第21話 「桜田門内の変」／ビルの屋上。杉下右京（水谷豊）と亀山薫（寺脇康文）が、連続殺人犯を追いつめている。年貢の納め時が来たと犯人が観念したその時、右京たちの背後で声が上がる。「特命係の亀山～！」。いつもの台詞だが声が違う。薫が驚いて振り向くと、そこには捜査一課・四係の係長、轟木一郎太（小倉久寛）とその部下たちが立っていた。

第20話 「7人の容疑者」／都内のとある撮影所。ドラマなどの撮影に追われる各スタジオに、突然、撮影中止の命令が下る。爆破予告の電話がかかってきたのだ。スケジュールを心配するスタッフからは多少のクレームが出るが、やはりここは人命第一。警察の指示通りに全撮影は中止される。しかし、爆発物の発見はおろか、予告当日にも事件は起こらなかった。

第19話 「ついてない女」／「さようなら、ついてない私…」。白いコートを着て銃を構える月本幸子（鈴木杏樹）。しかし、銃口は幸子自身にではなく、暴力団の大物、向島茂（正城慎太郎）に向けられていた。夫の死後、借金と病気に苦しんだ幸子は、茂の愛人となることで生きながらえてきた。だが実は、茂こそが夫を殺害した張本人。

第18話 「節約殺人」／カリスマ的人気を誇る“節約主婦”としてテレビや雑誌で人気の松原宣子（伊藤かずえ）宅で、殺人事件が起こる。夫・真澄（平良政幸）が殺され、その犯人・浅田裕久（光宣）を宣子が正当防衛の末、殺害したのだ。真澄は刃物による刺殺。浅田は花瓶で頭部を一撃されていた。浅田は真澄にゆすられていたと言ったらしい。浅田の携帯には…。

第17話 「告発の行方」／ルポライター・堂島丈一（長谷川公彦）が死亡する。自宅マンションで何者かに襲われ、はずみで窓から転落したらしい。堂島の部屋の机や壁は、気味が悪いほどに傷付けられていた。その上に残る血の跡。堂島は、大きな賞を獲得したこともある骨太のライター。最近は筆が振るわなかったが、杉下右京（水谷豊）はその実力を認めていた。

第16話 「天才の系譜」／特命係の亀山薫（寺脇康文）はある夜、モデル風の若い女性と腕を組んで、高級ホテルから出てくる杉下右京（水谷豊）を目撃。反射的に物陰に隠れた薫は、右京がその女性との別れ際、現金を渡しハグする瞬間を見てしまう。翌日、特命係のテレビは、朝方、海岸で発見された女性の腐乱死体に関する報道番組を映し出している。

第15話 「殺人セレブ」／夜。警視庁を後にする杉下右京（水谷豊）と亀山薫（寺脇康文）。その脇を、捜査一課を乗せたパトカーが通り過ぎて行く。続く鑑識の車には、携帯電話を掲げて見せる米沢守（六角精児）。電話でひそかに情報を伝えるという右京へのサインだ。たまきの店で一杯やろうと考えていた薫は、ちょっとがっかりしつつも、右京とともに事件現場へ赴くのだった。

第14話 「アゲハ蝶」／野口史明（渡辺憲吉）の部屋。テーブルには蝶の標本と札束が置かれている。「お断りですよ」。テーブルをはさんで対峙する相手を、帰そうとする野口。その時…！翌日、野口は自室で刺殺体となって発見される。そこへ、熱心な蝶コレクターの染井繁（飯田基祐）が、警察の制止を振り切り飛び込んでくる。

第13話 「最後の着信」／夜の公園。バス停にやってきた亀山薫（寺脇康文）がタバコを取り出す。しかし中身はカラ。舌打ちする薫の前に、タバコが紙ケースごと差し出される。「ちょうど止めよう思てたとこや」。酩酊状態の男は、薫にタバコをケースごと手渡すと、千鳥足でその場を立ち去って行った。男は脇幸太郎（桐谷健太）。数日後、公園内で死体となって発見される。

第12話 「緑の殺意」／大型商業施設の最上階。開店を直前に控えたオーガニックレストランで、オーナーの川端敏臣（菊池隆則）にシェフの久保寺太一（小林隆）が詰め寄っている。業務契約が、久保寺に圧倒的不利な内容で締結されたからだ。しかし川端は、今辞めるなら違約金を要求すると、逆に久保寺を追い詰める。返す言葉もない久保寺。

ある銀行の昼休み。総務部の城崎愛梨（葉月里緒奈）が、眼鏡を掛け換え出かけて行く。その姿を追う何者かの視線。程なく総務部長・平林（斎藤洋介）あてに、愛梨を誘拐したとの電話がかかってくる。犯人は“須佐之男（スサノオ）”と名乗り、身代金5億円を要求。人を食った態度で警察への通報を容認した後、電話は一方的に切られる。 警視庁は“特殊班”の出動を要請。銀行と所轄署に指揮本部を設置し、犯人からの連絡を待つ。2度目の電話を逆探知した結果、犯人は愛梨の携帯電話を使用していると判明。居場所を絞れても、特定は難しい。警視庁は全署員を無期限待機とし、総動員で事件に当たる。ただし、特命係は対象外。亀山薫（寺脇康文）がふてくされて帰ろうとすると、犯人から3度目の連絡が入る。

第11話 「汚れある悪戯」／ある銀行の昼休み。総務部の城崎愛梨（葉月里緒奈）が、眼鏡を掛け換え出かけて行く。その姿を追う何者かの視線。程なく総務部長・平林（斎藤洋介）あてに、愛梨を誘拐したとの電話がかかってくる。犯人は“須佐之男（スサノオ）”と名乗り、身代金5億円を要求。人を食った態度で警察への通報を容認した後、電話は一方的に切られる。

第10話 「殺人生中継」／朝の天気予報。新人キャスターの八木沼リカ（宮地真緒）が、テレビ局のテラスから中継している。リカの大ファンという薬物対策課長の角田六郎（山西惇）は、画面に釘付けの状態。その時、テレビから女性の悲鳴が！角田と一緒に画面に見入る杉下右京（水谷豊）と亀山薫（寺脇康文）。リカは撮影クルーとともに、声が聞こえてきた方へと向かって走る。

第9話 「冤罪」／「私…、人を殺しました」。ある晩、緑川警察署に、内縁関係の青木由紀男（平井賢治）を自宅アパートで殺害したと、篠宮ゆかり（青山知可子）が出頭してくる。凶器の灰皿を持ったまま2時間もさまよい歩いた末、逃げ切れないとあきらめ、近くにあった緑川署に自首したのだという。

第8話 「監禁」／「無断欠勤とは、不届きですねぇ」。お昼過ぎ、亀山薫（寺脇康文）の出勤表を見つめながら、杉下右京（水谷豊）がつぶやく。薫は今朝から警視庁に姿を見せていない。携帯電話もつながらないままだ。そこへ、右京を訪ね女子中学生の2人組がやってくる。

第7話 「波紋」／ある日、交番に600万円もの大金が拾得物として届けられる。我こそは持ち主と名乗り出る人また人。交番内ではなぜか、金の亡者たちを杉下右京（水谷豊）と亀山薫（寺脇康文）がさばいている。そこへ、パトロールを終えた下薗司巡査（音尾琢真）が戻ってくる。テレビを見ながら一服する右京たち。

第6話 「殺人ヒーター」／捜査一課は怨恨の線で犯人の割り出しに掛かるが、思わしい成果が上がってこない。手詰まりの捜一に右京は、被害にあった会社の従業員になれなかった人物を調べるよう助言する。大きなヒントに思わず顔色を変える捜一の面々。それでも、特命係が捜査の一員に加えられることはないのだが…。

第5話 「悪魔の囁き」／前回に続いて…。捜査一課の勇み足により、村木重雄（小日向文世）は自殺。その直前、村木は10件すべての犯行を認めていた。だが、家宅捜索では、最初の事件から数えて7件分のピアスしか発見されなかった。焦る捜査一課は、共犯者を妻の順子（山下容莉枝）とにらみ、全件で村木を立件するため血眼の捜査を開始する。

第4話 「密やかな連続殺人」／片方だけのピアス。13年前、東京で起こった殺人事件の被害者が身に付けていた物だ。懸命の捜索にも関わらず、もう一方のピアスは発見されず、事件も未解決のまま。そのピアスが、引退した刑事（山崎一）から亀山薫（寺脇康文）に渡る。被害者、遺族、そして元同僚の無念をおもんばかる薫…。

第3話 「黒衣の花嫁」／教会。華やかなウェディングドレスを身にまとう津島瑞希（遠野凪子）。だが、対照的なほどにその表情は暗い。新郎・海老原元章（中原裕也）が現れないのだ。周囲にも不安な空気が漂い始めたころ、思いもよらない訃報が届く。2人が幸せをはぐくむはずだった新居で、海老原が他殺体で発見されたと…。

第2話 「殺人講義」／大学教授・春日秀平（石橋蓮司）と不倫関係にあった島田加奈子（石橋奈美）が服毒自殺をした！その晩、春日と加奈子は、将来、一緒になる約束を交わしていたのに…？だが、その約束はおろか、2人のひそかな男女関係を知る者はなく、遺書が見つかったこともあって、加奈子の死は疑われることなく自殺として処理される。

第1話 「閣下の城」／“閣下”と呼ばれた男を覚えているだろうか。名前は北条晴臣（長門裕之）。かつて、右京（水谷豊）たちの捜査により殺人犯として逮捕されながら、超法規的取引で自由の身を手に入れた傲慢・狡猾・残忍な元外務省事務次官だ。その閣下から、右京と薫（寺脇康文）にパーティーの招待状が届く。「すべてを水に流そう」。招待状にはそう書き添えられていた。