【最終話】遊城十代VS武藤遊戯。ハネクリボーの導きで武藤遊戯のいる世界に飛んだ十代。神のカードを持つ遊戯と真の卒業デュエルを行うことに。それは十代が3年間戦い続けたことにより失ったものを見つける戦いでもあった。十代はネオスを召喚し、遊戯もブラックマジシャンを召喚し、激しいデュエルが始まるのであった。果たしてその結末は…。

十代は究極コンタクト融合を行うことでゴッド･ネオスを召喚させダークネスに勝利するのであった。世界はもとに戻り、十代にかけよる翔たち。そして…。卒業式を迎えるのであった。涙ぐみ司会がまともにできないクロノス。在校生代表として送辞を読む剣山だったが、涙でまともに贈る言葉が言えず。明日香、翔、万丈目、十代たち卒業生に卒業証書がわたされるのであった。その晩、謝恩会が開催されるのであったが、その場に十代の姿はなかった。荷造りをし、旅にでようとした十代の前にハネクリボーが現れ、ある場所へと導くのであった。

十代はネオスとユベルを融合させ、ネオス･ワイズマンを召喚させ、ダークネスに攻撃する。だが、余裕の笑みを浮かべるダークネスは、ダークネス･アイを復活させ、「虚無と無限」のコンボを発動させるのであった。一進一退の攻防が繰り広げられる中、ダークネスから衝撃の真実が十代に告げられる。それはダークネス自身が人間の未来の姿であるということを。人類の運命をかけ、戦う十代。

藤原からダークネスを引き離すことに成功した十代。しかし、世界は皆既日食の闇に包まれたままであった。その闇の中からついに、真のダークネスが現れるのであった。ダークネスは十代に告げる。デュエリストの心の闇によりダークネスの世界が創られたと。ダークネスの世界から皆を救うべく、十代はダークネスに決闘を挑む! 恐怖のコンボ「虚無と無限」を発動させるダークネスに対して十代は…。

十代･ヨハンVS藤原 後編。ヨハンの心の闇を利用して十代とヨハンの固い絆を破壊しようとしたが失敗する藤原。が、その絆により逆上した藤原は「属性重力アトリビュート･グラビティ」を発動するのであった。この効果によりヨハンのモンスターたちが十代のモンスターを攻撃するのであった。そして十代の攻撃の時には「属性変化アトリビュート･カメレオン」を発動し、逆にヨハンのモンスターを十代のモンスターが攻撃するということを行うのであった。絆を否定し、互いに攻撃しあうことを行なわせた藤原の前にオネストが現れ、藤原の悲しい過去を話すのであった。

十代とヨハンはタッグを組み、藤原とデュエルを開始する。藤原はフィールド魔法「クリアー･ワールド」を展開し、ネガティブエフェクトを発動する。さらに藤原はクリアーレイジゴーレムとクリアー･ファントムのコンボで十代に攻撃を仕掛ける。だが、ヨハンのサポートにより窮地を脱する十代。十代とヨハンの絆を断たなければ勝利することができないと悟った藤原はヨハンの心を覗き、心の闇を探るのであった。

ダークネスの正体は藤原優介だった。藤原はダークネスの世界の素晴らしさを説くが、その考えに反発する吹雪。藤原はフィールド魔法「クリアー･ワールド」を発動し、吹雪にネガティブエフェクトを与えるのであった。さらに、上級クリアーモンスターである「クリアー･バイス･ドラゴン」を召喚するのであった。この「クリアー･バイス･ドラゴン」は相手モンスターの攻撃力の2倍が攻撃力となるモンスターであった。窮地に追い込まれる吹雪。そんな吹雪に対して追い討ちをかけるように万丈目、明日香、翔たちの心の闇を見せる藤原。

デュエルアカデミアでは、ミスターTが乗っ取った空野が次々と生徒を襲いダークネスの世界へと導いていた。学園に残っているのは吹雪と万丈目、明日香とジュンコとモモエだけとなる。そんな彼らの前にもとうとうミスターTが現れ、襲ってくるのであった。ミスターTに倒された生徒はダークネスの世界に引き込まれ、残った人間は消された生徒の記憶をなくすのであった。万丈目、明日香がミスターTに敗れ、彼らの記憶を失った吹雪は誰もいなくなった学園を彷徨うのであった。そんな吹雪の前にダークネスが現れるのであった。

斎王との戦いを終え、デュエルアカデミアに行こうとする十代の前にミスターTが現れるのであった。一方、デュエルアカデミアではミスターTの魔の手が伸びており、空野の姿になったミスターTと剣山がデュエルを繰り広げていた。十代はミスターTとデュエルをするのが、ミスターTはなんとヨハンしか持っていない宝玉獣デッキを使ってきたのであった。ヨハンまでもがミスターTの手におちたと思った十代は必死に宝玉獣と戦うのであったが…。

デッキが「愚者の種蒔き」によってカードがどんどん削り取られていき、窮地に追い込まれる十代。そこへハネクリボーの声が届き、なんとか応戦するもの、ザ･ダーク･ルーラーの正位置の効果により、バトルフェイズ中2回も攻撃されることに。カードが残り13枚になり、追い込まれる十代のもとに「斎王を救ってほしい」と願うミズチの声が届く。救うためには斎王を倒さなくてはならないことを悟った十代は意を決して斎王と向き合う。

大量にミスターTが出現し、十代を取り囲む。逃げ場を失った十代の前に現れる人物…それは斎王だった。ミスターTから逃れた十代に対して斎王は重要情報を伝えるのであった。ミスターTの標的はデュエルアカデミアであるということを。学園には行かすことができないという斎王は突如十代にデュエルを挑んでくるのであった。応戦するしかない十代に対して、斎王は「ザ･フール」と「死者の巡遊」のコンボでモンスターを召喚できないようにし、追い込むであった。

オブライエンの前に現れるミスターT。オブライエンとミスターTによるデュエルが始まる。オブライエンはヴォルカニック･エッジを召喚し、ライフを500奪う。一方、ミスターTはダーク･アーキタイプを召喚させ、ヴォルカニック･エッジに攻撃することで新たなモンスター「ダーク･サイコ･アイ」を召喚するのであった。するとオブライエンの前にはいるはずのない父親が現れるのであった。動揺してはいけないと冷静に対処するオブライエンだったが…

ついにデュエルアカデミアでは卒業デュエルがスタートするのであった。のんびりとデュエルを楽しもうと思っていた十代に在校生が列をなしてデュエルを申し込んできたのであった。そしてブルー寮ででかなりの実力があると言われている二年生の空野 (そらの) が十代とデュエルをすることに。空野はたった1ターンで「ホルスの黒炎竜」をレベル4からレベル8へと成長させるのであった。

剣山たちが作った卒業アルバムを見たクロノスは突然大声を出すのであった。そして普段より厳しい授業を展開するのであった。算数の授業をしたり、漢字の勉強をさせたり、腕立て伏せをさせたり…。そして挙句の果てに授業をボイコットし、休講にし、逃げ回ったりするのであった。見かねた十代はクロノスにデュエルを申し込むのであった。そして対決する十代とクロノス。まさに入学試験以来の対決であった。クロノスはアンティーク･ギア･ソルジャーを召喚させる。一方十代もフレイム･ウイングマンを召喚するのであった。

大事なカードを失い、プロを引退したエド。一方、万丈目はマイクと組むことで一躍スターの座を射止めたのであった。そんな万丈目のもとにエドの元秘書のエメラルダが現れ、カードを盗んだ真犯人が誰かを告げる。マイクは万丈目を更なるスターにすべく、元師匠であったエドとの再戦を行うように計らうのであった。万丈目は決闘の前に十代のもとを訪れ、あることを依頼する。そして、ついに万丈目とエドの再戦が始まる。

兄たちの力を借りずプロデュエリストを目指す万丈目。が、彼の手元に届くのは不採用通知ばかりであった。そんな万丈目の様子を見かねたクロノスは万丈目を連れてあるところに向かうのであった。その場所とはエドのクルーザーであった。そこでクロノスはエドに申し出る「万丈目を弟子にしてくれ」と。エドの弟子になった万丈目だったが、彼が見たプロデュエリスト「エド」の日常は想像を絶するものであった。朝の7時に同時に鳴り出す取材の電話。握手会の長蛇の列など。そして最も驚いたのは天才とうたわれるエドがコーチと血のにじむようなデュエルのトレーニングをしていたことに。

亮のデュエルを引き継ぐと宣言した翔。亮のデッキを使って練習するがうまくいかない。そんな翔の前に十代が現われ翔に告げる。「亮のモノマネをしてもだめだぜ。そのデッキは亮と一緒に戦ってきたんだから亮の物真似をする人間なんて見抜いてしまう。もっとデッキに聞いてみな。そしてお前のデッキにしな」と。そして翔は猪爪と対決することに。翔は最初兄と同じ戦法で戦い、猪爪もまた同様に戦っていた。が、翔がサイバー･ダーク･ドラゴンを召喚した時に猪爪はサイコ･ショッカーを特殊召喚したのであった。

突如、鮫島校長を襲ったものが現れた。その人物とはサイバー流とほぼ同時にできた流派サイコ流を操る男「猪爪誠」。彼の目的はサイコ流を主流流派にすべく、サイバー流を倒しにきたのである。サイバー流元師範の鮫島を倒した猪爪の次のターゲットは…サイバー流継承者「丸藤亮」であった。そのころ「亮」はデュエルアカデミアの保養所で体の回復を図っていたのであった。そんな亮の前に猪爪から挑戦状が届くのであった。そしてついて亮と猪爪は対峙するのであった。

ペアデュエルの決勝戦。十代･明日香ペアと剣山･レイのペアが戦うことに。明日香は戦略をねり、カードを伏せる。一方レイは十代と明日香のペアの息が合っていないことを確認し、意味ありげにカードを伏せるのであった。そして十代は明日香に言われ伏せカードを確認するが、明日香の思惑とは関係なく自分のデュエルを展開するのであった。その様子に怒った明日香に対してレイは伏せカードをオープンするのであった。そのカードとは…。

思い出作りとしてデュエルパーティーを開催すること企画する剣山たち2年生。一方、明日香は進路のことで悩んでいた。アカデミアに残りキッズスクールの講師になるかまたは海外に留学するかを。そんな中、開催されるデュエルパーティーは男女ペアを組み、卒業生と在校生でデュエルをするというものだった。明日香は相手を誰にするか決めかねていたとき、ひょんなことから十代とペアを組むことに。

藤原優介の正体は「カードの精霊オネスト」だった。対峙する十代は魂の中にいるユベルの力を使い、オネストの攻撃を食い止める。そして十代は今起こっている世界の異変についてオネストに問い、オネストは語り始めるのであった。その様子を見ていたダークネスの使者トゥルーマンことミスターTは十代たちを消そうと攻撃をしかけてくる。その攻撃によりオネストがやられ、怒り心頭の十代はミスターTにデュエルを挑む。ミスターTは1ターン目から「F･G･D」を召喚させるのであった。

藤原優介から吹雪を助けたのはオブライエンだった。オブライエンはII社から新たな任務を受け、デュエルアカデミアに戻ってきたのであった。そして十代はダークネスの謎を解くべく吹雪とデュエルすることに。吹雪はダークネスの力をかり、レッドアイズ･ブラックドラゴンを召喚させ、さらにレッドアイズ･ブラックドラゴンを生贄にレッドアイズ･ダークネス･ドラゴンを特殊召喚し、十代に襲いかかる。

なぞの生徒「藤原優介」の存在を見破った十代。そんな十代も重大な決断をし、鮫島校長に「退学届け」を提出する。「退学届け」を受けとれないという鮫島の指示である人物にあう十代。その人物とは影丸と斎王であった。今後起こるであろう危機を感じた影丸、斎王は十代にそのことを伝えにきたのである。そんな3人の前にスーツの男が現れるのであった。

十代がデュエルアカデミアに戻り、一ヶ月が過ぎようとしていた。ヨハン、オブライエン、アモン、ジムはそれぞれの学校に戻り、翔と万丈目とレイはブルー寮に移動し、新たな学園生活がスタートしたのだが、十代はレッド寮から一歩も出ず引きこもったままだった。そんな中、突如デュエルシステムに不具合が発生する。ソリッドビジョンが反応しないカードが出始めるのである。その原因を究明するために万丈目、明日香、そして藤原優介がコンピューター室などを調査するのであった。一方、十代にも送り主不明の携帯電話が届き、ある情報が伝えられるのであった。

デュエルアカデミアに戻ったのは万丈目、明日香、剣山、翔、吹雪、クロノス、オブライエン、ジム、ヨハン。その中に十代の姿はなかった。そして、一週間がたったレッド寮の食堂には十代と同じくもどらなかった三沢、亮と十代を含めた3人の写真が飾られていた。そんな十代の写真を見てた万丈目は初めて十代とデュエルをした時のことを思い出すのであった。そんな感慨にふける万丈目に対して翔は十代が戻ってくると信じているのだが。

ヨハンから託された宝玉獣のカードを使い、レインボー･ネオスを召喚した十代は、「レインボー･ヴェール」を装備させ、ユベルに攻撃をしかける。一方ユベルは第二形態になり、「デモンズ･ローズ」を発動させ、ダメージを防ぐ。そして、マジック･サイクロンを発動し、レインボー･ヴェールを破壊し、十代に攻撃をしかける。ライフポイントが残りわずかになっている十代は墓地の「ネクロ･ガードナー」の効果で何とかしのぎきるのであった。そんな一進一退の攻防が続く中、ユベルは究極形態「ユベル／ダス･エクストリーム･トラウリヒ･ドラッヘ」と進化するのであった。

十代VSユベル続き。ユベルは自分を場に召喚させる。ユベルへの攻撃はすべて相手プレイヤーへのダメージとなり、十代を苦しめていた。意を決した十代は自分の中で死んだ「覇王十代」の心を甦らせ、ユベルと対峙することに。そしてネオスペーシアンたちの力をかりユベルに攻撃する十代だったが、ユベルもトラップカード「ゼロ･ホール」や「ヘイト･バスター」の効果で対抗するのであった。そんな中、ユベルはある呪文をとなえるのであった。そして…。

ヨハンを救出するために、「超融合のカード」を使いレインボー･ドラゴンとネオスを融合させたレインボー･ネオスを召喚させた十代。無事ヨハンを救出することができたが、「超融合のカード」がユベルのものとなってしまった。そして、最後の決着をつけるべく、十代はユベルとデュエルをすることに。ヨハンの宝玉獣のカードを託されて。一方、翔もこの戦いの唯一の目撃者となるために十代の後を追ってユベルのもとに向かった。ついにユベルとのデュエルが始まり、ユベルが「サクリファイス･ロータス」を召喚する。

十代VSヨハン続き。ヨハンは究極宝玉神レインボー･ダーク･ドラゴンを召喚させ、ネオスを破壊するのであった。窮地に追い込まれた十代だったが、なんとかピンチをしのぎ反撃にでるのであった。その戦い最中、十代は宝玉獣たちから、ヨハンの魂がレインボー･ダーク･ドラゴンの中にあり、元のレインボー･ドラゴンに戻すことでヨハンを救出することができることを教えられる。そして、アクアドルフィン、エア･ハミングバード･ネオスを召喚させ、究極のトリプルコンタクト融合でストーム･ネオスを召喚させるのであった。

アモンのとの戦いに勝利し、力を回復したヨハンのもとにたどり着いた十代。ヨハンに取り付いたユベルからヨハンを救出すべく、「デュエルの力」を信じデュエルディスクを展開する。十代VSヨハン (ユベル) のデュエル。ヨハンはアドバンスド宝玉獣コバルト･イーグルを召喚させる。一方、十代は融合のカードをドローする。意を決して「融合」を発動させフレイムウイングマンを召喚し、攻撃するのだが、ヨハンはアドバンスド･ダークの効果で攻撃を無効にするのだった。