【つづき】LPは早くも 700VS3000 で十代が不利。ダメージの度に自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険になり、心身ともに辛い状況になる。ダークネスは、ついにレッドアイズ･ダークネスドラゴンを召喚する。墓地の7体のドラゴンの力で、攻撃力は4500になる。十代はワイルドマンと魔法「ワイルドハーフ」を巧みに使ってレッドアイズのパワーを下げ、ワイルドジャギーマンを融合召喚するが…。

十代たちは、7人の刺客「セブンスターズ」の手から、アカデミアの奥にある3枚のカードを守るために、校長より7つの鍵を渡される。1人目の刺客「ダークネス」が十代の前に現れる。十代VSダークネスの決闘。敗者はカードに魂を封印される闇のゲームだ。さらに翔と隼人が人質に取られる。ダークネスはレッドアイズ･ブラックドラゴンを召喚して十代を圧倒する。

【つづき】十代VS墓守の長の決闘2。十代はハネクリボーの進化コンボを封じられ、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚する。墓守一族の連携プレーに十代のライフは500に下がる。墓守のアサシンは、攻撃を一瞬躊躇する。その瞬間に十代は体制を立て直し、エッジマンをドローする。しかし、いけにえがないため召喚できない…。

大徳寺先生の誘いで、十代たちは課外授業で古代遺跡に行く。そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑をかけられる。大徳寺たちの身柄をかけて、十代VS墓守の長の決闘が始まる。それは闇のゲームで、十代はリアルな痛みを感じる。墓守デッキからは「墓守のアサシン」「墓守の呪術師」などが召喚され、さらにフィールド魔法『王家の眠る谷-ネクロバレー』により、墓地への干渉ができなくなる。

【つづき】十代VS万丈目サンダーの決闘2。万丈目のアームドドラゴンはレベル7 (攻撃力2800) になり、十代は防戦一方になる。十代は「スペシャル･ハリケーン」でアームドドラゴンを一掃する。十代は、万丈目の気持ちが自分にではなく、客席の兄に向けられていると気づく。万丈目は再びアームドドラゴンLV7を召喚する。しかし、精神的に優位に立った十代は鮮やかな反撃を企てる。

アカデミアとノース校との対抗戦。意気揚々とする十代の前に現われたのは、たくましくなった万丈目だった。ノース校では「万丈目サンダー」と呼ばれている。十代VS万丈目サンダーの決闘。万丈目一族の力で、デュエルはテレビ中継される。万丈目のアームドドラゴンはレベルアップモンスターで、ターン毎に強力になっていく。さらに強力なモンスター効果で、十代のEヒーローはなすすべもない…。

格下寮の十代、三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息絶え絶えに大海原を彷徨っていた。謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア･ノース校にたどり着く。しかしそこでは、カードをゼロから集める苦行と、ノース校の生徒たちとのデュエルが待っていた。そしてついに万丈目VSノース校のキングの決闘。あらゆる苦難を乗り越え、一回り大きくなった万丈目の実力は…!?

十代を排除したいクロノスは、最終兵器 (?) として、茂木を動員する。茂木とデュエルした者は、2度とデュエルを出来なくなっているという。十代VS茂木の決闘。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力300で、とても頼りない感じだ。だが、しだいに「怒れるもけもけ」「キングもけもけ」と形をかえて、攻撃力3000の強力モンスターとなって十代を脅かす。一方、観戦していた明日香たちは、戦闘意欲がなくなりはじめる。

【つづき】十代VS三沢の決闘2。「融合」を三沢に封じられた十代は、Eヒーローを進化させることができず苦戦する。三沢のウォータードラゴン (攻撃力2600) に、フィールド魔法「摩天楼」でEヒーローをパワーアップさせて拮抗する。しかし、三沢の抜け目ない戦略により、ダイヤモンドドラゴンを前に、十代の場はガラ空きにされてしまう。だが十代は新しいEヒーロー「ワイルドマン」を召喚する…。

学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代VS三沢の決闘。三沢は十代を打ち破るために、綿密な計算のもとで7番目のデッキを準備する。三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Eヒーローで対抗する十代だが、それは三沢の戦略にはまっていた…。一方、学園の謎をスクープして一攫千金を狙う男が潜伏し、十代に接触する。

十代の部屋に転入生の少年レイが加わる。だが風呂に入らなかったり、カイザーに執着を持ったりと不可解なことがある。レイがカイザーの部屋を物色した時、後を追った十代はレイの秘密を知る。十代だけがブルーの生徒に捕まるが、レイのことは言わなかった。秘密を賭けて、十代VSレイの決闘が始まる。レイは「恋する乙女」など恋愛テイストのデッキだ。それはレイの気持ちを象徴していた。

【つづき】十代VS遊戯デッキの決闘2。十代は、遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に苦戦する。LPは既に1300VS4000。攻撃力2800の「混沌の黒魔術師」「ブラックマジシャン･ガール」「カオスソルジャー」などに圧倒される。精神面でも追い込まれた十代は、次第に平常心を失い、デュエルキングに勝つことはできない、とあきらめかける。だが、敵にはなく、自分のみが持つ強さにやがて気づく。

学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになった。だが前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれる。神楽坂はクロノス、翔を一瞬で破り、十代の前に現れる。十代VS神楽坂の決闘、それは十代VS遊戯デッキの決闘でもあった。神楽坂は、トップデュエリスト達のテクニックを研究し尽くしている。遊戯のデッキを卒なく使いこなし、遂にはブラックマジシャン等を召喚する。

十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、ここ数日、何者かに盗まれて、もうないと知る。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗む、とても「引き」の強い者のようだ。半ば野生化した元ブルーの生徒の大山 (たいざん) を捕らえる。「引き」を強化するため、一年間、大自然の中で荒行をしていた男だ。十代VS大山の決闘。大山のデッキは「引き」のみに賭けた無謀で大胆なデッキだ。

深夜にオベリスクブルーの生徒が、謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が頻発する。クロノスは十代に犯人探しを命じる。ラーイエローの大原は、大きな男だが、おとなしくデュエルの腕もない。親友の小原は、デュエルの実力はありそうだが気が弱く、試合では負けてばかり。ブルーの生徒にバカにされても何も言えない。夜、犯人を追った十代が捕えたのは、大原だったが…。十代VS大原の決闘。

テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、バツとして、テニス部の熱血部長の綾小路にしごかれる。明日香と話していると、綾小路が勘違いをして、フィアンセの座をかけてデュエルで決着をつけようと言い出す!? 十代VS綾小路の決闘。テニス一色の綾小路のデッキからは、伏せたカードの種類を当てさせ、外れたらライフを削る攻撃が炸裂する。テニスさながらの雰囲気でのデュエルに、十代は戸惑う。

冬休みでほとんどの生徒が帰省し、学園はひっそりとする。オカルトを研究している高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺の話では、その後、サイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生け贄にすべく狙っていると言う。十代は、消えた高寺を追って、まだ不完全な体のサイコショッカーの精霊とデュエルする。十代VSサイコショッカーの決闘。サイコの永続魔法「エクトプラズマー」により、次々と十代のライフが削られる…そして、ついにサイコがデュエルでも召喚される。

行方不明の万丈目を探すうちに、人間の手によって改造されたデュエル猿 (SAL) に出会う。SALは女子を人質にとり、脱走させろと主張する。十代はSALに、デュエルでハナシをつけようと持ちかける。十代 VS SALの決闘。SALのデッキからは「怒れる類人猿」「アクロバットモンキー」の猿系モンスターが召喚される。だが「DNA改造手術」「野生解放」によって自らのモンキーが破壊される…あたかもSAL自身の未来を暗示してるかのように。

ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではNo.1クラスの優等生だ。十代は陽気で屈託のない三沢を好きになる。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場がそろそろ危うい。イエローNo.1新入生の三沢と学園残留を賭けてデュエルする。三沢VS万丈目の決闘。万丈目は炎属性デッキで挑む。対する三沢は、酸素･水素の小型ドラゴンをベースに、化合して水属性の強力な「ウォーター･ドラゴン」を召喚する…

【つづき】十代&翔VS迷宮兄弟の決闘2。攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦する。十代は翔に「お前ならできる」と励まされて、少しずつ自信を取り戻す。魔法カード「シールドクラッシュ」で、ゲートガーディアンを破壊する。だが迷宮兄弟は、自らのライフを半分支払う決死の覚悟で、さらに強力な攻撃力3800の「ダーク･ガーディアン」を喚ぶ。さらにピンチになる十代&翔コンビに勝機はあるのか…?

学園残留をかけた十代&翔VS迷宮兄弟の決闘が始まる。迷宮兄弟は、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋だ。迷宮兄弟は数ターンのうちに「雷魔神」「風魔神」「水魔神」を召喚し、融合して「ゲート･ガーディアン」を召喚する。十代は迷宮兄弟とのデュエルを楽しむが、翔はヤル気と不安が入り交じって、攻撃が裏目に出る。

引きこもりがちの隼人を、父･熊蔵が学園に乗り込んで実家に連れて帰ろうとする。隼人VS熊蔵の決闘。世界的にも高名なデュエリストである熊蔵の一撃必殺のデッキは、なんと「酔いどれデッキ」だった。唖然とする一同。隼人は「コアラ」系モンスターで対抗する。熊蔵の酔いどれモンスターは、見た目に反して手ごわい。そして一撃必殺の永続魔法「ちゃぶ台返し」が爆裂する…。

十代は、翔の心の傷を知るために、兄であり、カイザー (帝王) の異名を持つ強豪デュエリストの亮に挑む。十代VS亮の決闘。亮の「サイバードラゴン」を基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがある。互いに認め合う。帝王･亮に対して善戦する十代を見て、落ち込んでいた翔の中で何かが吹っ切れる…。

幽霊寮への侵入がばれて、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学にされる。十代は翔を励ますが、翔は自信が持てない。翔を特訓するデュエルが始まる。翔のデッキは乗り物系だ。十代は、翔があるカードを引いたときに、表情が一変したのを見逃さなかった。それは「パワーボンド」という超強力カードだが、翔はかつての苦い経験から、それを使うことができない…。

【つづき】十代VSタイタンの決闘2。タイタンのダイスは当たり続け、十代は追い込まれて、体がさらに消えていく。やがて十代は意識を失いかけるが、ハネクリボーの声に呼び覚まされる。タイタンのカラクリを見破り、偽･闇のゲームは終了したかに見えたが…。本当の闇のゲームが発動し、闇にとりつかれたタイタンとの決闘になる…。そしてもう一人、ハネクリボーの声を聞く者がいた。

十代たちは、生徒が次々に消えたと言い伝えられる幽霊寮に行き、明日香の兄の手がかりを探そうとする。十代たちの前に怪しい風貌の男タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。クロノスが雇った「自称･闇のデュエリスト」だった。十代VSタイタンの決闘。タイタンのデッキは闇のゲームを髣髴させるダークで危険なものだ。十代のライフが減るとき、体の一部も消える。本当に闇のゲームなのか…!?

月に一度のテストが行われる。十代は寝坊した上に、途中で荷物を運ぶおばさんを助けて、さらに遅刻する。筆記試験が終わり、生徒たちは購買部で新カードを手に入れるが、遅れた十代は手に入れそこねる。助けたおばさんは購買部員で、1枚のカード「進化する翼」をくれる。デュエル実技試験は十代VS万丈目の決闘になる。万丈目のVWXYZの5体の強力コンボに太刀打ちできない。十代はおばさんからもらったカードを見てひらめく。

クロノスは明日香の偽ラブレターで十代を罠にはめようとする。しかし、かかったのは翔だった。女子寮で取り囲まれた翔を助けるために、十代VS女王･明日香の決闘が始まる。明日香のサイバー･アスリート･デッキから「エトワール･サイバー」「ブレードスケーター」「サイバーブレイダー」の華麗で強力なモンスターが登場し、十代を追いつめる。だが十代は、新たなるエレメンタルヒーロー「サンダージャイアント」を喚ぶ…。

アカデミアでの生活が始まり、オシリスレッドという寮に配属される。そこは劣等生が集まるおんぼろの寮だった。十代は優等生のオベリスクブルーの万丈目ともめ事を起こし、深夜、互いのベストカードを賭けてデュエルする。十代VS万丈目の決闘。抜け目ない万丈目による融合モンスターのコントロールを奪う戦略により、十代は自分の主力モンスター「フレイム･ウィングマン」の攻撃を受けてピンチになる。

遊城十代は、デュエルアカデミア高校の入学試験に向かう途中で、伝説のデュエリスト･武藤遊戯に出会い、1枚のカードをもらう。十代は遅刻して会場に着き、試験を受けさせて欲しいと頼むが、クロノス教授は筆記試験の成績がよくない十代の試験を無駄だと言う。十代VSクロノスの決闘が始まる。クロノスのレアカード「アンティーク･ギアゴーレム」は攻撃力3000と強力で、十代はダメージを受ける。追いつめられた十代は、モンスターの声を感じる。それは遊戯からもらったカード「ハネクリボー」だった…。