旅の道中、道に迷ったまま夜を迎えたサトシたち一行は、雨に降られて近くの朽ち果てた門の下に駆け込んだ。すると、おかしなことに門の向こう側は全く雨が降っていない。サトシたちは謎めいた門の先へと進むが...。

ヨスガシティを目指し旅を続けるサトシたちは、広い野原で度重なる雷に遭遇する。大慌てで逃げまどうサトシたちが目にしたのは、“いなずまポケモン”ラクライの姿。実は、雷はラクライの仕業だった。

旅の途中、森の中で突然サトシたちの目の前に現れたムウマとニャルマー。このポケモンたちに導かれて一行が進んだ先には、足をけがしたノゾミの姿が。応急処置をし、サトシたちはノゾミのキャンプまで移動する。

ポケモンジムとコンテスト会場があるという、ヨスガシティを目指して旅を続けるサトシたち。その道中、シンオウ地方の四天王より強いというチャンピオンのシロナがこの辺りまでやって来ていると耳にする。

ヨスガシティを目指す道中、大きな河に行き当たったサトシ一行は、観光用の蒸気船に乗ることに。船のデッキからのきれいな眺めを見せてあげようと、手持ちポケモン全員をモンスターボールから出してあげると...。

次なる目的地、ヨスガシティに向かうサトシたちは自転車でサイクリングロードを走っていた。空模様が怪しくなってきたため、一行はサイクリングロードの近くにあるポケモンセンターに向かおうとするが...。

ついにハクタイジムでのジムバトルに挑戦することになったサトシ。相手はくさタイプポケモン使いのジムリーダー・ナタネだ。ナタネの一番手は“さくらんぼポケモン”のチェリンボ、サトシはナエトルを繰り出す。

ハクタイシティに着いたサトシたちは、歴史博物館で強盗事件に巻き込まれた。犯人は秘宝“こんごうだま”を奪ったのだ。駆けつけたジュンサーは“スカンクポケモン”のスカンプーと共に博物館を封鎖するが...。

サトシたちはハクタイシティへ向かう途中、ポケモンたちを休ませるため峠のポケモンセンターに立ち寄った。待合室のテレビではポケモンバトルの映像が流れ、四天王のゴヨウが見事なポケモンバトルを展開していた。

サトシ、ヒカリ一行は、森の中で傷ついたポケモンを連れたトレーナーたちに出会う。聞けば、近くを流れる川辺に恐ろしく強いブイゼルが出没し、バトルを挑む相手を次々と打ち負かしているのだという。

人気テレビ番組の特別企画「ポケモンなりきり大会」略して「ポケなり」の公開生放送現場に居合わせたサトシたち。番組の内容は、ポケモンがメイクや仮装でほかのポケモンに成り切り、その出来を競いあうもので...。

“恐ろしくあまいミツ”発見の重要な手掛かりを掴んだサトシ一行とモミは、ザロクの花に集まるミツハニーを追って森の奥深くへ。ミツハニーの行く手にあった大きな滝、その裏側には何と洞窟の入口が隠されていた!

ハクタイの森で出会ったモミと共に、伝説の“恐ろしくあまいミツ”を求めて彷徨うサトシたちだったが、森で迷ってしまいなかなか見つけられずにいた。そこに突然、ボーイッシュで元気なお姉さんが飛び出してきた。

ハクタイの森にやって来たサトシたちは、大木の下で“たまごポケモン”ラッキーを連れた女性・モミと出会う。彼女は“あまいミツ”を大木に塗り、“みのむしポケモン”ミノムッチをゲットしようとしていた。

旅の途中、サトシたちはテレビ番組「シンオウ・ナウ!」のリポーター・ユウカからインタビューを受ける。彼女たちは、辺りのキャンプ場に集まる腕自慢のポケモントレーナーたちを取材しに来たのだという。

ハクタイシティを目指すサトシたちは、ある村のポケモンセンターに立ち寄る。そこはジョーイさん一家が切り盛りする明るく楽しいポケモンセンター。長女のサヤカは“ふうせんポケモン”のフワンテを持っていて...。

ポケモンコンテスト・ソノオ大会の第一次審査を思わぬアクシデントでスタートしたヒカリとパチリス。機転を利かせて何とか演技を終了したが、ほかの参加者もなかなか手ごわく、審査通過は難関のようだった。

ポケモンコンテスト・ソノオ大会を翌日に控えたヒカリは、ピカチュウをコーチにパチリスの特訓に励んでいた。すると、偶然通りかかった少年が親しげに話しかけてきた。彼はヒカリの幼馴染みのケンゴであった。

サトシたちはポケモンコンテストが行われるソノオタウンにたどりついた。そこは花が咲き乱れる街で、花にまつわる不思議な伝説が語り継がれていた。そんななか、「ポフィン作り教室」が開かれると知ったヒカリは...。

サトシとヒカリがポケモンバトルの練習をしていると、突然現れた女性からピカチュウを貸してほしいと頼まれる。彼女はおばあさんとケーキ店を開いていたが、手伝いをしていたピカチュウがいなくなってしまったのだ。

サトシたち一行は静かな森の中で、1匹の傷ついたビッパに出会う。どうやら仲間とはぐれたらしく、かわいそうに思ったサトシたちは近くの滝に送り届けてあげようとするが、そこに突然ロケット団が現れた!

旅を続けるサトシ一行は、通りがかった村のお祭りでポケモンコンテストが開かれることを知って立ち寄ろうとする。ヒカリはゲットして間もないパチリスでコンテストに挑戦しようと張り切っていたが...。

ハクタイジムに向かう途中、コトブキシティを再び訪れたサトシたちは、テレビコトブキの街頭インタビューを受ける。リポーターから「ビーボタン同盟」というサークルの存在を教わったサトシは興味津々で...。

サトシたちの目の前に突如として現れたボーマンダに乗った謎の女性。ハイテクメカを使いこなし、ポケモンをまるで銅像のように固めて奪い去ってしまう彼女は、悪のポケモンハンターの一員だった!

次なるジムのあるハクタイシティに向かう道中、サトシたちは“でんきりすポケモン”のパチリスに出会った。パチリスにすっかり一目惚れしてしまったヒカリは、何が何でもゲットしようと、バトルを挑むことに。

サトシはロケット団との戦いで見せたポッチャマの動きから、クロガネジム攻略のヒントを掴んだ。しかし、ジムリーダー・ヒョウタのズガイドスはラムパルドに進化し、さらにパワーアップをして手ごわくなっていた。

ジムリーダー・ヒョウタに惜しくも敗れたサトシ。ヒカリはカントーやジョウト地方でゲットしたポケモンたちでの再挑戦を勧めるが、サトシは「絶対にシンオウでゲットしたメンバーで勝ってみせる」と言い張る。

先に対戦したシンジとのすさまじいバトルで、ジムリーダー・ヒョウタの実力を目の当たりにしたサトシ。ヒョウタの手持ちポケモンを念頭に置き、サトシは迷いながらも3対3のバトルに臨むメンバーを絞り込む。

ポケモンジムに挑戦するため、クロガネシティにやってきたサトシたちだったが、残念なことにジムリーダーは外出中。街の外れの炭坑へ向かった一行は、そこで化石に語りかける不思議な男・ヒョウタに出会う。

サトシたちはクロガネシティに向かう途中の山で、けがをしたコノハナとジョーイさんに遭遇した。人間を恐れるコノハナは、ジョーイさんを威嚇する。タケシはコノハナの警戒を解き、けがの手当てをする。