【最終話】ゴンは世界一高い木を登る。その頂上にはずっと探していた父･ジンが待っていた。ゴンはジンに今までの旅を話したかった。ジンを探すため故郷･くじら島を旅立ったこと。過酷なハンター試験を突破し、プロのハンターになったこと。旅の中でたくさんのかけがえのない仲間を得たこと。ゴンとジンのはじめての親子の時間が待っていた。

キメラアントのコアラは赤毛の少女にこれまで自分が犯してきた罪を告白する。コアラの懺悔が終わると、少女が静かに語り始めた。一方、ゴンは死んだと思っていたカイトが生きていると知り、カイトに会いに向かっていた。カイトに会ってゴンが言いたかったこととは…。

会長総選挙が行われているハンター協会本部ビルの会場は、ゴンの復活に歓喜する仲間達とそれを祝うハンターたちにより、拍手につつまれた。そしてゴンは、初めて父･ジンの姿を目の当たりにする。ミトの家に飾られた写真のジン、サトツが、レイザーが、カイトが語ったジン。そのジンが今、目の前でゆっくり振り返り、ゴンに向かって片手をあげ目礼をした。ゴンは駆け寄り、ジンに話かける。その言葉とは…。

会長総選挙は回を重ね、8回目に突入していた。ビーンズによって即時開票され、大モニターに映し出された結果に会場がざわつく。会場がざわついたその結果は、1位レオリオ、2位パリストン。しかし、レオリオの得票数が50％を超えず、上位2名の最終決戦投票となる。一方、ゴン専用の病院では、キルアの膝を枕に寝ていたアルカが目を覚ました。アルカに—否、ナニカに対しキルアはついに禁断の「おねがい」をする。

総選挙は引き続き行われ第7回13代ハンター協会会長総選挙の結果、上位8名から更に絞り込まれ上位4名での再選挙が決まった。「決まらない事が決まった」と意味深な事を言い不機嫌な顔をして本部ビル廊下を歩くジンに、どうしたらパリストンに勝てるのか、その方法をチードルは問う。ジンの答えは「アイツは勝とうと思っていない 負けようとも思っていない だから強いんだ」その答えが意味するものとは…

第5回13代ハンター協会会長総選挙は、上位8名による再選挙という結果になり、引き続き選挙戦が行われる。一方キルアを追うヒソカは、「清凛隊」と呼ばれる組織が針人間捕獲のために送り込んだハンターたちを次々抹殺し、キルアの乗る飛行船の着陸地点の記されていた地図を手にしていた。またイルミも追っ手から地図を入手しキルアを追い、同じくその飛行船を執事のツボネとアマネも追っていた。

キルアを援護するゴトーたちの前に立ちはだかったのは、イルミに協力しアルカの抹殺を図るヒソカ。アルカを抱きかかえ森の中を走り抜け、次の町･パラスタに向かうキルアの背後には、迫り来るひとつの影…追って来たのは執事のツボネであった。キルアのスピードに巻かれたツボネは携帯を取り出し、同じく孫で執事のアマネに先回りするように伝える。果たしてキルア達は無事にゴンの所までたどり着けるのだろうか…。

ハンター協会本部ビル。ネテロ会長の跡を継ぐ、会長選抜の4回目の総選挙が執り行われた。結果はパリストン1位、チードル2位、そしてレオリオが3位。だが、またも条件不達成のために再選挙が決定、上位16名による第5回選挙となったがパリストンはいつもの余裕の微笑みを見せている。一方、ハイウェイを走る車に乗るキルアは選挙結果を中継で見、レオリオの順位に驚くが、その時突如、執事･ゴトーの携帯がなる。電話の主はキルアの兄･イルミであった。

除念師の力をもってしても、ゴンにかかっている誓約と制約を解除できない。ゴンを必ず元通りにすると家族の反対を押し切り、アルカを外に連れ出そうとするキルアには、ゾルディック家の監視と複数の執事が追尾についた。しかしキルアは止まらない。果たしてキルアは無事アルカをゴンの元へ連れて行き、彼を救う事ができるのか。

キルアがきょうだいのアルカと再会を果たしていた頃、兄･イルミはヒソカの協力を得るべく、ゾルディック家の秘密･アルカの能力について語っていた。それはゾルディック家を滅ぼすほどの脅威の能力であり、アルカの『おねだり』を3つ叶えると『お願い』を叶えてくれるが、それは等価交換を要する恐ろしい能力であった。先の闘いで誓約と制約にて一時的に強力な念を使用し大きな代償を負ったゴンを治すためキルアはアルカに『お願い』をする事を決意していた。果たしてその代償は…。

ネテロ会長の後継者を決める第13代会長総選挙の投票が遂に開始された。ハンター協会本部ビルには投票にきたハンター協会会員達の長蛇の列が出来ていた。その選挙のルールは、協会員661名全員が候補者かつ投票者であり、95％以上の投票率を確保しないと再選挙になるというもの。選挙は混迷を極め、1回目の選挙は不成立、そして２回目も条件不成立により再選挙が決定。その頃キルアはゾルディック家の屋敷に向かい、ゴンを救うべく、父･シルバの前にいた。果たしてキルアの父との交渉は、そして総選挙の結果はいかに…。

ハンター協会の最高幹部集団 “十二支ん” が集結した。その中にはゴンの父親･ジンの姿もあった。彼らはネテロが言い残した次期会長の選出について議論をするが、副会長パリストンのせいで議会は紛糾する。この議会、果たして決着はつくのだろうか…。

王・メルエムの死によって人類対キメラアントの闘いは終幕を迎えた。多大な犠牲を出した人類だが、結果キメラアント軍に勝利した。ウェルフィン、ブロヴーダ、ヒナ、シドレらキメラアントは、前世の記憶が有る者、無い者、各々それぞれ別の人生を歩んでいく事になる。シドレとブロヴーダは、とある村にたどり着いた。キメラアントの2匹を見るや否や、忌避する村人たち。だが、やがてブロヴーダの言葉に耳を傾け始める。

ウェルフィンのたった一言でメルエムはコムギの存在を思い出した。宮殿地下通路から地下の家に歩みを進めた王は、光子に変えたオーラにより、そこに隠れるパームの存在を完全に把握していた。王の口から、戦いの終結とここへ来たたった1つの驚くべき理由を聞き、パームは動揺した。しかし王が腰を落とし頭を垂れてまで頼むその重大さを、既に体の一部がキメラアントであるパームは強く理解し…。

ミニチュアローズにより瀕死の状態に陥りながらも復活した王･メルエムだが、コムギについての記憶を失い思い出せぬ事に苛立つ一方、シャウアプフが何かを隠している事には気づいていた。王はより高い次元の能力へ昇華させた“円”を全身から放ち宮殿の隅々までを把握、そして新たにその”円”に反応したウェルフィンの目前に瞬時に降り立ち、問う。「ユピーを仕留めたのは貴様か?」

コムギをメルエムが思い出すことに不安を抱くプフ。そう思いながらも彼はおびただしい数の人民達に鱗粉をまいていた。王へ自身を献上した事による明らかなパワーダウンを感じながら…。ピトーがまだ戻って来ていない事に気がつくプフ。プフはゴンとピトーの戦いの結末を知らない。一方、地下ではイカルゴとパームがトラックの荷台の中にいたブロヴーダ、ウェルフィンと行動を共にしていた。

ゴンとピトーの戦闘が終わった。その頃、メルエムとユピー、プフは西塔の前にいた。メルエムがコムギの記憶を取り戻す事が心配で、気が気でない様子のプフ。メルエムは西塔の室内を観察し「何か足りぬ…」と焦燥を感じていた。ピトーを呼び戻すというユピーの提案にメルエムの頭が痛みだす。ピトーに何か頼んだはず。ピトーをすぐに呼び戻せ…護衛軍にメルエムが指示を出す。

「カイトを元に戻してよ。お願いだよ…?」ゴンはピトーに大粒の涙を流しながら訴える。ピトーの足元には動かぬカイトの姿。しかし、ピトーが自身の能力･ドクターブライスで治しているのはカイトではなく自らの腕であった。治療の終了を左手の指を1本ずつ動かし確認し、ピトーは言った。「残念だけど、君を殺さなきゃ。王の為に」。ゴンは驚いたようにピトーを見つめ、オーラを纏い「嘘つき…」とつぶやいた。

宮殿へと降下する王メルエム、ユピー、プフの眼下には選別で集められた数万人もの人民の列。そしてその列にまぎれているナックル、傍らのメレオロン、宮殿裏のパーム、回廊の屋根の上のイカルゴらは、王達の帰還を知り険しい顔で見上げた。一方、王の記憶を呼び起こす鍵となるであろう軍儀の盤とコマを捜索していたプフの分身は、壊れ散らばる盤とコマを発見、隠蔽を図る。その頃ゴンは、ペイジンの隠れ家の古城でカイトを治すべく、ネフェルピトーを先に立たせ広い廊下を進んでいた…。

蘇った王は自らをメルエムと名乗るものの、その記憶の一部は失われていた。シャウアプフとモントゥトゥユピーを連れ、自身の記憶を取り戻すべく王は宮殿へ向かう。プフは護衛軍として、女王の遺志を継ぐ者として、コムギに関する記憶が戻らないままの方が王のためであると考え、分身をいち早く宮殿へ差し向けコムギを消すべく宮殿を捜索する。そしてコムギを背負い宮殿の一角の壁の上の通路に立つキルアの姿を発見し…。

王･メルエムの変わり果てた姿を見たプフとユピー。この世の終わりを嘆くが如く悲しみに満ちた声がただ響き渡る。涙に顔を濡らし、絶望に苛まれる二匹。が、王はまだ死んではいなかった。プフは瞬時に王を救う方法を思いつく。「私を召し上がっていただく」。王の命を救うため自らの身を捧げるプフの表情は、絶望の涙から王をいやせる歓喜の涙に変わった。そして…。

「メルエム…それがお主の名だ」。迫る王にネテロは遂に名を告げる。そして次の瞬間、白い光がすべてを飲み込んだ。胸に仕込んであったミニチュアローズと呼ばれる抜群の殺傷能力をもつ爆弾を、ネテロは自らの心臓を止めることで起動させた。全てを終わらせるためにネテロは自爆した。人と蟻はどこが違うのか。今となっては確かめようもない。

激しく強烈な連打を放ち続けるネテロの奥義 ”百式観音” は、その巨大な手で王を地面に叩き飛ばし、虫を殺すが如く王を叩き潰す。しかし王自身はまったくの無傷。連続する百式観音の攻撃から飛び出した王がネテロに反撃を仕掛けるが、ネテロも王の攻撃をかわすハイレベルな戦闘が続いている。王との戦いに悦びを感じるネテロ。それは王も同様だった。王は攻撃をかわし、仕掛けながらもひたすらに考え、感じていた。

王の下 (もと) へ急ぐシャウアプフとモントゥトゥユピー。その頃、宮殿2階の部屋では、座って待つゴンの前で、ネフェルピトーがドクターブライスでコムギの治療を続けていた。また、後方でそれを見るプフの背後には、メレオロンの制止を振り切ってプフとの直接対決に臨もうとしているナックルの姿があった。しかしプフは、ここにいるのは分身であり、本体は王の元に向かっているとナックルに告げる。

宮殿内の部屋で充電が完了したキルアは、目にも止まらぬ速さでゴンのもとへと走り出すが、何者かの気配を感じ立ち止まった。覚えのある気配を纏い、静まりきった廊下でキルアに歩き近づいて来たのは、無表情で長髪細身の女…パーム。しかし面影を残しながらも以前のパームではない事が明白なその姿は護衛軍に捕まったことが明らかであり、キルアの神経を激しく波立たせる。

王とネテロ会長の真の闘いが始まろうとしていたその頃、ブロヴーダにとどめを刺せなかったイカルゴが宮殿地下のモニター室でコンソールに突っ伏し、涙で顔を濡らしながら悔しげに泣き続けていた。しかしイカルゴは、パームを探すという使命を思い出し、自身に気合を入れ顔を上げる。だが、その目に飛び込んできたモニター映像は、イカルゴを困惑させるものだった。閉まっているはずの防火壁が上がり、扉も開放されている…。

決戦の地へと、ゼノの能力･ドラゴンヘッドが星の瞬く夜空を飛んでいる。龍の腕には王･メルエム、龍の胴体にはネテロ。到着した荒野でネテロと向き合う王は「なぜ戦う?」と問う。王はコムギとの出会いを通し、人間にも ”生かすに足る人間” がいる事を知り、ネテロもそれに該当すると考えたのだ。矛を収めるのであれば許すとの王の提案に、聞けない相談と念をまとい構えるネテロ。遂に王と会長の闘いが始まろうとしている。

傷ついたコムギを、自身の能力『ドクターブライス』で治療するネフェルピトー。そのそばで、じっと治療の終了を待つゴンがいる。背後でその光景を見ていたシャウアプフは、その雰囲気にただならぬものを感じていた。一方、中央塔の付近では、怒りをコントロールすることで肉体を次々に変異させたモントゥトゥユピーがいた。ユピーが念能力の使用が不可能になるまであと3分50秒。

顔を強ばらせたナックルが立ち尽くしている。瀕死であったシュートが居なくなっていた。そんな頃、プフのサナギの前に悩み続けていたモラウが遂に行動に出ようとしていた。巨大キセルを肩に担ぎ、ネジを巻くようにググッと体を捻る…そして視線の先にあるサナギを破壊した。その中には読み通りプフはいなかった…。プフは玉座の間の外、ドーム状の屋根の上に立っていた。「くっ、くっ…」と不気味に笑い出すプフ。

ユピーが討伐軍の能力に対し、畏敬の念を持って認め始めていた頃、プロヴーダの砲撃を受けて粉々にされたトラックの下に隠れているイカルゴがいた。パーム救出のため宮殿に侵入していたイカルゴはプロヴーダが乗り込んだエレベーターが上に行かないのを見ると好機と太い眉を上げた。エレベーターを起動させるには暗証番号が必要だが…。