仲間たちと別れ、紋章の謎を解くためにゲンナイを捜し続ける光子郎とテントモン。しかし光子郎の紋章を狙うピコデビモンが行く手に立ちはだかる。ピコデビモンのワナにはまり、深い穴へと落ちていく光子郎たち。そこは人の心を奪って商品にする正体不明のデジモン・ベーダモンが支配する奇妙な空間だった。光子郎はベーダモンから命を助けることと引き換えに探求心を捨てるように要求されるのだが・・・。

仲間たちと別れ、紋章の謎を解くためにゲンナイを捜し続ける光子郎とテントモン。しかし光子郎の紋章を狙うピコデビモンが行く手に立ちはだかる。ピコデビモンのワナにはまり、深い穴へと落ちていく光子郎たち。そこは人の心を奪って商品にする正体不明のデジモン･ベーダモンが支配する奇妙な空間だった。光子郎はベーダモンから命を助けることと引き換えに探求心を捨てるように要求されるのだが…。

タケルを残して湖の対岸を調べに来たヤマトが見たのは、レストランで働く丈とゴマモンの姿だった。丈たちは食事代が払えなくてオーナーのデジタマモンにこきつかわれていたのだ。しかし失敗続きで仕事はどんどん増える一方。「僕は一生ここから出られないのか」落ち込む丈を見かねたヤマトは、丈を助けるために自分もそこで働くことを決意する。逆に緊張して失敗を繰り返す丈。タケルが気がかりでイライラをつのらせるヤマト。そんなヤマトの焦る気持ちをピコデビモンに利用され・・・。

タケルを残して湖の対岸を調べに来たヤマトが見たのは、レストランで働く丈とゴマモンの姿だった。丈たちは食事代が払えなくてオーナーのデジタマモンにこきつかわれていたのだ。しかし失敗続きで仕事はどんどん増える一方。「僕は一生ここから出られないのか」。落ち込む丈を見かねたヤマトは、丈を助けるために自分もそこで働くことを決意する。逆に緊張して失敗を繰り返す丈。タケルが気がかりでイライラをつのらせるヤマト。そんなヤマトの焦る気持ちをピコデビモンに利用され…。

妹のヒカリに別れを告げ、太一とアグモンは再びデジタルワールドに戻ってきた。デジヴァイスの反応を頼りに仲間たちを探す太一。やっとのことでトコモンを見つけたものの、そのとなりにタケルや他の仲間の姿はなかった。「タケルは？他のみんなは？」問いかける太一にトコモンが驚くべき事実を語る。太一たちがいない間にこの世界では数ヶ月の時が流れ、仲間たちもバラバラに別れてしまっていたのだ。

妹のヒカリに別れを告げ、太一とアグモンは再びデジタルワールドに戻ってきた。デジヴァイスの反応を頼りに仲間たちを探す太一。やっとのことでトコモンを見つけたものの、そのとなりにタケルや他の仲間の姿はなかった。「タケルは? 他のみんなは?」問いかける太一にトコモンが驚くべき事実を語る。太一たちがいない間にこの世界では数ヶ月の時が流れ、仲間たちもバラバラに別れてしまっていたのだ。

超進化したメタルグレイモンの力でエテモンを倒したものの、自らも次元の亀裂に取り込まれてしまった太一。気がついた太一の目に映ったのは、見覚えのある公園・・・元いた世界の懐かしい景色だった。戸惑いながらも自宅のマンションを目指す太一。そこで太一を待っていたのは向こうの世界に行ってからまだ一日も経っていないという衝撃の事実と、なぜかデジモンの存在を知る妹のヒカリだった・・・。

超進化したメタルグレイモンの力でエテモンを倒したものの、自らも次元の亀裂に取り込まれてしまった太一。気がついた太一の目に映ったのは、見覚えのある公園…元いた世界の懐かしい景色だった。戸惑いながらも自宅のマンションを目指す太一。そこで太一を待っていたのは向こうの世界に行ってからまだ一日も経っていないという衝撃の事実と、なぜかデジモンの存在を知る妹のヒカリだった…。

自らの復讐の道具として空とピヨモンを連れ去るナノモン。自分が空を助け出していれば・・・と自分を責め続ける太一。光子郎の解析でナノモンがピラミッドの最下層に潜んでいることを知った太一は、危険を覚悟で空を救出に向かうが、あと一歩で空の元にたどりつくというその時、太一の前に再び高圧電流の壁が立ちはだかった・・・。空を取り戻すために、そして、自分の勇気を取り戻すために、太一は一歩を踏み出す。

自らの復讐の道具として空とピヨモンを連れ去るナノモン。自分が空を助け出していれば…と自分を責め続ける太一。光子郎の解析でナノモンがピラミッドの最下層に潜んでいることを知った太一は、危険を覚悟で空を救出に向かうが、あと一歩で空の元にたどりつくというその時、太一の前に再び高圧電流の壁が立ちはだかった…。空を取り戻すために、そして、自分の勇気を取り戻すために、太一は一歩を踏み出す。

エテモンのネットワークに接続した光子郎のパソコンに、突然謎のメールが届いた。自分を助けてくれたら紋章のありかを教える、その言葉を信じてメールの差出人の元に向かう太一たち。ようやくたどりついたピラミッドで一行を待っていたのは、かつてエテモンに敗れて封印されたマシーンデジモン・ナノモンだった。ナノモンの封印を解こうとする太一たち。そこに現れ襲いかかるエテモン。間一髪でエテモンの妨害をかわしナノモンを救い出した太一だったが、事態は思いがけない方向に・・・。

エテモンのネットワークに接続した光子郎のパソコンに、突然謎のメールが届いた。自分を助けてくれたら紋章のありかを教える、その言葉を信じてメールの差出人の元に向かう太一たち。ようやくたどりついたピラミッドで一行を待っていたのは、かつてエテモンに敗れて封印されたマシーンデジモン･ナノモンだった。ナノモンの封印を解こうとする太一たち。そこに現れ襲いかかるエテモン。間一髪でエテモンの妨害をかわしナノモンを救い出した太一だったが、事態は思いがけない方向に…。

新たな紋章を手に入れた子供たちだが、その顔は晴れない。正しい育て方をしないと正しい進化はしないことを知らされたからだ。中でも、間違ってスカルグレイモンに進化したことが忘れられない太一とアグモンは、パワーアップしたクワガーモンに襲われてもグレイモンに進化することができない。そんな絶体絶命の二人を救ったのは、不思議な魔法を操る妖精型デジモン・ピッコロモンだった。正しい進化のための修行と称して洞窟に連れて行かれる太一とアグモンだが、そこで二人を待っていたのは・・・。

新たな紋章を手に入れた子供たちだが、その顔は晴れない。正しい育て方をしないと正しい進化はしないことを知らされたからだ。中でも、間違ってスカルグレイモンに進化したことが忘れられない太一とアグモンは、パワーアップしたクワガーモンに襲われてもグレイモンに進化することができない。そんな絶体絶命の二人を救ったのは、不思議な魔法を操る妖精型デジモン･ピッコロモンだった。正しい進化のための修行と称して洞窟に連れて行かれる太一とアグモンだが、そこで二人を待っていたのは…。

砂漠を歩き続け、疲れきった一行を救ったのは、突如として現れた豪華客船だった。思いがけない幸運に大喜びの子供たち。しかしそんな彼らの様子をうかがう怪しい影が・・・。実はその船の船長はエテモンの部下、コカトリモンだったのだ。コカトリモンに次々と石に変えられていくデジモンたち。そして残されたピヨモンとパルモンのプリティー・ペアの前にもコカトリモンの恐怖が迫る！彼女たちの運命は、はたして・・・？！

砂漠を歩き続け、疲れきった一行を救ったのは、突如として現れた豪華客船だった。思いがけない幸運に大喜びの子供たち。しかしそんな彼らの様子をうかがう怪しい影が…。実はその船の船長はエテモンの部下、コカトリモンだったのだ。コカトリモンに次々と石に変えられていくデジモンたち。そして残されたピヨモンとパルモンのプリティー･ペアの前にもコカトリモンの恐怖が迫る! 彼女たちの運命は、はたして…?!

エテモンの圧倒的なパワーの前になす術もなく敗れ去った太一たち。エテモンの魔の手を逃れて進む途中、一行は紋章の反応に導かれて砂漠の中のコロシアムへとたどりついた。しかしそこで彼らを待ち受けていたのは、エテモンが操るもう一匹のグレイモンだった！敵グレイモンの激しい攻撃に追いつめられるグレイモン。さらなる進化を起こすため、太一はあえて無謀な賭けに出るが・・・。

エテモンの圧倒的なパワーの前になす術もなく敗れ去った太一たち。エテモンの魔の手を逃れて進む途中、一行は紋章の反応に導かれて砂漠の中のコロシアムへとたどりついた。しかしそこで彼らを待ち受けていたのは、エテモンが操るもう一匹のグレイモンだった! 敵グレイモンの激しい攻撃に追いつめられるグレイモン。さらなる進化を起こすため、太一はあえて無謀な賭けに出るが…。

ホエーモンの協力で進化の鍵となるタグを手に入れ、希望もあらたに航海を続ける子供たち。ついにサーバ大陸に上陸！だが、上陸してたどりついたのは、意地悪で有名なパグモンたちの村！警戒するなか、パグモンの意外な歓待におどろく子供たち。だが、そこには、新たな敵、エテモンの罠が・・・。

ホエーモンの協力で進化の鍵となるタグを手に入れ、希望もあらたに航海を続ける子供たち。ついにサーバ大陸に上陸! だが、上陸してたどりついたのは、意地悪で有名なパグモンたちの村! 警戒するなか、パグモンの意外な歓待におどろく子供たち。だが、そこには、新たな敵、エテモンの罠が…。

さらに強大な敵の不安を覚える子供たち。そんな彼らの前に突然現れたのは、ゲンナイと名のる謎の老人の立体映像だった。サーバ大陸にきて、暗黒デジモンを倒して欲しいという。ゲンナイの言葉によれば、『タグ』に紋章をはめこめば、デジモンたちがさらに進化できるというのだ。かくして一行は、海を越えサーバ大陸にむかうために行動を開始した。

さらに強大な敵の不安を覚える子供たち。そんな彼らの前に突然現れたのは、ゲンナイと名のる謎の老人の立体映像だった。サーバ大陸にきて、暗黒デジモンを倒して欲しいという。ゲンナイの言葉によれば、『タグ』に紋章をはめこめば、デジモンたちがさらに進化できるというのだ。かくして一行は、海を越えサーバ大陸にむかうために行動を開始した。

レオモンをつかってのタケルの始末に失敗したデビモンは、暗黒の力を一身に集めて巨大化し子供たちの前に現れた。一斉に進化してデビモンに総攻撃をしかけるグレイモンたち。しかし、その圧倒的な力の前に次々と倒され、タケルとパタモンだけに・・・。二人がデビモンに捕らえられ、絶望が支配する中、パタモンに進化の時が訪れる・・・！「パタモン進化～～っ！エンジェモン！」

レオモンをつかってのタケルの始末に失敗したデビモンは、暗黒の力を一身に集めて巨大化し子供たちの前に現れた。一斉に進化してデビモンに総攻撃をしかけるグレイモンたち。しかし、その圧倒的な力の前に次々と倒され、タケルとパタモンだけに…。二人がデビモンに捕らえられ、絶望が支配する中、パタモンに進化の時が訪れる…!「パタモン進化～～っ! エンジェモン!」

みんなとはぐれ、ヤマトのことを想って泣き出すタケルを見て、悲しみをつのらせるパタモン。自分が進化さえできれば・・・。そんな二人がたどり着いたのは、デジモンたちが生まれ進化する「始まりの町」だった。赤ちゃんデジモンたちをめぐる誤解から、にらみ合い、ケンカを始めるパタモンとエレキモン。怯えながら二人の様子を見守る赤ちゃんデジモンたち。二人の戦いがますます激しくなろうとしたその時・・・。

みんなとはぐれ、ヤマトのことを想って泣き出すタケルを見て、悲しみをつのらせるパタモン。自分が進化さえできれば…。そんな二人がたどり着いたのは、デジモンたちが生まれ進化する「始まりの町」だった。赤ちゃんデジモンたちをめぐる誤解から、にらみ合い、ケンカを始めるパタモンとエレキモン。怯えながら二人の様子を見守る赤ちゃんデジモンたち。二人の戦いがますます激しくなろうとしたその時…。

空は、食料を手に入れるために釣りをしていたが、その針にかかったのはなんと丈とゴマモン。ゴマモンのお願いをきいて、空たちは気弱になった丈に自信をつけさせるために、丈をこの場のリーダーにする。リーダー丈の先導で教会に向かった一同が、おそるおそる扉のすきまから教会の中をのぞき見ると、仮面をつけて踊る村人の姿があった。不思議がる丈たちの耳に突然男の声が響く。「バケモン様にお供え物をするカーニバルです」思わず飛び上がる丈たち。そこに立っていたのは怪しげな仮面をつけた牧師だった。

空は、食料を手に入れるために釣りをしていたが、その針にかかったのはなんと丈とゴマモン。ゴマモンのお願いをきいて、空たちは気弱になった丈に自信をつけさせるために、丈をこの場のリーダーにする。リーダー丈の先導で教会に向かった一同が、おそるおそる扉のすきまから教会の中をのぞき見ると、仮面をつけて踊る村人の姿があった。不思議がる丈たちの耳に突然男の声が響く。「バケモン様にお供え物するカーニバルです」。思わず飛び上がる丈たち。そこに立っていたのは怪しげな仮面をつけた牧師だった。

デビモンに飛ばされたミミとパルモンは人気のない鬱蒼としたジャングルの中にいた。『輝ける黄金ウンチ』のスカモンと、その相棒で悪知恵の働くネズミ型デジモンのチューモンの最低追いはぎコンビだ！荷物の取り合いをするうちに、デジバイスの光に心を洗われて、スカモンとチューモンはいきなりいいデジモンになってしまった。しかもスカモンたちは遺跡に落ちたらしい光子郎とテントモンを見ていて、ミミはその遺跡に向かうことに・・・。

デビモンに飛ばされたミミとパルモンは人気のない鬱蒼としたジャングルの中にいた。『輝ける黄金ウンチ』のスカモンと、その相棒で悪知恵の働くネズミ型デジモンのチューモンの最低追いはぎコンビだ! 荷物の取り合いをするうちに、デジバイスの光に心を洗われて、スカモンとチューモンはいきなりいいデジモンになってしまった。しかもスカモンたちは遺跡に落ちたらしい光子郎とテントモンを見ていて、ミミはその遺跡に向かうことに…。

デビモンの強大な力でファイル島はバラバラに引き裂かれた。そして子供たちもそれぞれ別の小島に飛ばされてしまう。仲間と離れ離れになった太一は真っ白な雪が降り積もる厳寒の島にいた。すぐ近くにヤマトがいることを知り、ユキダルモンの助けを借りてヤマトがいるという島へ向かうが、そこで起きていた出来事とは・・・！

デビモンの強大な力でファイル島はバラバラに引き裂かれた。そして子供たちもそれぞれ別の小島に飛ばされてしまう。仲間と離れ離れになった太一は真っ白な雪が降り積もる厳寒の島にいた。すぐ近くにヤマトがいることを知り、ユキダルモンの助けを借りてヤマトがいるという島へ向かうが、そこで起きていた出来事とは…!

丈の決死の行動がゴマモンをイッカクモンに進化させた。ユニモンを黒い歯車から解放した一行はムゲンマウンテンの山頂を目指す。丈の悲痛な叫びが辺りに響き渡る。子供たちが危険と引き換えに得たのは、新たなる絶望でしかなかった。そう、子供たちのいるファイル島は絶海に浮かぶ孤島だったのだ。一方そのころ、ファイル島に広がる邪悪な影もその正体を現しつつあった。その名はデビモン！

丈の決死の行動がゴマモンをイッカクモンに進化させた。ユニモンを黒い歯車から解放した一行はムゲンマウンテンの山頂を目指す。丈の悲痛な叫びが辺りに響き渡る。子供たちが危険と引き換えに得たのは、新たなる絶望でしかなかった。そう、子供たちのいるファイル島は絶海に浮かぶ孤島だったのだ。一方そのころ、ファイル島に広がる邪悪な影もその正体を現しつつあった。その名はデビモン!

年長者としてひとりですべてを背負い込んだ気分の丈だが、実際にはなかなかみんなの信頼を得られないでいた。みんなをまとめられない悔しさ。優柔不断な自分自身へのいらだち。年長者としての責任感。思いつめた丈は寝静まる仲間たちを残してひとりムゲンマウンテンを目指した。「オイラも一緒に行くよ」そんな丈の背中にゴマモンが声をかける。

年長者としてひとりですべてを背負い込んだ気分の丈だが、実際にはなかなかみんなの信頼を得られないでいた。みんなをまとめられない悔しさ。優柔不断な自分自身へのいらだち。年長者としての責任感。思いつめた丈は寝静まる仲間たちを残してひとりムゲンマウンテンを目指した。「オイラも一緒に行くよ」。そんな丈の背中にゴマモンが声をかける。

地下下水道から、気持ちの悪いヌメモンにつきまとわれて困っていたミミ。だが、たどりついたおもちゃのまちでミミが見たのは、感情を奪われておもちゃにされた太一たちだった。黒い歯車の力で悪の心に支配されたもんざえモンが人間とおもちゃの立場を入れ替えたのだ。みんなを助けられるのはミミとパルモンしかいない。みんなを助けるためにヌメモンに協力を求めるミミ。ミミの必死さがヌメモンを動かし、ミミを守るため懸命にがんばる。そんなヌメモンたちを見たパルモンの心に何かが芽生える。

地下下水道から、気持ちの悪いヌメモンにつきまとわれて困っていたミミ。だが、たどりついたおもちゃのまちでミミが見たのは、感情を奪われておもちゃにされた太一たちだった。黒い歯車の力で悪の心に支配されたもんざえモンが人間とおもちゃの立場を入れ替えたのだ。みんなを助けられるのはミミとパルモンしかいない。みんなを助けるためにヌメモンに協力を求めるミミ。ミミの必死さがヌメモンを動かし、ミミを守るため懸命にがんばる。そんなヌメモンたちを見たパルモンの心に何かが芽生える。

たどり着いた工業都市で、都市の動力源である電池を調べると、中のコンピューターのプログラム自体が電気を起こしていた。光子郎はパソコンで、プログラムの解析を始める。「もしかすると謎が解けるかもしれないよ。この世界がどういう世界で、君たちが何者か、とか」不思議そうなテントモンに笑顔で答える光子郎。だが、光子郎が太一たちの元に報告に戻ると、太一たちは黒い歯車に操られた完全体の強力なデジモン・アンドロモンに追われていた！

たどり着いた工業都市で、都市の動力源である電池を調べると、中のコンピューターのプログラム自体が電気を起こしていた。光子郎はパソコンで、プログラムの解析を始める。「もしかすると謎が解けるかもしれないよ。この世界がどういう世界で、君たちが何者か、とか」。不思議そうなテントモンに笑顔で答える光子郎。だが、光子郎が太一たちの元に報告に戻ると、太一たちは黒い歯車に操られた完全体の強力なデジモン･アンドロモンに追われていた!

空に甘えたがるピヨモン。空もつい甘い顔をしてしまう。無邪気に喜ぶピヨモンの姿に複雑な心境の空。そんな時、一同が草原で見つけたのは、偶然にもピョコモンたちの村。メラモンが襲ってきたのだ。逃げ惑うピョコモンや子供たち。ピヨモンは逃げ遅れたピョコモンたちのために引き返し、空もピヨモンを助けに戻る。しかしメラモンの強力な攻撃の前にピヨモンは傷つき、空にもピンチが迫る。その時、空を守るために、ピヨモンが進化をとげる・・・！

空に甘えたがるピヨモン。空もつい甘い顔をしてしまう。無邪気に喜ぶピヨモンの姿に複雑な心境の空。そんな時、一同が草原で見つけたのは、偶然にもピョコモンたちの村。メラモンが襲ってきたのだ。逃げ惑うピョコモンや子供たち。ピヨモンは逃げ遅れたピョコモンたちのために引き返し、空もピヨモンを助けに戻る。しかしメラモンの強力な攻撃の前にピヨモンは傷つき、空にもピンチが迫る。その時、空を守るために、ピヨモンが進化をとげる…!

元の世界に戻る手がかりを探して歩き始めた太一たち。途中ヤマトはなにかとタケルを気づかうが、タケルはむしろ放任主義で行動的な太一の方になびいてしまう。タケルに悪気がないことを知りながらも、イライラをつのらせるヤマトはみんなが寝静まった夜自らの心を落ち着けるようにハーモニカを奏でる。そんなヤマトにガブモンがそっと寄り添う。しかし、そこに新たなデジモン・シードラモンの襲撃が・・・！

元の世界に戻る手がかりを探して歩き始めた太一たち。途中ヤマトはなにかとタケルを気づかうが、タケルはむしろ放任主義で行動的な太一の方になびいてしまう。タケルに悪気がないことを知りながらも、イライラをつのらせるヤマトはみんなが寝静まった夜自らの心を落ち着けるようにハーモニカを奏でる。そんなヤマトにガブモンがそっと寄り添う。しかし、そこに新たなデジモン･シードラモンの襲撃が…!

太一の意見でしかたなく海を目指した一行は、休憩もかねて食料や持ち物の確認をすることになった。しかし疲れもいえないうちに新たなピンチが太一たちを襲う。おまけにデジモンたちはお腹が空いてまともに戦うことができない。唯一食事をしていたアグモンはみんなを守るため太一と二人でシェルモンに立ち向かうが、力の差は大きく逆に太一がシェルモンの触手に捕まってしまう。

太一の意見でしかたなく海を目指した一行は、休憩もかねて食料や持ち物の確認をすることになった。しかし疲れもいえないうちに新たなピンチが太一たちを襲う。おまけにデジモンたちはお腹が空いてまともに戦うことができない。唯一食事をしていたアグモンはみんなを守るため太一と二人でシェルモンに立ち向かうが、力の差は大きく逆に太一がシェルモンの触手に捕まってしまう。

干ばつ。洪水。真夏に降る雪・・・。世界中がおかしかったその夏。日本からは見えるはずのないオーロラを目撃した太一たちは、オーロラの裂け目から飛来した謎の光に異世界へと連れ去られてしまう。すべてが未知のその世界で太一たちが最初に出会ったのは、自分たちを「待っていた」という奇妙な生物、デジタルモンスターだった。

干ばつ。洪水。真夏に降る雪…。世界中がおかしかったその夏。日本からは見えるはずのないオーロラを目撃した太一たちは、オーロラの裂け目から飛来した謎の光に異世界へと連れ去られてしまう。すべてが未知のその世界で太一たちが最初に出会ったのは、自分たちを「待っていた」という奇妙な生物、デジタルモンスターだった。