科捜研の女スペシャル／タクシーの転落事故発生の知らせを受けて駆けつけたマリコ（沢口靖子）ら科捜研のメンバーは、交通事故の現場にもかかわらず、捜査一課刑事の土門薫（内藤剛志）や刑事部鑑識の藤倉甚一（金田明夫）らが現れたことに驚く。

Last File／入居男性・山路肇（森下哲夫）が焼死した“百合根荘”で、今度は石川鱒乃（長内美那子）という女性入居者が転落死する事態が発生した。鱒乃が転落した時、彼女の部屋にいた入居者の倉林宗次朗（綿引勝彦）は、鱒乃は植木に水をやろうとして窓から落ちたのだと証言。山路も鱒乃も事故死だと主張する。

File15／老人ホーム“百合根荘”で火災が発生し、入居者のひとり、山路肇（森下哲夫）が焼死した。同じ入居者の倉林宗次朗（綿引勝彦）は、火災報知器が鳴ったため駆けつけたところキッチンで山路が炎に包まれており、消火器を使って火を消したと話す。実は火災の数時間前、百合根荘では山路が倉林に殴られ、救急車で搬送されるというもめ事が起きていたが…。

File14／閉店後のうどん店で爆発が起き、店内から身元不明の男性の死体が見つかった。店主の八木照子（田根楽子）は、火元も電気も確認して鍵も締めて帰ったと主張。現場の調査に入った榊マリコ（沢口靖子）は、照子から「自分のせいではないことを証明してくれ」とまくしたてられ、ビックリする。

File13／老舗旅館“紀沢屋”の仲居・真嶋沙織（吉川まりあ）の刺殺体が、自宅アパートで発見された。彼女は“美人すぎる仲居”として週刊誌のグラビアに取り上げられたほどの美貌の持ち主で、遺体の近くから茶色に染めた毛髪が見つかったほか、床に灰のような白い粉が落ちていた。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研の鑑定の結果、毛髪は被害者のものではないと判明。

File12／フードライター・錦織綾音（原田佳奈）の死体が、路上で見つかった。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研の調査と風丘早月（若村麻由美）による解剖の結果、頭を棒状の凶器で殴られて死亡したことがわかった。被害者は別の場所で殴られたあと、自力で歩いて、死体発見現場で力尽きて亡くなったようだ。

File11／ドイツでの短期研修を終えた榊マリコ（沢口靖子）は帰国早々、作曲家・伊東知也（加藤重樹）が撲殺死体となって見つかった事件の現場に急行する。現場である被害者の自宅で彼の妻に対面したマリコは、あまりの偶然に驚く。つい先ほど、関西空港で知り合ったばかりの人気バイオリニスト・伊東冴子（黒坂真美）だったのだ。

File10／スナックのホステス・真壁聡美（加藤千果）が、何者かに突き飛ばされてトラックにはねられる事件が起きた。現場に駆けつけた榊マリコ（沢口靖子）は、洛北医大の風丘早月（若村麻由美）に解剖を依頼する。だが早月がスタンガンで襲われ、洛北医大から解剖前の聡美の遺体が盗まれる事件が発生！しかも数日後、肝臓と腎臓が取り出された無残な姿で発見される…！

File9／停職期間が明け、1週間ぶりに科捜研に復帰した榊マリコ（沢口靖子）は、元鑑識課長・藤倉甚一（金田明夫）の刑事部長就任あいさつに出席した。かねてから「科捜研や鑑識は捜査の道具にすぎない」と主張してきた藤倉は、「刑事部捜査課による情報の一元化を徹底する」と訓示。

File8／歴史ある寺が、何者かに放火される事件が起きた。隣接する土地にマンション建設が予定されており、それに反対する住職・泉川祥英（佐川満男）と蔵前元宏（佐藤蛾次郎）ら近隣住民たちは、不動産会社社長・速水伸也（高橋和也）の仕業に違いないと主張する。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研のメンバーが調べたところ、防犯カメラに犯人らしき男が写っており…。

File7／京都府警本部長の佐伯志信（西田健）に、猛毒“ラニシン”の粉末が送りつけられる事件が起きた。ラニシンは青酸カリの数倍もの毒性があり、構造が複雑で確実な製法すら見つかっていない、きわめて珍しい毒物だった。犯人は同時に「近日中に、ラニシンを京都にまく」と、動画サイトに犯行予告を掲載していた。

File6／京都の山中から、成人男性の白骨死体が見つかった。榊マリコ（沢口靖子）と風丘早月（若村麻由美）による解剖の結果、死因は絞殺と判明。さらに、死体の左足の膝下に人工骨が移植されている部分が見つかり、被害者は“再生手術”を受けていたことがわかる。

File5／心臓を患い、大学病院から退院したばかりの飯村長治郎（倉石功）が、自宅で突然死する事件が起きた。妻の房子（萩尾みどり）は元教師の経験を生かしたボランティアの授業中で、看護師でもある娘の望（平田薫）は勤務中の出来事だった。榊マリコ（沢口靖子）の検視でも、風丘早月（若村麻由美）の解剖でも病死と鑑定されるが…。

File4／河原で衣料品店のオーナー・三輪圭祐（湯江健幸）の死体が発見された。検視した榊マリコ（沢口靖子）は、遺体に目立った打撲痕も外傷もなく、首筋に小さな赤い点のような傷があるだけなのを不思議に思う。風丘早月（若村麻由美）の解剖の結果、死因は吸引性の窒息死と判明。

File3／京都の観光名所のあちこちで、イタズラ書きやニセ看板が設置されるなどの器物損壊事件が連発。まもなく、それらは京都の名所をネタにしたパロディニュースを載せる“京都ジョークニュース”のサイトで取り上げられた記事を再現していることがわかった。そんな中、京都日報の記者・西森成章（西村匡生）が神社の階段から転落死する事件が発生。

File2／元奈良県警科捜研研究員・篠塚秀実（手塚理美）を殺害した犯人が、飲食店経営者・川寺治彦（木下ほうか）を誘拐し、彼を時限爆弾で爆死させるという脅迫状を送りつけてきた事件で、爆発場所で見つかった遺体は銃刀法違反の前科を持つガンマニア・甲野弘之（山本康平）と判明する。

File1／農園経営者・篠塚秀実（手塚理美）が、温室内で死体となって発見された。榊マリコ（沢口靖子）たち科捜研のメンバーも現場に駆けつけるが、奈良県警から異動してきた新任の鑑識課長・藤倉甚一（金田明夫）に「科捜研は後だ。まずはウチが調べる」と追い払われ、なかなか遺体に近づけさせてもらえない。