“暁”のアジトにてマダラと対面するサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者である事を明かし、「イタチの真実」について語ろうとする。極度の疲労状態の中与えられた新たな情報に混乱するサスケ。しかし話を聞くことこそサスケの義務だと言い切るマダラは、うちは一族と千手一族の因縁について語り始めるのだった。

“暁”のアジトにてマダラと対面するサスケ。マダラは自分こそがあの夜の協力者である事を明かし、「イタチの真実」について語ろうとする。極度の疲労状態の中与えられた新たな情報に混乱するサスケ。しかし話を聞くことこそサスケの義務だと言い切るマダラは、うちは一族と千手一族の因縁について語り始めるのだった。

ナルト達はトビによる足止めに手を焼かされていた。幻術では説明の付かない不可思議な術で、すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結した事を告げるのだった。驚く木ノ葉達をあざ笑うかのように姿を消してしまうトビとゼツ。ナルト達はサスケの元に急ぐが…。

ナルト達はトビによる足止めに手を焼かされていた。幻術では説明の付かない不可思議な術で、すべての攻撃は届かず、かわされてしまう。しかしそこに突如ゼツが現れ、サスケとイタチの戦いが終結した事を告げるのだった。驚く木ノ葉達をあざ笑うかのように姿を消してしまうトビとゼツ。ナルト達はサスケの元に急ぐが・・・。

自然界の力を利用し、イタチに最後の大術「麒麟」を放つサスケ。雷による絶対不可避の攻撃を受けるイタチだが―その体は謎の術「須佐能乎」によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。しかしその時、突然サスケの体に、とある異変が訪れる。

自然界の力を利用し、イタチに最後の大術「麒麟」を放つサスケ。雷による絶対不可避の攻撃を受けるイタチだが――その体は謎の術「須佐能乎」によって守られていた。最後の切り札を破られ、唖然とするサスケ。しかしその時、突然サスケの体に、とある異変が訪れる。

力ずくで「月読」を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な瞳術「天照」でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。だが、サスケの中ではある計画が進行していた。

力ずくで「月読」を破ったサスケは、ダメージを受けたイタチに怒涛の反撃を開始する。サスケの成長とセンスに驚愕するゼツ。しかしイタチは更なる強力な瞳術「天照」でサスケを迎えうつ。チャクラの限界を超えた凄絶な勝負に憔悴してゆく兄弟。だが、サスケの中ではある計画が進行していた。

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、うちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。「永遠の瞳力」を求める為、サスケの写輪眼を奪うと宣言するイタチ。遂に兄弟の死力を尽くした、本格戦闘が開始される。

写輪眼による凄まじい幻術合戦の後、イタチは最強の瞳術である万華鏡写輪眼の秘密と、うちは一族の歴史を語り始める。それは力を求め、互いに血を流し合うさだめを負った呪われた歴史であった。「永遠の瞳力」を求める為、サスケの写輪眼を奪うと宣言するイタチ。遂に兄弟の死力を尽くした、本格戦闘が開始される。

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、二人は因縁の兄弟対決へと突入する。激しい体術の応酬の中、サスケはかねてよりの疑問をイタチにぶつける。イタチは三人目の写輪眼を持つ男について言及するが―。

うちはのアジトにてサスケを待つイタチ。その胸中には木ノ葉を出奔するに至った過去の出来事がよみがえっていた。サスケの到着とともに、二人は因縁の兄弟対決へと突入する。激しい体術の応酬の中、サスケはかねてよりの疑問をイタチにぶつける。イタチは三人目の写輪眼を持つ男について言及するが――。

イタチを追いかけるサスケは“暁”のアジトの一つに到達していた。仲間達を残し、潜入を試みるサスケの前に、遂に兄･イタチが姿を現す。しかしそれは幻術によるものだった。イタチはサスケに、うちはのアジトに来るように告げる。一方、サスケの位置を掴んだナルトだが、追尾しようとするその眼前に“暁”のトビが現れる。

イタチを追いかけるサスケは“暁”のアジトの一つに到達していた。仲間達を残し、潜入を試みるサスケの前に、遂に兄・イタチが姿を現す。しかしそれは幻術によるものだった。イタチはサスケに、うちはのアジトに来るように告げる。一方、サスケの位置を掴んだナルトだが、追尾しようとするその眼前に“暁”のトビが現れる。

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる六人のペイン。うち一人、天道と呼ばれるペインはかつての自来也の教え子･弥彦だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。結界に引きずり込み、何とか内一人を倒す事に成功する自来也の脳裏に閃く、一つの可能性とは―。

片腕を失い、劣勢に立たされる自来也の前に現れる六人のペイン。うち一人、天道と呼ばれるペインはかつての自来也の教え子・弥彦だった。深まる輪廻眼の謎に困惑する自来也だが、思案の間もなく激戦へと突入していく。結界に引きずり込み、何とか内一人を倒す事に成功する自来也の脳裏に閃く、一つの可能性とは――。

仙人モードを完成させ、三人のペインとの戦いに突入する自来也。二大仙人･フカサクとシマと共に攻撃を繰り出すも、忍術はことごとく消し去られ、体術もペイン達の謎の連携によって阻止されてしまう。何らかの方法でペイン達が視界を共有しているのではと推測するフカサクは策を練るため、自来也に一時退却を呼びかける。

仙人モードを完成させ、三人のペインとの戦いに突入する自来也。二大仙人・フカサクとシマと共に攻撃を繰り出すも、忍術はことごとく消し去られ、体術もペイン達の謎の連携によって阻止されてしまう。何らかの方法でペイン達が視界を共有しているのではと推測するフカサクは策を練るため、自来也に一時退却を呼びかける。

歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒す為、戦闘に突入する自来也。巨大蝦蟇･ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗しようとする。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、奥の手である「仙人モード」を使う事を決心する自来也。しかし不穏な術を察知したペインは次々と口寄せを繰り出し、自来也の術を妨げる。

歪んだ思想に捕らわれた弟子を倒す為、戦闘に突入する自来也。巨大蝦蟇・ガマケンを口寄せし、口寄せを使うペインに対抗しようとする。伝説の輪廻眼を持つ敵を前に、奥の手である「仙人モード」を使う事を決心する自来也。しかし不穏な術を察知したペインは次々と口寄せを繰り出し、自来也の術を妨げる。

戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍の一人をガマ五郎に託し、自分は下忍の姿を借りて偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。突如、自来也に襲い掛かる紙ふぶき。眼前に現われたのはかつての弟子の一人、小南だった。

戦闘に備え、体内からナルトの八卦封印の鍵を司る巻物蝦蟇を蔵出しする自来也。捕らえた下忍の一人をガマ五郎に託し、自分は下忍の姿を借りて偵察任務を再開する。しかしその動きはペインに察知されていた。突如、自来也に襲い掛かる紙ふぶき。眼前に現われたのはかつての弟子の一人、小南だった。

雨隠れへの潜入を果たす自来也。里人達は前の里長･山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。違和感を覚え、半蔵の所在とペインの情報を求める自来也は、下忍二人を拘束し、尋問する。しかし自来也の動向は、既に雨隠れの新里長である“暁”の首領･ペインに察知されていた。

雨隠れへの潜入を果たす自来也。里人達は前の里長・山椒魚の半蔵の影が一切払拭された街でペインを長とあがめていた。違和感を覚え、半蔵の所在とペインの情報を求める自来也は、下忍二人を拘束し、尋問する。しかし自来也の動向は、既に雨隠れの新里長である“暁”の首領・ペインに察知されていた。

第三次忍界大戦勃発の為、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸と共に雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により、「木ノ葉の三忍」の名を与えられた自来也達が帰途に着こうとしたとき、その目前に腹をすかせた三人の子供たち長門、弥彦、小南が現れる。

第三次忍界大戦勃発の為、弟子探しの旅を中断し、木ノ葉の忍として綱手、大蛇丸と共に雨隠れでの戦闘に参戦する自来也。渡り合った雨忍山椒魚の半蔵により、「木ノ葉の三忍」の名を与えられた自来也達が帰途に着こうとしたとき、その目前に腹をすかせた三忍の子供たち長門、弥彦、小南が現れる。

時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、時空間忍術修業にのめりこむうちに妙木山に迷い込んでしまう。幼少ガマブン太と共に大蝦蟇仙人に謁見した自来也は、自分があらかじめ来訪を予言された存在である事を知り、大蝦蟇仙人の予言を待ちながらフカサクを師に、仙人修業にはげむ事になるが―。

時は二代目火影の統治時代。下忍になったばかりの少年自来也は、時空間忍術修業にのめりこむうちに妙木山に迷い込んでしまう。幼少ガマブン太と共に大蝦蟇仙人に謁見した自来也は、自分があらかじめ来訪を予言された存在である事を知り、大蝦蟇仙人の予言を待ちながらフカサクを師に、仙人修業にはげむ事になるが――。

木ノ葉の追っ手の存在を察知した香麟の報告により、サスケ達は急ぎ宿を後にしていた。木ノ葉をかく乱する香麟の策に翻弄されるも、多重影分身の術を使って、手当たり次第にサスケを探そうとするナルトの前に、うちはイタチが現れる。一方その頃、遠く離れた木ノ葉の里では、自来也が“暁”のリーダーの所在を掴んでいた。

木ノ葉の追っ手の存在を察知した香麟の報告により、サスケ達は急ぎ宿を後にしていた。木ノ葉をかく乱する香麟の策に翻弄されるも、多重影分身の術を使って、手当たり次第にサスケを探そうとするナルトの前に、うちはイタチが現れる。一方その頃、遠く離れた木ノ葉の里では、自来也が“暁”のリーダーの所在を掴んでいた。

デイダラの自爆に巻き込まれ、消息を絶つサスケ。サスケの異変に気づいた重吾、香麟、水月は急ぎサスケのもとに向かう。そこで「蛇」の面々が目にしたものとは―。一方、探索を続けるナルト達も巨大な爆発に気付いていた。駆けつけた爆心地にサスケのニオイを嗅ぎ取るキバは、その行方を追跡しようとするが…。

デイダラの自爆に巻き込まれ、消息を絶つサスケ。サスケの異変に気づいた重吾、香麟、水月は急ぎサスケのもとに向かう。そこで「蛇」の面々が目にしたものとは――。一方、探索を続けるナルト達も巨大な爆発に気付いていた。駆けつけた爆心地にサスケのニオイを嗅ぎ取るキバは、その行方を追跡しようとするが・・・・・・。

イタチへの敗北感から、写輪眼崩しに執念を燃やすデイダラは、遂にイタチを倒す為の大技「C4カルラ」を炸裂させる。それは目に見えない小型爆弾をばら撒く事により、あらゆる生物を内側から破壊しつくす脅威の攻撃だった。対写輪眼を念頭に組まれたデイダラの攻撃を、サスケは回避することができるのか?

イタチへの敗北感から、写輪眼崩しに執念を燃やすデイダラは、遂にイタチを倒す為の大技「C4カルラ」を炸裂させる。それは目に見えない小型爆弾をばら撒く事により、あらゆる生物を内側から破壊しつくす脅威の攻撃だった。対写輪眼を念頭に組まれたデイダラの攻撃を、サスケは回避することができるのか？

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。サスケの能力を確認したデイダラは、十八番のひとつであるドラゴンで、上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆく。更にトビのサポートにより、辺りはサスケにとって圧倒的不利なバトルフィールドと化してしまう。サスケは空に逃れて攻撃をやりすごそうとするが…。

遭遇と同時に、戦闘に突入するサスケとデイダラ。サスケの能力を確認したデイダラは、十八番のひとつであるドラゴンで、上空から一方的な遠距離攻撃を仕掛けてゆく。更にトビのサポートにより、辺りはサスケにとって圧倒的不利なバトルフィールドと化してしまう。サスケは空に逃れて攻撃をやりすごそうとするが・・・・・・。

カカシの指揮の元、イタチの探索を開始する木ノ葉。一方、サスケ率いる「蛇」の面々もまたイタチの情報を集めるため動き出していた。時を同じくして、目標に向け動き出すデイダラとトビ。デイダラの目標はサスケか、それともナルトなのか―? 高まる緊張の中、サスケとナルトそれぞれの前に、思いがけない人物が現れる。

カカシの指揮の元、イタチの探索を開始する木ノ葉。一方、サスケ率いる「蛇」の面々もまたイタチの情報を集めるため動き出していた。時を同じくして、目標に向け動き出すデイダラとトビ。デイダラの目標はサスケか、それともナルトなのか――？高まる緊張の中、サスケとナルトそれぞれの前に、思いがけない人物が現れる。

四尾を狩り終えたイタチと鬼鮫を呼びつける“暁”のリーダー。一堂に会したメンバー達に、リーダーは大蛇丸の死と、それを倒したサスケが今後“暁”を標的に動き出すであろう事を忠告する。一方、同じ報せを受けた木ノ葉達はサスケを止めるため、サスケの標的である“暁”メンバー･イタチを拘束する為の準備に動き出す。

四尾を狩り終えたイタチと鬼鮫を呼びつける“暁”のリーダー。一堂に会したメンバー達に、リーダーは大蛇丸の死と、それを倒したサスケが今後“暁”を標的に動き出すであろう事を忠告する。一方、同じ報せを受けた木ノ葉達はサスケを止めるため、サスケの標的である“暁”メンバー・イタチを拘束する為の準備に動き出す。

岩忍に攫われたリンを救出すべく、任務続行を主張するカカシと別れ、一人敵のアジトに向かうオビト。だが敵に動きを察知され、返り討ちにあったオビトを救ったのは、駆けつけたカカシだった。しかしオビトを庇ったせいでカカシは左目を失ってしまう。自分のふがいなさを噛み締めるオビトに訪れるある変化とは…。

岩忍に攫われたリンを救出すべく、任務続行を主張するカカシと別れ、一人敵のアジトに向かうオビト。だが敵に動きを察知され、返り討ちにあったオビトを救ったのは、駆けつけたカカシだった。しかしオビトを庇ったせいでカカシは左目を失ってしまう。自分のふがいなさを噛み締めるオビトに訪れるある変化とは・・・・・・。

十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影であるミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、神無毘橋での任務に赴く。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。

十数年前、大陸では忍五大国の統治が揺らぎ、全土を巻き込む第三次忍界大戦が勃発していた。後の四代目火影であるミナトの小隊に属する少年カカシは、うちは一族のオビトと医療忍者リンと共に、神無毘橋での任務に赴く。ことあるごとに掟を振りかざすカカシを鬱陶しがるオビトだが、カカシのこだわりにはある理由があった。

重吾のもとに辿りつくサスケ。しかし重吾は連れ出される事を断固拒否する。このままのたれ死んだとしても絶対にアジトを出ないと、頑なに心を閉ざす重吾だが、湧き上がる殺人衝動に身を任せ、サスケとの戦闘に突入してゆく。水月が加わり、更に熾烈を極めてゆく戦いのなかで、重吾の脳裏に蘇る懐かしい面影とは…。

重吾のもとに辿りつくサスケ。しかし重吾は連れ出される事を断固拒否する。このままのたれ死んだとしても絶対にアジトを出ないと、頑なに心を閉ざす重吾だが、湧き上がる殺人衝動に身を任せ、サスケとの戦闘に突入してゆく。水月が加わり、更に熾烈を極めてゆく戦いのなかで、重吾の脳裏に蘇る懐かしい面影とは・・・・・・。

次なる同行者、重吾を連れにいく為、北アジトに向かうサスケ達。道行き、香燐は北アジトが恐るべき人体実験場である事を告げる。重吾は異常な殺人衝動を持つ忍で、大蛇丸の呪印の元となる酵素を持つ、唯一のオリジナルだという。たどり着いた北アジトでは、大蛇丸死すの情報を受けた実験体たちが暴動を起こしていた。

次なる同行者、重吾を連れにいく為、北アジトに向かうサスケ達。道行き、香燐は北アジトが恐るべき人体実験場である事を告げる。重吾は異常な殺人衝動を持つ忍で、大蛇丸の呪印の元となる酵素を持つ、唯一のオリジナルだという。たどり着いた北アジトでは、大蛇丸死すの情報を受けた実験体たちが暴動を起こしていた。

南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、囚人たちが逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。同行を渋る香燐を「牢番」という役割から解放するため、囚人達を水月に解放させてしまうサスケ。取り残された密室でサスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえっていた。

南アジトを訪れるサスケと水月。アジトの警備の手薄さに驚く水月だが、囚人たちが逃げられないのは香燐の能力ゆえだという。同行を渋る香燐を「牢番」という役割から解放するため、囚人達を水月に解放させてしまうサスケ。取り残された密室でサスケを見つめる香燐の脳裏には、数年前の出会いの光景がよみがえっていた。

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男―水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け入れない。サスケがかつて桃地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。

大蛇丸を倒したサスケは水槽に捕らわれていた男――水月に自由を与える。しかし水月は、自分と一緒に来るようにとのサスケの申し出を簡単には受け入れない。サスケがかつて百地再不斬を倒した小隊に属していたと知る水月は、「自分が再不斬の大刀を手に入れられたら、サスケに付いてもいい」と条件を出すのだった。

古き肉体を脱ぎ捨て、白大蛇の姿と化す大蛇丸。サスケの肉体を得ようと襲い掛かる大蛇丸の脳裏に、両親の墓前で見た白蛇の抜け殻の思い出がよみがえる。写輪眼への渇望に突き動かされるまま、遂にサスケの自由を奪う大蛇丸。やがてはじまる、誰も抗えない「転生の儀式」とは…。

古き肉体を脱ぎ捨て、白大蛇の姿と化す大蛇丸。サスケの肉体を得ようと襲い掛かる大蛇丸の脳裏に、両親の墓前で見た白蛇の抜け殻の思い出がよみがえる。写輪眼への渇望に突き動かされるまま、遂にサスケの自由を奪う大蛇丸。やがてはじまる、誰も抗えない「転生の儀式」とは・・・・・・。

アジトでもがき苦しむ大蛇丸。その肉体を永らえさせるにはもはやレベル10の薬が必要だった。しかしやまぬ激痛の中、転生への気力を漲らせる大蛇丸。一方、サスケもまた転生の時が近い事を感じていた。里抜けから三年という歳月を経て、サスケが出した結論とは?―。今存在の全てをかけて、鷹と大蛇が激突する。

アジトでもがき苦しむ大蛇丸。その肉体を永らえさせるにはもはやレベル10の薬が必要だった。しかしやまぬ激痛の中、転生への気力を漲らせる大蛇丸。一方、サスケもまた転生の時が近い事を感じていた。里抜けから三年という歳月を経て、サスケが出した結論とは？――今存在の全てをかけて、鷹と大蛇が激突する。

【三尾編 最終話】昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。任務続行は不可能と判断した綱手は、皆に帰還命令を出す。その夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは―? そしてナルト達の出立の日、湖には“暁”のデイダラとトビの姿があった。

昏睡する幽鬼丸を診るシズネだが、幽鬼丸は二度と三尾を操れぬ体となっていた。任務続行は不可能と判断した綱手は、皆に帰還命令を出す。その夜、幽鬼丸は一人姿をくらましてしまう。追いかけるナルトが月明かりの中で目にしたものとは―？そしてナルト達の出立の日、湖には“暁”のデイダラとトビの姿があった。

遂にナルトの前に姿を現したカブト。紅蓮と幽鬼丸の気持ちを利用した大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸と共に、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られた麟児がその前に立ちはだかる。幽鬼丸を守る為、紅蓮が取った戦術とは…。

遂にナルトの前に姿を現したカブト。紅蓮と幽鬼丸の気持ちを利用した大蛇丸の計画を聞かされ激昂するナルトは、カブトとの戦闘に突入する。衰弱した幽鬼丸と共に、その場から脱出を図る紅蓮だったが、カブトに操られた麟児がその前に立ちはだかる。幽鬼丸を守る為、紅蓮が取った戦術とは・・・・・・。