パイロットとして操縦桿を握ることは２度とできないと宣告された元（木村拓哉）。だが、「もう一度空を飛びたい」という一心で、成功率の低い手術を受ける。

緊急脱出訓練中、香田（堤真一）をかばって訓練施設から転落した元（木村拓哉）は救急車で病院へ。香田は自分の不注意で元にケガをさせたと、激しく自分を責める。

元（木村拓哉）から香田（堤真一）の過去を聞いた歩実（柴咲コウ）は、その後、元を避けるようになる。そんな中、緊急脱出訓練が行われることになり…。

定期的に行われるパイロットの身体検査と監査フライトの時期が到来。元（木村拓哉）は、ベテランパイロット・山上達生（柴俊夫）と共に監査フライトを受けることになる。

患者の容態が急変したため、急ぎ帰国したいと希望する医師・牛島（石田えり）のために、自分のフライトの便のチケットを取った元（木村拓哉）。だが悪天候で…。

海外研修からの帰り、新海元（木村拓哉）、香田（堤真一）たちは自社の飛行機に乗客として乗っていた。そんな中、香田がCAたちの接客態度を厳しく観察していると…。

上海でホテル火災が発生。政府の要請により全日空が日本人負傷者帰国のための特別チャーター便を出すことに。元（木村拓哉）はその副操縦士を任命される。

元（木村拓哉）がシフトされていた香港行きのフライトで、急きょ、香田（堤真一）が機長を務めることになった。香田機長のフライトにクルーも緊張する中、問題が発生する。

新海元（木村拓哉）は監査官の香田（堤真一）から謹慎処分を命じられた。１週間後、久々のフライトに心を弾ませる元だったが、香田によりシフトから外され…。

新海元（木村拓哉）は国際線旅客機の副操縦士。ある日、元は先輩パイロット・水島公作（岩城滉一）と一緒のフライトで大トラブルに見舞われる。