リンクスに止めを刺そうとするフォーゼに対し、仲間だと思っていたメテオが邪魔をし、リンクスを逃がしてしまう。対立するフォーゼとメテオ。そんな中、メテオであることも秘匿したまま、流星が仮面ライダー部に入ろうとするが、意外にも弦太朗からの拒否を受ける…。

仮面ライダーメテオは、牡羊座＝アリエスのゾディアーツを探している。ので、アリエスになる可能性を秘めていると判明したリンクスのことは、進化するまで泳がせる方針だ。アリエスを探している理由は教えてくれないし、リンクスを見過ごせないフォーゼは食ってかかる。だが、メテオは「ホワチャア！」と鉄拳で返事。仮面ライダーなのに味方じゃないのかと困惑するライダー部一同に、メテオは「俺はお前たちの敵だ」とはっきり言う。メテオは、我望理事長も想定していなかった存在だ。静観する姿勢の我望だったが、園田先生はスコーピオンとして戦うチャンスを懇願。再びゾディアーツ・スイッチを手にするのだった。 一方、流星は弦太朗たちが全員いる中で、いきなりラビットハッチに入ってきた。驚く一同。怪物との戦いを見て後をつけて来たと言う流星は、自分もライダー部に入りたいと言う。またまた驚く一同！もちろん流星がメテオであることは誰も知らない。そんな流星に弦太朗は・・・・・・

新たな敵･リンクス･ゾディアーツが優等生たちを襲う中、弦太朗のクラスに朔田流星が特別編入生としてやってくる。実は、その正体とは、仮面ライダーメテオであった。気の弱い転校生として振る舞うことで、弦太朗に取り入る流星。そんな中、リンクスが弦太朗たちを襲う。仮面ライダーフォーゼとして戦うものの逃げられてしまう。その正体とは、ガリ勉の野々村公夫であることが判明する。野々村を思い止まらせようと、野村の許へと駆けつける弦太朗たちであったが、そこには新たな戦いの場が待ち受けていた…。

仮面ライダーメテオ―――その正体は、昴星高校からの交換編入生・朔田流星。流星は「反ゾディアーツ同盟の潜入員」であり、人工衛星M－BUS（エムバス）にいる謎の人物・タチバナからの指令を受けて活動する。「まずはフォーゼに接触したまえ」 弦太朗はいつものようにこの編入生とダチになろうとする。「俺は如月弦太朗。今日からお前も俺のダチだ」愛想良く笑い返す流星だが、実はすべてを冷静に観察していた。「（こいつがフォーゼか）」流星には自分だけの“戦う理由”があった。それは―――

ペルセウスのラストワンを超えた新たな進化に苦戦し、左腕を石化されてしまう弦太朗。この石化を解くには、ペルセウスを倒すしか方法はなかった。そんな中、弦太朗はペルセウスとなった元山と絵画対決を挑む。だが、リブラの罠によりペルセウスに石化されてしまう弦太朗。一方、ペルセウスは幼稚園に赴き、グリークラブの面々とユウキを石化しようとするが、園児の笑顔に自らの自信が揺らぐ。そして、ペルセウスとリブラを相手に苦戦するフォーゼの許に、謎の協力者、仮面ライダーメテオが突如現れる…。

十二使徒に進化する可能性を秘めたペルセウス・ゾディアーツ。左手のメドゥサの瞳から石化ビームを出し、フォーゼの手を石にすると、自分自身（元山）の身体を蹴っ飛ばして逃走した。仮面ライダー部は、ラストワンのゾディアーツをとり逃してしまった・・・・・・一刻も早く見つけ出さないと、敵の幹部は増え、元山は人間に完全に戻れなくなる。クリスマス会をやっている場合ではないと気落ちするユウキだが、弦太朗はやるべきだと主張する。「俺たちもへこんで、子どもたちも悲しんだらいい事無しじゃねえか。こういう時だからこそ折れちゃいけねえ」ペルセウスは完璧な絵を描こうと森に潜む。それを見つめる謎の影―――その腰にはベルトとスイッチが！

クリスマス･シーズンが近づき、やや浮き足立っている仮面ライダー部の面々。そんな中、グリークラブから幼稚園のクリスマス会の慰問する際に、女性の歌い手がいないため、急遽ユウキがスカウトされる。一方、新たなる強敵･ペルセウス･ゾディアーツが出現し、脈絡なく次々と生徒たちが石にされてしまうしまう。弦太朗は、ペルセウスの正体を捜すべく、学園を探索する中、美術部部長の元山と知り合う。果たして、ペルセウスの正体とは、元山であった。いつも通りフォーゼは、ペルセウスを打ち倒すものの、新たに復活するペルセウスであった…。

グリークラブ（合唱部）がユウキをスカウトにくる。近く天高の各部有志が訪問する幼稚園のクリスマス会があるのだが、今年は男性部員しかいないので、女性ボーカルとして参加して欲しいというのだ。快諾するユウキ。だが、条件がある。それはなんと、曲のレパートリーに「はやぶさくんの歌」を入れること！弦太朗は、同じく幼稚園クリスマス会でプレゼントするための絵を描いている美術部部長・本山と出会う。その絵の力強さに感動した弦太朗は、いつものように「友達になる」と宣言。そんな中、合唱の練習をするユウキの歌声が流れてきた。震える本山。「酷い歌だ・・・・・・耐えられない！」

スコーピオンが、再び三浦にゾディアーツ･スイッチを握らせようとするが、間一髪でそれを阻止する弦太朗たち。だが、スコーピオンは、再び三浦にスイッチを握らせることをほのめかし、逃げ去る。弦太朗たちは、三浦を守るために、動き出すのだが、そんな中、実はスコーピオンの正体である園田先生の罠に嵌まり、弦太朗は戦闘状態不能に陥る。果たして、弦太朗たちは、三浦を救うことができるのだろうか…。

星のさだめを手放した者をもう一度呼び戻せるか？我望の指令により、元オリオン・三浦をつけ狙うスコーピオン・ゾディアーツ。そのスコーピオンの正体はなんと、優しい美人教師・園田先生だった！フォーゼは三浦の再ゾディアーツ化を阻止しようとするのだが、肝心の三浦の心がスイッチに魅せられ、闇の中。一方のスコーピオンは、十二星座の使徒のみが使える究極の力『超新星』を授かり、ついに任務遂行の障害・フォーゼを排除することを決意した。 「如月くん」弦太朗に声をかける笑顔の園田。何も知らない弦太朗に、悪女の蠍毒針が襲う！

父兄たちが学園での一連の怪物騒動に抗議にやってくる中、ゾディアーツ化した一連の生徒たちが登校拒否になる現状を知った仮面ライダー部の面々。何とかみんなを登校できるようにするために動き出す弦太朗たち。先ず、手始めにアメフト部であった三浦の家を訪れ、何とか学校に出て来るように、手を変え品を変え、一所懸命努力をする仮面ライダー部の一同であったが、その努力は空回りするばかり。そんな中、スコーピオンが三浦に忍び寄る…。

天ノ川学園高校であんまり怪物騒動が続くので、生徒の母親たちが抗議に詰めかけた。その中にはオリオン・ゾディアーツになったアメフト部・三浦の母親もいる。三浦は事件以来、不登校になってしまったのだ。大杉や園田では対処しきれない中、イケメンがスポーツカーで颯爽と登場。校長・速水公平であった。速水校長のスピーチに感動した弦太朗は「生徒の問題は生徒が解決する」「怪物事件に巻き込まれたダチを救う」と決意する。かくして今回のライダー部の活動は、「一度ゾディアーツ化した生徒の学校復帰」となった。三浦の家に押し掛ける弦太朗たちライダー部。だが、三浦は激しく拒絶する！

ピクシスとの戦いで、ロッカーを破壊してしまうフォーゼ。月のラビットハッチから帰還不可能になってしまう賢吾。自暴自棄になる賢吾と賢吾を帰還させる術を持たない弦太朗以下の仮面ライダー部の落ち込む面々。そんな中でも、暗躍するピクシスに暴挙を阻止しようとする弦太朗たち。そして、見事ピクシスを倒すフォーゼ。一方、何か引っかかりを感じる友子は、破壊されたロッカーを調べるとそれが偽物であり、大杉が園田先生のものと思い込んですり替えていたことが判明し、めでたく一件落着…。

ようやく探しあてたロッカーは、壊れて燃えてしまった。それは賢吾が月から帰れなくなったことを意味する。打つ手はもう無い。 弦太朗はピクシス・ゾディアーツこと牧瀬の不気味な発言が気になっていた。「まだまだ僕の輝く星座はたくさんいるんだ」ピクシスは何か恐ろしいことを企んでいる。それを止められるのは仮面ライダー部しかいない！ 自分の救助より事件解決を優先するかのような弦太朗に対し、賢吾は見捨てられたと癇癪を起こす。通信で当たり散らす賢吾。ユウキはつらい。賢吾を救う為にユウキがとった最後の手段。それは・・・・・・

ユウキに必死にアプローチする天文部部長の牧瀬。あの優しいユウキでさえ、そのあまりのしつこさに辟易していた。そんなある日、JAXAからの帰り道弦太朗とユウキが一緒に歩いているとその行く手をピクシス･ゾディアーツが遮る。そして、その正体とは、なんと牧瀬であった。再びピクシスに変身し、フォーゼと戦うが、うまく逃げられてしまう。一方、ゾディアーツ出現の報に、ラビットハッチを出て現場に向かおうとする賢吾であったが、出入口となるロッカーがなくなっており…。

友子も加入して、楽しく和気あいあいとしたライダー部。今日もラビットハッチで騒がしくし過ぎて、スイッチ調整中の賢吾に怒られる。だが、賢吾も弦太朗に「俺は仮面ライダー部じゃない」「友達でもない」などと言っているが、今の状況は満更でもないようだ。 一方、ユウキは悩んでいた。ユウキに気がある天文部の牧瀬弘樹が、ストーカーまがいのアプローチをしてくるのだ。大量の手紙やプレゼントを返して「こういうのやめて」と言うユウキだが、粘っこい目つきの牧瀬は不気味。そんな中、事件は起こる。ラビットハッチに繋がるロッカーが無くなったのだ！！ハッチには賢吾がひとり残されていた。「なんとか探しだしてくれ」ライダー部、必死のロッカー捜索が始まるが・・・

スコーピオンから友子にスイッチが手渡される中、律子は最後の儀式に臨もうとしていた。一方、アルター･ゾディアーツの恐るべきパワーを前に、如何なる戦略で戦うかに悩む賢吾。そんな中、弦太朗とユウキは、友子を心配し、自宅に訪れる。頑なに心を閉ざす友子であったが、弦太朗の熱い思いに心を開き始める。いよいよ最後の儀式に臨む律子を止めるために、学校へと駆けつける弦太朗たちであったが、逆に囚われの身となってしまう。そして、友子は儀式の場へと向かうが…。

強敵アルター・ゾディアーツの高熱火炎攻撃に苦戦するフォーゼ。アルターの炎はファイヤーステイツの耐熱能力すら上回るのか！？魔女の噂に恐怖する学園の生徒たち。やがて支配者のように校内を闊歩する律子とその仲間。律子の計画する「最高の儀式」とは？ 一方スイッチを手にした友子は、ゾディアーツになれば魔女の力と同じ能力を得ることが出来る、と妄信する。「さよならするの、この星に」・・・・・・その意味は一体？ 弦太朗は、友子のゾディアーツ化を止められるのか！？

魔女を信奉する律子、雅美、ゆりの一派に友子が属したことで、ユウキが誘われた魔女の密会に出掛けていく弦太朗と賢吾。だが、邪魔者扱いされ、追い出される弦太朗たち。そんな中、魔女の力を実際に試すということで、以前水泳部員でイジメを受けていたゆりが、水泳部員をプールの水で襲う。さらには、雅美が元カレのアメフト部員を襲う。だが、その黒幕には、アルター･ゾディアーツとなった律子が仕組んだものだった…。

朝から青春全開な弦太朗とユウキ。そのキラキラぶりを冷笑する変な少女・野座間友子。友子には、奇妙な仲間たちがいた。律子、ゆり、雅美。友子同様、「ゴス」な少女たちだ。 ゴス。 賢吾曰く、それは、他人を拒絶するオカルト趣味のはぐれ者・・・地獄とか悪魔が大好きな黒い女たち・・・＜br＞ 友子に「同じ変わり者の匂いがする」と言われたユウキは、魔女の密会に誘われる。それについていった弦太朗。なんと、魔法の力を目の当たりにする！「本物の魔女だったのか？」

ハウンドとの戦いを隼に邪魔されるフォーゼではあったが、ハウンドを追い詰めるも、スコーピオンに邪魔され逃げられてしまう。一方、補習授業をサボったことで、グランド整備の罰を受ける弦太朗たちと隼に、再びハウンドが街で暴れているとの一報が入り、駆けつけるフォーゼであったが、ハウンドとスコーピオンでは分が悪く、またもや逃げられてしまう。そんな中、JKが捜し当てたハウンドの正体とは、補習授業の鬼教師、佐竹の息子だった…。

隼によるライダー部活動の妨害。困惑する弦太朗たち。 弦太朗「なんであんなに俺たちを目の敵にしてやがんだ！」 その隼は父親に電話する。 隼「いつも父さんの望む自分になれるよう考えています」 補習を抜け出した弦太朗や隼には、グラウンド整備のペナルティ。 佐竹先生「大文字、もうおまえも灰色だ。白くない以上黒と同じだ」＜br＞ そしてゾディアーツは、 ハウンド「おい、俺をもっと強くしろ！」 スコーピオン「人間を捨てる覚悟があるか？」 ラビットハッチでは、JKと美羽が、 美羽「パワーダイザーがちゃんと使えれば・・・・・・」 これが、次回の『仮面ライダーフォーゼ』！

休日特別補習に召集させられる弦太朗、賢吾、ユウキであったが、そこには友子、さらには天ノ川学園フットボール部のヒーローであり、学園のキングである大文字隼の姿もあった。そんな補習時間中、街にハウンド･ゾディアーツが出現したとの連絡が入る。パワーダイザーで交戦する賢吾であったが、ハウンドに逃げられてしまう。そんな中、ハウンドの正体を捜すJKであったが、その事がばれてしまい、逆にハウンドに襲われるが…。

弦太朗、賢吾、ユウキが出ることになった日曜特別補習。それは別名・地獄補習と呼ばれ、超問題児しか呼ばれないというものだった。他の参加者は、謎のゴス娘・野座間友子。まあそれは何となくわかるとして、あともう一人がまさかのアメフト部キャプテン・大文字隼！なぜ優等生の隼が問題児補習に？ 「そうかそうか、お前もこっち側の人間か」隼とダチになろうとする弦太朗。だが、「不良」が大嫌いだという教師・佐竹による地獄補習は甘いものではなく・・・ その上、ゾディアーツが学校の外で現れた！！

エレキスイッチを無くしてしまった弦太朗は、必死に探し回る中、スイッチを盗んだのは、張本人は実はJKだった。弦太朗と一緒に探すふりをするJK。その行く手に、ユニコーン･ゾディアーツである新田が現れ、弦太朗が騙されていることを告げる。それでもJKのために戦う弦太朗であったが、ユニコーンに打ち負かされてしまう。廃工場跡に攫われたJKに対して、新田はとある提案をするのであった…。

期待の10番・エレキスイッチを一向に使わないフォーゼを不審に思う賢吾。だが弦太朗は、賢吾の父の形見でもあるアストロスイッチをなくしてしまったとは言えず、JKに一緒に探してもらうことにする。弦太朗からエレキスイッチを盗んだのが、そのJK自身だということも知らずに・・・・・・ 一方、JKを狙う新田ことユニコーン・ゾディアーツは、一角獣形態からフェンシング風の剣士形態に進化した。それを観察するスコーピオン。そして赤い目の男・・・・・・ そして復讐に燃える新田は、またしてもJKと弦太朗の前に姿を現した。「JK、お前が俺を利用したことは絶対に許さない！」

学園の情報屋JKが、毛嫌いしていた弦太朗と何故か仲良くなろうとする。一方、美羽はいつの間にか、仮面ライダー部の一員となっていた。そんな中、ユニコーン･ゾディアーツが現れ、JKを襲う。その正体が、フェイシング部の新田であることが判明する中、JK主宰パーティーにユニコーン･ゾディアーツが現れる。弦太朗はフォーゼに変身し、戦い出すが、何故か10番目のエレキスイッチが紛失しており…。

月面基地ラビットハッチでは賢吾が、早くも部長気どりの美羽に軽くウンザリしつつ、アストロスイッチを調整していた。10番、エレキスイッチ。賢吾は、その普通じゃないポテンシャルに期待する。 学園では、弦太朗がチャラーい1年生・JK（ジェイク）に自分主催のパーティーに来ないかと、誘われる。だが、学校の全員と友達になる男をもってしても、JKは「お前と友達になるのは一番最後でいいや」という存在。うさんくささ全開なのだ。それでもなんとかして、弦太朗をパーティーに参加させようと焦るJK。何か裏があるのか。 その頃、フェンシング部の練習場では一人の男子生徒がスコーピオンにスイッチを渡されていた。「あのお調子者、絶対に許さない・・・・・・」スイッチを押してゾディアーツになる少年。彼の復讐のターゲットは！？

クイーンフェス会場で、美羽の本音が暴露される映像が流し出されたことで、クイーンフェス一次投票において、失墜する美羽。カメレオン･ゾディアーツの正体とは、風城美羽に恨みを持っている人物であることが推測された。この出来事に落ち込むひとりぼっちの美羽を気遣い、励ます弦太朗。そんな中、意外にもカメレオン･ゾディアーツの正体とは、美羽の取り巻きの珠恵だった…。

美羽がファンからのプレゼントを捨てる映像が流され、騒然とするクイーンフェス会場。生徒たちのブーイングが響く。現クイーンの突然の急落に、弦太朗もさすがに心配するが、美羽は同情されるのが一番嫌いだ。「そんな目で見ないでよ」 一方、その思惑と本音を剥きだしにしていくカメレオン・ゾディアーツの正体。カメレオンの狙いが美羽だと確信した賢吾は手を打つ。そして、クイーンフェス最終選考・スピーチの日が近づく。ボーリング場でやけくそに投球しまくる美羽の前に、弦太朗が現れた。“学園の生徒全員と友達になる男”がとる行動は！？

仮面ライダー部が発足により弦太朗、賢吾、ユウキたちがアストロスイッチの調整に勤しむ中、学園はクイーンフェスの開催に向けて盛り上がっていた。そんな中、今年もクイーン確実の風城美羽と弦太朗が賭けをすることになる。弦太朗は学園の情報屋JKと対抗馬となる広田玲子を口説き落としていると、突如見えない怪人･カメレオン･ゾディアーツに襲われる。今度のターゲットが、クイーンフェスに関係しているらしいことを知り、ユウキを無理矢理クイーンフェスに出場させるのだが…。

生徒の投票によって天ノ川学園高校で一番の女子生徒を決める「クイーンフェス」。今年もその季節がやってきた。現クイーンで今年も連覇確実とされているのが、3年の風城美羽だ。お高くとまった美羽の態度にカチンときた弦太朗は、“女王蜂”美羽と賭けをする。 クイーンになれなかったら弦太朗と友達になるが、そうでなければ弦太朗に転校しろと命令する美羽。 弦太朗は対立候補を擁立しようと、美少女をスカウトしようとするが、学園には奇妙な噂が・・・・・・ 有力候補の女生徒たちが襲われているというのだ。「見えない怪物」に！

相変わらず反目し合う弦太朗と賢吾。そんな二人を仲裁するユウキ。怪人の正体とは、ゾディアーツと呼ばれ、アストロスイッチで人間が変身した者であった。学園の平和を守るため、弦太朗は、怪人を捜す手掛かりを見つけようとする中、ユウキから賢吾の知られざる過去を教えられ、賢吾と仲直りをしようとするが、そんな弦太朗の携帯に、謎の女･友子からの怪人を見つけたとの連絡が入り…。

フォーゼになって強敵オリオン・ゾディアーツを倒した弦太朗。だが、賢吾はそれを「無様な失敗」と責める。 ゾディアーツはスイッチで人間が変身した怪物。倒すにはその人間が持つスイッチをオフするしかない。弦太朗は本体の人間（スイッチャー）を取り逃した、というのだ。 その本体を見つけ出して賢吾に自分を認めさせてやる、そしたらダチだ、と息巻く弦太朗。だが賢吾は言う。「君には無理だ」 スイッチャーは天ノ川学園の生徒の中にいるのか？弦太朗は、賢吾とダチになれるのか？

天ノ川学園高校の2年B組に転校してきた如月弦太朗。そのクラスには、小学校3年以来の再会となる城島ユウキや登校時に出会ったいけ好かない歌星賢吾がいた。頼まれもしないのに弦太朗は、賢吾と強引に友達になろうとする中、突如学園内に怪人･オリオン･ゾディアーツが出現する。怪人を倒すため、フォーゼドライバーを手に入した弦太朗が仮面ライダーフォーゼに変身し戦いを挑む。

天ノ川学園に通う高校生・歌星賢吾は登校中に女子高生からラブレターを受け取るが、読まずに捨てる。そこに通りがかったリーゼント＆短ランのバッドボーイ、それをすごい剣幕で叱りつける。バッドボーイの名は如月弦太朗。2年B組の転校生だった。弦太朗は、学校の生徒全員と友達になると宣言。まず、気にいらない賢吾と友達になると言うが、「俺と君が友人になる確率はゼロだ」と言い放つ賢吾。この二人の出会いが、宇宙の力で戦う仮面ライダー「フォーゼ」を生む。運命のスイッチは押された！