たちが早速、準備に取り掛かると、そこへ、練習帰りの佐野泉（小栗旬）がやってくる。いつもなら素通りするはずの佐野だが、何を思ったか準備を手伝うといい、周囲を驚かす。瑞稀は、みんなの中でやわらかい笑顔を見せる佐野をいとおしく思う。 翌朝、佐野と瑞稀は、佐野が強化合宿に参加することになった桃郷学院にやってくる。すると、その前に一台のバスが止まり、なかから佐野の弟・森（大東俊介）をはじめとした強化選手が続々と降りてくる。お互いの存在を認めた佐野と森の間に、冷ややかな緊張が走る。ところが、次の瞬間、佐野はバスから降りてきた大人の男性に目を奪われる。その男性は、佐野と森の父親である佐野岳彦（杉本哲太）だった。

芦屋瑞稀（堀北真希）らの2年C組に、臨時教員の北浜昇（稲垣吾郎）がやってくる。生徒たちはいつも通りのいたずらで迎えるが、北浜はまったく動じず、逆に何か問題を起こせば停学処分にすると宣言。その冷徹な態度に、生徒たちもペースを狂わされてしまう。 学園は定期テスト期間に入るが、生徒たちは勉強どころか、テストの後に行われる『定期テスト打ち上げライブ』のことで頭がいっぱい。出し物の練習に余念がない。その夜、瑞稀が、中津秀一（生田斗真）と部屋で勉強していると、佐野泉（小栗旬）が帰ってくる。相変わらず高跳びに打ち込む佐野に、瑞稀はテストは大丈夫かと尋ねるが、実は佐野は、瑞稀たちに勉強を教えるほど成績優秀。逆に、瑞稀と中津が勉強を教えてもらうことに。 そして翌日、テストが始まる。解答用紙に向かう生徒たちの間を、見回り歩く北浜。すると、中津の机で何かを見つける。解答用紙の下にもう一枚、紙があったのだ。どうやら、着席のときに紛れ込んだらしいのだが、北浜は、カンニングだと断定。中津は、テスト終了後に呼び出される。いくら説明しても、信じようとしない北浜に困惑した教頭の猿渡（宇梶剛士）が、テスト期間を理由に真偽の保留を提案。中津は、潔白を証明されないまま、ひとまず解放される。

一度はアメリカに帰ることを決意した芦屋瑞稀（堀北真希）だったが、佐野泉（小栗旬）、中津秀一（生田斗真）の説得で思いとどまることを決意。瑞稀は、改めてふたりの友情に感謝する。 そして、学園はいよいよ新学期を迎え、いつもの賑わいを取り戻す。そんな折、校医・梅田北斗（上川隆也）は、カメラマン・原秋葉（紺野まひる）から生徒たちを集めるように言われる。早速、集まった生徒たちを前に秋葉は、雑誌『an・an』でイケメン特集が組まれることになり、桜咲学園の生徒をモデルにした写真を自分が撮影すると説明。秋葉が選んだ4人だけが、雑誌に載ることになるといい、瑞稀、佐野、中津、難波南（水嶋ヒロ）の名前が発表される。 瑞稀は、友達たちと学園生活を送れるのが嬉しくてはしゃいでいた。中津に肩を組ませたり、腹を出して寝ていたりと、態度もついつい無防備に。瑞稀が女だと知る佐野は、そんな瑞稀が気が気ではない。少しずつ瑞稀を意識し始めていたからだ。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、佐野泉（小栗旬）のことが好きだと自覚して以来、動揺を隠せない。一方、グラウンドで瑞稀を抱きしめていた佐野を目撃した中津秀一（生田斗真）は、そのことを佐野に打ち明けるが、佐野は何食わぬ顔で中津を抱きしめて、それと同じ単なるハグだと説明。中津は、あっさり納得する。 その頃、学生寮の食堂では、『遅れてきた七夕伝説』という新たなイベントが催されることが発表される。今回は寮対抗ではなく、「彼女がいる生徒」と「彼女がいない生徒」が、競うものだという。実は、天王寺恵（石垣佑磨）に彼女がいることが気に入らない難波南（水嶋ヒロ）とオスカー・M・姫島（姜暢雄）が発案したもので、天王寺はもちろん、彼女がいる寮生たちを破局させようという企みなのだ。生徒たちは、早速、作られた「彼女いるorいないセンサー」で、彼女の有無を調べられる。息巻く難波らの横で、萱島大樹（山本裕典）は平静だが、中央千里（木村了）はノリノリで取り調べをする。 すると、そこへ関目京悟（岡田将生）が飛び込んで来て、佐野が練習中に倒れたと言う。部屋に担ぎ込まれた佐野は、校医・梅田北斗（上川隆也）の診察を受けていた。熱にうなされる佐野を、心配そうに見る瑞稀。そんな瑞稀を中津が見つめて・・・。

海の家での滞在を終えた芦屋瑞稀（堀北真希）は、中津秀一（生田斗真）ら生徒たちと寮へ戻ってくる。同じ頃、陸上部の合宿に参加していた佐野泉（小栗旬）も、すでに戻っていた。中津は、海の家から佐野に会うために合宿所へ行った瑞稀が、気落ちした様子で海の家に戻ってきたことが気になっていた。寮に戻り、瑞稀にそのことを尋ねるが、瑞稀は答えようとしない。瑞稀は、佐野を追い詰めているのは自分だと思い、佐野に会うのが怖くなっていたのだ。その頃、佐野は桜咲学園のグラウンドで高跳びの練習をしていた。まだバーを越えることはできないが、陸上部部長の関目京悟（岡田将生）が、そろそろ引き上げようと声をかけても止めようとしないほど、練習に集中している。そして、そんな佐野が跳ぶ姿を撮ろうと、カメラマンの原秋葉（紺野まひる）が狙う。すると、そこへ、佐野のライバル、桃郷学院の神楽坂真言（城田優）が現れる。いつもの調子で悪態をつく神楽坂だったが、そんななか言った「足癖が悪い」という一言に、佐野はハッとする。神楽坂は、暗に佐野のフォームが悪いことを指摘していたのだ。その言葉にヒントを得た佐野は、再び練習に熱を入れる。

夏休みになり、芦屋瑞稀（堀北真希）は、中津秀一（生田斗真）、難波南（水嶋ヒロ）、萱島大樹（山本裕典）、中央千里（木村了）と海の家にやってくる。半ば強引に連れてこられた瑞稀だったが、海に花火にと、夏をエンジョイしようと気持ちを切り替える。ところが、海の家に降り立つと、瑞稀たちの目前に仁王立ちで立ちはだかる女性が。海の家を取り仕切るこの女性は、なんと、難波の母・伊緒（森口瑤子）だという。翌日の、海の家リニューアルオープンに備えて、人手が必要な伊緒は、息子に友人たちを連れてくるように指示していたのだ。そうとは知らない瑞稀たちだったが、伊緒の勢いに押され、あれこれと仕事を手伝わされる。 その後、仕事を終えた瑞稀と中央は、伊緒に頼まれて浜辺に難波を探しに行く。プレイボーイの難波だけあって、また女性と一緒だったのだが、難波はいつもとは違う暗い表情をしていて、ふたりは声をかけられない。海の家に戻ったあと、瑞稀は思い切って難波に一緒にいた女性のことを尋ねる。彼女は田辺可南子（原田夏希）といって、難波の中学のときの家庭教師であり、元カノだとのこと。しかも、難波が唯一、本気で惚れた女性なのだと言う。そう話す難波に、中央はショックを受ける。

第一寮が水道工事のために一時的に閉鎖されることになり、第一寮の生徒たちは、第二寮、第三寮に振り分けられる。芦屋瑞稀（堀北真希）と佐野泉（小栗旬）の205号室には、なぜか第二寮の中津秀一（生田斗真）がやってくる。瑞稀のことが気になる中津は、205号室に入室が決まっていた生徒に頼み込んで、自分が入れるように工作したのだ。205号室にやってきた中津は、瑞稀と生活できることに大興奮し、不審な行動を取り始める。 夏休みが近づき、運動部では合宿の開催が話題に上る。佐野も陸上部主将の関目京悟（岡田将生）に声をかけられるが、まったく興味を示さない。 そんな折、教頭の猿渡（宇梶剛士）から、桜咲学園とブロッサム学園の選出者10名ずつによる合コンが行われると発表される。桜咲学園から選ばれるのは、ブロッサムの女子が「恋人にしたい」と思うランキングの上位10名だという。女心を掴むにはどうしたらいいのか、生徒たちはそれぞれ自己PRの方法を必死で模索する。そんな中、ついに合コンのメンバーが発表。難波南（水嶋ヒロ）、天王寺恵（石垣佑磨）、オスカー・M・姫島（姜暢雄）らに交じって、瑞稀、佐野、中津、関目も選出される。選出にもれた萱島大樹（山本裕典）、中央千里（木村了）らは、ジャッジ席から合コンの行方を見守ることに。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、アメリカにいる兄・静稀（岡田義徳）が、自分を連れ戻しに日本に来ているというメールを受け取り愕然とする。さらに、「最愛の妹へ」と書かれたそのメールを佐野泉（小栗旬）に見られてしまう。佐野は、寝起きで朦朧としていたが・・・。その頃、桜咲学園の姉妹校・聖ブロッサム学園の寮で女生徒の下着が盗まれる事件が頻発、桜咲学園の生徒たちも犯人探しをすることになる。ある生徒はウソ発見器を作り、中津秀一（生田斗真）が最初の実験台にされる。その意外な反応に難波南（水嶋ヒロ）、萱島大樹（山本裕典）らが盛り上がる中、寮の周りをうろついていた怪しい男が取り押さえられた。なんと、男は静稀だった。静稀が瑞稀の兄だと知り、関目京悟（岡田将生）や中央千里（木村了）らは驚く。慌てた瑞稀は、静稀を自室に連れ込むが、瑞稀が男に扮して桜咲学園に転校したのは、佐野への恋愛感情からだろうと問い詰められる。瑞稀は佐野が高跳びを止める原因を作ったのは自分なので、今度は佐野を復帰させる手伝いがしたいのだと説明。静稀は、瑞稀が責任を感じる必要はないと言うが、瑞稀はどうしても佐野に高跳びに復帰してもらい、笑顔を見せてほしいと譲らない。そんなふたりのやりとりを、佐野は部屋の前で聞いていた。

校医・梅田北斗（上川隆也）に女だとバレてしまった芦屋瑞稀（堀北真希）は、男子校に編入してきた理由を問い詰められ、絶体絶命のピンチに。と、そこへ、第二寮で飼っている犬の裕次郎が現れ、瑞稀は間一髪、脱出に成功する。外へ出た瑞稀は、裕次郎が佐野泉（小栗旬）の元へ駆け寄るのを見て、佐野が自分を助けるために裕次郎をよこしたのだと思い、礼を言う。ところが佐野は、瑞稀のためにそんなことをするわけがないと、相変わらず悪態をつく。 その夜、瑞稀たちは、教頭・猿渡（宇梶剛士）から、次のイベントとして「ミスター桜咲コンテスト」が開催されると聞く。それは、桜咲学園と姉妹校である女子高・聖ブロッサム学園が共催し両校の“キング”と“クイーン”、つまり一番イケている男女を選ぶというコンテストで、通称を“ミスコン”というもの。ファンクラブによる途中経過が報告されるなか、中津秀一（生田斗真）は瑞稀を呼び出し、マラソン大会のときのケガについて聞く。しかし、その態度は明らかに挙動不審で・・・。

芦屋瑞稀（堀北真希）は、アメリカの高校から桜咲学園に編入してきた高校2年生。登校初日、期待に胸膨らませ学校へと向かう瑞稀は、いきなり衝撃的な場面を目の当たりにする。寮から学園までの約30メートルの距離を女子中高生が埋め尽くし、そこを通る男子生徒たちに悲鳴混じりの声援を送っているのだ。男子生徒たちもまんざらでもない様子で手を振り返し、その姿は、まるで凱旋パレードのよう。驚く瑞稀に、そこで写真を撮っている原秋葉（紺野まひる）が声をかける。原によれば、桜咲学園は生徒を偏差値よりも顔で選ぶイケメン揃いの男子校だが、全寮制のため彼らを拝めるのは、寮から学園までのわずか30メートルの距離だけ。そのため、イケメンたちを狙った“デマチ”と呼ばれるファンが毎朝、こうやって集まってくるのだと言う。