アモンVSヨハンの続き。ヨハンは3幻魔を融合した究極の幻魔アーミタイルを召喚し、アモンのエクゾディアの召喚を封じた。が、アモンは動揺することなく、フィールド魔法「霧の王城」を発動させ、霧の王を召喚し、逆にアーミタイルを消滅させるのであった。一方、ヨハンのもとに向かう十代はユベル城にたどり着く。そこで見たものは…

亮との戦いで力を消耗したヨハンは一旦十代の前から姿を消し、ユベル城に戻るのであった。だが、最上階の玉座にはエクゾディアを手に入れたアモンが待ち受けていた。自らが王であることを証明するためにヨハンにデュエルを挑むアモン。ここにアモンVSヨハンの戦いが始まる。ヨハンは1ターン目から降雷皇ハモンを召喚し、またエクゾディア対策として手札団殺を発動させる。アモンはエクゾディオスを召喚し、対抗する。一方、十代は、亮の戦いを見、また三沢の言葉に励まされ、決意を新たにし、ヨハンのもとに向かうのであった。

亮VSヨハン。亮はサイバー･ドラゴンの2連打をヨハンに浴びせるが、ヨハンもトラップカード「虹の行方」を発動し、攻撃を封じる。そして、ヨハンは究極宝玉神レインボー･ダーク･ドラゴンを特殊召喚し、亮に攻撃するのであった。追い込まれた亮はサイバー･レーザー･ドラゴンを召喚し、反撃にでるも、レインボー･ダーク･ドラゴンの効果により破壊を無効にされてしまう。だが、亮はあきらめず、ひたすら「レインボー･ダーク･ドラゴン」の破壊を行うデュエルを展開するのであった。

バオウは十代が「融合」のカードを使えないことを知りデュエルを挑んできた。レベル包囲網―グラビティ･ゲイン―』を発動し、レベル4以下のモンスターが攻撃できないようにし、十代を追い込む。その戦いの最中三沢とタニヤが合流し、十代を励ます。何とか勝利した十代だったが、以前「融合」のカードは使えないままであった。一方、亮は地下デュエルの影響で心臓病を患っていた。そんな彼の前に「ヨハン」が現れる。以前行った次元を超えた戦いの決着をつけようと亮はヨハンにデュエルを挑むのであった。

アモンに破れ、エドも失う十代。闘う気力も失い、ただヨハンを求め、前に進むことだけで精一杯となってしまう。そんな十代を見た亮はここで俺とデュエルをしろとデュエルを強要する。やむなくデュエルを行う十代。が、いつもと様子が違っていた。亮の怒涛の攻撃に対しその場しのぎのデュエルであった。そして亮は気付くのであった。十代が融合のカードを使えなくなっていることを。融合のカードを使えなくなった十代の前にバオウが現れデュエルを挑まれる。

エドVSアモン。アモンは「封印されしエクゾディア」解放するために手札補充の戦略でデュエルをしていた。エドはそのことに気付き手札が4枚しか持つことができない「フォースオブフォー」を発動する。あくまでもエクゾディアを手に入れたいアモンは「究極封印解放儀式術」を発動し、「エコー」を生贄にささげる。そして究極封印神エクゾディオスを召喚させるのであった。エクゾディオスは攻撃するたびに「封印されし」と名のつくカードを墓地に送るのであった。一方エドもディスクガイ･ダイヤモンドガイ･ダンクガイを生贄にドグマガイを召喚するのであった。

オブライエンとの戦いでついに覇王十代からもとにもどった十代。が、覇王として戦った影響などから高熱をだし、倒れてしまう。看病するエドと亮は、同じくこの次元に飛ばされてきたクロノス教諭とエコーがモンスターに襲われているのを発見する。エドはエコーが落としたペンダントを見つけ、そのペンダントの中にアモンの写真が入っていることに気付く。亮･エド･クロノス･エコーたちが話をしているところに急に霧が発生する。その霧が晴れるとそこはまったく違う場所であった。そしてそこには「アモン」が立っていた。

覇王城に乗り込んだオブライエンはついに覇王十代とデュエルすることに。覇王はダーク･フュージョンを発動し、ワイルドサイクロンを召喚し、攻撃する。一方オブライエンは永続魔法ブレイズ･キャノン･トライデントを発動し対抗するが、覇王はヘル･スナイパーを召喚させ、さらに追い討ちをかける。そんな戦いの中、ジムから託された「オリハルコンの眼」が輝きだし、覇王の本当の姿を映し出す。反撃に転じるオブライエン。ヴォルカニック･デビルを召喚し、覇王を追い詰めるのだが。

スカルビジョップの裏切りを見破ったオブラエインはデュエルで勝負することに。オブライエンはヴォルカニック･エッジなどを召喚し、徐々にライフを奪うのに対し、スカルビジョップは儀式魔法･合成魔術を発動し、「ライカン･スロープ」を召喚する。「ライカン･スロープ」の攻撃と効果によりライフを100まで追い詰められるオブライエンはエースカードの「ヴォルカニック･デビル」を召喚させ、スカルビショップに勝利する。その戦いを見た村人たちはぜひともオブライエンにリーダーとして町を守って欲しいと依頼する。そんな中、覇王軍が町を目指して進軍してくるのであった。

十代の行方を捜すヘルカイザー亮とエド。ゴブリン兵から情報を聞きだし、覇王が十代であることを知り、覇王城へと向かう。一方、覇王十代の強さに恐怖したオブラエインはその場から逃げ廃墟の中に潜んでいた。そんなオブライエンの手の中にはジムの「オリハルコンの眼」があった。恐怖心に打ち勝つことができないオブライエンはデュエルデスクを置き、歩きだす。その様子を見ている翔。森の中を彷徨うオブライエンの前に現れる「海神の巫女」とダンシングフェアリー。彼女らはオブライエンに対して「覇王と戦う勇者ですか」と問うのであった。

【つづき】覇王十代VSジム。覇王十代は「E-HERO (イービルヒーロー) マリシャス･エッジ」を召喚し、ジムへ強烈な攻撃をしかける。一方、ジムも「ウルルの守護者」を召喚させ、防戦する。さらに攻撃をしかける覇王十代は「E-HERO (イービルヒーロー) ヘル･ゲイナーを召喚し、追い討ちをかける。瀕死の状態になり、なおも立ち上がりデュエルを続けるジム。覇王十代の中に以前の十代を見出したジムはここで「オリハルコンの眼」を発動させるのであった。

覇王の正体は…十代であった。驚愕するジムとオブライエン。ジムは覇王十代に対して「何故なんだ!」と問うも何も言わない覇王十代。ジムとオブライエンは一旦その場から逃げる。ジムはそこでオブライエンに包帯を巻いている右目の秘密について語るのであった。幼い頃カレンを救うために失った右目。その右目にはかけがえのない友を救うときに奇跡を起こす「オリハルコンの眼」がはめられたと。そして不吉な赤い彗星が向かっているこの時がこの「オリハルコンの眼」で十代を救う時だと。決意を新たにしたジムは覇王十代のもとに向かいデュエルを申し込むのだった。

行方不明になった十代を探すジムとオブライエン。その道中バトルフットボーラーに襲われている老人と少年を助ける。そして老人からデュエリスト狩りを行っている覇王軍のことを知る。ひとまず老人と少年の集落に向かうジムたち。向かったその集落にも覇王軍が攻めてきており、絶対防御将軍バーガンディが集落を守っていた。バーガンディからは覇王軍の情報を聞いたジムは十代がいるであろう覇王城に向かうのであった。

剣山、吹雪、明日香らが光の粒子となって消えても、なお勝利を求めて戦う十代のデュエルを見た翔は十代に対して疑心を抱き始めていた。そして、一人十代を忘れようとして歩いているとオジャマ･イエローが溺れているのを発見し、助ける。なんとあの万丈目のオジャマ･イエローであった。オジャマ･イエローから万丈目の最後の様子を聞いた翔はさらに十代に対する疑念が増しデュエルディスクを谷に投げるのであった。そんな翔とオジャマ･イエローの前にデビル･ドーザーが現れ襲いかかる…。

【つづき】狂王ブロンは永続魔法「邪心経典」を発動させ、また速攻魔法「邪心教義･怒」をも発動させることにより人質の一人であった万丈目が光の粒子となって消えた。十代が攻撃すれば残りの人質である明日香、剣山、吹雪が犠牲になるため攻撃できない十代。窮地に追い込まれ、攻撃することをやめ、フェザーマンを守備表示で召喚するだけであった。ブロンは永続トラップダークネス･ハーフを発動し、ダークトークン2体を十代の場に召喚させる。一方、翔はジムとオブライエンの助けによりゴルド、シルバの脅威から逃れ、十代のもとに向かう。

地図とソニックダックを手に入れた十代は、次なる目的地である砦を目指しまたも一人で先に行くのであった。一方、明日香たちは十代の先走った行動に困惑しつつも後を追いかけることに。そんな明日香、万丈目、吹雪、剣山たちのもとに暗黒界の狂王ブロンの手下である武神ゴルドと軍神シルバが襲いかかる。砦に到着した十代は一人中に入る。そこで待っていたのはブロン。十代とブロンはデュエルをはじめる。ブロンは暗黒界の狩人ブラウを召喚し、永続魔法「邪心経典」を発動する。

ヨハンらしき人物を見たという情報をもとにその場所に一人向かう十代。残された明日香たちは戸惑いつつも十代のあとを追うことに。一方カイルたちを守っていた戦士フリードは十代が暗黒界に行ったことを好機と考え住民たちの避難を行う。ヨハンがいると思われた収容所についた十代を待ち受けていたのは暗黒界の騎士ズールであった。罠とわかった十代はズールにデュエルを挑む。十代はネオスとグロー･モスをコンタクト融合させグロー･ネオスを召喚し、ズールに攻撃をしかける。そのころ十代を追っていた明日香たちにも魔の手が…。

地下迷宮を脱出し、出口の扉を開いた十代たちは次なる世界へ。そこは中世ヨーロッパのような石畳の道と石で作られた建物の世界だった。が、町は人の気配がなく、また何者かに荒らされたように荒廃していた…その時、一人の少年カイルが暗黒界の斥候スカーに襲われそうになった。少年を守るためデュエルをする十代。十代VSスカーのデュエル。スカーはデーモン･ソルジャーを召喚するが、十代はサンダージャイアントを召喚し、たたみかけるように攻撃を行う。気迫のこもった十代のデュエルに驚く明日香たち。

ヨハンを探すために、デュエルアカデミアで起こった「揺り戻し」により再度異次元の世界に戻った十代たち。が、戻った世界は以前とは違うところであった。ヨハン救出にあせる十代は単独で行動し、地下の迷宮に迷い込む。十代がいないことに気付いたオブライエンと三沢も迷宮の中へ。地下で合流した十代たちの前にタニヤが現れ、一緒にこの迷宮を脱出することに。この地下迷宮を守るバードマンと遭遇し、デュエルすることになる十代。が、この世界のデュエルは本当に生死をかけた決闘であった。

レインボードラゴンの力で無事に現実世界に戻ってくることができた十代たち。が、しかしヨハンは戻ってきていなかった。今回の事件に「ユベル」のカードが元凶であることを知った十代は責任を感じ、自分を追い込む。一方、明日香たちはユベルのカードと十代の関係について鮫島校長から話をきくことに。そんな中、三沢とツバインシュタイン博士はデュエルアカデミアにまたもや異変が起こることに気付く。

十代のもとに、レインボードラゴンのカードを手に入れたヨハンが戻り、十代とともマルタンとデュエルをすることに。不利な条件などまったく意に介さないマルタンは三幻魔である幻魔皇ラビエル! 降雷皇ハモン! そして神炎皇ウリアの召喚に成功する。ヨハンも対抗するように、自分のフィールド･墓地に7つの宝玉をそろえ、ついにレインボードラゴンを召喚するのであった。三幻魔VSレインボードラゴン。その勝利の行方は…

マルタンはデュエルゾンビになった生徒たちを人質に十代を誘う。対峙する十代とマルタン。十代は、マルタンの三幻魔のカードを警戒しつつも、デュエルを始めることに。マルタンは攻撃力0のカオス･コアを召喚し、カード1枚伏せてターンを終了する。十代は一気に決着をつけるべくE･ヒーローを召喚する。一方、ヨハンはレインボードラゴンのカードが入ったカプセルが落ちた場所を探しにオブライエンとともに砂漠の探索をするのだが…。

レインボードラゴンのカードを受け取るためには壮絶なるデュエルエナジーが必要だった。そこでヘルカイザー亮とヨハンがデュエルをすることに。亮は最初のターンからキメラテック･オーバー･ドラゴンを召喚し、さらに装備魔法フィーチャー･フュージョンを発動し、次の自分のターン目にサイバー･エンドを召喚するてはずを整える。ヨハンはアメジスト･キャットでダイレクトアタックを行うが、亮はまったく動じず、更なる攻撃をすべくサイバー･ダーク･ドラゴンを召喚するのであった。

鮫島校長とペガサスはレインボードラゴンを収める石版を発見し、その現場に向かった。三幻魔のカードを手にしたマルタンは、アモンに対して三幻魔をかけてデュエルをしようと挑発する。心揺れ動くアモンであったが、自分の気持ちを確かめるべく、マルタンとデュエルすることに。マルタンはマッドリローダーを守備表示で召喚し、アモンは攻撃力3000の「クラウディアン･アイ･オブ･ザ･タイフーン」を召喚し、マルタンのライフを3000削る。その攻撃に対して余裕のマルタン。一方、ヨハンたちはレインボードラゴンのカードを受け取ることのできる施設を見つけ、そこに向かうのだった。

三幻魔が収められている場所に向かったマルタンを追いかける十代。が、その十代の前に立ちふさがったのはゾンビになっている万丈目であった。どうしても道を譲らない万丈目に対して十代はデュエルをすることに。リターン･ゾンビやブラッド･ヴォルスを召喚し、十代に襲いかかる万丈目。一方、ヨハンたちのデュエルが囮だったことを知った生徒たちは食料がある場所になだれ込むも、ゾンビ生徒たちにやられ、ほとんどの生徒がゾンビと化すのであった。そんな中、オブライエンは発電エリアで何者かの通信を聞くのであった。

ヨハンVS「無表情」仮面、オブライエンVS「笑い」仮面、ジムVS「怒り」仮面の食料倉庫をかけたデュエルが続いている。ヨハンは「無表情」仮面の「沈黙の虚構」により徐々に追い込まれ、またジムも「怒りのアンカーナイト」でライフを削られる。オブライエンは冷静にデュエルを行いつつ、このデュエルが囮であることを把握し、一気に勝負にでる。オブライエンの「囮」であるという事実を聞いたヨハン、ジムも応戦に転じるのであった。一方、マルタンのことが心配になっているナポレオン教頭がどこかに行くのを見たレイは十代を誘いその後を追うことに。

学園内にはゾンビ生徒が徘徊し、外は実体化したモンスターがいるという危機的状態に追い込まれた十代たち。それでも残った生徒たちを守るべく、バリケードなどをつくり体制を強化していた。が、そんな中、空腹に耐えかねた原田、寺岡、山中たちが逃走し行方不明になる。行方不明の生徒を探す十代たちに呼びかけるマルタン。食料倉庫と十代たちが占拠している発電所エリアを交換しようと。そのエリアをかけたデュエルをする相手は「笑い」「無表情」「怒り」の仮面をつけた3生徒だった。対峙するオブライエン･ヨハン･ジムだったが…

学園内に増殖するゾンビ生徒。このままでは重傷で寝ているレイがいる保健室も占領されてしまうと動揺する十代。皆で協力しあい保健室に向かうことに。途中幾度となくゾンビ生徒に襲われるも、なんとか保健室に到着した十代とヨハン。そこにまっていたのは、すでにゾンビとなった鮎川先生だった。レイに薬を飲ませることを阻止する鮎川先生。意を決し鮎川先生とデュエルする十代。鮎川先生は堕天使ナース･レフィキュルを召喚し、あえて十代のライフを回復するのだが…。

潜水艦で薬を見つけた十代たちは急ぎデュエルアカデミアに向かう。一方、学園を守るために警備していた万丈目のところに怪しい生徒たちが来て、「デュエルしよう～」とデュエルを申し込む。デュエルをする万丈目だったが、次から次にデュエルを申し込まれ…。学園に到着した十代たちは警備をしているはずの生徒がいないことに不審に思っていると、どこからともなく生徒が現れ「デュエルしよう～」と声をかけてくる。学園の異常に気付いた十代たちは…。

何者かによって重傷を負ったレイ。レイを治療するための薬を手に入れるために、三沢が見た潜水艦に向かう十代たち。潜水艦がある場所には砂漠を歩いて渡らなければならなかった。そんな十代たちの前に実体化したタイタンが現れ、行く手を阻む。タイタンVSヨハンの戦いが始まる。サンド･ドゥードゥルバグを実体化させ、攻撃してくるタイタンに対して、宝玉獣で対抗する。が、砂漠に強いモンスターを召喚するタイタンに徐々に追い込まれるヨハン。