【最終話】ダーク･キングダムにたどり着いたセーラームーンの前にクイン･ベリルが姿を現した。しかも、そのかたわらにはエンディミオンの姿があった。セーラームーンに襲いかかるエンディミオン。セーラームーンは傷付き、涙を溢れさせながら、エンディミオンに目を覚ますよう必死に訴え続ける。「あたし、セレニティです…」

ダーク･キングダムとの最終決戦を前に決意を新たにするセーラー戦士たちは、セーラーテレポートで北極圏Dポイントへやってきた。しかし、セーラー戦士抹殺のために送り込まれた、5人のD.D.ガールズの卑劣な戦法に苦しむセーラー戦士。ついに、D.D.ガールズにつかまったジュピターは、相打ちを覚悟で電撃を放った。

ヴィーナスとアルテミスがダーク･キングダムへの道を発見した。洞窟のようなその道を進むセーラー戦士たち。しかしクンツァイトに阻まれてしまう。その時、銀水晶が輝き、セーラームーンたちは月の王国シルバー･ミレニアムの廃墟へ飛ばされ、そこでクイーン･セレニティから、太古の月と地球の物語を聞かされる。

セーラー戦士たちがうちわもめしているという情報が、ダーク･キングダムに伝わってきた。真偽を確かめるべく、クンツァイトは妖魔に指令を下す。妖魔の前でも仲間割れを始めるセーラー戦士たち。うさぎは妖魔が変装した週刊誌の記者に、セーラームーンがタキシード仮面のために仲間を裏切ると伝えるのだが…。

美奈子はイギリス時代の知合いの国際警察官のカタリナに会っていた。美奈子がセーラーVだった過去を知るカタリナは、セーラー戦士の連絡先を教えて欲しいと頼んできた。カタリナは、すでにクンツァイトに操られていたのだ。美奈子は、その行動を熟知するカタリナの妖魔に追い詰められ、ピンチにおちいってしまった。

虹水晶を持っていた妖魔7人衆のうち、5人が黒水晶に取り込まれた。残るのは浦和とレイの祖父だけ。レイの祖父を守るために集まったセーラー戦士たち。そして浦和を迎えに、亜美とまことが町へ向かう。しかし浦和の前には、すでにエンディミオンが出現。ジュピターが戦うあいだに、マーキュリーと浦和は遊園地へ逃げ込んだ。

月野一家は、湖のほとりの温泉宿へ一泊旅行にやってきた。そこは、うさぎの両親が出会った思い出の場所だった。家族で露天ぶろを楽しむうさぎは、湖のほとりにたたずむ衛を見つける。しかし衛は、うさぎのことも、衛という名前も知らないと言い姿を消す。うさぎを迎えにきた母は、湖に伝わる悲しい恋人の伝説を語った。

金メダルペアのスケート選手･ジャネリンとミーシャが5人組の女の子に無料コーチをしてくれる。うさぎと美奈子は、5人組限定がアヤシイと言い張ってみんなを集める。しかし、はじめてのスケートでコケまくるうさぎ。一方、氷上を華麗に滑るまことを見たミーシャが、個人コーチをすると申し出てきた。

うさぎたちは、ムーンプリンセスコンテストが開かれる月光ゲレンデへ行くことになった。はりきるうさぎだが、じつはスキーはニガテ。しかし、このコンテストもクンツァイトのワナだった。妖魔によってゲレンデが形を変えてしまい、参加者たちが倒れていく。そしてうさぎとレイもクレバスの中に閉じ込められてしまった。

円盤投げゲームで合格したうさぎは、ローズ屋敷のプリンセスセミナーに参加することになった。しかしそのセミナーは、クンツァイトのワナ。円盤投げがうまくて、しかも卒業できないのが、いつもドジなセーラームーンだと見破ったのだ。ほかのセーラー戦士もやってきたが、合格点が取れたのは亜美とまことだけだった。

タキシード仮面が連れ去られて、すっかり落ち込んでいるうさぎを励まそうと美奈子がやってきた。そして2人は話題のヘアデザイナー･カリコ床山の店へ向かう。しかし、そこはクンツァイトのワナ。妖魔に襲われた美奈子を助けるためにうさぎは変身して戦う。妖魔を追い詰めるうさぎの目の前に、赤いバラが突き刺さった。

セーラームーンは銀水晶の力で、月のプリンセス･セレニティの記憶を取り戻した。タキシード仮面にも、地球の王子･エンディミオンの記憶が戻った。しかし衛はクンツァイトにさらわれてしまう。スターライトタワーからの脱出をこころみるセーラー戦士たち。しかしセーラームーンは、もう戦いたくないと言い出した。

セーラーヴィーナスは月のプリンセスではなかった。一方、タキシード仮面の正体が衛だと知ったゾイサイトは、それぞれの虹水晶をかけて勝負を挑んできた。町で衛と会ったうさぎは、一緒にゾイサイトにさらわれてしまう。虹水晶を奪われて危機一髪の2人。ついにうさぎは、衛の目の前で変身した。

虹水晶を持つタキシード仮面をおびき出すため、ゾイサイトはニセセーラームーン作戦を思い立つ。ニセモノを追い、コンビナートへやってきたうさぎたちは、クレーンに吊されたニセセーラームーンを発見した。ワナと知りつつ変身したうさぎたちだが、やはりクンツァイトのバリアにとらわれてしまった。

海野がなると接近中。しかし、なかなか友達レベルから発展しない。うさぎはカッコイイ男になれば、きっとなるも振り向いてくれると海野をたきつける。勘違いした海野はタキシード海野仮面になって、なるの身辺警護を開始。うさぎは、さらに遊園地でのデートを画策したが、そこではゾイサイトの計画も進行していた。

大群のネコに追われたルナを助けたのは、1匹の巨大なネコのレッドバトラーだった。亜美が最後の虹水晶を突き止めたが、なんとそこはレッドバトラーの飼い主の家。ルナは別行動をとると言い張り、またしてもネコの大群に襲われてレッドバトラーに助けられてしまう。するとそこへゾイサイトが現われた。

レイの祖父の前にゾイサイトが現われた。祖父が第6の虹水晶を持っているというのだ。祖父は神通力と、カラスのフォボスとディモスの助けでゾイサイトを追い返したが、翌日からようすがおかしくなってしまった。うさぎは、祖父の弟子の雄一郎のことでレイから絶交されてしまう。しかし、ふたたびゾイサイトが現われて。

まんまと元基のアパートへ行ったまことは、そこで元基に恋人のレイカがいることを知って大ショック。そのことをまことから聞かされたうさぎも大ショック。しかし、レイカは留学するという。チャンス到来と喜び、レイカに会いに行ったまことは反対にレイカを元気付けてしまう。そのレイカをゾイサイトが狙っていた。

虹水晶を奪っていったタキシード仮面に思い悩むうさぎは、恋のイラストで人気の夢野ユメミの展覧会で衛を見かける。衛とともにユメミに招待されたうさぎは、そこでイラストのモデルになって欲しいと頼まれた。そして、仕上がったスケッチを見たとき、衛は過去の記憶を呼び覚まされはじめるのだった。

中間テストで1位になった浦和が亜美に告白したいということを知ったうさぎは、恋のキューピッドになることを決意。その浦和の前にゾイサイトが現われる。しかし、予知能力でゾイサイトの出現を知っていた浦和は驚かない。そこへやってきた亜美は浦和を助けるが、自分が妖魔になったら殺してくれと亜美に頼む。

ネフライトの死から立ち直れないなるを心配して、うさぎは海野も誘い横浜に行く。外人墓地で悲しみに暮れるなるを牧師が励ましてくれた。そこへゾイサイトが現われて、牧師から虹水晶を奪い妖魔が出現。危機一髪のうさぎをタキシード仮面とジュピターが救う。しかし、虹水晶はタキシード仮面が持ち去ってしまった。

ついにクイン･メタリアが目覚め、7つの虹水晶をもとめてゾイサイトが町へ向かう。そのころ、怖いお兄さんから救ってくれた転校生の木野まこととうさぎは友達になった。放課後、ゲームセンターで“クレーンの丈”を見たまことは、「センパイにそっくり」と目を輝かせる。しかし、ゲームセンターを出た丈をゾイサイトが襲う。

なるを妖魔から助けてしまった自分の感情にとまどうネフライト。なるはネフライトの力になってあげたいと悩み、うさぎに相談する。家を飛び出したうさぎだが、セーラームーンの正体がネフライトにバレてしまった。ネフライトに追い詰められるうさぎ。そのときネフライトの耳に、妖魔に襲われるなるの悲鳴が響いた。

なるは、三条院正人に恋をしてしまった。しかし三条院の正体がネフライトだと知るうさぎは大ショック。一方ネフライトは、なんとか銀水晶を手に入れて汚名を挽回しようとしていた。そのネフライトの黒水晶に浮かんだのは、なるの姿。なるの近くに銀水晶があると考えたネフライトは、なるを誘い出した。

ダイヤモンド国の晩餐会が開かれることになった。ルナは秘宝を受け継ぐ王女が月のプリンセスかもしれないと考えて、うさぎはお姫さまに変装して会場にもぐり込んだ。しかし、そこにはすでに幻の銀水晶を狙うネフライトが入り込んでいて、ふたたび出会ったなるを利用して、王女に近づこうとしていた。

セーラーVの劇場版を製作しているアニメ会社の原画マンの浩美が落したカット袋をスタジオへ届けた。すると、お礼に、うさぎたちとともにスタジオ見学に招待される。アニメの製作現場におおはしゃぎのうさぎとレイ。しかし、昨日とは人が変わってしまった浩美に怒鳴りつけられてしまう。浩美にはすでに妖魔が取り付いていたのだ。

夏になり、うさぎたちは特訓のために海辺のペンションで合宿することになった。しかしそこは古びた洋館で、ペンションのひとたちはうさぎを怖がらせてばかり。ほかのお客さんも、小さな女の子と怖い顔の父親だけ。特訓も忘れて浜辺で楽しむうさぎたち。しかしその夜から、ペンションでは不気味な現象がはじまった。

うさぎのクラス全員にタキシード仮面からのラブレターが届いた。しかしそれはネフライトが、セーラームーンを見つけるためのワナだったのだ。翌日、デパートでなるはネフライトに出会い、夜にまた会うことを約束する。ネフライトはなるがセーラームーンだと疑い、そのエナジーを奪おうとしていたのだった。

進悟はガールフレンドの香山みかにプレゼントされた人形を壊してしまった。その人形は、みかがフランス人形コンテストで入賞した人形だったのだ。うさぎから直接謝るようにといわれた進悟だが、みかは人形作りに夢中で会ってくれない。みかは、すでにネフライトの妖魔人形に操られていたのだ。

ネフライトがつぎに狙ったのは、日本写真大賞を受賞した中学生の篠川貴人。妖魔によって性格が変わってしまった篠川は、女の子を集めてコンテストを開く。うさぎもモデルを夢見て応募する。しかし撮影会場では撮影された女の子たちがつぎつぎに消えていく。そして、正体を現した妖魔に、亜美とレイも写真にされてしまった。