十代はエドに負けて、カードが白紙にしか見えなくなる。一方、クロノスたちの命を受け、吹雪が、妹の明日香とデュエルする。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビを組んで芸能界デビューしたい。吹雪はフィールド魔法「究極のステージ衣装」を発動し、モンスターを3000ポイント上昇させる。しかし、衣装が大きすぎて身動きがとれず、攻撃時は元の攻撃力のままという効果で役に立たない。明日香は儀式モンスター「サイバーエンジェル」シリーズで対抗する。

【つづき】十代VSエドのデュエル2。エドはフィールド魔法「幽獄の時計塔」を発動させ、不気味に運命の時を刻む。さらに「Dヒーロー」シリーズのモンスターを次々と召喚する。それはディスティニー (運命) に導かれた、Eヒーローよりも上級のモンスター群で、時間を自由に操るという。十代は自軍のヒーローを消されて数ターン先に飛ばされ、復活した時には敵に操られて攻撃を受けるコンボに苦しむ。ついに時計塔に幽閉されていたDヒーローが現れる。

どちらが真のヒーロー使いか決着をつけよう ～十代VSエドのデュエルが始まる。十代はフレイム･ウィングマンで先制攻撃をする。すぐにエドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちをしかける。さらに戦いは、シャイニング･フレア･ウィングマンVSシャイニング･フェニックスガイの上級融合Eヒーローの戦いになる。エドは、能天気にヒーローに憧れる十代を認めない。

プロのデュエルリーグで、カイザー亮とエド･フェニックスがデュエルする。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは違うカードや戦術を持ち、「フェニックスガイ」を融合召喚する。カイザーはサイバードラゴン系で迎え撃つ。十代たちは、かつての戦いぶりから、エドを強くないと思う。ついにカイザーはパワーボンドで強化したサイバーツインドラゴンで王手をかけるが…。

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がる。クロノスが用意した、ブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことが条件だ。翔は怯えるが、十代たちの言葉にヤル気を出し始める。翔はビークロイドデッキで、蘭は昆虫デッキで戦う。蘭は翔のフィールドにアリを増殖させ、それを攻撃することで、「インセクト･プリンセス」の攻撃力を2900まで上げる。翔は「パワーボンド」をあえて使わずに戦い、3体のビークロイドを合体させて「ジャンボドリル」を召喚する。

イエローの1年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑む。元･番長だった剣山は、十代を倒して、アカデミアでもカリスマであることを証明したいからだ。剣山は恐竜が大好きで、恐竜デッキを使う。フィールド魔法「ジュラシック･ワールド」で、恐竜族･鳥獣族をパワーアップさせ、罠をも跳ね返す。さらに「超･進化薬」で始祖鳥を「ブラックティラノ」(攻撃力2900) に進化させ、十代を脅かす。

万丈目は、中等部でトップの成績だったエリート新入生の五階堂とデュエルする。かつては中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使う万丈目を、新入生は落ちぶれたと言う。万丈目は、XYZコンボで格好よく先制攻撃をするが、「ギルフォード･ザ･レジェンド」などの戦士族デッキに反撃される。しかし万丈目は動じず、この1年間の集大成を見よ! とばかりに、「メカおジャマキング」を使う…

十代たちは2年生に進級する。おとなしそうな新入生が十代とデュエルする。新入生のデッキは強力ではなかったが、それもそのはず、直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだった。それでも「大天使ゼラート」で、十代のLPを1200までに下げる。デュエル中に携帯電話で謎の男と話して、このデュエルが男の予言通りで面白みのないものだと実感する。翔たちは、新入生が著名なスターデュエリストのエド･フェニックスであると気づく…。

【つづき】十代VSカイザー亮のデュエル2。十代は、強化したサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP=100で食い止める。空腹の十代はオニギリを食べて、本来の自分らしさを取り戻す。そして地水炎風の4属性のEヒーローを揃えて、罠カードでカイザーのフィールドを一掃する。だがカイザーは再び強化サイバーエンドを召喚し、さらに「リミッター解除」で攻撃力を16,000に引き上げる。「融合」を得意とする2人の戦いのスケールが極限に達する…。

学園トップのカイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名する。十代VSカイザー亮のデュエル。気負った十代は普段よりも周到になり、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。だがカイザーは1ターン目からサイバーエンドドラゴンを融合召喚する。致命ダメージは避けるが、カイザーの巧みな融合と解除により、十代は主導権を奪われる。ついにパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン (攻撃力8000) を召喚される。

隼人は、絵がうまく、I2社のカードデザインコンテストで優勝する。だがクロノス教諭との試験デュエルに勝たなければ、希望するカードデザイナーになれない。隼人VSクロノスの決闘。隼人にプレイミスはなく、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負をするが、次第にアンティークギアゴーレムに圧倒されて、くじけそうになる。一年前のオーストラリア旅行での決心を思い出し、魔法「エアーズロックサンライズ」で逆転を狙う…

【つづき】十代VS影丸の決闘2。十代に立ちはだかる2体の幻魔の攻撃力は5000と4000。さらに第3の幻魔「幻魔皇ラビエル」(攻撃力4000) も召喚される。影丸の狙いは十代をも取り込んで、デュエルモンスターから永遠の生命を得ること。十代はLPが600に下がる。だが大徳寺が残した謎のカードに願いをかけ、シャイニングフレアウィングマンの融合と解除を巧みに使って、ピンチをしのぐ。エリクシーラーにそのカードを装着して、一気に逆転を狙う。

理事長の影丸老人が七精門の鍵を奪い、「三幻魔」のカードを手中にする。十代VS影丸老人の決闘。影丸は、第1の幻魔「神炎皇ウリア」を召喚する。攻撃力は墓地の罠カードの数×1000で、相手の罠を跳ね返す。十代はウリアを破るが、その度に簡単に復活される。さらに第2の幻魔「降雷皇ハモン」(攻撃力4000) が召喚され、十代は2体の幻魔を前に、苦しい状況になる。影丸は幻魔を通じて、デュエルモンスターの精気を得て、若い肉体になる。

万丈目は明日香への恋心が抑えられなくなる。吹雪にそそのかされて、七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要する。万丈目VS明日香の恋を賭けた決闘。万丈目は「恋文」「秘めた思い」のカードを使いつつ、勝手に恋の誇大妄想をする。おジャマトークンとおジャマキングで明日香のモンスター召喚を封じて勝利をつかみかけるが、「恋に勝つこと」を優先して、好機を逃す。明日香は「サイバーエンジェル」で逆転を狙う。

【つづき】十代VSアムナエルの決闘2。アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体もまた大徳寺であった。この姿は錬金術の力で人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオス、双子の太陽等を使い、舞台を太陽系宇宙に変える。構成する惑星には、明日香、万丈目、吹雪が閉じ込められていた。十代は惑星直列の攻撃を受ける。ついに三つ子の太陽 (攻撃力3900) が現れる…。

七精門の6つの鍵が開く。十代は廃寮に行き、大徳寺のミイラ死体を見つける。最後のセブンスターズ「アムナエル」が現れる。十代VSアムナエルの決闘。敵は錬金術の考え方をベースにしたデッキだ。十代は多彩な属性のEヒーローで攻撃する度に、永続罠「エレメンタル･アブソーバー」に無効化される。さらに錬金釜カオス･ディスティルから次々とモンスターが現れ、ダイレクトアタックを仕掛けてくる。

大徳寺先生が消え、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入る。一方、明日香は消えた吹雪を追って、最後のセブンスターズである謎のデュエリストと決闘するが、圧倒的な力の差で負ける。万丈目も大徳寺の手がかりを追って、謎のデュエリストにたどり着き決闘するが負ける。大徳寺は無事なのか…? そしてこの謎のデュエリストの正体は…?

ギャンブル界で成功した青年「ボーイ」が、アカデミアに乗り込んで、自分をセブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイの戦術は、コインの表裏を当ててデュエルをリードするギャンブルデッキだ。「セカンドチャンス」で2回のコイントスをし、確実に表裏を当てていく。しかし明日香は、幼少期からボーイの弱点を見抜いていた…。

学園祭でコスプレデュエル大会が開催される。明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンに扮装する。十代とのデュエルに、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補する。十代VSブラマジガールの決闘。ブラマジガールのかわいくて、意外 (?) に強力なデッキから、マジシャンズ･ヴァルキリア、ブラマジガールなどが召喚され十代は押される。これ程の実力を持つ少女は、アカデミアにはいないはずだが…。

明日香は記憶が戻らない兄の看病を続ける。兄の記憶をかけて、明日香はタイタンと決闘する。タイタンは以前のインチキ決闘者ではなく、真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは「デーモン･マタドール」系モンスターと、「闇の闘牛場～ダーク･アリーナ」で明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。明日香の「サイバー･ブレイダー」は、暗闇で攻撃対象を選べず、マタドールに破壊される。

セブンスターズの次なる刺客は「アビドス3世」。古代エジプトで無敗を誇った「デュエルの神」と呼ばれた少年王だ。十代VSアビドス3世の決闘。十代は互角の勝負をし、アビドスに「お前は本当は弱いだろう」と言う。アビドスは初めて決闘の手ごたえを感じ、嬉しくなる。アビドスは場に3つの棺をそろえて「スピリッツ･オブ･ファラオ」を召喚し、同時に4体のシモベで脇を固める。だが十代も反撃にそなえ大きな布石を打っていた…。

十代たちの「七精門の鍵」が盗まれる。学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団5人衆の仕業だった。事件を解決した万丈目VS黒サソリ団 (リーダー=ザルーグ) の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻めるが、黒サソリ5人衆に封じられてしまう。5人のコンビネーション攻撃をくらい1ターンで2000LPを失い、もう一度攻撃を受ければ万丈目は負ける。万丈目はおジャマトリオに賭ける。

島に大金持ちのアナシスという男が上陸し、三幻魔のカードを賭けて「闇のデュエル」をしようという。海底でいざデュエルというときに、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」勘違いしていたことに気づく。海のデュエルをしたい十代は、決闘を申し込む。十代VSアナシスの決闘。フィールド魔法「伝説の都アトランティス」で、アナシスの水属性モンスターが有利になる。「暗黒大要塞鯱」「海竜ダイダロス」等の強力水モンスターに十代は苦しむ。

三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放される。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベル、どれも三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を持ち、タニヤに勝負を申し入れる。十代VSタニヤの決闘。「アマゾネスの剣士」とバトルして勝ってもダメージは十代に降りかかる。またフィールド魔法「アマゾネスの死闘場」は、互いの体力の限りを尽くしてバトルする肉弾戦のようだ。2人は戦ううちに互いを認め合う。

3人目の刺客はアマゾネスの「タニヤ」。三沢を指名して、負けたら婿になれという。三沢VSアマゾネス･タニヤの決闘。徹底して計算された三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。しかし、タニヤのアマゾネスデッキは大雑把なイメージとは違い、実はよく計算されたデッキだった。積極的に好意を伝えるタニヤに、冷静な三沢は精神的にも揺さぶられる。

万丈目の兄がアカデミアを買収しようとする。買収の条件として、万丈目サンダーVS万丈目の兄･長作の決闘が始まる。万丈目は攻撃力500以上のモンスターを使えないハンデを背負わされるが、なんとか弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。召喚するモンスターは守備表示でしのぐしかできない。長作は攻撃力2500級のドラゴンで攻勢をかける。だが、お邪魔トリオ3体を場にそろえた時、万丈目サンダーの反撃が始まる…。

重いデュエルが続いて十代は落ち込んでいる。ハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れる。「ブルーアイズ」のカードが十代と戦いたがっている、と言う。十代VSカイバーマンの決闘。海馬瀬人のデッキそのものだ。ブルーアイズ、白龍の聖騎士の前に、いつしか十代は本気のデュエルをする。ついにアルティメットが召喚される…。

十代は吹雪から闇のアイテムを受け取り、カミューラに決闘を挑む。復活した十代VSカミューラの決闘。十代はテンペスター (攻撃力2800) を召喚する。カミューラは「幻魔の扉」で、明日香たちを生け贄にしようとするが、十代の闇のアイテムに妨げられる。自らを生け贄にして、テンペスターを奪い、十代のライフを一気に1200まで下げる。十代のデッキを盗み見ていたカミューラに、十代の戦略は通じない…。

クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手に、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。カイザー亮VSカミューラの決闘。カイザーは序盤から容赦なく、パワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴン (攻撃力8000) で攻撃するが、亮のデッキを知り尽くしたカミューラにかわされる。カイザーは「サイバーバリアドラゴン」「サイバーレーザードラゴン」と多彩な攻撃で、カミューラを追い込む。だがカミューラは魔法カード「幻魔の扉」を使うとき、闇の力によって卑怯な戦法に出る…。

2人目の刺客として、美しくも不気味なヴァンパイア女「カミューラ」が上陸する。十代は前回勝ったが、闇のゲームで体力を消耗したために安静中。クロノス教諭は本当は逃げたかったがドジって、クロノスVSカミューラの決闘となってしまう。クロノスは「アンティーク･ギアゴーレム」を頂点とした中世デッキで挑む。カミューラは「ヴァンパイア･ジェネシス」などのヴァンパイア･デッキで迎え撃つ。負けると人形にされる闇のゲームが始まる。