クロガネシティに向かう道中の森でサトシとムックルは、シンオウ地方最初のジム戦に挑戦するべく特訓に励んでいた。そこで偶然、森の鳥ポケモンたちの観察や管理をしているユカリという女性と出会う。

ポケモンコンテスト コトブキ大会に出場したヒカリとサトシは、2次審査のコンテストバトルに勝ち進んだ。サトシはこのコンテストを勝ち抜き、クロガネジムのバッジもゲットしてみせると豪語するが...。

コトブキシティで初めてのポケモンコンテストに参加することにしたヒカリ。コンテスト用のドレスに着替えてすっかり上機嫌だったが、大事なアクセサリーを落としてしまい、早くも先行き不安な様子で...。

サトシたちはシンオウ地方1番の大都会・コトブキシティにたどりついた。到着するやいなや、ヒカリは雑誌を片手に何かを探し始める。聞けば“ポケッチ”なる便利な機能がついた時計が、どうしても欲しいらしく...。

サトシたちの旅の朝は慌ただしく始まる。ヒカリは寝癖が直らないと騒ぎ、サトシはいたずら者のエイパムに帽子を奪われ、取り戻そうとドタバタ。騒動のなか、ピカチュウが勢い余って道路に出てしまい...。

ロケット団のニャースがコンビニから出てくると、入口の横にふてくされた表情で座っている変なポケモンがいた。一瞬目が合ったニャースは、妙なものを感じて目をそらし、早くその場を離れようとするが...。

ポケモンコンテスト挑戦を目指すヒカリはポッチャマと特訓中!しかし、なかなかうまくいかない。ポッチャマは食事もそこそこにサトシやヒカリに隠れて自主トレを始めるが、やはり失敗ばかりで...。

新しい仲間のナエトルをゲットし、旅を続けるサトシたちの前に以前バトルをした少年・シンジが再び現れた。彼はサトシと同様にクロガネジムへの挑戦を目指しており、今はジム戦に向けて戦力の増強中だという。

コトブキタウンに向かう途中、ロケット団の気球に連れ去られてしまったピカチュウ。サトシはムックルのおかげで気球を落とすことに成功するが、落ちた先は遠い湖の方角だった。サトシたちは湖に向かって走る。

一緒に冒険の旅を始めたものの、なかなか息が合わないサトシとヒカリ。野生のミミロルをゲットしようと張り切るヒカリに、先輩ぶったサトシがあれこれと口出ししたため、2人は喧嘩になってしまう。

離れ離れになったピカチュウを必死で捜すサトシは、森の中でムックルをゲットしている少年に出会った。ポケモンに対する考え方が全く異なるその少年に挑発され、サトシは3対3のポケモンバトルをする羽目に。

ついにヒカリは最初のポケモン・ポッチャマと冒険の旅に出た。最初の目的地は、ポケモンコンテストが行われるコトブキタウン。道中、初ゲットを目指して、ポケモンに出会うたびにバトルを挑むヒカリだったが...。

ヒカリはシンオウ地方に住む10歳の女の子。今日は新人ポケモントレーナーとして、冒険の旅に出る記念すべき日。まずは最初のポケモンをもらうために、ヒカリは隣町のポケモン研究所を目指して出発するが...。