ユピーは、「時間です。利息がつきます。」といくら攻撃を当てても離れないナックルの能力 ”ポットクリン” の存在に苛立ち暴れているように見せるため偽りの気炎をあげていた。そんな中、変装したイカルゴはパームを救出しようと王宮の中を探しまわっている。と、何かに気づくイカルゴ。壁にオーラによって光る文字が記されていた。その文字は ”凝” によって読み取る事が出来る。イカルゴがその文字を読み取る。

宮殿を後にしていたゼノをヂートゥが引き止める。新しい能力を手に入れ、ゼノに対して繰り出す気でいる。「後ろに気をつけた方がいい」ゼノがヂートゥにそう言った次の瞬間、何者かがヂートゥの背後から襲いかかる。一方で、瀕死のシュートを抱え、ユピーから逃げようとするナックルだったが、親友･シュートのためにユピーに一発殴らないと気が済まないとユピーに再度対峙する決意をする。

「中の事はお前等で判断せい。」意味深にゼノがキルアとゴンに言った言葉の意味が明らかになる。カイトのカタキであるネフェルピトーのいる塔の奥へと進んだゴンとキルア。すると、ピトーの能力「ドクターブライス」が発動していた。ドクターブライスの触手が伸びる先は床に横たわった瀕死のコムギであった。ピトーを見つけたゴンはけたたましいオーラを漂わす。そばにいたキルアはピトーとゴンの気配に違和感を感じていた。

宮殿の地下でイカルゴはパームを救出するべく、独り奮闘していた。その一方で、ナックルはメレオロンのパーフェクトプランによって完全に消していた姿をユピーの前に表し、ユピーと全面対決にでた。メレオロンもほかの仲間を助けるために行動にでる。そのころ、頭のきれるウェルフィンはイカルゴの扮するフラッタに疑問を抱き、またかすかに臭うメレオロンの匂いにも気づき、追跡を開始していた。

シャウアプフはモラウ。モントゥトゥユピーはシュートとナックル。それぞれがそれぞれの場所で戦闘を開始していた。そして、王もネテロ、ゼノと対峙。ゼノは巨大な龍のオーラを練りだす。王に向けて放たれたゼノの念オーラ「ドラゴンヘッド」。王はゼノのドラゴンヘッドに背を向けたまま避けようともしない。果たして王の真意とは…。いよいよ王とネテロの死闘が始まろうとしていた。

宮殿に突入したゴン達は異形と化したユピーの一撃により分断された。モラウの念の煙に包まれるユピー。煙によってユピーをかく乱し、モラウはシュートとナックルにすべてを託し、王の元を目指して進んでいった。一方、ゴンとキルアもそれぞれ単独で行動を開始した。

突然のゼノとネテロの攻撃により混乱する宮殿内。ゴン、キルア、シュートは王のいる部屋の下の階段で、王の元への侵入を阻止するユピーと遭遇する。そして、王の安否が気になるピトーとプフは早急に王の元へ向かった。王の元にたどりついたピトーが見た光景に、ピトーは目から涙を流す。王の身に一体何が…。

「突入一分前」。四次元マンションの内部で集結するゴン、キルア、ナックル、シュート、メレオロンの面々。モラウが激を入れる。「いくぞお前ら…」その二分前…東ゴルドー共和国のはるか上空から二つの光が落下していた。その存在に誰よりも早く気づいたのはネフェルピトーだった。「何かが来る…」その数秒後に予感が確信に変わる。「敵!」上空の雲間から巨大な龍が舞い降りてきた。いよいよヒト対キメラアントの決戦が始まる。

宮殿の前で行進をする大群衆。選別が始まろうとしていた。一方宮殿内では、オオカミ型のキメラアント･ウェルフィンが何者かが宮殿に侵入していたことに気づいた。またビゼフ長官もパームが姿を消したことに気づき、宮殿内を探していた。ウェルフィンは鋭い嗅覚で侵入者の追跡を試みる。その中、ゴンたちもいよいよ行動を開始しようとしていた。

選別開始まで残り一日。ゴン、キルア、イカルゴの三名が今夜行われる作戦の確認をしている。ありとあらゆるパターンをシュミレーションする必要がある。一方ペイジン市内では、突如けたたましいサイレンの音が響き渡る。「これより宮殿への移動を開始する。」というアナウンスが流れる。いよいよ選別開始の準備がなされようとしていた。少なくともかかっている500万人の命。ハンターチームの討伐軍は王を…キメラアントを倒す事が出来るのか…。

選別の開始まであと三日。新たな仲間を得たゴン達が突入作戦への準備を進めている中、軍儀を続けている王メルエムとコムギ。宮殿内では傷の治療を終えた王が軍儀を打ち続けていた。コムギは既に疲労困憊であった。王の側近シャウアプフは疲れきったコムギを見て、コムギの敗北も時間がかからないだろうと読んでいた。しかし、そんなコムギの表情を見た王は休憩を提案する。

ライオン型のキメラアントのレオルに追われていたモラウは地下の教会で一騎打ちをする。レオルは念能力を発動し、巨大な高波とサーフボードを繰り出した。大きな波がモラウを襲う。レオルの乗ったボードがモラウに迫る。ボードで横一文字に切られ、傷口から血が吹き出る。「どーだ! オレ様のボードの切れ味は!?」レオルがモラウを挑発するとモラウの表情が変わる。

王とコムギの対局が続く一方、ノヴは宮殿への侵入に成功した。他のハンターの侵入経路を確保する為の四次元マンションの入口の設置のためである。キメラアントの兵隊に見つかりながらも、極度の緊張状態の中、入口を作りながら徐々に玉座に近づいていく。中央の階段に迫り、二階にも四次元マンションの入口を作りたいと考えていたノヴ。しかし…。

つかみ所のない軍儀世界王者コムギという少女の出会いによって、王は苛立っていた。しかし、一方では其れを楽しんでいる。対局が再開し、王はコムギに賭けを提案する。コムギが勝てばコムギの望むものを。コムギが負ければ王はコムギの左腕を差し出すように要求をした。欲望と恐怖を与えて動揺を誘う王に対して、コムギはいつも対局の際に賭けているものではどうかと提案する。

ハンター･ノヴは、宮殿に向かって突き進んでいた。キメラアントのレオルとフラッタはノヴの能力を見定めようと監視しながら追跡するがノブの姿を見失ってしまう。また、ヂートゥの念能力に阻まれていたモラウがいよいよ反撃に出ようとしていた。キメラアントとハンターの攻防が続く中、宮殿では長時間にわたって「軍儀」を対戦する王とコムギがいた。一定のリズムをくずさないコムギに苦戦を強いられる王。しかし…。

選別までの間、王は暇を持て余していた。将棋、囲碁の名人を呼びつけては次々に勝利をしていく王･メルエム。戦闘能力だけではなく、知能においても人間以上の潜在能力を持つ絶対的存在。次に王が呼んだのは東ゴルドー共和国の国技でもある「軍儀」と呼ばれる盤上競技の世界王者･盲目の少女コムギ。杖をつきながら王の前に座った彼女は、対局が始まると目を見開き、盤を見つめた…。

仲間を裏切り、敵であったはずのキルアを救出したイカルゴ。その頃、ゴンもメレオロンというキメラアントと心を通じ合わせようとしていた。メレオロンは自らの能力をゴンに説明した。念能力者にとって自らの能力を明かすことは、リスクを負う事。それを承知でゴンと信頼を深めたかった。メレオロンの目的はキメラアントの王であるメルエムを倒す事だった…。

ゴンと別行動をしていたキルアに襲いかかる刺客がいた。タコ型のキメラアント・イカルゴである。イカルゴの能力は人間を宿主とし、足を変形させて作るエアガンからノミの弾丸を打つ事であるが、宿主を見つける前にキルアに捕獲されてしまう。仲間の能力を教えればイカルゴの命は保証すると交渉を持ちかけるキルアに対して、イカルゴは「仲間は売れない」とキルアの掴んでいた自らの銃口を折り、湖に身を投げる…。

ヂートゥを待ち伏せしていたナックルとシュート。ヂートゥが接近してきたかと思ったら、直前で進む方向を変更して二人の前から消え去ってしまった。「何故、待ち伏せがバレた!?…まさか!」ハッとした二人は何者かの存在に気がつく…。一方、キルアとゴンもまた尾行されている気配を感じていた。そしてついにゴンの前に尾行していたキメラアントが姿を現す…。

“選別”を阻止する為、キルアと別行動を取る事にしたゴンの前に新たなキメラアントが登場する。フクロウ男とコウモリ女。共に闇を狩り場とする夜のハンターだ。コウモリの大きな羽音に相反してフクロウの静かな羽音の攻撃にゴンは翻弄される。ゴンの超人的な対応能力によって、空振りする攻撃も精度を上げていく。このままでは埒が明かないとゴンは念を高め、「最初はグー!」と身構える。だが…。

ゴンとキルアは“選別”という名の下に行われようとしている“虐殺”を阻止すべく、東ゴルドー共和国へ侵入する。とある村にたどり着き、辺りの様子を伺うも、そこに人の気配はない。しかし、床や壁には僅かに残った血痕があった。血痕をたどり家の外に出ると、野犬に掘り返された遺体があった。「国民大会の真の目的はこれだ。」キルアがそうつぶやく。キルアが気づいた真の目的とは…。

幻影旅団の故郷･流星街に巣を築き上げたキメラアント、ザザン。幻影旅団のメンバーはザザンを倒すべく巣の中へ…。四方バラバラに分かれて行動を始める旅団。するとそれぞれの前にザザンの部下たちが立ちはだかる。旅団同士も完全に知らない旅団メンバーそれぞれの能力が明らかになっていく中、旅団はキメラアントを殲滅する事が出来るのか。

流星街。幻影旅団の故郷。そこにカルト、フェイタン、シャルナーク、フィンクス、シズク、ボノレノフの旅団員たちがいた。キメラアントが流星街にも侵入した情報を聞きつけての帰郷。街で彼らは異形の遺体を目にする。それは流星街のゴミの山の中にそびえ立つ巣を作り、君臨するザザンの仕業だった…。

ヂートゥと対戦するナックルとモラウ。キメラアントと人間との身体能力の差は歴然。余裕をかますヂートゥの攻撃のスピードに翻弄されているかに見えた。だが、ナックルとモラウには勝算がある。「知恵と経験かね」とナックルがニタリと笑いつぶやくと、モラウの口から吐かれた白い煙に二人と一匹が包まれる…。

ゴンがパームとデートをする中、背後を尾けていたキルアは森の中でラモットと遭遇する。念能力が使えないゴンに戦闘をさせるわけにはいかない。キルアは一人でラモットと戦う決心をする。しかし、幼い頃から勝てない戦いはするなと教育をされてきたキルアに兄・イルミの声が頭の中から離れない。「逃･ゲ･ロ…。」

王が動き出した。独裁国家である東ゴルドー共和国に侵入した王は念能力者のオーラを食する事によって、力を増幅させた。瞬く間に東ゴルドー共和国の宮殿を占領した王･メルエム。一方、ナックルとシュートに敗れたゴンとキルアはパームの待つ宿に帰ってくる。パームをNGLに連れて行く約束を守れなかったゴンとキルアにパームは怒りを露にする…。

白旗を掲げ降伏を申し出たコルトの願いは、瀕死の女王を助けて欲しいというものだった。それを聞き入れたモラウは、すぐキメラアントの研究チームを女王の居城に派遣する。そして城の奥でナックル、シュートは異様な光景を目にする…。

女王の居城では、ついにその時を迎え、王が誕生した。「これが…王…!!」その禍々しいオーラは従うキメラアントたちでさえも凍りつくものだった。ピトー、プフ、ユピーの護衛団三人は床に片膝を突き恭しく迎えるが、同時にそれはかつての主･女王を必要なきものと見限ったことを意味していた。

ゴンとキルアは、いよいよナックル、シュートとの決戦に臨んでいた。キルアはシュートと、そしてゴンはナックルと向かい合う。俊敏なナックルをオーラで感じとる事に成功したと思ったその時、ゴンの左腕の陰からポットクリンが現れた! 一方キルアは、シュートの攻撃に戸惑い焦り、苦戦していた。

ついにゴンとナックルは本気で対峙する。しかしナックルはゴンの必殺技･ジャジャン拳に弱点があると指摘した。弱点を狙うようにナックルの攻撃が繰り出される。反撃の余地もないゴン。真っ向から手に念を集めてジャジャン拳の体勢をとるが…。